DESARROLLO DE BASES DE DATOS PARA INVESTIGACIN BIOMDICA

Curso Bases metodolgicas de la investigacin Biomdica. Edicin 19. Ao 2010

-Sesin impartida en el pabelln de la Facultad de Medicina de la UCM del Hospital 12 de Octubre de Madrid -http://www.epidemiologiaclinica.es

-Email contacto: juanover@gmail.com Julin Manuel Aover Lpez Unidad de Investigacin Epidemiologa Clnica

1. Aplicaciones informticas aplicadas a la investigacin clnica 2. Los sistemas de gestin de bases de datos (SGBD). BASES DE DATOS RELACIONALES 3. Access: Caractersticas generales y realizacin de una BD simple con Access

Julin Manuel Aover Lpez Unidad de Investigacin Epidemiologa Clnica Hospital Universitario 12 de Octubre.

1. Aplicaciones informticas aplicadas a investigacin clnica

Las principales herramientas informticas que se pueden utilizar para el tratamiento de los datos en investigacin se pueden clasificar en tres grupos: - Hojas de Clculo: Excel, Lotus - Programas estadsticos: SAS, EpiInfo, SPSS, STATA, Splus, Minitab,etc. - Sistemas de Gestin de Bases de datos (SGBD): Access, Dbase, File Maker, MySQL, SQL Server, Oracle, etc. Los gestores de bases de datos tienen una mayor capacidad para la manipulacin y relacin de datos que las hojas de clculo, permiten un mejor acceso a los mismos y llevar a cabo consultas ms complejas. Tambin se pueden realizar clculos sobre los datos a travs de un SGBD como Access a travs de su herramienta de consultas. Los programas estadsticos se aplican sobre los datos de las TABLAS o CONSULTAS de las bases de datos durante el proceso de anlisis de la informacin.
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Hojas de clculo (Excel)

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EpiInfo 3.5

Centers for Disease Control and Prevention (U.S.

Para todas las versiones Windows hasta Vista

Department of Health & Human Services)

Freeware http://www.cdc.gov/epiinfo/epiinfo.htm

Stata 11
http://www.stata.com Cursos Unidad Epidemiologa Clnica Licencia CIBER Epidemiologa y Salud Pblica

SAS
http://www.sas.com Licencia corporativa Consejera de Sanidad de la CAM

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SGBD. Sistemas de Gestin de Bases de datos.

Conjunto de herramientas que nos permiten realizar operaciones sobre nuestros datos: aadir, modificar, eliminar y/o consultar datos

Access es el SGBD incluido en paquete ofimtico Office de Microsoft

-Licencia corporativa de la Consejera de Sanidad de la CAM

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Criterios a tener en cuenta en la eleccin de un SGBD

Complejidad y variedad de actividades a realizar Volumen de datos recogidos Nmero de investigadores que la utilizarn Posible acceso simultneo de acceso a los datos por parte de los investigadores Posibilidad de compartir datos con colaboradores en otros centros. Debe tener un carcter prioritario la capacidad de importar y exportar datos

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Un inciso, antes de continuar.

- Documentacin en sesion2 del sitio web del curso

Confidencialidad, proteccin de datos personales

Es preceptiva la confidencialidad de los datos personales de los pacientes procedentes de bases de datos clnicas, depsitos biolgicos, gentica, etc.

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Confidencialidad, proteccin de datos personales (I)

Ficheros que contengan datos personales de pacientes deben ser dados de alta en la Agencia de

Proteccin de Datos. La Agencia informa sobre el procedimiento a seguir

https://www.agpd.es/. En la

en

Ley Organica de Proteccin de Datos (LOPD)

En la Ley se establecen los principios generales en los que se basa dicha proteccin, los derechos y deberes de los usuarios de los datos y de las personas o entidades contenidas en los mismos, la clasificacin de los ficheros de datos y la constitucin de la Agencia de Proteccin de Datos como entidad reguladora. La LOPD se aplica cuando hay una serie de datos organizados sobre personas y afecta tanto a ficheros de papel como automatizados, excluyndose ficheros de personas fsicas con fines domsticos. Tambin hay que tomar en consideracin el Reglamento

de Medidas de Seguridad de

los Ficheros Automatizados que contengan datos de carcter personal

"Los ficheros que contengan datos de ideologa, religin, creencias, origen racial, salud o vida sexual as como los que contengan datos recabados para fines policiales sin consentimiento de las personas afectadas debern reunir, adems de las medidas de nivel bsico y medio, las calificadas como de nivel alto Esto significa que tendran que aplicarse las medidas de seguridad que se describen en el capitulo IV de este Reglamento que se refieren a las telecomunicaciones, accesos, cifrado y copia de seguridad
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Confidencialidad, proteccin de datos personales (II)

Por ltimo, la Ley

de Investigacin Biomdica

En vigor desde julio de 2007 Hay muchos los artculos que afectan a las bases de datos. Caben destacar los articulos 50, 51 y 52 sobre el acceso a datos genticos por personal sanitario, la confidencialidad y derecho a la proteccin de datos genticos y sobre la conservacin de los datos En concreto el apartado 50.2.seala: "Los datos genticos de carcter personal slo podrn ser utilizados con fines epidemiolgicos, de salud pblica, de investigacin o de docencia cuando el sujeto interesado haya prestado expresamente su consentimiento, o cuando dichos datos hayan sido previamente anonimizados". Y el 52.3: " Fuera de estos supuestos, los datos nicamente podrn conservarse, con fines de investigacin, de forma anonimizada, sin que sea posible la identificacin del sujeto fuente" Esta Ley entiende por anonimizacin: (art. 3 c) " Anonimizacin: proceso por el cual deja de ser posible establecer por medios razonables el nexo entre un dato y el sujeto al que se refiere. Es aplicable tambin a la muestra biolgica" y por dato anonimizado: (art. 3. i): " Dato anonimizado o irreversiblemente disociado: dato que no puede asociarse a una persona identificada o identificable por haberse destruido el nexo con toda informacin que identifique al sujeto, o porque dicha asociacin exige un esfuerzo no razonable, entendiendo por tal el empleo de una cantidad de tiempo, gastos y trabajo desproporcionados"

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2. Los sistemas de gestin de bases de datos (SGBD)

Los SGBD nos permiten generar Sistemas de Informacin: conjunto de datos organizados listos y preparados para su posterior
investigacin. Wikipedia

uso, generados por una necesidad - Nuestra necesidad?: Por ejemplo, un proyecto de

Para construirlos hemos seguir una serie de pasos que se irn explicando en esta sesin: 1. Diseo de la base de datos: DICCIONARIO DE DATOS 2. Creacin de la base de datos 3. Entrada de los datos 4. Consulta de la informacin 5. Explotacin de los resultados obtenidos
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Qu es una base de datos?

Coleccin organizada de datos relacionados entre s para representar algn aspecto del mundo real
Por ejemplo: Una base de datos que represente a un conjunto de pacientes que han sufrido un Traumatismo Craneal Grave

Pacientes

Urgencias/UVI

DATOS

Los datos se procesan, organizan y se relacionan entre s a travs de una base de datos
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Qu es una base de datos?

Una base de datos es un conjunto de datos relacionados y organizados a travs de una o ms tablas

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Qu son las tablas?

Las tablas son las unidades bsicas de almacenamiento de los datos

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Normalmente, los datos se organizan en una o varias tablas en las que se distribuyen en filas y columnas:
Campos o variables Cada columna de una tabla es una variable o campo
N Sexo 1 1 2 Fecha 04/05/2004 03/01/2004 01/02/12005 Tipotras 1 2 1 Tipoac 1 2 4

Cada fila es un registro

1 2 3

Registros Cada registro es un paciente: La tabla representa a un conjunto de pacientes a travs de un conjunto de registros Cada variable o campo: Es un dato que se ha recogido para cada paciente
Ejemplo: Las variables edad, fiebre, fecha, imc, etc...
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Bases de datos relacionales

Una base de datos relacional es aqulla que permite que diferentes tablas de datos estn relacionadas a travs de un campo o variable comn El uso de las relaciones es til cuando varios registros de una tabla estn vinculados con otros registros de una o varias tablas: comparten informacin

La utilizacin de bases de datos relacionales evita la duplicacin de registros. Ejemplo: Tabla PACIENTES y tabla VISITAS. Cada paciente tiene varias visitas en las que se recogen datos de la visita. Normalmente se relacionan pacientes y visitas por campo comn de identificacin del paciente.
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 Antes de utilizar cualquier tipo de herramienta informtica, Hay que dedicar tiempo y esfuerzo al proceso de diseo de la base de datos ya que la correccin a posteriori de posibles errores puede necesitar muchsimo ms esfuerzo, tiempo y dinero Tenemos que elaborar, con lpiz y papel, un documento esencial de diseo:

DICCIONARIO DE DATOS

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Diccionario de datos
Diccionario de datos: Documento de diseo donde se describen la estructura y caractersticas generales de la BD

Este documento debe resolver las siguientes cuestiones:

Qe campos van a constituir la base de datos teniendo en cuenta su posible atomizacin? Qu tipos de datos contienen? A q se refieren las variables o campos? Qu posibles valores predeterminados pueden tener algunas variables? Qu categoras y codificacin vamos a establecer para algunos campos? Qu rangos de valores podemos necesitar en algunos de llos? Qu unidades de medida vamos a establecer? Qu variables pueden ser calculadas automticamente y sus frmulas? Qu condiciones se pueden establece para realizar estos clculos? Qu tabla o tablas vamos a necesitar para evitar la duplicacin de datos en los registros? Qu campo campos clave van a identificar cada registro de cada tabla? Qu relaciones vamos a establecer entre las tablas?

Y adems, en su caso, es tambin conveniente tener en cuenta: En qu formato estn los datos que disponemos? Qu usuarios van a necesitar acceder a los datos y de qu forma? Cmo vamos a introducir los datos en la BD? Formulario o formularios necesarios? Qu interrogantes queremos plantear a posteriori a la BD? Qu consultas queremos resolver dinmicamente?

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Es fundamental hacerse al menos estas preguntas para desarrollar el documento modelo de base de datos
Planificacin de la BD. Qe datos queremos recoger?
Ejemplos: el sexo, la edad, la presin arterial de un paciente, etc.

Diseo de la BD Cmo estructuramos y relacionamos los datos?

Ejemplo: Datos generales del paciente y datos que vamos a recoger en cada visita.

Explotacin de la BD. Qu informacin queremos obtener?

Ejemplo: En un periodo de tiempo determinado cuntos varones fumadores menores de 45 aos han padecido un infarto de miocardio? Vamos a querer obtener informacin de un intervalo de datos de la variable fecha, cruzndolos con condiciones que afectan a la variable sexo, edad, fumador e infarto

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Diccionario de datos

Siempre hay que tener en cuenta que:

Es mucho ms difcil aadir componentes a una base de datos despus de elaborada y mantenerla operando de forma adecuada que estructurarla correctamente desde el principio

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Ejemplo de Diccionario de Datos (I): ESTUDIO

MULTICNTRICO DE LA MORTALIDAD PRECOZ (< 48H) EN LAS PRIMERAS 6 HORAS DEL TRAUMATISMO CRANEAL GRAVE Tipos de datos Campo clave

Tamao variables

Datos requeridos

Codificacin y categorizacin: categoras mutuamente excluyentes

Tablas: en este caso slo una tabla

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Ejemplo de Diccionario de Datos (II)

ESTUDIO MULTICNTRICO DE LA MORTALIDAD PRECOZ (< 48H) EN LAS PRIMERAS 6 HORAS DEL TRAUMATISMO CRANEAL GRAVE
Momento de TCE fectce Fecha TCE datos Fecha corta - Mscara en Access. - Formato dd/mm/yyyy

horatce

Hora TCE * Ajustar en lo posible la hora del trauma, segn hoja de recogida UVI Mvil

datos

Hora corta

- Mscara en Access. - Formato hh:mm

Atomizacin

Momento de ingreso en neurociruga fecneur Fecha ingreso en Neurociruga datos Fecha corta - No accesible desde formulario. - Fecha de grabacin del registro cumplimentada automticamente - Mscara en Access. - Formato hh:mm

horaneur

Hora ingreso en Neurociruga

datos

Hora corta

GCS Lugar accidente (pre-resucitacin): Primera evaluacin previa a la estabilizacin gcslao GCS lugar accidente. Ojos 1 2 3 4 9 datos Num. Byte - Variable requerida en formulario y tabla para realizar clculo global

gcslav gcslam gcslag

GCS lugar accidente. Verbal GCS lugar accidente. Motor GCS lugar accidente. Global * Clculo global de GCS Lugar Accidente

No explorable Idem anterior Idem anterior

datos datos datos

Num. - Byte Num. - Byte Num. - Byte

- Variable requerida en formulario y tabla para realizar clculo global - Variable requerida en formulario y tabla para realizar clculo global - Variable calculada: Se realiza el clculo al cliquear sobre su caja en formulario. Clculo: Suma de los valores de gcslav, gcslam y gcslao. Si en cualquiera de ellos el valor es 9, este valor no interviene en la suma. Si el valor es 9 en las tres variables, no se realiza clculo

puplad

Pupila derecha lugar accidente

1 2 3 4 0

puplai

Pupila izquierda lugar accidente

Reactivas Arreactivas < 2 mm Arreactivas 2-4 mm Arreactivas > 4 mmm Invalorables Idem anterior

datos

Num. - Byte

Variables calculadas
datos Num. - Byte datos Num. - Byte - Variable requerida en formulario y tabla para realizar clculo global

GCS Ingreso en Neurociruga: Evaluacin al ingreso en Hospital (UCI/ Neurociruga) gcsino GCS ingreso en Hospital. Ojos 1 2 3 4 9

gcsinv

GCS ingreso en Hospital. Verbal

No explorable Idem anterior

datos

Num. - Byte

- Variable para requerida en formulario yclculos tabla para realizar clculo Condiciones realizar global - Variable requerida en formulario y tabla para realizar clculo

gcsinm

GCS ingreso en Neurociruga. Motor

Idem anterior

datos

Num. - Byte

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Diseemos un MODELO DE DATOS

(!Alguna propuesta!?!?)

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Una vez terminado el modelo....

Interpretamos el modelo con el Sistema de Gestin de Bases de Datos Access

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3. Access: Uno de los SGBD para la elaboracin de bases de datos relacionales

Elementos principales que componen una SGBD en Access
Las tablas son el foco central de todas las operaciones. Son los elementos ms importantes de la BD. Los formularios facilitan la introduccin de informacin en las tablas Las consultas facilitan las bsquedas de informacin en las tablas siguiendo unos criterios determinados Los informes resumen y organizan los datos

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Recomendaciones para las variables

Los nombres de las variables es recomendable que no tengan ms de ocho caracteres y no utilizar caracteres especiales (guiones, acentos, interrogaciones). Nos ahorrarn posibles problemas si alguna vez necesitamos exportar datos. Los datos han de ser numricos si van a ser analizados

Normalizacin de los datos: Muy importante!!!!

Hay que tratar de eliminar la redundancia, asegurarse de que los elementos son atmicos (que slo contengan una pieza de informacin) y tener en cuenta su posible categorizacin. Hay que identificar el rango posible de valores que pueda tomar una variable si es el caso Ejemplos: la variable sexo puede tener las categoras hombre/mujer la variable fiebre podra tener las categoras si /no Las categoras han de ser mutuamente excluyentes, de no ser as, es IMPRESCINDIBLE crear variables dicotmicas (si/no) Ejemplo: Variable denominada tratamiento indica que el paciente ha podido ser tratado con radioterapia, quimioterapia o ciruga. Estas categoras no son excluyentes entre s por lo que deberamos crear tantas variables como posibilidades. Por tanto, deberamos crear la variable radioterapia con las categoras si/no y proceder de igual forma con quimioterapia y ciruga
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Tipos de datos ms utilizados

- Texto: hasta 255 caracteres - Memo: hasta 64.000 caracteres. Para textos demasiado largos. - Numrico: un nmero normal (no moneda o fecha) - Byte: un nmero entre 0 y 255. Slo enteros - Entero: de 32768 a 32767. Slo enteros - Entero largo: de 2147483648 a 2147483647. Slo enteros - Decimal: Permiten cantidades fraccionarias y nmero de decimales - Fecha/Hora - S/No: Dos valores - Asistente para bsquedas: Permite restringir el tipo de campo para que solamente acepte datos de una lista de valores o de un campo de otra tabla

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Principales Opciones para los campos

*Tamao del campo: define el tamao mximo de caracteres que podemos introducir en campos de tipo texto(hasta 255) Formato: dependiendo del tipo de campo, podemos escoger un formato (p.ej.: monetario, fecha, etc.) Mscara de entrada: Access coloca una serie de signos automticamente para facilitarnos la introduccin de datos. Especifica un patrn que deben seguir los datos entrados en el campo Ttulo: Se puede dar un ttulo al campo para posteriormente utilizarlo en formularios Valor predeterminado: Si deseamos que por defecto este campo contenga un valor que se repite a menudo para no tener que teclearlo Regla de validacin: Podemos obligar al usuario a que introduzca los datos segn unos criterios. Por ejemplo, que se introduzcan datos numricos inferiores a una cantidad Texto de validacin: Cuando se incumplen las reglas de validacin al introducir los datos, aparece un texto explicativo. Desde aqu podemos definir qu texto aparecer Requerido: Si esta opcin est en S, el usuario est obligado a introducir datos Permitir longitud cero: Si esta opcin est en S, se permite la introduccin de cadenas de longitud cero Indexado: Los campos indexados permiten acelerar las bsquedas. Podemos hacer que se repita no en la tabla con las opciones permitir duplicado s o no
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Campo(s) clave(s) principal(es)

Es el campo o grupo de campos en el que todos los registros deben tener una entrada exclusiva. Este campo suele ser un nmero de identificacin, ya que la mayora de los otros campos podran coincidir en ms de un registro Ejemplo: dos personas podran tener un mismo nombre, pero no el mismo nmero de historia clnica. Se suele utilizar el campo historia clnica como campo clave principal. Todas las tablas deben tener, al menos, un campo o combinacin de campos que tenga un valor exclusivo para cada registro: Clave compuesta Ejemplo: En una tabla que recogiera datos de cada visita de un paciente, podra haber una combinacin de campos clave: Id del paciente + Fecha de Consulta El campo clave simple o compuesto debe ser capaz de identificar de forma nica a cada registro de la tabla y por lo tanto no puede contener valores duplicados.
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Tipos de relaciones entre las tablas

Tres tipos de relaciones en el modelo relacional: Relacin de uno a varios Relacin de uno a uno IMPORTANTE PARA LA ANONIMIZACION!!! Relacin de varios a varios RELACIN DE UNO A VARIOS (la

ms comn)

Un registro de una tabla tiene uno o ms registros relacionados en otra tabla. Este tipo es el ms utilizado, con diferencia, en las bases de de datos relacionales Ejemplo: En una base de datos que quiera recoger datos de cada consulta a la que acude un paciente, habra una relacin de uno a varios entre la tabla que tiene los datos generales del paciente y la tabla que contenga los datos de las consultas.

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Relaciones entre tablas (I)

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Relaciones entre tablas (II)

Una relacin nos permite trabajar con varias tablas relacionadas a travs de un campo comn o varios campos comunes El objetivo de crear relaciones entre dos o ms tablas es poder trabajar con llas como si fueran una sla. Al crear formularios, consultas e informes es probable que se tenga que extraer informacin de ms de una tabla: esto funciona mejor (y en ocasiones es imprescindible) cuando existe una relacin entre las tablas Se crean a travs de Herramientas/Relaciones: primero se agregan las tablas y luego se establecen las relaciones entre sus campos.

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Relaciones entre tablas (III)

Integridad referencial: Evita que se cometan errores al introducir datos. Esencialmente, establece que la informacin entre dos campos relacionados debe coincidir. Si hay una entrada en el campo enlazado de una tabla que no existe en la otra, la integridad referencial corrige este problema. Activar Actualizar o eliminar en cascada los campos relacionados provoca que cuando se modifique un dato en una de las dos tablas, ste tambin sea modificado en la tabla relacionada. Con esto se evitan los registros hurfanos

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Formularios (I)
El formulario se utiliza para la introduccin de datos: Acta como una mscara que evita la falta de atractivo de la tabla. Desde el formulario podemos modificar el contenido de un campo, borrarlo, aadir nuevos registros, calcular campos, crear y utilizar grficos, mostrar datos de varias tablas al mismo tiempo. Todos cambios que realicemos en el Formulario se realizarn en la tabla relacionada, as como todos los cambios efectuados en la tabla, se visualizarn si abrimos la tabla desde el formulario

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Formularios (II)
CMO CREAR FORMULARIOS?
Crear

un formulario partiendo de cero: Es la forma ms complicada pero tambin la ms potente.

-El usuario decide exactamente el lugar en el que va a colocar los campos y formato mediante "Diseo de fomularios". - Funciona como un tabln donde se colocan los elementos del formulario. Los campos y sus etiquetas se desplazan y colocan en el tabln con el arrastre del ratn, pero si se quiere mover independientemente uno y otro, hay que pulsar en la esquina superior izquierda del arrastre. -No se pueden hacer formularios que contengan campos de ms de una tabla, pero s que se pueden incluir subformularios en otros formularios

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Formularios (III)
Dar formato al formulario -Una vez colocados campos, textos, etc. se puede dar formato a la presentacin del formulario: fondo, tipos de letra, sombreado de campos, alineaciones. -Desde la propia barra de herramientas formato en la parte superior de la pantalla

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Formularios (IV)
Formularios con campos especiales para la introduccin de datos
- Mejora la apariencia de presentacin de los datos - Reducen el tecleado a la hora de introducir registros - Disminuyen los errores: mayor fiabilidad de los datos

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Consultas (I)
LAS CONSULTAS SE PUEDEN CONSIDERAR COMO VISTAS O VERSIONES DE LOS DATOS CONTENIDOS EN UNA TABLA - La forma ms sencilla de crear una consulta es utilizar Consulta/Nuevo/Vista Diseo Las consultas se pueden referir a las tablas o a otras consultas - Por defecto, los resultados de las consultas aparecen en la vista Hoja de datos Cmo modificar una consulta? - Vista/Diseo de consultas: Desde aqu se pueden modificar las reglas que rigen los resultados de las consultas

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Consultas (II)
Agregar criterios de consulta
- Desde vista diseo de consultas escribir criterios que se desean utilizar. Ejemplo: Se escribe lo siguiente para obtener registros en los que este valor sea: 8/5/01 Exactamente el 8/5/01 < 8/5/01 Anterior al 8/5/01 >8/5/01Posterior al 8/5/01 Entre 01/01/01 y 31/12/01 Expresiones lgicas - Tipo tipo S/No: Para valores del tipo S, podemos escribir "S", "Verdadero","Activado" o "-1"; para valores del tipo "No" podemos escribir "No", "Falso", "Desactivado" o "0". -Tipo Y/O En la misma lnea de consulta incluir operadores y/o
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Consultas (III)
Caracteres comodn:
Se pueden incluir los dos caracteres comodn (el asterisco * y el interrogante?) para crear una expresin. El interrogante puede sustituir un solo carcter en la posicin que est. El asterisco podr sustituir a ms de un carcter en la posicin en que se encuentre. Ejemplos: M?? buscar los datos que comiencen por M y luego tengan dos letras ms ?a?a buscar los datos cuya segunda y cuarta letra sea una a */12/97 buscar los datos de cualquier da del mes de diciembre del 97 An* buscar los datos de los que comience por la slaba AN

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Consultas (IV)
Principales tipos de consultas en Access:
-Seleccin -Unin -Actualizacin: clculos -Creacin de tablas -Bsqueda de duplicados -Bsqueda de no coincidentes -Eliminacin -De datos anexados

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