Molcula

En qumica, se llama molcula a un conjunto de al menos dos tomos enlazados covalentemente que forman un sistema estable y elctricamente neutro.1 2 Casi toda la qumica orgnica y buena parte de la qumica inorgnica se ocupan de la sntesis y reactividad de molculas y compuestos moleculares. La qumica fsica y, especialmente, la qumica cuntica tambin estudian, cuantitativamente, en su caso, las propiedades y reactividad de las molculas. La bioqumica est ntimamente relacionada con la biologa molecular, ya que ambas estudian a los seres vivos a nivel molecular. El estudio de las interacciones especficas entre molculas, incluyendo el reconocimiento molecular es el campo de estudio de la qumica supramolecular. Estas fuerzas explican las propiedades fsicas como la solubilidad o el punto de ebullicin de un compuesto molecular. Las molculas rara vez se encuentran sin interaccin entre ellas, salvo en gases enrarecidos y en los gases nobles. As, pueden encontrarse en redes cristalinas, como el caso de las molculas de H2O en el hielo o con interacciones intensas pero que cambian rpidamente de direccionalidad, como en el agua lquida. En orden creciente de intensidad, las fuerzas intermoleculares ms relevantes son: las fuerzas de Van der Waals y los puentes de hidrgeno. La dinmica molecular es un mtodo de simulacin por computadora que utiliza estas fuerzas para tratar de explicar las propiedades de las molculas.

Definicin y sus lmites

De manera menos general y precisa, se ha definido molcula como la parte ms pequea de una sustancia qumica que conserva sus propiedades qumicas, y a partir de la cual se puede reconstituir la sustancia sin reacciones qumicas. De acuerdo con esta definicin, que resulta razonablemente til para aquellas sustancias puras constituidas por molculas, podran existir las "molculas monoatmicas" de gases nobles, mientras que las redes cristalinas, sales, metales y la mayora de vidrios quedaran en una situacin confusa. Las molculas lbiles pueden perder su consistencia en tiempos relativamente cortos, pero si el tiempo de vida medio es del orden de unas pocas vibraciones moleculares, estamos ante un estado de transicin que no se puede considerar molcula. Actualmente, es posible el uso de lser pulsado para el estudio de la qumica de estos sistemas. Las entidades que comparten la definicin de las molculas pero tienen carga elctrica se denominan iones poliatmicos, iones moleculares o molculas ion. Las sales compuestas por iones poliatmicos se clasifican habitualmente dentro de los materiales de base molecular o materiales moleculares.

Tipos de molculas

Las molculas se pueden clasificar en:

Molculas discretas, constituidas por un nmero bien definido de tomos, sean estos del mismo elemento (molculas homonucleares, como el dinitrgeno o el fullereno) o de elementos distintos (molculas heteronucleares, como el agua).

Molcula de dinitrgeno, el gas que es el componente mayoritario del aire

Molcula de fullereno, tercera forma estable del carbono tras el diamante y el grafito

Molcula de agua, "disolvente universal", de importancia fundamental en innumerables procesos bioqumicos e industriales

Representacin polidrica del anin de Keggin, un polianin molecular

Macromolculas o polmeros, constituidas por la repeticin de una unidad comparativamente simple o un conjunto limitado de dichas unidades y que alcanzan pesos moleculares relativamente altos.

Representacin de un fragmento de ADN, un polmero de importancia fundamental en la gentica

Enlace peptdico que une los pptidos para formar protenas

Representacin de un fragmento lineal de polietileno, el plstico ms usado

Primera generacin de un dendrmero, un tipo especial de polmero que crece de forma fractal

Descripcin
La estructura molecular puede ser descrita de diferentes formas. La frmula molecular es til para molculas sencillas, como H2O para el agua o NH3 para el amonaco. Contiene los smbolos de los elementos presentes en la molcula, as como su proporcin indicada por los subndices.

Para molculas ms complejas, como las que se encuentran comnmente en qumica orgnica, la frmula qumica no es suficiente, y vale la pena usar una frmula estructural o una frmula esqueletal, las que indican grficamente la disposicin espacial de los distintos grupos funcionales. Cuando se quieren mostrar variadas propiedades moleculares, o se trata de sistemas muy complejos como protenas, ADN o polmeros, se utilizan representaciones especiales, como los modelos tridimensionales (fsicos o representados por ordenador). En protenas, por ejemplo, cabe distinguir entre estructura primaria (orden de los aminocidos), secundaria (primer plegamiento en hlices, hojas, giros...), terciaria (plegamiento de las estructuras tipo hlice/hoja/giro para dar glbulos) y cuaternaria (organizacin espacial entre los diferentes glbulos).

Figura 1. Representaciones de la terpenoide, atisano, 3D (centro izquierda) y 2D (derecha). En el modelo 3D de la izquierda, los tomos de carbono estn representados por esferas grises; las blancas representan a los tomos de hidrgeno y los cilindros representan los enlaces. El modelo es una representacin de la superficies molecular, coloreada por reas de carga elctrica positiva (rojo) o negativa (azul). En el modelo 3D del centro, las esferas azul claro representan tomos de carbono, las blancas de hidrgeno y los cilindros entre los tomos son los enlaces simples.