AULA 10 NATUREZA DA INFORMAO .

INFORMAO, VIDA E DNA

DEFINIO DE VIDA
!! O

que a vida para voc?

DEFINIO DE VIDA
!! Em

1943 Erwin Schroedinger (um dos pais da fsica quntica) apresentou umas palestras no Trinity College de Londres. !! Nessas palestras ele definiu a vida como:

!!

uma delicada dana de energa, entropia e informao

!! Posteriormente

escreveu o artigo What is life que serviu de inspirao a Watson e Crick para a descoberta da estrutura do DNA.

COMO A VIDA SURGIU?

!! O

Bioqumico russo Aleksandr I. Oparin, em 1924, e, posteriormente, em 1928, o geneticista ingls John B. S. Haldane procuraram entender a origem da vida como parte da evoluo de reaes bioqumicas, mediante a competio e seleo darwiniana, na terra pre-bitica (antes do surgimento da vida).

HIPOTESE DE OPARIN-HALDANE
!! Reaes
!!

qumicas entre molculas simples: molculas mais complexas

Como CH4, CO, CO2, H2, H2S, HCN, NH3, H2O, etc. Aminocidos, acares, cidos nuclicos, lipdeos, etc.

!! Formariam
!!

!! Passados

milhes de anos, tendo um grande acmulo destas molculas, elas se combinariam formando biopolmeros (peptdeos, polissacardeos, nucleotdeos,etc.)
!!

Estes reagiriam entre si, formando estruturas coacervadas (estruturas que parecem clula).

EXPERIMENTO DE MILLER E UREY (1953)

!! Experimento

confirma hiptese de Oparin-Haldane. !! Utilizando este equipamento: !! A partir de: !! N2 NH3 CH4 H2 CO2 + calor + eletricidade !! Obteve-se:
!!

Aminocidos, bases nucleotdicas (purinas e pirimidinas)

OUTRAS HIPTESES
!! Origem

extraterrestre da vida:

!! !!

Aminocidos teriam se formado nos cometas Explica porque somente aminocidos levgiros esto presentes nos seres vivos.

!! Os

dextrgiros teriam sido destrudos por radiaes polarizadas contidas no espao

VIDA EXTRATERRESTRE?
!! Em

outros planetas com condies similares, a vida tambm poderia aparecer !! Para termos vida na Terra, tivemos uma combinao de muitos fatores:
!! !! !!
!! E

Estrela do tamanho correto Planeta na posio exata Presena dos compostos qumicos necessrios

para a evoluo:
Campo Magntico Presena de Jpiter e da Lua etc.

!! !! !!

PARTE 1

O QUE UM GENE
!! Segmento

de um cromossomo a que corresponde um cdigo distinto: !! Contm uma informao para produzir uma determinada protena ou para controlar uma caracterstica, por exemplo, a cor dos olhos.

MEMRIA GENTICA E DNA

!! !"""#$%&'()*+,$#-"".#+/',+$#

%0#1'0,)2$3#*,0')42)/2$# %#2'562$#,)+0,+$#
!!

72$56,0#,#*,8,*+4,4%#42# 9:;#4%#86%$%6<,6#+)=260,>?2# 4%#*%)52$#4%#0+@1A%$#4%#,)2$#

!! B%6/')5,C#D$#$%6%$#<+<2$#$?2#

<%E*'@2$ #8,6,#,$$%/'6,6#,# $2F6%<+<()*+,#4,#+)=260,>?2# )%@%$#*2)G42$H#

HIPTESE DO GENE EGOSTA

!! Formulada

(1976) !! De acordo com esta hiptese o DNA realiza uma nica tarefa: se duplicar, passar a sua informao para frente mesmo em prejuzo do prprio organismo. !! Segundo esta teoria os organismos somente so teis enquanto servem para esta finalidade. !! Exemplo das colnias de abelhas. Somente a rainha se reproduz.

por Richard Dawkins

Craig Venter e o cromossomo Sinttico 20/5/2010

Clula

Cromossomo

Pedaos de DNA

Cromossomo sinttico

Cromossomo sinttico Multiplicao da clula milhes de vezes

INTRODUO AO DNA, RNA

!! Contm

um cdigo formado por quatro letras (que correspondem s quatro bases nitrogenadas): A,T,C,G A: Adenina T: Timina C: Citosina G: Guanina

!! Uma

sequncia de trs destas letras pode nomear cada um dos 20 aminocidos dos seres humanos, mais o cdigo STOP, que fica no final de cada sequncia. !! No RNA a timina substituda por Uracila !! Ver: http://www.youtube.com/watch?v=NJxobgkPEAo

AMINOCIDOS
!! Cada

aminocido uma palavra de 3 letras !! Com estas letras, seria possvel descrever 4x4x4=64 aminocidos !! Mas existem vrios sinnimos para cada aminocido. A arginina (ARG) pode ser codificada como: CGA,CGC, CGG, CGU, AGA, AGG
!!

Portanto existe muita redundncia no cdigo gentico

!! Os

aminocidos mais frequentes, onde podem acontecer mais erros tm maior redundncia

Aminocido (%)
ARG (5,28) LEU (9,56) SER (7,25) THR (5,68) PRO (5,67) ALA (6,99) GLY (7,10) VAL (6,35) LYS (5,71) ASN (3,92) GLN (4,47)

Codificao
CGA,CGC,CGG, CGU,AGA,AGG CUA, CUC, CUG, CUU, UUA, UUG UCA, UCC, UCG, UCU, AGC, AGU ACA, ACC,ACG,ACU CCA,CCC,CCG,CCU GCA,GCC,GCG,GCU GGA,GCC,GCG,GCU GUA,GUC,GUG,GUU AAA, AAG AAC, AAU CAA, CAG

Aminocido Codificao (%)

HIS (2,36) GLU (6,82) ASP (5,07) TYR (3,13) CYS (2,44) PHE (3,84) ILE (4,50) MET (2,23) TRP (1,38) STOP (0,24) CAC CAU GAA, GAG GAC, GAU UAC, UAU UGC, UGU UUC, UUU AUA,AUC, AUU AUG UGG UAA,UAG, UGA

ENTROPIA E DNA
!! Cada

um dos quatro nucleotdeos podem ser escritos com dois bits (dois bits por letra) !! Precisamos de 6 bits para nomear as 64 possveis combinaes de bases nucleicas !! Entropia de Shannon: S = 4,21
- (.0528*log2(0.0528) + 0.0956*log2(0.0956) + 0.0725*log2(0.0725) + 0.0568*log2(0.0568) + 0.0567*log2(0.0567) + 0.0699*log2(0.0699) + 0.0710*log2(0.0710) + 0.0635*log2(0.0635) + 0.0571*log2(0.0571) + 0.0392*log2(0.0392) + 0.0447*log2(0.0447) + 0.0236*log2(0.0236) + 0.0682*log2(0.0682) + 0.0507*log2(0.0507) + 0.0313*log2(0.0313) + 0.0244*log2(0.0244) + 0.0384*log2(0.0384) + 0.0450*log2(0.0450) + 0.0223*log2(0.0223) + 0.0138*log2(0.0138) + 0.0024*log2(0.0024) )
!! Precisamos

de, no mnimo, 4,21 bits para nomear os 20 aminocidos e o STOP, ou seja, 2,105 letras !! O cdigo gentico razoavelmente eficiente

EXERCCIOS
!! Voc

descobriu um novo organismo que possui um cromossomo com uma sequncia de 3000 bases de DNA Qual a quantidade de informao contida no cromossomo? Se a probabilidade de ocorrncia de cada aminocido fosse a mesma, qual seria a quantidade de informao? Qual a quantidade mxima de informao seria possvel armazenar, supondo que as 4 bases so usadas, no caso de uma codificao ideal? Qual a sobrecarga gerada pela redundncia contida no cdigo?
log221 = 4,39

1.! 2.!

3.!

4.!

OUTRAS ALTERNATIVAS PARA O DNA?

!! Suponha

que houvessem apenas 3 bases (C, T e A) para codificar os aminocidos. Neste caso, qual seria o tamanho mnimo de cada sequncia de bases para codificar os 20 aminocidos? se houvessem 5 bases, qual seria o tamanho?

!! E

EXERCCIO: COMPRESSO DE INFORMAES NO DNA

Voc est criando uma nova forma de vida, utilizando as mesmas bases (C, T, G e A) do DNA. Mas voc agora deseja que o cdigo seja mais compacto, isto , chegue mais perto dos 4,21 bits calculados pela entropia de Shannon, ao invs de 6 bits, como no DNA
!! Como

voc faria para compactar os cdigos para cada aminocido? agora um exemplo de como de como realizar esta compactao

!! Veremos

O DNA ROBUSTO
!! No

DNA, a Adenina liga com seu complementar (Timina) e a Citosina com o complementar (Guanina) e vice-versa falta um nucleotdeo num degrau do DNA, olhando o nucleotdeo complementar podemos saber qual falta. outro lado, existem enzimas que se movimentam por cima do DNA, reparando os defeitos do cdigo !! Estas enzimas utilizam energia, isto , diminuem a entropia do sistema

!! Se

!! Por

PARTE 2

MQUINA TERICA DE TURING

A mquina possui: !! Uma fita infinita, contendo valores 0 e 1 !! Uma cabea que permite ler, apagar ou escrever na posio da cabea !! Um estado interno q !! Uma tabela descrevendo o que fazer quando l um smbolo a associado ao estado interno q !! F (a, q) aes

MQUINA TERICA DE TURING

!! A

mquina de Turing possui computabilidade universal !! Qualquer possvel computador pode ser simulado pela mquina de Turing.

DNA E MQUINA DE TURING

!! A

fita sem fim de Turing tm certa analogia com a fita do nosso DNA. !! A prpria mquina de Turing e semelhante as enzimas que percorrem o DNA lendo, apagando e escrevendo informaes no DNA. !! Futuro: DNA Computing? !! Menos uso de energia !! Sem uso de metais pesados