Gentica Bacteriana

Caractersticas de los genomas procariotas

Fuentes de variabilidad gentica Mutacin Recombinacin Transferencia horizontal

Elementos genticos en procariotas

ADN cromosmico ADN extracromosmico

Plsmidos Transposones

Caractersticas del genoma procariota

Haploide 1 cromosoma circular

Borrelia burgdorferi : 1 lineal Rhodobacter sphaeroides :2 circulares

Superenrrollamiento 105-106 pb Ausencia de intrones Operones y mRNA policistrnicos Transcripcin y traduccin acopladas

Rhodobacter sphaeroides :2 circulares

Borrelia burgdorferi : 1 lineal

Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (Bacteria, 4.4

Mb): Metabolically diverse, grows in wide variety of conditions; photosynthetic, providing fundamental insights into light-driven, renewable-energy production; can detoxify metal oxides, useful in bioremediation. Each of the Rhodobacter sphaeroides strains; 2.4.1, ATCC 17025 and ATCC 17029 have a large ~3.0 Mb chromosome and a small ~0.9 - 1.2 Mb chromosome. Comparative optical mapping studies have shown that in terms of size and physical map structure, the large chromosomes in these strains is relatively stable, whereas the smaller chromosomes are much more variable.

Plsmidos
Elementos gnicos extracromosomales. Codifican funciones que confieren ventajas en determinadas condiciones. No codifican funciones esenciales

Replicones DNA de doble cadena Circulares o lineales 1-100 kpb EPISOMAS: PLSMIDOS QUE PUEDEN INTEGRARSE AL CROMOSOMA BACTERIANO plsmido F de E.coli

Transposones
ELEMENTOS QUE PUEDEN MOVERSE DE UNA PARTE A OTRA DEL GENOMA

Replicacin

Semiconservativa Origen de Replicacin O Bidireccional

Crculo rodante

Mutaciones
CAMBIO HEREDABLE EN LA SECUENCIA DE BASES DEL ADN

Espontneas Inducidas

Letales Condicionales

Mutaciones puntuales: sustituciones de pares de bases.

Transiciones: suponen cambio de una purina/purina pir/pir Transversiones: cambio de una purina /pirimidina pir/purina.

Mutaciones por desplazamiento del marco de lectura

Eliminacin de uno o un corto nmero de nucletidos; Incorporacin de uno o un corto nmero de nucletidos.

Grandes deleciones (o borraduras). Inversiones Traslocaciones Duplicaciones en tndem

Mutaciones insercionales ocasionadas por elementos genticos transponibles

Mutaciones espontneas. Tautomera de las bases:

forma tautomrica A* (imino) G* (enol) C* (imino) T* (enol) Se comporta como G A T C Aparea con C T A G

Adiciones y deleciones

Mutagnesis inducida
AGENTES FSICOS RADIACIN UV: Origina dmeros de pirimidina intracatenarios (con creacin de una anillo ciclobutano entre dos Py consecutivas).

RAYOS X Y RADIACIONES IONIZANTES: Las radiaciones ionizantes (p. ej., rayos gamma ) provocan labilizaciones en el ADN, que terminan en roturas en las hebras del ADN (por ataque al enlace fosfodister), que finalmente pueden conducir a deleciones.

AGENTES QUMICOS

Anlogos de bases, que se incorporan durante la replicacin del ADN.

Agentes hidroxilantes o desaminantes de las bases nitrogenadas. Agentes alquilantes. Agentes intercalantes, que se introducen en la doble hlice del ADN, entre pares de bases consecutivas. Bloqueadores del apareamiento de las bases.

Anlogos de bases: 5-bromouracilo y 2-aminopurina

As por ejemplo, el 5-Bromouracilo se puede aparear con guanina ocasionando la transicin de AT a GC (la guanina se aparea con citosina). La 2-Aminopurina puede aparearse con citosina ocasionando la transicin de AT a GC.

Agentes hidroxilantes o desaminantes de las bases nitrogenadas

Desaminacin: cido nitroso

La N-4-hidroxicitosina empareja con adenina

Hidroxilacin: hidroxilamina

Agentes alquilantes: Etil metano sulfonato (EMS) N-metil-N-nitro-N-nitrosoguanidina (NTG)

Bloqueadores del apareamiento de las bases

Benzo (a) pireno Su derivado diol epxido provoca lesiones en el ADN

Provoca la prdida de una base: sitio apurnico

Agente mutagnico que al unirse covalentemente a una Guanina, altera la estructura del ADN, induciendo mutaciones.

Agentes intercalantes

Cuando ocupan esta posicin pueden provocar inserciones y deleciones de un par de nucletidos. Proflavina Naranja de acridina ICR-191 Bromuro de Etidio

Reversibilidad de la mutaciones
1- Reversin: restaura el genotipo original. Retromutacin ("back-mutation").

2- Supresin: la 2 mutacin suprime los efectos de la 1 pero no restaura el genotipo original. a- Supresin directa: la 2 mutacin corrige el producto del primer gen mutado. Supresin intragnica: la 2 mutacin ocurre en el mismo gen donde ocurri la primera. Supresin intergnica (= extragnica): la mutacin supresora afecta a otro gen (ARNt y protenas ribosmicas) b- Supresin indirecta: no se corrige el producto del primer gen, pero la 2 mutacin anula las consecuencias fenotpicas.

Supresin directa intragnica:

Supresin directa intergnica:

Mutacin del tRNA

Supresin indirecta

Fenotipo Auxtrofo

Naturaleza del cambio Prdida de una enzima en una va biosinttica Ver mecanismos de resistencia a ATB Ver mecanismos de resistencia a virus

Deteccin del mutante Incapacidad de crecer en medios sin el factor de crecimiento Crecimiento en medios que contiene la droga Crecimiento en presencia del virus

Resistencia a drogas Resistencia a virus Sensibilidad a la T

Prdida de protenas Pueden crecer a T bajas, relacionadas con la resistencia pero no a T altas aT

Screening vs. Seleccin de mutantes

1-

1- Screening de auxtrofos de Lys (Lys-)

2- Seleccin NEGATIVA con Penicilina, de auxtrofos de Lys (Lys-)

- Seleccin de revertantes Lys+ a partir de auxtrofos de Lys (Lys-)

Comprobacin de lectura Reparacin por escisin (Ejemplo: T-T) Eliminacin de lesiones Reparacin pos-replicacin (Reparacin por escisin) Reparacin por recombinacin

Reparacin por escisin

Recombinacin

REPARACION POR RECOMBINACION

Se restaura el DNA daado, para el cual no existe hebra molde. Protena recA

Reparacin por DNA-pol

SOS
Mecanismo de reparacin inducible. Se activa frente al dao en el DNA (1000 bp) o cuando se inhibe la replicacin.
Puede producir mutaciones.

Fuentes de variabilidad gentica: Transferencia horizontal de genes

Fred Griffith, 1928

Transformacin natural artificial: Mediada por cationes Electroporacin

E. coli, tratamiento con Ca+2 /

shock trmico (0C), facilitan la captura del DNA.

Cubeta de electroporacin Clulas High voltage shock

Formacin de canales

Hanahan and Bloom, 1996, Chapter 132, Escherichia coli and Salmonella, ASM Press

Bacterias naturalmente transformables

Bacillus subtilis Sptretococcus pneumoniae Haemophilus influenzae Neisseria gonorrhoeae

Los plsmidos pGLO contienen un gen de resistencia a ampicilina (amp). Tambin incorpora un sistema especial de regulacin gentica. Este sistema puede ser usado para el control de la expresin de la protena fluorescente (GFP) en clulas transformadas. El gen para GFP puede ser activado en clulas transformadas al aadir arabinosa al medio de cultivo donde crecen las clulas.

Transduccin generalizada

Transduccin especializada

LFT: lisado de baja frecuencias de transduccin 10-5 - 10-6

HFT: lisado de alta frecuencias de transduccin 0,1- 0,5

E. coli conjugation

Lederberg & Tatum (1946) Experiment demonstrating recombination in E. coli.

Bernard Davis (1952) experiment demonstrated that physical contact is required for bacterial recombination.

Mapeo gentico

Cintica de aparicin de transconjugantes