ORDEN A PARTIR DEL DESORDEN SISTEMAS AUTNOMOS

M. C. J. Eduardo Castellanos guila

ORDEN A PARTIR DEL DESORDEN SISTEMAS AUTNOMOS

Los sistemas autnomos son sistemas dinmicos (su estructura depende de la velocidad relativa entre los componentes del sistema), termodinmicamente abiertos y alejados del equilibrio: esto quiere decir que necesitan un flujo constante de materia y energa para mantener su estructura. Se dice que estos sistemas se autoorganizan porque el orden que presentan se origina en la interaccin recurrente entre sus componentes y en el flujo termodinmico que los atraviesa y no est impuesta desde fuera.

Ejemplos de estos sistemas son las clulas de Benard (pequeas vesculas hexagonales que se forman espontneamente cuando un lquido es calentado de forma desigual en sus superficies superior e inferior),

Los remolinos de viento y los tornados o los lseres (en los el movimiento de una masa crtica de electrones se sincroniza generando un rayo de fotones intenso).

Un sistema autopoitico es una red de procesos de produccin (sntesis y destruccin) de componentes, de tal manera que estos componentes: 1. Continuamente regeneran y realizan la red que los produce, y 2. Constituyen el sistema como una unidad distinguible en el dominio en que existen. Ejemplos de sistemas cercanos a los autopoiticos son las redes autocatalticas en las que una red de procesos qumicos produce los catalizadores para sus propios procesos.

ORDEN A PARTIR DEL DESORDEN

El organismo recibe orden desde su ambiente. Se ordena a expensas de una prdida de orden en el ambiente. Igual al concepto de entropa en Termodinmica Estadstica!!!! No toda la ordenacin de un organismo vivo exige que su ambiente se desordene. Existe un orden transmitido genticamente.

ORDEN A PARTIR DEL DESORDEN

Los conceptos de gen y mutacin ya eran corrientes en 1944. Sin embargo, nada se saba sobre la estructura o la naturaleza de las molculas involucradas. Para encontrar los ejemplos explicativos que la idea se utiliza el formalismo fsico-matemtico.

Durante la primera mitad de este siglo, la Bioqumica esclareci en buena parte el plan general de estos eventos moleculares. Una adecuada destrucciones moleculares permite transferir la energa desde los nutrientes (ej. azcares), hacia otras molculas que guardan esta energa en sus enlaces qumicos (ej. adenosn-trifosfato, ATP). La energa almacenada en molculas como el ATP es utilizada en:

En la hidrlisis del ATP se est hidrolizando uno de esos enlaces anhdrido de cido. Esto libera gran energa, concretamente 7,7 kcal/mol.

FLUJO DE ENERGA Y DE CARBONO EN LA

NATURALEZA

Las transformaciones energticas en las clulas vivas implican el movimiento de electrones de un nivel energtico a otro y, frecuentemente, de un tomo o molcula a otro. Las reacciones de oxidacin-reduccin implican movimiento de electrones de un tomo a otro. Un tomo o molcula que pierde electrones se oxida; el que los gana se reduce.

METABOLISMO
Es la suma de todas las reacciones qumicas que ocurren en un organismo. Proceso global a travs del cual los sistemas vivos adquieren y utilizan energa para realizar sus diferentes funciones (crecer, mantenerse, reproducirse, etc.).

CATABOLISMO (DEGRADACIN)
Molculas grandes son degradadas a otras molculas ms pequeas. Liberacin de energa. Ej. Degradacin de H de C a partir de Lpidos, etc.

ANABOLISMO (SNTESIS)
Formacin de macromolculas a partir de molculas ms simples. Gasto de energa. Ej. sntesis de protenas, cidos nuclicos, lpidos, a partir de molculas sencillas.

Molculas complejas ADP + Pi

Degradacin (catabolismo)

Energa

Biosntesis (Anabolismo)

ATP Molculas simples

NATURALEZA QUMICA DE LOS NUTRIENTES

Fuente de carbono Auttrofos (molculas inorgnicas). Hetertrofos (molculas orgnicas preformadas). Fuente de energa Fottrofos (Energa solar). Quimitrofos (Energa qumica).

FOTOAUTTROFOS

Fuente Energa: luz Fuente Carbono: CO2 Ej. plantas superiores, algas verdeazules, bacterias.

QUIMIOAUTTROFOS

Fuente Energa: oxidacin sustancias inorgnicas Fuente Carbono: CO2 Ej. bactrias N, Fe y S

de

FOTOHETERTROFOS
Fuente Energa: luz Fuente Carbono: compuestos orgnicos Ej. algunas bacterias

QUIMIOHETERTROFOS
Fuente Energa: oxidacin de sustancias orgnicas Fuente Carbono: compuestos orgnicos Ej. animales, hongos

IMPORTANCIA DE LA QUMICA, FSICA Y MATEMTICAS EN LOS FUNDAMENTOS

BIOLGICOS

Fundamentos tericos de procesos biolgicos Explicacin de diversos fenmeno Entendimiento de los comportamientos Actividad Celular??? Existe una conectividad entre ellas?

SISTEMAS EN EQUILIBRIO: 1RA. APROXIMACIN

A LOS SISTEMAS BIOLGICOS

Qu es un sistema biolgico? Sistema con capacidad de multiplicarse o reproducirse Algunas definiciones bsicas: Materia: cualquier cosa que tiene masa y ocupa espacio tiene lmites bien definidos Energa: capacidad de hacer trabajo: cintica, potencial o energa almacenada, ej. energa de unin molecular o atmica, energa de la masa en reposo, etc.. Interaccin: cambios que la presencia de un objeto dado causa en otros que lo rodean

Energas de unin de electrones en tomos estructura electrnica y regla de llenado de orbitales atmicos estabilidad de los tomos con capas electrnicas llenas (gases inertes) Enlaces moleculares Inico: Ej.: Cl -Na+ Hay transferencia de carga tal que la unin es de tipo electrosttica. Na: 1s2 2s2 2p2 3s1 Covalente: cuando la polaridad o afinidad electrnica de los tomos en la molcula es similar los electrones de valencia se comparten. Ej.: Cl2 , H20 , CH4(metano), H2C = CH2 (eteno) ....

Puente hidrgeno: en la molcula del agua los electrones del H son atrados hacia el O la molcula es polar atrae molculas de agua vecinas enlace dbil pero fundamental para la vida Hasta 4 puentes H/molcula grupos polimoleculares Se forman y destruyen permanentemente en el agua lquida Hielo agua cristalizada Volumen del hielo > volumen del agua lquida Solubilidad de sustancia polares en solventes polares: al introducir molculas polares se desordena la estructura ordenada del agua lquida

Insolubilidad del aceite en agua: No se forman uniones con las molculas de agua Se obstaculizan los puentes hidrgenos que formaran las molculas de agua entre s repulsin de la molcula de aceite Se ordena el agua alrededor del aceite (se obstaculizan los choques disociativos entre molculas de agua caparazn de hielo situacin inestable Equilibrio: el agua se separa del aceite.

Puente hidrofbico: dos molculas de hidrocarburo grandes tienden a unirse la superficie expuesta al agua es menor (el ordenamiento del agua es menor) En realidad es necesario considerar el balance de energa libre! G = H - TS representa el trabajo efectivo que puede obtenerse de un dado proceso: tiene en cuenta la variacin de energa y el ordenamiento

Reacciones qumicas: cuando la energa libre de los productos es menor que la de los reactivos la reaccin es espontnea y se libera energa (reaccin exotrmica). A presin constante la variacin de entalpa (H) es el calor liberado por una reaccin:

La ruptura de las molculas de los alimentos da la energa necesaria para los procesos vitales
Por ejemplo: C6H12O6 + 6 O2 6 CO2 + 6 H20 H = -673 Kcal/mol

El proceso no es directo intervienen molculas intermedias ADP y P que se unen para fabricar ATP. La energa liberada es slo 250Kcal/mol Ruptura de ATP ADP + P + energa Permite: trabajo muscular, construccin de huesos, fabricacin de enzimas, etc..

Sistemas: cualquier parte del universo seleccionada para su estudio. En general conjunto de unidades que interaccionan y tienen alguna relacin entre s Sistema biolgico: sistema natural (no fabricado) que exhibe operaciones controladas por operaciones y procesos de informacin (Roederer) Definicin usual: sistema compuesto por cosas vivas con capacidad de multiplicacin o reproduccin Qu sistemas estudia la termodinmica?

Estructura de un sistema: disposicin espacial de los componentes de un sistema puede adoptar configuraciones o posiciones instantneas. Estructura: configuracin ms estable o duradera Proceso: cambio de materia, energa o informacin en un sistema. Secuencia temporal de las estructuras de un sistema. Mientras que proceso es cualquier cambio de estructura, funcin es cambio con cierta coherencia u orden para lograr algn fin La estructura est relacionada con la funcin (muere el organismo y muere la estructura). En gral. La estructura no se conserva al interrumpir la funcin. Los procesos definen al sistema. Ningn cambio es realmente reversible (nacimiento, crecimiento, envejecimiento o muerte) . Se deducen los procesos al observar las estructuras (y al revs tambin): patlogo que analiza una biopsia de un tejido.

Cuantitativamente .... I = Log2 P ; P: posibilidades o duda Ec. 1 Si los mensajes no son igualmente probables: I = - i pi Log2 pi ; pi: probabilidad del mensaje i Ec. 2 Informacin significado (procesado) = influencia que sufre el sistema que procesa la informacin Mensaje: cualquier cosa que pueda ser reconocida por su estructura Orden: llamamos orden a lo que armoniza con nuestros criterios de orden basados en nuestras asociaciones con cosas conocidas Orden y desorden se refieren a estados del sistema o a nuestra capacidad de reconocerlos?? Desorden no se posee la informacin necesaria para especificar en qu orden se encuentra

2do ppio. de la termodinmica (Boltzmann) un sistema tiende a adoptar el estado de mxima probabilidad o mxima entropa Ms posibilidades mxima probabilidad mxima entropa S12 = kB Ln P2 / P1 ; Pi: nro. de posibilidades del estado i Condiciones de equilibrio no hay cambio en las propiedades de un sistema En todos los procesos irreversibles o espontneos la entropa del sistema y su medio ambiente es tal que S > 0 ; esto establece una direccin de las transformaciones En todo proceso reversible la variacin total de entropa del sistema y sus alrededores es siempre cero

Equilibrio, probabilidad y origen de la vida La entropa est relacionada con la probabilidad S12 = kB Ln P2 / P1 S = kB ln P Los sistemas evolucionan hacia los estados ms probables o de entropas mayores Por otro lado: I = Log2 P = ln P / ln 2 S = kB 0.693 I La entropa es proporcional a la informacin que necesitamos para especificar en qu microestado se encuentra el sistema

Cmo se origina la vida? MAR INICIAL = sopa de sustancias orgnicas Qu hizo que esas molculas se ensamblaran para formar una clula? AZAR Y TIEMPO? fluctuacin respecto al equilibrio Suponiendo una bacteria (Escherichia coli calentada a 10000 C y luego enfriada a T ambiente) Cul es la probabilidad de que se junten todos los tomos para formar algo vivo? Gmin energa libre mnima necesaria para formar un organismo vivo y Go la energa libre de los tomos sueltos Pvivo = exp (-GB/kT) 10-11 -> H. Morowitz

En un libro se menciona un clculo de la probabilidad en base a la energa de las uniones qumicas En una bacteria, le parece que justamente ese ejemplo indicara una incremento de las energas de las molculas formadas? O ms bien habra que evaluar la energa libre de formacin de la bacteria?

LOS SISTEMAS BIOLGICOS ESTN EN EQUILIBRIO?

En un ppio. se supuso que los sistemas biolgicos podran tratarse como sistemas aislados o cerrados durante breves perodos experimentales NO! Segn los termodinmicos la entropa del universo siempre aumenta, tambien, los sistemas biolgicos evolucionan hacia sistemas ms complejos y muy ordenados INCOMPATIBLES El aislamiento de un sistema biolgico justamente lleva a ese sistema al equilibrio muerte!

Los sistemas biolgicos son desequilibrados por naturaleza: nos formamos, aprendemos y progresamos gracias a desequilibrios 2da. aproximacin a los sistemas biolgicos: estados estacionarios Sistemas biolgicos: No son aislados y no estn en equilibrio!!! Sistema abierto que intercambia materia y energa con el medio No se violan las leyes de la termodinmica (Schrdinger, 1946). Para hacer un balance de la organizacin y gasto energtico que implica un sistema biolgico hay que considerar al sistema biolgico ms su medio. La energa y organizacin del sistema biolgico es pagada con consumo de energa y desorganizacin del medio. No se violan las leyes de la termodinmica

1A. Y 2DA. LEY DE LA TERMODINMICA

PROCESOS IRREVERSIBLES

1ra. Ley: extensin del principio de conservacin de la energa a procesos no-mecnicos. De la mecnica sabemos: W = EMec = Epot + EKin La 1ra. ley introduce dos trminos adicionales: Q el calor intercambiado por el sistema con sus alrededores y U la variacin de la energa interna del sistema W +Q = Epot + Ekin + EU En el caso que no existan cambios macroscpicos apreciables resulta: W +Q = U =U(b) U(a)

2da. Ley: revela una nueva propiedad de los sistemas macroscpicos, la irreversibilidad y la ruptura de la simetra temporal. Matemticamente ENTROPA Para un sistema que experimenta un ciclo reversible, se encuentra que la cantidad

la integral se evala en un camino cerrado que representa los cambios del sistema. Se define entropa para un cambio reversible como (Clausius)

Para un cambio irreversible (Teorema de Clausius):

El cambio infinitesimal de entropa puede definirse en forma ms gral. como contribucin de 2 trminos

Diferentes enunciados para la 2da. Ley: - Es imposible construir una mquina que trabaje en un ciclo completo cuyo nico resultado se transformar todo el calor absorbido en trabajo -El calor no puede fluir por s mismo desde una fuente fra a una Caliente -La energa del universo es constante. La entropa se aproxima a un mximo

El teorema de Clausius establece que:

Vale la igualdad para un ciclo reversible, irreversibilidades pueden identificarse con

las

Para un sistema que vuelve a su estado inicial la entropa producida internamente debe eliminarse hacia el exterior en la forma de flujo de calor o materia Esta conclusin es especialmente relevante para sistemas biolgicos: el entorno sirve para proveer de energa libre en la forma de alimentos y depsito para la entropa producida internamente. Prcticamente todos los procesos naturales son irreversibles

El entorno experimenta un aumento de entropa (-dSe), lo que se manifiesta en una liberacin de calor del sistema al entorno y la entropa total del universo (sistema aislado=entorno + ser vivo) aumenta:

Los sistemas que exportan ms entropa que la que producen internamente usualmente poseen una bomba de entropa de algn tipo. Esta bomba se alimenta con energa libre de una fuente interna o externa al sistema. Los sistemas auto-organizados que poseen fuente interna se denominan activos, los otros pasivos. Sistemas pasivos auto-organizados: celdas de Benard, lser, etc. Sistemas activos auto-organizados: plantas, animales, humanos. La Tierra es un sistema pasivo, la bomba de entropa es el sol. Para un sistema a P y T ctes. podemos expresar la entropa exportada: = entonces > + Donde se ha considerado que > . El sistema debe importar suficiente energa libre para compensar los cambios de entalpa y produccin de entropa.

PERTURBACIN DEL EQUILIBRIO: FLUJOS Y FUERZAS

FLUJO

PROCESO FUERZAS DESPLAZAMIENTO DE ALGO (AGUA, GLUCOSA, PERSONAS, CALOR, ETC.)

Procesos estacionarios: caso particular de desequilibrio El sistema est sometido a un proceso pero sus variables permanecen constantes Se produce un flujo de algo cuando opera una fuerza y en general J - F : el flujo tiende a oponerse a la fuerza que lo genera. Ejemplos: Conduccin del calor: Jq = -K T Ley de Fick: (difusin de partculas): J = -D C Ley de Ohm: Je = - DESAPARECE EL GRADIENTE DESAPARECE LA FUERZA Cada desequilibrio origina una fuerza, cada fuerza origina un flujo y cada flujo tiende a equilibrar el sistema