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Toxicogenmica: Una nueva rama de la toxicologa

M. A. Cap, M T. Frejo
Tradicionalmente, la Toxicologa ha estudiado los posibles efectos nocivos de una molcula analizando puntos de evaluacin citolgicos, fisiolgicos, o morfolgicos establecidos de manera emprica. Para ello se evalan una serie de parmetros histopatolgicos, bioqumicos o hematolgicos que, con frecuencia, slo son detectables tras exposicin prolongada a elevadas dosis. Por otra parte, la evaluacin del riesgo en el ser humano debe derivarse de los estudios realizados en otras especies, fundamentalmente de roedores. Adems, la mayor resolucin que permiten los avances en instrumentacin analtica demanda la valoracin de dosis menores de los compuestos qumicos, lo que exige nmeros crecientes de animales. Presiones contra la experimentacin animal han empujado a toxiclogos hacia el desarrollado de estudios sobre cultivos celulares. Aunque muchos de estos ensayos son rpidos y econmicos, su validez se ha visto lastrada por casos de falsos positivos y falsos negativos, y por una incapacidad inherente para determinar efectos sobre un rgano diana especfico. Desde la secuenciacin del genoma humano hemos asistido a la aparicin de las denominadas ciencias omicas impulsadas por los recientes avances en el proyecto del genoma humano y los desarrollos tecnolgicos asociados. El trmino genmica fue acuado en 1986 por Thomas Roderick para referirse a la subdisciplina de la gentica que se ocupa del mapeo, secuenciacin y anlisis de las funciones de genomas completos y sirvi de nombre para una revista especializada en la publicacin de dichos temas denominada Genomics. Consiste en la caracterizacin molecular de genomas enteros y aporta informacin acerca de la secuencia y de la funcin de cada sector del genoma en diferentes situaciones de desarrollo y bajo diferentes condiciones ambientales, as como de los mecanismos implicados en la regulacin de la expreProfesores Titulares rea Toxicologa Universidad Complutense Madrid Medicina Balear 2007; 25-29

sin e interaccin gnica. La informacin generada es enorme y es clave para la identificacin y el aislamiento de genes de inters y permitir interpretar, en trminos moleculares los procesos biolgicos. Para ayudar en este proceso han surgido poderosas herramientas bioinformticas que permiten almacenar e interpretar esta informacin. Las aplicaciones de la genmica alcanzan a todos los mbitos de la actividad humana relacionados con la biologa, como la salud, la alimentacin y el medio ambiente. En pocos aos estarn disponibles las secuencias de nucletidos y aminocidos de todos los genes y productos gnicos codificados por los genomas de varios organismos complejos. Estas servirn para el estudio de enfermedades humanas complejas y para comprender fenmenos tales como la fisiologa celular, el desarrollo, la conducta, la evolucin, etc. Tambin aportarn informacin acerca de todos los aspectos del crecimiento y desarrollo vegetal, diferenciacin y respuesta a estreses biticos y abiticos. Gracias al potencial de relacionar fenotipos biolgica y econmicamente importantes con los genes responsables de los mismos ser posible identificar genes de inters que puedan ser transferidos a otros organismos por medio de tecnologa gnica. Por otro lado, el conocimiento de la secuencia de los genes posibilitar el desarrollo de marcadores perfectos, basados en la secuencia del mismo gen, lo cual facilitar la seleccin y la transferencia de los mismos a variedades de inters. La profundizacin en la individualidad gentica de cada sujeto, tras establecerse el patrn genmico de la especie, permite realizar una mejor prediccin de las posibilidades de contraer una enfermedad, lo cual nos permite plantear una actitud preventiva mas eficaz, teniendo tambin en cuenta el valor predictivo sobre la respuesta a los frmacos y sobre la posible aparicin de efectos adversos y secundarios. Aplicando los avances de la genmica a la Toxicologa ha aparecido una nueva rea cientfica denominada Toxicogenmica que estudia la respuesta genmica de los organismos expuestos a agentes qumicos. Estos incluyen frmacos, contaminantes ambientales, aditivos de alimentos y otros productos qumicos de uso comn.
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La Toxicogenmica usa las metodologas e informacin de la ciencia genmica y de la informtica para mejorar nuestra comprensin sobre las bases biolgicas de las respuestas a los agentes txicos, por lo tanto, es una disciplina que nos permite entender por ejemplo, el rol de las interacciones entre genes y medio ambiente en el desarrollo de las enfermedades. La genmica se divide en dos grandes reas: 1.- Genmica estructural, que se ocupa de la caracterizacin fsica de genomas enteros, es decir, descifrar el nmero, orden y secuencia de los pilares (nucletidos) de la molcula de ADN. Destaca el hecho de que los tres millones de pares de bases que integran los 23 cromosomas de la dotacin haploide la especie humana, solo se identifican 20000-25000 genes codificantes, un numero mucho ms bajo del esperado. La conclusin que han dado los cientficos es clara, la complejidad de una especie no se basa en el nmero de sus genes, sino en la calidad de los mismos, entendiendo por tal las caractersticas que determinan su funcionalidad.

Esto ha dado origen a la genmica comparativa y ha demostrado que existe una localizacin conservada de genes en posiciones equivalentes en especies relacionadas. Tambin ha sido una excelente herramienta para identificar motivos de secuencia altamente conservados y, por lo tanto, funcionalmente importantes en regiones codificantes y no codificantes del genoma. Catalogar las variaciones genticas entre individuos ayudar a identificar aquellos cambios que conducen a enfermedades genticas, investigar nuevas terapias y establecer la resistencia o susceptibilidad a diferentes factores. 2.- Genmica funcional, consiste en la recoleccin sistemtica de informacin sobre la funcin de los genes, mediante la aplicacin de aproximaciones experimentales globales que evalen la funcin de los genes haciendo uso de la informacin y elementos de la genmica estructural. El objetivo es llenar el hueco existente entre el conocimiento de las secuencias de un gen y su funcin, para de esta manera desvelar el comportamiento de los sistemas biolgicos. Se trata de expandir el alcance de la investigacin biolgica desde el estudio de genes individuales al estudio de todos los genes de una clula al mismo tiempo en un momento determinado Dentro de la genmica funcional existen varios campos de investigacin: - Transcriptmica: Puede definirse como la genomica funcional a nivel de la transcripcin, es decir a nivel de la formacin del ARN mensajero a partir del ADN. Las tcnicas que utilizan fundamentalmente son el microarray o microplataformas de ADN, que permite el anlisis simultneo de miles de genes. Los genes se disponen utilizando un sistema robotizado sobre un portaobjetos de microscopio. Sobre este chip de ADN se realizan experimentos de hibridacin con muestras marcadas radiactivamente o con fluorforo apropiados y los resultados se cuantifican mediante anlisis con microscopia confocal. De esta manera se pueden identificar, de forma simultnea, patrones de expresin de miles de genes en un momento de desarrollo o en respuesta a diferentes estmulos ambientales. El anlisis bioinformtica de estos datos permite asociar grupos de genes que se expresan de forma coordinada y proporciona informacin importante sobre la funcin de los mismos.

Cuando esta secuencia se conoce, abre la puerta a numerosas posibilidades. Por anlisis computacional de la misma y utilizando principios conocidos de gentica y el anlisis molecular de los transcriptos y protenas es posible: - Comparar secuencias similares presentes en diferentes entidades biolgicas y comprender el papel de dichas secuencias. - Realizar predicciones acerca de todas las protenas codificadas por una especie. - Establecer las variaciones genticas entre distintas poblaciones de una misma especie. - Comparar secuencias de diferentes especies y entender procesos evolutivos.

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- Proteonmica: Se define como la parte de la genmica funcional que se ocupa del estudio del conjunto total de protenas expresadas por un genoma completo, incluyendo las modificadas despus de la traduccin. El mtodo mas utilizado para estudiar la abundancia de protenas es la electroforesis bidimensional en geles de poliacrilamida. Este mtodo permite separar con gran resolucin la mayora de los polipptidos celulares combinando de forma secuencial diferencias en carga y en masa molecular. Utilizando sistemas computerizados de anlisis de imagen se seleccionan las protenas cuya abundancia relativa cambia durante el desarrollo o en respuesta a diferentes estmulos ambientales. Los polipptidos se purifican y digieren con proteasas para generar una coleccin de pptidos que se analizan por espectrometra de masas o se secuencia a partir del extremo amino. Para identificar la protena, los perfiles de masa molecular o secuencias de aminocidos obtenidos se comparan con las bases de datos de protenas existentes utilizando potentes programas bioinformticos. Estas aproximaciones experimentales permiten la identificacin de miles de protenas implicadas en la biologa de la clula - Metabolmica: Con este trmino denominamos al conjunto total de metabolitos de una clula, consecuencia de la funcin de ARNm y protenas. Permite identificar metabolitos en la clula y determinar perfiles de abundancia en relacin a los estudios del trasnscriptoma y el proteoma. Los investigadores que trabajan en este campo defienden que solo de esta forma se podra definir en trminos moleculares un fenotipo concreto. La Toxicogenmica permite aplicar el conocimiento sobre la expresin de los genes y sus productos (las protenas), para estudiar los efectos de los agentes qumicos en los sistemas biolgicos, lo que puede aplicarse sobre todo a la evaluacin del riesgo. La Toxicogenmica utiliza tecnologas de genmica y de protemica para estudios de toxicidad. Por medio de la genmica se analizarn los patrones de expresin global de genes para detectar cambios en esta expresin que influyen, predicen o ayudan a definir toxicidad. La tecnologa toxicogenmica nos da la posibilidad de analizar miles de genes simultneamente de un organismo expuesto a agentes txicos o con un padecimiento definido, para la bsqueda de: a) Genes de susceptibilidad al dao.

b) Deteccin de patrones y mecanismos de toxicidad. c) Determinar molculas endgenas susceptibles al ataque de agentes txicos. d) Perfiles especficos de expresin de genes que resulten en la generacin de biomarcadores de exposicin y de riesgo. e) Biomarcadores de efecto temprano, que identifiquen el desarrollo precoz de una enfermedad antes de que sean evidentes cambios clnicos tpicos, identificando adems, factores de susceptibilidad que influyen en la respuesta individual frente a las distintas exposiciones txicas, as como las diferencias tnicas de susceptibilidad Como estamos comprobando, uno de los beneficios fundamentales que nos ha aportado el descubrimiento de la secuencia genmica, es sin duda la posibilidad de analizar la individualidad gentica, es decir, las variaciones que existen dentro de cada individuo cuyo genoma responde al del patrn de la especie pero con caractersticas propias de cada individuo. Los seres humanos nacen de un cigoto con una dotacin gentica que incorpora 23 cromosomas de cada progenitor. El resultado es una combinacin nica, que a lo largo de la existencia de cada individuo puede sufrir algunas modificaciones que si se incorporan a las clulas germinales, se transmitirn a la descendencia.
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Fundamentalmente estas modificaciones las podamos clasificar en: - Mutaciones: en todas las clulas pueden tener lugar mutaciones puntuales espontneas, generadas en un proceso replicativo normal o inducidas por la accin de distintos agentes, por ejemplo mutgenos. Una mutacin puntual por cambio de una base puede tener efectos perjudiciales (alteracin en la protena correspondiente), beneficiosos (mejora de las caractersticas) o indiferentes. La individualidad gentica humana se traduce en millones de posiciones en que de manera normal la base que se encuentra en esa posicin puede cambiar. Estos cambios determinan polimorfismos abundantes en el genoma a los que se ha denominado polimorfismo de una sola base o single nucleotide polymorphism en ingles SNPs. - Duplicaciones, trasposiciones, inserciones y deleciones: los cambios en la dotacin gentica de las clulas pueden afectar a zonas ms extensas que una sola base, lo que con frecuencia produce cambios significativos en el proceso replicativo as como consecuencias fenotpicas importantes cuando estas aparecen en extensiones variables en genes estructurales. - Recombinacin: la formacin de nuevas combinaciones y disposiciones de los genes dentro del cromosoma como resultado de la mezcla independiente de genes no ligados o del sobrecruzamiento de genes ligados, es uno de los fenmenos ms importantes como generador de la variabilidad individual. Los esfuerzos para profundizar en la relacin genes, ambiente, enfermedad, e intoxicaciones, representan un camino que debemos abordar para beneficiarnos de nuestro conocimiento sobre el genoma humano y en este contexto el estudio de los polimorfismos genticos cobra una gran importancia. Enfermedades como la diabetes, enfermedades coronarias, cncer, trastornos autoinmunes y otras muchas son el resultado de la interaccin de polimorfismos diversos, en un fondo gentico que puede facilitar desencadenar la patologa a travs de un ambiente que lo propicia. La determinacin de la correlacin genes-enfermedad supone un notable esfuerzo, pues los polimorfismos de inters son muchos e incluso diversas combinaciones de polimorfismo diferentes pueden determinar un fenotipo patolgico similar. Los programas de estudio de grandes cohortes, en las que se correlaciona el perfil gentico con la patologa esta conduciendo a la identificacin de polimorfismos que pueden servir como biomarcadores de
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la enfermedad o de la propensin a padecerla. El perfil gentico individual tambin influye en la respuesta a los frmacos. Se ha observado la asociacin de determinados polimorfismos genticos, a veces presentes en mayor proporcin en algunos grupos tnicos, con respuesta a frmacos que se ven relativamente alterados con respecto al patrn considerado normal. El conocimiento de la individualidad gentica permite predecir por ejemplo la respuesta a los frmacos, tanto desde el punto de vista del efecto teraputico como de las reacciones adversas, lo que permitir excluir a determinados sectores de la poblacin del tratamiento con principios activos concretos para prevenir posibles problemas como intoxicaciones y reacciones no deseadas. Esta informacin cambiar dramticamente el conocimiento sobre el riesgo de las enfermedades humanas y proporcionar nuevas oportunidades para proteger la salud humana de contaminantes de alta toxicidad y a prevenir las enfermedades. El potencial que arroja esta herramienta de anlisis trae consigo sin embargo, diversas cuestiones ticas, legales y sociales que requieren un sabio y justo abordaje. El uso efectivo del conocimiento de la informacin generada por esta tecnologa genmica resultar en un enorme beneficio para la biomedicina y la salud humana.

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