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Os tomos que pertencem a elementos qumicos diferentes, apresentam massas diferentes, assim como propriedades qumicas diferentes. Os compostos so associaes de tomos de elementos qumicos diferentes. As reaces qumicas podem ser explicadas com base no rearranjo dos tomos, de acordo com a lei de Lavoisier.
Em 1897, Thomson descobriu partculas negativas muito mais pequenas que os tomos, os eletres, provando assim que os tomos no eram indivisveis. Formulou a teoria de que os tomos seriam uma esfera com carga elctrica positiva onde estariam dispersos os eletres suficientes para que a carga total do tomo fosse nula.