Supporting Information

7,8-Dichloro-1-oxo--carbolines as a versatile scaffold for the

development of potent and selective kinase inhibitors with
unusual binding modes
Kilian Huber, Oleg Fedorov, Laurent Brault, Christelle Gasser, Panagis Filippakopoulos, Alex N.
Bullock, Doriano Fabbro, Jrg Trappe, Jrg Schwaller, Stefan Knapp and Franz Bracher

Page S1

Contents

Page S2

Thermal shift stability assay data

Page S5

Crystallographic data collection and refinement statistics

Page S6

Supplemental Figure S1

Page S7

Materials and methods

Page S8

Additional procedures & experimental data for synthesised compounds

Page S12

References

S1

Table S1. Thermal shift kinase assay data.

compound 1

9 10

AAK1

4,6

2,0

2,2

1,1

1,7

0,6

ALK2

2,9

3,2

1,1

0,7

0,2

ALK4

3,1

3,9

2,9

1,6

ActR2

2,7

0,6

3,4

GRK3

-0,3

0,0

AKT3

0,0

BIKE

16

17

18

19

20

22

23

24

1,5

2,6

3,9

0,9

0,2

0,3

1,5

2,4

0,8

0,2

0,5

-0,2

0,1

3,3

0,2

-0,1

-0,2

-0,1

0,1

0,0

0,1

0,5

0,6

0,2

0,2

3,5

0,3

0,0

-0,1

-0,1

0,4

0,2

0,6

3,0

0,6

0,3

0,0

2,3

1,6

0,4

0,1

0,0

0,0

0,5

0,3

0,3

0,6

0,7

0,1

0,2

0,4

-0,1

0,0

0,0

0,5

0,8

0,1

1,1

0,7

0,1

0,0

0,3

-0,2

0,0

0,1

0,1

0,8

-0,1

-0,1

0,1

0,0

-0,2

-0,1

-0,1

-0,7

0,1

0,2

8,2

5,2

2,8

1,2

1,2

1,1

1,3

2,3

5,3

0,8

-0,5

0,0

1,0

1,1

1,7

0,4

BMPR2

3,4

2,6

1,4

1,2

0,9

0,2

0,5

0,9

2,9

0,5

-0,5

0,4

0,3

0,7

0,7

0,1

BMX

0,0

0,2

-0,1

0,1

0,1

-0,4

0,0

-0,3

0,4

0,2

-0,5

-0,2

-0,3

-0,1

0,7

0,1

BRK1

-0,5

0,0

0,2

0,4

0,2

-0,2

-0,3

0,2

0,0

0,3

-0,1

0,3

0,0

CaMK1

1,0

0,4

-0,6

-0,6

-0,2

-0,2

0,0

-0,5

-0,1

-0,4

-0,1

0,4

1,2

0,7

0,4

-0,2

CaMK2

0,4

0,9

2,1

1,0

0,7

0,5

0,9

0,9

0,8

0,5

0,2

0,0

1,2

1,3

0,0

0,4

CaMK4

0,4

0,2

0,1

-0,1

-0,2

0,0

0,1

0,0

0,1

-0,2

0,1

-0,3

-0,1

0,6

0,2

0,4

CaMKK1

0,1

0,7

2,6

2,1

0,6

0,1

0,7

1,2

0,5

0,8

-0,1

-0,1

1,0

1,1

1,5

0,1

CaMKK2

0,6

1,4

0,9

-0,2

0,3

0,1

0,3

0,5

0,4

1,0

0,5

0,2

0,1

DMPK2

0,8

-0,6

-1,2

-0,7

-1,0

-0,6

-0,9

-0,9

-0,7

-1,0

0,4

-0,5

0,2

CDK2

0,6

2,2

0,5

-0,3

-0,4

-0,1

-0,5

0,0

0,6

0,1

0,0

-0,2

0,1

-0,6

-0,2

0,5

CDK8

1,4

0,7

2,0

0,5

0,5

0,8

0,4

0,5

0,8

1,0

1,8

1,2

0,3

2,2

1,2

0,0

0,3

CDKL1

-0,1

0,3

0,0

0,0

0,0

-0,1

0,4

0,0

-0,1

0,2

0,0

-0,1

0,3

0,9

0,2

0,7

0,2

CHEK2

0,2

0,1

0,2

-0,1

-0,2

0,8

0,0

-0,3

-0,4

-0,3

-0,2

-0,2

0,2

0,1

0,9

0,1

CLK1

4,6

5,9

6,4

5,3

3,5

2,4

4,0

4,8

4,6

3,9

5,7

4,0

0,5

7,0

5,4

5,1

2,6

CLK2

2,9

1,3

3,2

2,7

1,3

1,1

2,1

1,7

1,0

2,0

1,9

1,4

-0,3

3,5

2,2

1,1

0,8

CLK3

1,5

0,6

1,9

1,4

0,3

0,3

0,4

0,3

0,1

1,2

0,9

0,4

0,3

2,2

2,1

0,8

0,3

CLK4

3,2

2,1

4,3

4,9

2,8

1,4

1,1

3,3

2,8

0,9

2,1

1,8

0,0

4,6

5,7

2,8

1,4

CK1

1,0

0,5

1,3

1,8

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0,8

0,2

0,4

1,2

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0,2

-0,2

1,0

0,3

0,2

0,3

CK13

-0,2

0,1

0,5

0,3

0,0

0,1

-0,2

0,1

0,2

-0,1

1,1

0,8

-0,1

2,9

0,2

-0,1

0,6

CK2
1

1,3

2,8

2,6

2,3

0,0

0,8

0,7

0,7

2,1

1,5

2,5

1,5

-0,1

3,5

2,2

0,6

0,6

CK2
2

2,0

3,0

2,1

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1,0

0,7

0,8

1,0

1,0

2,1

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1,2

0,5

1,0

DAPK3

3,4

2,6

3,4

2,0

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1,5

3,1

4,0

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4,6

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10,6

3,4

3,6

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-0,1

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0,0

0,1

0,0

0,0

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0,1

0,0

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0,4

-0,1

0,3

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0,0

0,1

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1,0

0,2

-0,3

-0,2

0,0

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0,2

0,7

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-0,3

-0,6

0,2

0,3

DYRK1A

2,6

2,7

3,2

2,6

0,7

0,7

1,5

1,3

1,3

1,0

0,2

-0,8

2,5

2,4

1,1

-0,1

DCAMKL1

1,7

11

0,1

0,8

0,7

0,9

S2

compound

9 10

11

16

17

18

19

20

22

23

24

DYRK2

4,1

2,4

2,0

1,3

0,6

0,5

0,7

1,0

1,6

1,3

0,9

0,3

3,6

1,4

0,2

0,9

FES

0,1

0,4

-0,3

-0,2

0,0

0,0

0,0

0,0

0,2

0,5

0,7

0,4

4,0

-0,4

0,3

0,4

FGR

-0,4

0,0

0,1

0,2

0,0

-0,2

-0,2

0,0

-0,1

0,1

-0,1

0,2

0,1

-0,2

0,2

0,0

GAK

3,3

4,3

2,8

2,5

1,2

0,0

0,9

1,2

1,3

1,6

0,8

0,9

-0,2

1,4

2,8

0,7

0,5

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1,5

0,5

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1,3

1,1

1,2

0,0

2,4

0,6

0,6

0,4

Haspin

3,4

2,7

0,9

0,3

0,4

1,7

0,1

1,1

3,2

3,4

2,6

0,3

5,6

0,0

1,8

0,3

GSK3

1,4

2,9

5,6

4,7

2,0

1,8

2,5

3,4

4,6

2,2

1,5

-0,2

3,9

2,6

0,6

0,2

HSP90

0,0

0,3

-0,5

-0,4

-0,3

-0,3

-0,2

-0,4

-0,2

0,0

-0,6

-0,3

-0,3

-0,3

0,1

0,1

IKK

0,3

-0,6

-0,4

-0,2

0,1

0,1

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-0,4

-0,1

-0,2

0,0

0,5

0,6

0,6

0,2

-0,1

SgK085

6,4

2,9

2,0

3,1

0,4

1,7

0,1

0,5

5,5

1,5

0,0

0,0

3,5

1,2

0,2

0,6

LYN

0,0

0,3

0,1

0,2

-0,3

0,0

0,0

-0,2

-0,1

-0,1

0,0

0,0

0,2

0,2

0,3

0,3

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-0,5

-0,1

-0,5

-0,4

-0,4

-0,1

-0,4

-0,4

-0,3

-0,3

-0,1

-0,2

-0,4

-0,8

0,3

0,1

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0,2

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-0,1

0,0

0,0

0,0

0,1

0,0

0,0

-0,2

0,3

-0,2

0,2

0,0

ASK1

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1,5

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0,0

0,1

0,6

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p38

1,7

1,8

0,8

0,1

0,1

-0,7

0,9

0,4

0,1

0,4

-0,3

-0,8

0,2

-0,1

0,2

0,4

p38

-0,4

0,5

1,4

0,9

0,4

0,9

-0,1

0,4

0,0

0,4

0,6

-0,1

0,5

0,5

0,4

0,3

ERK1

-0,4

-0,4

0,1

0,2

0,0

-0,4

-0,2

0,1

0,1

0,3

0,0

-0,4

0,5

0,1

0,1

-0,2

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1,6

0,8

1,3

0,8

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-0,1

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0,0

0,6

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1,8

-0,6

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JNK2

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0,7

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0,8

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-0,2

-0,1

0,0

0,0

-0,2

-0,1

0,3

0,2

0,7

-0,4

0,2

MERTK

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0,1

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-0,1

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-0,5

-0,5

-0,5

-0,4

1,0

0,4

0,5

-0,3

0,1

MSSK1

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0,3

1,5

0,7

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0,2

0,2

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0,2

0,5

0,3

0,0

1,9

2,2

0,4

0,0

MST4

1,5

1,5

2,3

2,4

-0,1

1,9

1,5

1,4

2,1

1,7

-0,2

0,5

-0,5

0,1

0,4

1,2

MYLK

2,4

0,1

1,7

0,7

0,4

1,0

0,1

0,8

2,1

0,9

0,4

0,1

3,4

1,2

0,0

0,1

NEK2

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1,8

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-0,1

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0,0

0,2

0,3

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-0,4

0,4

0,0

-0,5

0,0

-0,4

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0,0

-0,1

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0,0

-0,1

-0,1

0,1

0,0

-0,2

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0,0

0,0

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0,4

0,2

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-0,4

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1,1

1,1

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0,5

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1,1

-0,4

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4,0

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PIM2

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PIM3

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3,6

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3,4

1,3

3,8

4,7

2,3

7,2

7,1

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PLK1

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-0,6

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PLK4

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1,7

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3,2

0,1

6,8

1,3

2,7

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PRKACA

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1,0

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-0,6

0,1

0,6

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3,3

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0,4

0,0

PKN1

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-0,5

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1,0

-0,1

0,4

PKN2

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1,3

1,3

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1,0

0,0

0,6

1,6

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1,6

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0,5

0,5

0,2

0,1

0,6

4,7

4,0

S3

-0,2

2,9

-0,4

compound

9 10

11

16

17

18

19

20

22

23

24

PKD3

2,2

1,0

1,9

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0,4

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1,4

2,0

2,1

0,1

2,9

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PKC

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-0,2

0,0

0,0

0,1

0,1

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-0,2

0,3

0,3

PKD2

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-0,1

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PKC

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PRKX

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3,3

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RSK1~b

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0,0

0,0

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0,4

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SLK

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SRPK2

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DRAK1

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7,5

0,9

DRAK2

3,6

3,0

4,8

2,1

2,9

0,3

2,9

2,6

1,7

2,2

1,2

1,1

0,0

3,4

2,3

6,4

1,6

MST3

1,3

0,6

0,6

0,3

-0,1

-0,2

0,8

-0,3

0,7

-0,6

-0,5

0,0

-0,7

0,5

0,0

0,3

STK33

2,3

0,4

2,2

1,1

0,6

1,0

0,2

0,7

1,2

2,2

2,1

0,3

5,9

0,5

0,9

0,3

NDR1

0,0

-0,2

0,1

-0,1

1,1

0,3

0,1

0,0

0,0

0,0

0,1

0,4

0,4

0,6

-0,2

0,0

NDR2

0,0

0,3

-0,1

0,1

0,0

0,0

0,1

-0,2

0,1

0,0

0,0

-0,1

-0,2

0,2

0,3

0,2

MST2

1,9

2,2

0,4

0,2

0,6

-0,5

0,4

-0,1

0,9

-0,2

-0,1

0,5

0,3

0,6

-0,2

0,2

MST1

0,8

1,5

-0,4

-0,6

-0,3

0,2

0,3

-0,4

0,4

0,0

0,2

0,1

-0,1

10,1

7,9

8,1

6,8

5,0

2,9

2,2

2,6

10,4

1,1

0,3

3,0

1,5

TNIK

0,7

0,1

-0,4

0,0

0,3

-0,1

0,0

0,1

-0,1

0,2

0,0

0,0

-0,1

-0,1

0,0

0,0

-0,5

PBK

-0,6

0,6

-0,6

-0,2

0,0

-0,8

0,7

0,0

-0,4

-0,3

-0,2

-0,3

0,4

-0,9

0,8

-0,5

-0,6

TTK

1,4

0,4

1,2

1,1

1,2

0,3

0,7

0,5

0,6

0,6

0,9

0,6

0,0

0,7

0,9

0,6

0,1

TYRO3

0,3

1,1

0,5

-0,2

0,6

-0,1

0,1

0,7

1,0

0,7

0,2

0,0

-0,4

1,4

0,3

VRK1

0,1

1,3

0,1

0,2

0,0

-0,1

0,0

0,0

0,0

0,0

-0,4

0,1

0,3

0,1

0,3

-0,1

VRK2

0,0

0,3

0,8

-0,1

0,1

0,2

-0,2

0,0

0,0

0,2

0,1

-0,2

0,3

-0,3

0,3

0,2

VRK3

-0,1

0,1

-0,2

-0,2

0,0

0,0

0,0

-0,1

-0,1

0,1

-0,1

0,0

0,1

-0,4

0,1

0,3

EEF2K

-0,3

0,2

-0,5

-0,3

-0,1

0,0

0,0

-0,2

0,2

-0,1

0,0

0,3

0,0

-0,1

0,0

0,1

YANK1

-0,4

-0,3

-0,1

-0,2

-0,1

0,3

-0,2

-0,3

-0,4

-0,4

0,4

-0,2

0,8

0,1

-0,2

0,3

YSK1

0,5

0,2

1,2

1,6

0,4

0,7

0,2

0,4

0,9

0,3

-0,2

0,4

1,0

1,3

0,5

-0,2

ZAK

-0,2

0,6

0,4

0,6

0,0

-0,3

-0,1

0,1

0,4

0,2

-0,3

-0,2

0,0

-0,3

0,4

0,5

RSK3

1,0

1,2

1,0

0,7

0,9

0,1

0,3

0,5

1,3

0,2

0,0

0,3

0,8

0,3

0,4

RSK3~b

1,9

1,0

2,0

0,9

0,4

0,3

0,1

0,2

0,5

0,5

0,1

0,0

1,7

0,6

0,9

0,5

RSK4

3,4

3,3

2,6

2,2

2,0

0,7

1,2

0,1

2,0

0,0

0,0

0,1

0,8

1,6

0,5

0,4

RSK4~b

4,0

1,2

2,3

0,1

-0,1

0,1

0,1

0,0

1,4

0,2

0,2

-0,4

0,8

-0,2

0,7

0,4

TGF
R2

0,1

0,8

0,2

0,0

Values are shown in degrees Celsius. Empty spaces indicate that no data have been measured. Targets
with significant Tm shift have been coloured in red (>8 degrees) and yellow (>4 degrees), respectively.

S4

Table S2. Crystallographic data collection and refinement statistics.

Data Collection
Complex

PIM1/17

PIM1/20

DAPK3/20

PDB ID

3CXW

3CY2

3BHY

P65
98.67 98.67 81.13
90.00 90.00
120.00

P21
33.55 90.68 41.46
90.00 100.15
90.00

2.10 (2.18-2.10)

2.01 (2.12-2.01)

1.24 (1.28-1.24)

Unique observations*

26203 (2592)

29963 (4345)

68373 (6829)

Completeness* (%)

100.0 (100.0)

100.0 (100.0)

99.7 (100.0)

3.8 (3.8)

5.2 (5.1)

3.7 (3.6)

0.126 (0.724)

0.075 (0.704)

0.079 (0.707)

13.9 (1.8)

18.3 (2.0)

14.7 (2.0)

Resolution ()

2.10

2.01

1.24

Rwork / Rfree (%)

16.3 / 20.6

16.7 / 19.9

14.3 / 18.7

2199 / 108 / 218

2220 / 105 / 207

2126 / 25 / 273

24.07 / 29.07 /
27.77

31.96 / 38.52 /
40.70

19.91 / 29.47 /
32.46

0.016
1.477

0.015
1.371

0.016
1.703

98.19
1.45
0.36

98.18
1.46
0.36

96.59
3.03
0.38

Space group

P65
98.24 98.24 81.45
Cell dimensions: a, b, c ()
90.00 90.00
, , (deg)
120.00
Resolution* ()

Redundancy*
Rmerge*
I/ I*
Refinement

Number of atoms
(protein/other/water)
B-factors (2)
(protein/other/water)
r.m.s.d bonds ()
r.m.s.d angles (o)
Ramachadran Favoured (%)
Allowed (%)
Disallowed
(%)
*

Values in parentheses correspond to the highest resolution shell.

S5

Supplemental Figure S1: Detailed view of the interaction of 20 (A) and 17 (B) with PIM1. Main
interacting residues are shown in ball and stick representation. The images have been generated using
PDB codes: 3CXW, 3CY2. Hydrogen bonds are highlighted by dots. In the cocrystal structure of
20/PIM1 (PDB code: 3CY2) the chlorine in position 8 was radiolysed during data collection (arrow) and
has therefore not been included in the model.

S6

Materials and methods

Thermal stability shift assay. Thermal denaturation experiments were carried out in a Mx3005p realtime PCR machine (Agilent) using a protein concentration of 2 M and an inhibitor concentration of
10 M. Samples were buffered in 10 mM HEPES, pH 7.5, 500 mM NaCl and a 1:1000 dilution of
SyproOrange (Invitrogen, CA). The assay and data evaluation were carried out as described.1

S7

Additional procedures & experimental data for synthesised compounds

Ethyl 6,7-dichloro-1-methyl-1H-indole-2-carboxylate (14). Under nitrogen, a solution of ethyl 6,7dichloro-1H-indole-2-carboxylate (13)2 (1.60 g, 6.20 mmol) in anhydrous DMF (10 mL) was added to a
suspension of NaH (372 mg, 9.30 mmol) in DMF (20 mL) and the mixture was heated to 40 C for 1h.
After cooling to rt, methyl iodide (880 mg, 9.30 mmol) was added dropwise and the mixture was stirred
for 5h. The mixture was poured into water (50 mL) and extracted with ethyl acetate (330 mL). The
combined organic layers were washed with brine (30 mL), dried over magnesium sulfate, filtered and
the solvent removed. The crude product was recrystallized from ethanol to give 1.02 g (62%) of 14 as
white needles. Mp 74 C; 1H NMR (400 MHz, CD2Cl2-d2) 7.49 (d, J = 8.5 Hz, 1 H, 4-H), 7.25 (s, 1 H,
3-H), 7.20 (d, J = 8.5 Hz, 1 H, 5-H), 4.44 (s, 3 H, N-CH3), 4.35 (q, J = 7.1 Hz, 2 H, CH2), 1.39 (t,
J = 7.1 Hz, 3 H, CH2CH3); 13C NMR (100 MHz, CD2Cl2-d2) 161.8 (C=O), 136.3 (C-7a), 131.2 (C-2),
130.5 (C-6), 127.7 (C-3a), 123.1 (C-5), 122.0 (C-4), 116.6 (C-7), 111.1 (C-3), 61.4 (CH2), 35.0
(N-CH3), 14.5 (CH2CH3); MS EI m/z (relative intensity, %) 275 [M++4] (11), 273 [M++2] (63),
271 [M+] (100), 243 (95), 226 (31), 198 (37); Anal. (C12H11Cl2NO2) C, H, N.
Ethyl 6,7-dichloro-3-formyl-1-methyl-1H-indole-2-carboxylate (15). With cooling in an ice bath,
POCl3 (1.35 ml, 14.7 mmol) was added dropwise to anhydrous DMF (4.0 ml, 51.8 mmol). A solution of
14 (2.67 g, 9.81 mmol) in DMF (5 mL) was added and the mixture was allowed to stir for 30 min at rt
and then heated to 60 C for 4h. The reaction was poured into ice water (100 mL), neutralized with 2M
NaOH and extracted with ethyl acetate (330 mL). The combined organic layers were washed with brine

(30 mL), dried over magnesium sulfate, filtered and the solvent removed. The crude product was
recrystallized from ethanol to give 1.75 g (59%) of 15 as yellow needles. Mp 122 C; 1H NMR
(400 MHz, CD2Cl2-d2) 10.42 (s, 1 H, Ar-CHO), 8.33 (d, J = 8.6 Hz, 1 H, 4-H), 7.39 (d, J = 8.6 Hz,
1 H, 5-H), 4.52 (q, J = 7.1 Hz, 2 H, CH2), 4.36 (s, 3 H, N-CH3), 1.46 (t, J = 7.1 Hz, 3 H, CH2CH3); 13C
NMR (100 MHz, CD2Cl2-d2) 187.2 (Ar-CHO), 160.4 (C=O), 137.4 (C-2), 134.7 (C-7a), 131.4 (C-6),
125.8 (C-5), 125.7 (C-3a), 122.3 (C-4), 118.9 (C-3), 116.6 (C-7), 62.8 (CH2), 35.9 (N-CH3), 14.1
S8

(CH2CH3); MS EI m/z (relative intensity, %) 303 [M++4] (2), 301 [M++2] (12), 299 [M+] (19), 270
(100), 254 (4), 198 (5); Anal. (C13H11Cl2NO3) C, H, N.
6,7-Dichloro-5-methyl-3H-pyridazino[4,5-b]indol-4(5H)-one (16).

13

C NMR (100 MHz, DMSO-

d6) 155.9 (C=O), 136.0 (C-5a), 133.0 (C-1), 131.5 (C-4a), 131.2 (C-7), 123.6 (C-8), 121.7 (C-9a),
121.4 (C-9), 117.1 (C-9b), 116.0 (C-6), 34.8 (N-CH3).
(4RS)-7',8'-Dichloro-1,9'-dimethyl-1'-oxo-1',2',4',9'-tetrahydrospiro[piperidine-4,3'-pyrido[3,4b]indole]-4'-carbonitrile (17).

13

C NMR (100 MHz, DMSO-d6, 50 C) 159.3 (C=O), 134.6 (C-8a),

129.2 (C-7), 127.9 (C-9a), 125.0 (C-4b), 122.9 (C-6), 119.9 (C-5), 117.6 (CN), 115.8 (C-8), 112.0
(C-4a), 54.6 (C-4/-3), 50.5 (C-2/-6), 49.7 (C-2/-6), 45.3 (1-CH3), 34.4 (C-3/-5), 34.2 (9-CH3), 33.9
(C-3/-5), 31.6 (C-4); IR max (cm-1) 2235 (CN).
(4RS)-7',8'-Dichloro-1-ethyl-9'-methyl-1'-oxo-1',2',4',9'-tetrahydrospiro[piperidine-4,3'-pyrido[3,4-b]indole]-4'-carbonitrile (18).

13

C NMR (125 MHz, DMSO-d6, 50 C) 159.3 (C=O), 134.6

(C-8a), 129.2 (C-7), 127.9 (C-9a), 125.0 (C-4b), 122.9 (C-6), 119.9 (C-5), 117.6 (CN), 115.8
(C-8), 112.0 (C-4a), 55.2 (C-4/-3), 51.1 (CH2CH3), 48.0 (C-2/-6), 47.3 (C-2/-6), 34.5 (C-3/-5), 34.2
(9-CH3), 34.0 (C-3/-5), 31.5 (C-4), 12.1 (CH2CH3); IR max (cm-1) 2243 (CN).
(4RS)-tert-Butyl 7',8'-dichloro-4'-cyano-9'-methyl-1'-oxo-1',2',4',9'-tetrahydrospiro[piperidine4,3'-pyrido[3,4-b]indole]-1-carboxylate (19).

13

C NMR (125 MHz, CDCl3, 50 C) 159.8 (C-1),

154.5 (Boc-C=O), 135.9 (C-8a), 131.7 (C-7), 126.8 (C-9a), 124.8 (C-4b), 124.0 (C-6), 118.6 (C-5),
117.4 (C-8), 116.0 (CN), 111.4 (C-4a), 80.5 (C (CH3)3), 55.9 (C-4/3), 39.4 (C-2/6), 39.1 (C-2/6), 35.2
(C-4), 34.8 (9-CH3), 34.8 (C-3/5), 33.9 (C-3/5); IR max (cm-1) 2237 (CN).
(4RS)-7',8'-Dichloro-9'-methyl-1'-oxo-1',2',4',9'-tetrahydrospiro[piperidine-4,3'-pyrido[3,4b]indole]-4'-carbonitrile (20).

13

C NMR (125 MHz, DMSO-d6) 159.2 (C=O), 134.4 (C-8a), 129.0

(C-7), 127.7 (C-9a), 125.0 (C-4b), 122.9 (C-6), 120.0 (C-5), 117.8 (CN), 115.7 (C-8), 111.9
(C-4a), 55.7 (C-4/-3), 41.5 (C-2/-6), 40.7 (C-2/-6), 35.5 (C-3/-5), 35.1 (C-3/-5), 34.1 (9-CH3), 31.4
(C-4); IR max (cm-1) 2233 (CN).

S9

(4RS)-7',8'-Dichloro-1'-oxo-1',2',4',9'-tetrahydrospiro[cyclohexane-1,3'-pyrido[3,4-b]indole]-4'carbonitrile (22). 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6) 159.0 (C=O), 135.2 (C-8a), 129.2 (C-9a), 127.3
(C-7), 124.7 (C-4b), 122.5 (C-6), 119.8 (C-5), 118.2 (CN), 115.8 (C-8), 112.1 (C-4a), 57.5
(C-1/-3), 35.0 (C-2/-6), 34.8 (C-2/-6), 31.0 (C-4), 24.8 (C-4), 21.4 (C-3/-5), 20.6 (C-3/-5); IR max
(cm-1) 2360 (CN).
(4RS)-4-Aminomethyl-7,8-dichloro-3,3-dimethyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-pyrido[3,4-b]indol-1one (23).

13

C NMR (100 MHz, CD2Cl2-d2) 161.2 (C=O), 135.8 (C-8a), 130.0 (C-7), 127.6 (C-4b),

127.2 (C-9a), 122.5 (C-6), 122.2 (C-4a), 120.5 (C-5), 116.8 (C-8), 56.3 (C-3), 45.1 (C-4), 43.8 (CH2),
34.7 (N-CH3), 30.4 (3-CH3), 26.1 (3-CH3).
(4RS)-N-[(7,8-Dichloro-3,3-dimethyl-1-oxo-2,3,4,9-tetrahydro-1H-pyrido[3,4-b]indol-4-yl)methyl]acetamide (24).

13

C NMR (100 MHz, DMSO-d6) 169.2 (CO-CH3), 160.1 (C=O), 134.3

(C-8a), 128.0 (C-7), 127.2 (C-4b), 126.7 (C-9a), 121.7 (C-6), 121.4 (C-4a), 120.3 (C-5), 115.1 (C-8),
55.0 (C-3), 40.3 (C-4), 39.7 (CH2), 33.8 (N-CH3), 29.6 (3-CH3), 24.9 (3-CH3), 22.5 (CO-CH3).

S10

Elemental Analyses

Compound

Calcd.

Found.

C: 59.68

H: 4.73

N: 11.60

C: 59.34

H: 4.78

N: 11.41

14

C: 52.96

H: 4.07

N: 5.15

C: 52.78

H: 3.87

N: 5.11

15

C: 52.02

H: 3.69

N: 4.67

C: 51.81

H: 3.59

N: 4.70

16

C: 47.68

H: 2.91

N: 15.16

C: 47.95

H: 2.49

N: 13.80

17

C: 57.30

H: 4.81

N: 14.85

C: 57.44

H: 4.75

N: 14.69

18

C: 58.32

H: 5.15

N: 14.32

C: 58.37

H: 5.07

N: 14.29

19

C: 57.03

H: 5.22

N: 12.09

C: 56.86

H: 5.14

N: 12.02

20

C: 56.21

H: 4.44

N: 15.42

C: 56.10

H: 4.27

N: 15.12

22

C: 58.63

H: 4.34

N: 12.07

C: 58.15

H: 4.73

N: 12.04

23

C: 55.23

H: 5.25

N: 12.88

C: 55.23

H: 5.29

N: 12.95

24

C: 55.45

H: 5.20

N: 11.41

C: 55.35

H: 5.09

N: 11.16

S11

References
1.
Bullock, A. N.; Debreczeni, J. E.; Fedorov, O. Y.; Nelson, A.; Marsden, B. D.; Knapp, S.
Structural Basis of Inhibitor Specificity of the Human Protooncogene Proviral Insertion Site in Moloney
Murine Leukemia Virus (PIM-1) Kinase. J. Med. Chem. 2005, 48, 7604-7614.
2.
Huber, K.; Kast, O.; Bracher, F. A Versatile Synthesis of 3-Substituted 4-Cyano-1,2,3,4tetrahydro-1-oxo--carbolines. Synthesis 2010, 3849-3854.

S12