DNA, Cromatina y Cromosomas

CONSIDERACIONES
La vida depende de la capacidad de las clulas para almacenar, reparar y traducir las instrucciones genticas para formar y mantener un organismo vivo.

Esta informacin heredable se transfiere de una clula a otra mediante la divisin celular, y de una generacin a la siguiente mediante la reproduccin.
Los GENES almacenan la instrucciones que determinan las caractersticas de los organismos.

Qu mecanismos encontr la clula para guardar las instrucciones, y para transmitirlas a la siguiente generacin?

Buscamos responder
Cul es el mecanismo de transmisin de la informacin gentica? Que significa que la informacin se copia y transmite de una clula a una clula hija millones de veces? Qu tipo de molcula podra ser capaz de una replicacin tan precisa y casi ilimitada y adems, dirigir el desarrollo de un organismo y la vida de una clula? Cmo se organizan fsicamente estas instrucciones de tal modo que tanta cantidad de informacin se almacene en un espacio tan pequeo como el de una clula?

Micrografa de un cromosoma metafsico sin protenas

Hay 23 pares de cromosomas (46) en las clulas humanas diploides Un cromosoma metafsico tiene en promedio ~1.3 X 108 bp DNA

Micrografa de un cromosoma metafsico sin protenas

Curiosidades sobre el DNA

- Su estructura puede ser comparada a la de una escalera en espiral. - Se encuentra en todos los seres vivientes.
-

- Los anlisis de DNA son tiles para decenas de diferentes usos, como diagnstico, pruebas de paternidad, criminalstica o incluso el estudio de fsiles y restos arqueolgicos.
- No todo el cdigo gentico presenta una utilidad aparente, hay zonas llamadas DNA basura. An no es clara su funcin.

Curiosidades sobre el DNA - Los gemelos idnticos comparten el 100% de sus genes (un hijo cuyo padre posea un gemelo idntico no podr identificar cual de los dos gemelos es su padre mediante un anlisis de ADN).
- Tenemos unos 100,000 millones de clulas, c/u con 23 pares de cromosomas, cuyo DNA mide poco ms de dos metros. - El DNA de todo nuestro cuerpo (unos 21 millones de Kms), podra hacer el camino de la tierra al sol, unas 600 millones de veces.

Curiosidades sobre el DNA

El DNA de una clula humana mide unos 2.04 m. <10 % de nuestro DNA corresponde a genes. El Genoma Humano = 3300 millones de letras. Leyendo 10 letras por segundo, tardara 11 aos en leerlo. Alteraciones en un solo gen son las causantes de entre 3000 y 4000 enfermedades hereditarias.

Curiosidades sobre el DNA

El genoma es la receta de la vida, no de la muerte ( tambin?).

El ADN mitocondrial slo se hereda de la madre. En 99.9% de los genes, cada humano es igual a los dems.

90% de nuestros genes es idntico al de un ratn.

El DNA como memoria de computador

Un bioingeniero y un genetista de Harvard (George Church and Sri Kosuri), lograron almacenar 5.5 petabits (unos 700 terabytes) en un gramo de DNA (Ago, 2012)
http://www.extremetech.com/extreme/134672-harvard-cracks-dna-storage-crams-700-terabytes-of-data-into-a-single-gram

Estructuras de DNA A, B y Z

Medidas del DNA

Otras preguntas
Qu cantidad de DNA hay en el ncleo humano? Cul es su longitud? Cmo puede la clula asegurar que cada clula hija reciba todo el material gentico de la clula madre?

Cmo empaqueta la clula el material gentico? Qu implicaciones tiene ese empaquetado en el procesado de los genes?

TAMAOS DE LOS GENOMAS

GRUPO ORGANISMO TAMAO

VIRUS

Fago T4 Bacteria Hongos

165.000 1000.000 10000.000

PROCARIONTES

EUCARIONTES

EUCARIONTES

Mamferos

100000.000

TAMAOS DE LOS GENOMAS POR ORGANISMO

CONTENIDO DE DNA POR GENOMA HAPLOIDE

ORGANISMO Escherichia coli

P.M. (Daltons)
2.8 x 109 1.9 x 1012 1.45 x 1012 1.4 x 1013 5 x 1011 1.2 x 1011

PARES BASES
4.1 x 106 2.75 x 109 2.2 x 109 2.25 x 1010 8 x 108 1.75 x 108

LONGITUD 1.4 mm

Humanos Ratn Rana Erizo de mar Drosophila melanogaster

100 cm 75 cm 7.65 m 27.2 cm 5.95 cm

Lilium longiflorum
Zea mays

2 x 1014
4.4 x 1012

3 x 1011
6.6 x 109

100 m
2.24 m

Saccharomyces cerevisiae

1.2 x 1010

1.75 x 107

5.95 mm

Respondiendo
Qu cantidad de DNA hay en el ncleo humano? Unos 3000.000.000 de pares de bases. Cul es su longitud? Todo el DNA de una clula humana, medira unos 2m. Cmo puede la clula asegurar que cada clula hija reciba todo el material gentico de la clula madre? Cmo empaqueta la clula el material gentico? Qu implicaciones tiene ese empaquetado en el procesado de los genes?

DNA EN EL NCLEO

El DNA en el ncleo, se encuentra empaquetado

Visualizacin de divisin celular descontrolada en cncer

Cromosoma

Es una molcula de DNA muy condensada : DNA + Histonas Es el mximo nivel de empaquetamiento del DNA.

Cmo se empaqueta el DNA en el ncleo?

Usando un mecanismo para enrrollar el DNA alrededor de un conjunto de protenas, formando un nucleosoma.
Los nucleosomas, a su vez se empaquetan y empaquetan y emp hasta formar un cromosoma.

Niveles de empaquetamiento del DNA

DNA libre Aislado

Nucleosoma Cromatina Genes en transcripcin

Fibra 30nm Genes menos activos

Cromosoma activo Durante la interfase

Cromosoma Metafsico Durante la divisin.

Cul es la Cromatina?

Cromatina

Gly

Ala

AMINOCIDOS 20
Ser Thr

Asn

Gln

Amdicos
Glu Asp

Val

Leu

Ile
Activo

Alifticas Hidroxlicas Alifticos

Pro
Cys Met

cidos

Amino Secundario
His

Lys

Con Azufre
Phe Arg

Tyr

Trp

Bsicos

Aromticos (UV)

Aminocidos que interactan con el DNA en las histonas

H3N
+

COO-C H

CH2CH2 Lisina CH2 Lys CH2 K COO-+ NH2 H3N C H

Arginina Arg R

H3N

COO-C H
CH2 CH2 CH2 NH C=NH2 NH2

Histidina His H

CH2

C-- NH CH C--NH H

His pK cercano al pH intracelular. Amortiguador celular.

Lys une coenzimas a la estructura Arg intermediario ciclo de la urea

Conjunto de protenas histonas

Nucleosoma

NUCLEOSOMA
200 pb

Conjunto de protenas histonas

Histonas
dsDNA le da casi dos vueltas al nucleosoma

dsDNA

February 18, 2000

MBB 222/Lecture 19

41

Estructura del nucleosoma

Muy regular Altamente conservado Se puede cristaliar para estudios de difraccin de Rayos X

Organizacin de las Histonas en el Nucleosoma

Estructura de la cromatina

Micrografa electrnica de la cromatina Cuentas de Collar

Condensacin del DNA

Dplex de DNA 2nm dimetro. Un nucleosoma tiene unos 11nm de dimetro.
Los nucleosomas forman fibras solenoides con 6 nucleosomas por espiral, de 30nm

La fibra de 30nm se enrrolla para dar una fibra de 300nm.

Las fibras de 300nm se enrrollan para formar fibras de 700nm que forman las cromtidas en meiosis/mitosis.

Niveles de condensacin del DNA

DNA Fibra de 11nm
Fibra de 30nm Fibra de 300nm Fibra de 700nm

CUENTAS DE COLLAR

11 nm

4 nm

30 nm

Dos estructuras propuestas para la fibra de cromatina de 30nm

Forma de empaquetarse en microfibrillas

4 proposed structures of the 30nm chromatin filament for DNA repeat length per nucleosomes ranging from 177 to 207 bp..png

El DNA

Estructura del cromosoma

Un cromosoma tiene dos brazos separados por un centrmero.
Los extremos de los brazos se llaman telmeros. Los brazos se encuentran divididos en dos, cada una de las partes se conoce como cromtida.
Telmero

Brazo corto
Centrmero

Brazo largo

Cromtidas

Tipos de cromosoma
Segn la posicin del centrmero se distinguen distintos tipos de cromosomas:
METACNTRICO
SUBMETACNTRICO ACROCNTRICO TELOCNTRICO

El centrmero esta en la mitad del cromosoma y los dos brazos tienen la misma longitud.

La longitud de un brazo es mayor que la del otro. En la divisin toman aspecto de L al ser arrastrados.

El centrmero esta muy cerca del extremo por lo que la longitud de un brazo es mucho menor que la del otro.

El centrmero se sita en el extremo del cromosoma, presentando ste un solo brazo.

 EUCROMATINA HETEROCROMATINA Grandes cantidades en cromosomas 1,9,15,16 y Y : secuencias altamente repetidas, no se transcriben, condensadas en la interfase se replican en fase S tarda

FORMAS DE LOS CROMOSOMAS

cromatidas hermanas

EMPAQUETAMIENTO DEL DNA EN EUCARIOTES

El grado de condensacin del DNA se expresa como su razn matemtica de empaquetamiento. RAZON DE EMPAQUETAMIENTO = la longitud de la molcula de DNA dividida por la longitud de la estructura de empaquetamiento. Ej.:

Ejemplo:
El cromosoma humano ms pequeo contiene 4.6 x 107 bp de DNA (aprox. 10 veces el tamao del genome de E. coli). Esto equivale a 14,000 m de DNA extendido. En su estado de mxima condensacin durante la mitosis, el cromosoma tiene aprox. 2 m de longitud. La razn de empaquetamiento es 7000 (14,000/2).

BANDAS CROMOSOMICAS:
G= tincin positiva con GIEMSA.Con cromatina ms condensada. Ricas en AT. Pocos genes.Replicacin tarda, en S R= tincin negativa con GIEMSA(bandas plidas). Ricas en GC. Densidad alta de Genes. Replicacin temprana en S.

Procedimiento: cultivo de glbulos blancos colchicina desnaturalizacin digesti Enzimtica tincin observacin

Los cromosomas presentan bandas

Bandeo G (Giemsa)
El colorante de Giemsa le da a los cromosomas una apariencia bandeada, porque tie regiones de DNA ricas en A y T.

Mazen Zaharna Molecular Biology 1/2009

NHGRI_human_male_karyotype.png

NHGRI_human_male_karyotype.png

Total Genes in Region: 2146

-- 4p16.3 -- 4p16.3

MYL5
SLC26A1

Myosin, light polypeptide 5, regulatory

Solute carrier famly 26 (sulfate transp) msh homeo box homolog 1 (Drosphila) RAB28, member RAS oncogene family superoxide dismutase 3, extracellular

-- 4p16.3-p16.1 MSX1 -- 4p16.1 -- 4p16.3-q21 -- 4p13-p12 -- 4p12 -- 4q12 -- 4q13.3 RAB28 SOD3

FLJ20273 RNA-binding protein TEC PPAT SAS10 KIAA15 MASA ABCG2 DAPP1 DKK2 LIAA12 CCRN4L LOC908 KIAA14
tec protein tyrosine kinase Phosphoribosyl pyrophosph amidotrnsf disrupter of silencing 10 KIAA1500 protein E-1 enzyme ATP-binding cassette, sub-family G Adaptor of P-tyrosine and 3-P-inositide dickkopf homolog 2 (Xenopus laevis) KIAA1223 protein CCR4 carbon catabolite repression 4like hypothetical protein BC004337 KIAA1450 protein

-- 4q21.1
-- 4q21.22 -- 4q22 -- 4q25-q27 -- 4q25 -- 4q26 -- 4q26 -- 4q31.22 -- 4q31.3 -- 4q32.3

FLJ14431 hypothetical protein FLJ14431`

FLJ12716

-- hypoth prot FLJ12716

CROMTIDAS DURANTE LA SEGREGACIN

CLASIFICACIN SEGN LA POSICIN DEL CENTROMERO

CENTROMERO
Sitio de unin de las fibras del huso = cinetocoro (DNA +protena). Localizacin diferente segn el cromosoma CEN DNA = secuencia centromrica(120 pb) con subdominios, CDE-I, CDE-II y CDE-III. Sin efecto las mutaciones en los dos primeros pero en el CDE-III elimina la segregacin mittica = implicado en la unin de fibras del huso al centrmero.

Proteinas Cbf-III: se unen al subdominio CDE-III sus mutaciones eliminan segregacin.

Principales proteinas del CENTROMERO humano

CENP-A: en la placa externa del cinetocoro, esencial para la vida y para dirigir CENP-C al cinetocoro CENP-B: heterocromatina centromrica CENP-C: en la placa interna del cinetocoro, esencial para la funcin centrmero/cinetocoro CENP-G: en la placa interna del cinetocoro, se une al satlite

CENP-E(en corona fibrosa del cinetocoro) y CENP-F(en placa externa) y proteinas INCENP(heterocromatina cntrica), se vinculan de modo temporal.

TELOMERO: estructuras especializadas en los extremos de los cromosomas que contienen DNA y protenas
HJ. Muller 1930-1940

contiene 5-TTAGGG-3, que se repite aprox. 2000 veces en tandem :

5 '...TTAGGG TTAGGG TTAGGG TTAGGG TTAGGG TTAGGG..... 3 ' 3 '... ..AATCCC AATCCC AATCCC AATCCC A..... 5

La cadena rica en guanosina corre en direccin 5' a 3', extendindose 12 a 15 nucletidos ms all de la cadena rica en citosina, formando un apndice en una de las cadenas en cada extremo del cromosoma y entonces TELOMERASA (ENZIMA DE LA INMORTALIDAD ???) realiza su trabajo as

TELOMEROS
FUNCIONES: 1. Colocacin del cromosoma: ayudan a la configuracin tridimensional del ncleo y posicionamiento y apareamiento de los cromosomas. 2. 3. Conservacin de la integridad estructural: estabilidad, proteccin a nucleasas Evitan fusion con otros cromosomas

4.
5.

Facilitan interaccin con la envoltura nuclear

Asegurar la replicacin completa del DNA ya que por el modo de sntesis, algo de DNA se pierde durante la replicacin = inestabilidad cromosomica y muerte celular. (telomerasa)

1. El RNA de la Telomerasa se aparea con el extremo 3 del DNA cromosomal rico en G y 2. sirve como molde extender el extremo 3 del telmero 3. El RNA se desliza y 4. sirve como molde para la incorporacin de nucletidos adicionales 5. El DNA 3adicional acta como molde para un fragmento de Okazaki nuevo y por actividad de -DNA pol que adems posee actividad de primasa y el gap de la cadena 3 5 se llena 6. El telmero se extiende pero queda con un extremo en 3desapareado.

TELOMERASA (Elizabeth Blackburn, 1984) Cataliza the restauracion del DNA telomrico Es una ribonucleoprotena, que provee un molde de AAUCCC que gua la insercin de la secuencia TTAGGG. es transcriptasa reversa. Las clulas con telomerasa activa pueden compensar el acortamiento de los telmeros durante la duplicacin del ADN.

La mayora de las clulas somticas carecen de telomerasa. La enzima activa se encuentra solamente en: 1. Las clulas de la lnea germinal, incluyendo clulas troncales embrionarias 2. Eucariotas unicelulares 3. Clulas cancerosas

Cncer y envejecimiento Mara Blasco, Madrid (2006)

Mariana De Lorenzo . Biloga. Ph.D. Univ de Buenos Aires (2001). Medical College of Cornell Univ. NY.
Agueda Tejera. Biloga (UBA). Ph.D. Univ. de Buenos Aires.Centro Nal. de Invest. Oncolgicas. Madrid, Espaa. Debora Bublik. Biloga (U Maimnides). Becaria Doctoral (SISSA). Lab. Nazionale del Consorzio Interuniv. per le Biotecnologie.Trieste, Italy.

Monica Pomies.Biotecnloga (UNQ) Biocientfica S.A, Buenos Aires, Arg. Leticia Peche. Biotecnloga (UNQ). Becaria Doctoral (SISSA). Lab. Nazionale Consorzio Interuniv. per le Biotecnologie, Trieste, Italy.
Raquel Blanco. Biloga Univ. de Madrid Becaria doctoral Centro Nal. de Invest. Oncolgicas. Madrid, Espaa.

Cromosomas humanos = 46(44 autosomas y 2 sexuales)

Clasificacin en 7 grupos segn tamao y posicin del centromero (Tincin con Giemsa o Wright no produce bandas).

Bandeo slido: rupturas de cromatidas y gaps. Satellites, constricciones secundarias y dicentrics, cromosomas en anillo, sitios frgiles, y morfometria cromosomal.

TECNICAS BASADAS EN FISH

A. Comparative Genomic Hybridization (CGH): ideal para diagnosticar desbalances cromosmicos. Requiere cultivo celular y clulas metafsicas. Utiliza estrategia de hibridizacin reversa en la cual el material gentico por ejemplo de tumor se marca como sonda y se hibridiza con preparaciones de cromosomas normales. Facilita la caracterizacin de rearreglos complejos de cromosomas de tumores

B. MicroFISH: FISH seguido por microdiseccin de la sonda de DNA (hibridizacin reversa in situ), la sonda procede de un cromosoma entero, de un brazo, de una banda especfica o de un marcador
c. PRlNS: primed in situ labeling permite la deteccin directa del cromosoma, con base en el apareamiento especfico de oligonucleticos especficos cebadores y la extensin del cebador por Taq polimerasa