Microarrays y La Expresin Gentica

Anglica Contreras Blanquicett, Rodrigo Martnez Torres, Oswaldo Vega Galarza. Resumen Los Microarrays son una tcnica empleada para comparar la expresin gentica de un tipo de clula o de dicha clula bajo cierta condicin, con otro tipo de clula o esa misma clula en otra condicin; es una herramienta til en el campo de la medicina para entender cmo funcionan y se comportan clulas de inters bajo ciertas condiciones o circunstancias, lo que le permite a los investigadores y mdicos ser ms precisos al momento de hacer un diagnstico y ms certeros con los medicamentos o drogas que usan en sus pacientes para recuperar su salud. Palabras clave: Microarrays, clulas, genes, expresin gentica, ADN, ARN. Abstract Microarrays are a technique used to compare gene expression in one cell type or under one condition with expression in a different cell type or under a different condition. Is a useful tool for the medical field because it helps to understand how cells change their function and their behavior under some conditions or circumstances, so, it allows the researchers and the doctors to be more precise when they have to diagnose and more accurate with the drugs they give to their patients to recover their health. Key Words: Microarrays, cells, gens, genetic expression, DNA, RNA. 1. Introduction Para entender la problemtica recurrimos al contexto de pacientes con cncer, todos sabemos que unos pacientes responden mejor a las quimioterapias que otros, y esto es porque los efectos de las drogas varan de acuerdo al organismo al que se le suministren. Por ejemplo: Un linfoma comn tiene un rango de vida aproximado de cinco aos para pacientes que reciben quimioterapias, de estos pacientes, 4 de cada 10 responden satisfactoriamente al tratamiento, es decir, solo al 40% de los pacientes le es efectivo el tratamiento, Por qu sucede esto?; pues bien, la gentica (genes expresados en el linfoma) tiene gran parte de la responsabilidad de esta situacin. El desarrollo de la tecnologa de Microarrays permite el a los investigadores examinar la expresin de cada gen en el genoma; por medio de esta tecnologa se estudiaron los genes que estaban en el linfoma y se descubri que existan en realidad dos tipos de linfomas y no slo uno como se pensaba. Se entendi que cada tipo de linfoma tena una configuracin de genes distinta y con esto los pacientes con esta anomala se clasificaran en dos tipos, con lo cual, las

drogas empleadas en cada tratamiento son ms efectivas. La importancia de entender la influencia de la gentica al momento de afrontar enfermedades especficas es importante, sin embargo es ms importante saber aplicar estos conocimientos de una manera efectiva en organismos vivos; en base a lo anterior la expresin gentica cumple un papel fundamental para abordar esta problemtica; debemos entender que todas las clulas del cuerpo humano poseen el mismo genoma, sin embargo, slo una fraccin de los genes en dicho genoma son expresados y estos varan de organismo en organismo de acuerdo a ciertas condiciones especficas que pueden ser de tipo gentico (Factores de trascripcin, sitios de activacin, etc.) al momento de expresarse los genes, o bien, a la capacidad que tienen las clulas de adaptarse al ambiente que las rodea, con lo que cambian su configuracin y comportamiento por tal fin. As, a pesar de que un tipo particular de clula posee el mismo genoma, las protenas que sintetiza o mantiene en funcionamiento depende de cada clula, ya que estas activan, desactivan y sintetizan protenas de acuerdo a las necesidades inmediatas que posean; entonces, entender que circunstancias modifican el comportamiento celular y como este repercute en la expresin gentica de las mismas, es de vital importancia para estudiar cmo podra reaccionar un organismo ante ciertos estmulos (medicamentos, sustancias, reacciones qumicas, etc) y la tcnica de

Microarrays nos permite, sin duda, entender como la expresin de ciertos genes aumenta o disminuye de acuerdo a ciertas circunstancias. Los Microarrays o Microarrays del ADN, son una tcnica que permite la medicin global de la expresin gentica, es decir, permite el anlisis de la expresin de una gran cantidad de genes al mismo tiempo (Incluso tiene la potencia de hacerlo con cada gen del genoma), situacin que no era posible con las tcnicas antiguas de medicin de dicha expresin gentica. 2. Desarrollo Un Microarray consiste en un nmero grande de muestras de ADN colocadas en una superficie slida (como una lmina de vidrio); sectores individuales conocidos de dicha lamina, contienen molculas especficas de ADN; entonces, en un Microarray que represente el genoma humano, en un punto de la superficie encontraremos un gen de un tipo, mientras que en otro punto, encontraremos otro tipo diferente de gen. Para entender cmo funcionan los Microarrays debemos comprender que estos no siempre miden directamente la expresin gentica, pues no es posible generar un nmero que represente el nivel de expresin de un gen en particular en una clula en especfico. Lo que permiten los Microarrays es comparar la expresin gentica de un tipo de clula o de dicha clula bajo cierta condicin, con otro tipo de clula o esa misma clula en otra condicin; entonces, los resultados de la experimentacin con Microarrays son un

radio de expresin gentica que representa una condicin con respecto a otra. Para esto primero tomamos el tipo de clulas que vamos a comparar, ya sean del mismo tipo o de tipos distintos (nerviosas, musculares, etc.) y luego bajo qu dos condiciones haremos el experimento; con esto claro, procedemos a extraer el ARN mensajero de las clulas en cada condicin y, por medio de un proceso cientfico, sintetizamos ADNc (complementario) a partir del ARNm que se produce bajo cada condicin, con la particularidad de que las muestras sintetizadas a partir de cada condicin se tien de verde y de rojo fluorescente(por lo general la muestra verde es la de control), luego las dos muestras (ADNc) obtenidas se mezclan (proceso llamado hibridacin) y se colocan en un Chip de Microarray, listo para ser analizado. La informacin de del Microarray se obtiene a partir de la fluorescencia presente en la muestra; as con tecnologa lser se induce la luminosidad del color rojo o verde y un detector guarda la cantidad de luz emitida por cada punto en la muestra; el color y la intensidad de la fluorescencia depende de la presencia del ADNc, sintetizado a partir del ARNm, bajo la primera condicin, la segunda, ambas condiciones o ninguna de ellas; La computadora asocia los datos de la fluorescencia roja y verde, y con esto muestra imgenes que expresan que si el gen es inducido por la condicin dos, entonces ese punto de la muestra se marca en verde; mientras que si ese gen es reprimido, el punto tomar una tonalidad

roja; los puntos donde el nivel de expresin gentica es similar bajo ambas condiciones se torna amarilla, mientras que los puntos en donde no haya expresin gentica bajo ninguna de las dos condiciones se torna en negro. Entonces, con la luminosidad de los colores y la intensidad de los mismos, podemos darle un valor cuantitativo al nivel de expresin de los genes; teniendo en cuenta que el valor clave es el radio generado por la expresin rojo/verde; as pues suponiendo que le asignamos el valor rojo a la condicin 2 y el valor verde a la condicin 1; un radio R/V de 2.0 significa que en la condicin 2 la expresin gentica de un gen x es el doble que bajo la condicin 1; si el valor es de 0.5 entonces asumimos que ese gen se expres el doble en la condicin 1 con respecto condicin 2. 3. Conclusin La inteligencia artificial es considerada como una rama de la computacin que tiene como principal objetivo la realizacin de mquinas y/o sistemas inteligentes que de alguna u otra forma representen la capacidad fsica y mental del hombre, es decir simulen la inteligencia humana, y uno de los campos donde ms ha gozado de aceptacin es en el de la salud, pues gracias a esta se han realizado investigaciones y se han dado soluciones a problemas que antes afectaban a la sociedad y para los cuales no se encontraba una respuesta veraz. Uno de estos grandes avances son los Microarrays, los cuales constituyen un paso significativo en el estudio de la expresin gentica humana, la cual es quizs uno de los temas de ms

diversidad y complejidad del hombre, la aplicacin de los microarrays en el estudio de la formacin y expresin gentica en las clulas nerviosas puede significar de gran valor para comprender y estudiar el comportamiento del hombre y la forma en que este procesa y ejecuta sus actividades mentales, y de esta manera acercarnos a sistemas computarizados cada vez ms acertados y enfocados a emular la complejidad del cerebro humano, con lo que habr mucho ms material e informacin apta, capaz de resolver situaciones o problemas en ms de un campo de estudio (Medicina, Biologia, etc.).

Sintetizando, vemos como los avances en informtica influyen cada da ms en el estudio de otros campos como lo son la medicina y la biologa, y como en el futuro slo avecina ms desarrollo informtico relacionado con estos campos. 4. Bibliografa Caroline St. Clair, Jonathan Visick. 9. Microarrays and Gene Expression En: Caroline St. Clair, Jonathan Visick. Exploring Bioinformatics: a project-based approach. United States: Jones And Bart lett Publishers 2010. p. 273 302.