MECANISMOS DE ACCIN ENZIMTICA

Un completo conocimiento del mecanismo de accin de una enzima purificada requiere:

1) La secuencia temporal en la cual ocurre la reaccin de unin de los intermediarios a la enzima 2) La estructura de cada intermediario y estado de transicin 3) La taza de interconversin entre intermediarios 4) La relacin estructural de la enzima con cada intermediario 5) La contribucin energtica de todos los grupos reactantes e Interactuantes con respecto al complejo intermediario y el o Los estados de trancisin
Existen muy pocas enzimas que actualmente alcancen estos estndares exactamente

Estrategias catalticas
Catlisis covalente: Sitio activo contiene un
nuclefilo potente que se modifica covalentemente de forma temporal Catlisis general cido-base: Una molcula diferente al agua desempea el papel de donador o aceptor de un protn Catlisis por in metlico: Los metales pueden ser catalizadores electroflicos al estabilizar una carga negativa o actuar como nuclefilo al aumentar la acidez de una molcula cercana como el agua Catlisis por aproximacin: Enzimas bisustrato

Caractersticas comunes de los centros catalticos de las enzimas

El sitio activo supone una porcin
relativamente pequea del volumen total de la enzima El centro activo es una entidad tridimensional Los sustratos se unen a las enzimas por numerosas fuerzas dbiles Los sitios activos son hoyos o hendiduras La especificidad de enlace depende de la disposicin exactamente definida de los tomos del sitio activo.

Mecanismos de reaccin ilustran algunos principios

Hexokinasa Triosa Fosfato Isomerasa Quimotripsina (Serina Proteasa)

Hexokinase
Es una enzima bisustrato que cataliza la
interconversin de glucosa y ATP con Glucosa 6-Fosfato y ADP. El hidroxilo en la posicin 6 de la molcula de glucosa (a la cual el g-fosfato del ATP es transferido) es similar en reactividad qumica al agua, y el agua entra libremente al sitio activo de la enzima. Aun as la Hexokinasa discrimina entre glucosa y agua con un factor de preferencia por Glucosa de 106.

El modelo de adaptacin inducida

El modelo de adaptacin inducida de accin enzimtica es una
modificacin de la hiptesis original de llave y cerradura propuesta originalmente por Emil Fischer in 1894. Dicho modelo propone que un par enzima-sustrato es como una llave y su respectivo candado. El modelo explica la especificidad de las enzimas por el sustrato, pero no aclara la catlisis, porque un candado no modifica la llave como una enzima lo hace con su sustrato. En 1958, Daniel Koshland propuso el modelo de adaptacin inducida para explicar la catlisis enzimtica. El modelo propone que la distorcin de la enzima y su sustrato es un evento importante en la catlisis. Estudios de la Hexokinasa por difraccin de Rayos X con y sin Glucosa unida, permitieron definir el modelo de adaptacin inducida.

Triosa Fosfato Isomerasa

La Triosa fosfato isomerasa cataliza la
siguiente reaccin: Gliceraldehdo-3 Fosfato (G3P) <=> cis-enediol intermediate <=> Dihidroxiacetona Fosfato (DHAP) Tal y como la reaccin est escrita, se considera al G3P como el sustrato y la DHAP como el producto. El intermediario enediol es inestable y normalmente tiene mucha mas energa libre positiva que el G3P y la DHAP

Triosa Fosfato Isomerasa

La enzima activa es un dmero de dos subunidades

idnticas. Cada una tiene la configuracin mostrada en la figura. El sitio activo puede acomodar tanto G3P como DHAP En el sitio activo, un residuo de Glutamato (Glu 165) e Histidina (His 95) son esenciales para la funcin de la enzima. Los pasos en el proceso de unin y catlisis estn relacionados a estos residuos. Despus de la unin una especie de tapa enzimtica se cierra sobre el sustrato para proveer una pequea cavidad que proteja al intermediario enediol.

 En la ausencia de la tapa, el intermediario enediol es

perdido y la eficiencia cataltica decrece por un factor de 100,000. La conversin de Glu 165 a Asp retiene la carga negativa, pero reduce la eficiencia por un factor de 1000. La reaccin puede descomponerse en los siguientes pasos: E + G3P <=> E-G3P (Unin de G3P) E-G3P <=> E-ed (Conversin a enediol) E-ed <=> E-DHAP (Conversin a DHAP) E-DHAP <=> E + DHAP (Liberacin de DHAP) Al igual que otras enzimas, la triosa fosfato isomerasa baja la barrera energtica Es considerada una enzima extremadamente eficiente con cintica perfecta

A
Glu 165
H
H

Glu 165
H

Glu 165
H

OH O O P
H

OH O OH P

O OH
H

His 95

His 95

O
P

His 95

DHAP

Enediol

GAP

B
O
H

O
O

H 3C
O

H 3C

O
P

2-fosfoglicolato (PGA)

Metil glioxal fosfato

Metil glioxal

Serina Proteasa
Catalizan la hidrlisis de los enlaces peptdicos. En cada caso, las enzimas tienen un residuo de
serina que juega un rol crtico en la catlisis. La enzima corta preferencialmente en sitios diferentes. Los sitios activos de todas las serina proteasas tienen un grupo de factores comunes. VGr un residuo de Asp, His y Ser. Tambien se presenta una pequea bolsa (bolsillo) alrededor del sitio activo.

 La forma y la carga del bolsillo sin

embargo, vara entre diferentes serina proteasas. De tal manera que la naturaleza del bolsillo es el que le da la especificidad a las serina proteasas. En la quimotripsina, el bolsillo es amplio y remarcado con residuos hidrofbicos para acomodar una cadena lateral hidrofbica como la fenilalanina

El mecanismo cataltico de la quimotripsina, una serina proteasa, se explica a continuacin:

1. Unin del polipptido sustrato. 2. Transferencia de protn de la Ser a His. El sustrato forma

un estado de transicin tetrahdrico con la enzima. 3. Transferencia del protn al fragmento C-terminal, el cual es liberado por el rompimiento del enlace C-N. El pptido N-terminal es unido a travs de una unin acil a la serina. 4. Una molcula de agua se une a la enzima en lugar del polipptido separado. 5. La molcula de agua transfiere su protn a la His 57. Una vez mas, se forma un estado de transicin tetradrica. 6. Se libera el segundo fragmento peptdico. El enlace acil es roto, el protn es transferido de regreso de la la His a la Ser, y la enzima retorna a su estado inicial.

Serina Proteasa
Una clave para el mecanismo de la catlisis de las
serina proteasa radica en la estabilidad de los estados tetradricos intermediarios, los cuales representan al estado de transicin esencial. Estos son estabilizados a travs de enlaces de hidrgeno de la cadena de protones amino de los residuos de Ser 195 y Gli 193 a uno de los oxgenos del complejo tetradrico (El oxgeno del carbonilo del sustrato). La unin del hidrgeno puede ocurrir solo con la formacin del estado tetradrico estabilizando as los intermediarios.

 Ambas enzimas, la triosa fosfato isomerasa

y las serina proteasas tienen un residuo de histidina y un residuo acdico en su sitio activo La histidina es muy comn en los sitios activos, porque es capaz de aceptar o donar protones fcilmente a pH fisiolgico.