Thomas ZABULON lyce Descartes, Tours

ENS 2005 PC (1)

ENS, filire PC Premire partie : protines et enzymes

Problme bien dans la tradition de ce concours : en plus dtre lgitimement long et compliqu, il est peu intressant, rptitif, trs mal rdig (questions obscures comme 1-1-3, 1-4-5 ou imprcises comme 1-4-4-1, 1-5-1-2, 2-1-2), certaines notations sont maladroites. Cette funeste partie valuant surtout leurs capacits de calcul et de dcodage dnonc confus, les candidats chimistes auront eu intrt se consacrer au second problme, moins inepte. Attention, essayer de traiter ce sujet rend mchant !

1. Transport du dioxygne
1-1. Pressions partielles en dioxygne 1-1-1. Avec un taux de dioxygne dans lair de 20 %, on trouve P(O2) = 152 mm Hg. 1-1-2. Une partie du dioxygne est absorbe par le sang, le dioxyde de carbone est prsent en grandes quantits, do une pression partielle en dioxygne plus faible. 1-1-3. Cette question est particulirement mal rdige. Ce que je crois comprendre de ce charabia : daprs les courbes de la figure 1, P(O2) = 100 mm Hg, vaut 100 % pour les deux protines, alors qu 40 mm Hg, il vaut 74 % pour Hb et 94 % pour Mb. Hb peut donc librer 26 % de son dioxygne et Mb 6 %. 1-1-4. Dans les poumons : Hb + 4 O2 = Hb(O2)4. Dans les muscles, O2 se lie davantage Mb qu Hb do la raction dchange : Hb(O2)4 + 4 Mb = Hb + 4 MbO2. Et enfin libration du dioxygne : MbO2 = Mb + O2. 1-1-5-1. On trouve [Hb] = 2,3.103 mol.L1, do, comme chaque molcule Hb peut capter quatre molcules O2, la quantit de dioxygne dissous est 9,4.103 mol par litre de sang, ce qui correspond 240 mL de dioxygne par litre de sang dans les conditions indiques. 1-1-5-2. Ce sont donc bien surtout les globules rouges qui permettent de dissoudre le dioxygne, qui est nanmoins lgrement soluble dans leau, do une faible concentration dans le plasma.

1-2. Thermodynamique de la myoglobine 1-2-1-1. Mb + O2 = MbO2

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1-2-1-2.

Kc =

[MbO ]C [Mb][O ]
2 2

1-2-1-3. Je me demande bien ce quil faut justifier. Question peu prcise ce stade, il est certainement trs important que la pression standard soit exprime en mm Hg ! [MbO2 ]P KP = [Mb]PO2 1-2-2-1. Par dfinition,

[MbO ] , [Mb]+ [O ]
2 2

do

1 K PPO2 = . La courbe P P + K PPO2 +1 K PPO2

= f(PO2) est donc une hyperbole. 1-2-2-2. la demi-saturation, = 1/2, do P = KPPO2 soit KP = P / PO2 = 750. 1-2-3-1. On trouve

= KP

P PO2 O2 do Log = Log + LogK P . Il faut certainement P 1 P

lire Log

P
O2

au lieu de Log(PO2) dans lnonc.

1-2-3-2. Cest une droite dont lintersection avec laxe des abscisses se produit pour = 1/2, cest--dire pour la pression de demi-saturation.

1-3. Thermodynamique de lhmoglobine 1-3-1. Courbes de Hill de lhmoglobine (srie 1, fonce, sigmode ) et de la myoglobine (srie 2, plus claire, droite)
2,5 2 1,5 1 0,5 -2,5 -2 -1,5 -1 -0,5 0 -0,5 -1 -1,5 -2
log (p(O2)/p)

Srie1 Srie2

(Je note H = / (1).)

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1-3-2-1. Trois zones : pente voisine de 1 pour PO2 > 80 mm Hg et PO2 < 20 mm Hg, pente plus leve entre ces deux valeurs de pression. 1-3-2-2. Fortes pressions : lintersection de la tangente (de pente environ 1) avec laxe des abscisses se produit pour une pression voisine de 1 mm Hg. Faibles pressions : lintersection de la tangente (de pente environ 1) avec laxe des abscisses se produit pour une pression voisine de 250 mm Hg. 1-3-2-3. Aux fortes pressions, Hb se comporte donc comme Mb mais aux faibles pressions, la complexation par Hb est beaucoup moins efficace : en extrapolant ce comportement basse pression, on prvoirait quil faut une pression partielle de dioxygne pour atteindre la demi-saturation 250 fois suprieure celle de Mb. 1-3-2-4. moins que quelque chose mait chapp, cela a dj t dit : la valeur dintersection est la pression de demi-saturation, cest--dire celle o il y a autant de sites occups par O2 que de sites vacants. 1-3-3. Je ne vois pas quoi rpondre part rpter que, aux basses pressions, Hb est un moins bon complexant que Mb Surtout quaucun modle dcrivant son comportement na encore t tudi.

1-4. Modlisation des quilibres 1-4-1. Hb + O2 = Hb(O2)1 Hb(O2)2 + O2 = Hb(O2)3

Hb(O2)1 + O2 = Hb(O2)2 Hb(O2)3 + O2 = Hb(O2)4

1-4-2. KL = 1-4-3.

[R ] [T]

Pourquoi les diffrents quilibres ? Je nen vois quun R + O2 = R1 1-4-4-1. Je suppose quil faut aussi faire apparatre [O2]. Lnonc nen est pas a prs. R1 C KR = [R][O2 ] 1-4-4-2.

[ ]

De mme R =
2

[ ]

K2 R ][O2 ] R[

(C)

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1-4-4-3.

[R ]=
3

K3 R ][O2 ] R[

(C)
i

et R

[ ]=
4

K4 R ][O2 ] R[

(C)

1-4-4-4. De mme : T =

[ ]

K iR [R ][O2 ]

(C)

avec i variant de 1 4.

1-4-5. aux diffrents taux doccupation en dioxygne ? Je ne comprends pas R1 + 2 R 2 + 3 R 3 + 4 R 4 + T1 + 2 T2 + 3 T3 + 4 T 4 = 4 [R ]+ R1 + R 2 + R 3 + R 4 + [T]+ T1 + T2 + T3 + T 4

[ ] [ ] [ ] [ ][ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] [ ]) ( [][ ][ ][ ]

1-4-6. Tiens, voici que toutes les variables sont en italique. Puis nouveau en droit. Par souci dhomognit (qui ne semble pas tre la principale proccupation de cet nonc), je K R [O2 ] . pose : = C En remplaant par ce quil faut, on obtient :

c) + 3( c) + 4( c) K L + 2 2 + 3 3 + 4 4 + c + 2(
4 K L 1 + + 2 + 3 + 4 + 1 + c + ( c) + ( c) + ( c)

2 3 4

1-5. Analyse des interactions 1-5-1-1. Avec c = 1, lexpression se simplifie en : + 2 2 + 3 3 + 4 4 = 4 1+ + 2 + 3 + 4

1-5-1-2. Lhmoglobine sil nexistait que la seule forme R. 1-5-2. On retrouve le comportement prcdent si KL tend vers linfini : la forme T nest alors plus considrer et on peut vrifier que lexpression de 1-4-6 tend vers celle de 1-5-1. 1-5-3. Je me demande bien ce que peut bien vouloir dire un comportement hmoglobine le plus marqu . Je suppose quil fallait rpondre KL faible (pour ne pas avoir la forme favorable la complexation majoritaire) et c infrieur 1 par hypothse.

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1-5-4. Lorsque [O2] est faible, lest aussi, do :

(K L + c)
4(K L + 1)

donc , ce qui
P O2 = f Log P 1

correspond bien la pente 1 trouve en 1-3-2 pour la courbe Log

car Log
1

Log pour petit devant 1. Seule lhmoglobine sous forme R peut

se lier O2. Lorsque [O2] est lev, lest aussi, do : et T sont fortement lies O2. 1-5-5-1. Aprs calcul, on trouve :

( K 4 (
4

4 4 K L + c 4
4 L

) = 1. Les deux formes R +c )

c) + 3( c) + 4( c) K L + 2 2 + 3 3 + 4 4 + c + 2(
2 3 4

K L 4 + 3 + 2 2

) + )+ 4 + 3c + 2( c) + ( c)
3 2 3

1-5-5-2. Lorsque PO2 est faible, lest aussi, do :

Log
P O2 = Log + cons tan te 1 P

(K L + c)
4(K L + 1)

donc :

car et PO2 sont proportionnels et on retrouve

bien la pente 1 prvue. Lorsque [O2] est lev, lest aussi, do : Log
P O2 = Log + cons tan te 1 P

4 4 K L + c 4
3 3 L

( ( K

) donc, de mme : +c )

et on retrouve bien la pente 1 prvue.

1-5-5-3. faible pression, seule la forme R fixe le dioxygne, donc seule une petite partie de lhmoglobine est efficace. pression leve, les deux formes T et R sont complexes, comme pour la myoglobine. 1-5-6-1. Lintersection entre la courbe de Hill et laxe des abscisses (demi-saturation) se produit thoriquement en un point correspondant la pression P / KP. Mais la droite asymptote aux hautes pressions prvoit une pression de demi-saturation trop faible, car quand la pression diminue, la forme T devient peu efficace et tout se passe donc comme si KP diminuait.

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1-5-6-2. basse pression, seule la forme R permet la complexation, do une constante KP faible et une pression de demi-saturation extrapole plus leve qu haute pression o R et T permettent la complexation et o KP est donc leve. 1-5-6-3. K R [O2 ] , lordonne lorigine de la tangente la courbe de Hill haute C pression doit donner KR (en connaissant le lien entre [O2] et PO2). La pente de lautre tangente (basse pression) doit donner un lien entre KL et c. Toute rponse plus prcise ncessiterait des calculs qui me rebutent. Cette partie tait calculatoire. Mais ctait un modeste chauffement pour la suivante.

Comme =

2. Rgulation des enzymes

2-1. Modlisation des rgulations 2-1-1. [R] KL = [T]

2-1-2. Il faut certainement aussi faire intervenir [S]

[R ]
p m

K S R = C

[ ]

[ R]
p

2-1-3. Il faut certainement aussi faire intervenir [I]

[T ]
m

K I I = C

[]

[T]

2-1-4. Quel charabia !

4

S =
4

([ R ]+ 2[ R ]+ 3[ R ]+ 4[ R ])
p 1 p 2 p 3 p 4 p= 0 p 1 p 2 p 3 p 4 p

([ R]+ [ R ]+ [ R ]+ [ R ]+ [ R ]+ [T ])
4 p p= 0

2-1-5. Par souci dhomognit, je divise par C afin que , et soient sans dimension. En remplaant par ce quil faut, on trouve :

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S =
4

( [R ]+ 2 [R ]+ 3 [R ]+ 4 [R ])
4 p 1 p 2 p 3 p 4 p= 0 4 p p 1 p 2 p 3 p 4 p p= 0

( [R]+ [R ]+ [R ]+ [R ]+ [R ]+ [T])
4 p K L p= 0

ce qui conduit, aprs simplification, :

S =

( + 2
2

+ 3 3 + 4 4
3 4

)
4 p

4 p K L 4 p= 0

(1 + +

+ + +

p= 0

2-1-6. Gnralisation du plus haut intrt :

n n p K L p= 0 j=1 n

S =

j j

p= 0

p K L

j= 0

j +

p= 0

2-2. Analyse cintique 2-2-1.

E+S k1 k2 ES k3 E+P

2-2-2. Conservation de lenzyme et du substrat : [E] = [E] [ES] et [S] = [S] [ES] [P] Manifestement, lnonc ne se proccupe pas du produit de la raction (P) qui sera donc considr comme ngligeable. Poser proprement la cintique du mcanisme de MICHAELIS-MENTEN semble hors de porte des ENS. 2-2-3. On remarquera encore une fois la cohrence dans lutilisation des italiques. d [ES] = k1[E][S] (k 2 + k 3 )[ES]= 0, et en remplaant [E] par [E] [ES], on retrouve dt [E][S] . la relation classique : [ES]= K M + [S]

2-2-4-1. v = k 3 [ES] = k 3 2-2-4-2. vmax = k3 [E]

[E][S] K + [S]
M

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2-2-4-3.
v=

[S] v K + [S]
M

max

2-2-4-4. Hyperbole, v = 0 pour [S] = 0 et v tend vers vmax quand [S] devient trs grand. 2-2-5-1. 1 1 K 1 = + M v vmax v max [S] 2-2-5-2. En traant la courbe donnant 1 / v en fonction de 1 / [S], on obtient une droite dordonne lorigine 1 / vmax et dabscisse lorigine 1 / KM. 2-2-6-1. Question stupide. Tracer la courbe Et quelle courbe ? Je me refuse tracer ce graphe v = f([S]) qui ne prsente aucun intrt et qui ressemblera ce quon voudra (hyperbole, exponentielle, parabole couche). On peut se fliciter de la grande cohrence dans le nombre de chiffres significatifs des donnes du tableau. 2-2-6-2. On trace 1 / v en fonction de 1 / [S] et on obtient une droite. Lenzyme se comporte donc bien selon le modle propos. Courbes de Michaelis-Menten de lenzyme E (srie 1, fonce, droite) et de lenzyme E rgule (srie 2, plus claire, sigmode ) (question 2-3-4)
7,00E+05 6,00E+05 5,00E+05 4,00E+05 3,00E+05 2,00E+05 1,00E+05 0,00E+00 0,00E 2,00E 4,00E 6,00E 8,00E 1,00E 1,20E +00 +03 +03 +03 +03 +04 +04 Srie1 Srie2

1/S

2-2-6-3. On trouve : vmax = 5.106 mol.L1.min1 (intersection avec laxe des ordonnes) et KM = 1.104 mol.L1 (intersection avec laxe des abscisses).

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2-3-1. EI = E + I I [E][] KI = [EI]C On considre ici lhypothse dquilibre entre E, S et ES, traduit par la constante KS = KM (aux dimensions prs), ce qui correspond exactement lhypothse inverse de lapproximation des tats quasistationnaires utilise en 2-2. Ce problme nen est plus cette incohrence prs. 2-3-2. En utilisant la conservation de E ([E] = [E] + [ES] + [EI]) et les expressions de KS et KI en fonction des concentrations , on aboutit : [E][S] [ES]= I [] [S]+ KS C + K I 2-3-3-1. v = k3 [ES] nouveau, et, avec vmax = k3 [E], on trouve immdiatement : [S] v= v max I [] C + [S]+ KS KI
2-3-3-2. Quand [S] devient trs grand, il est vident que v tend vers vmax daprs lexpression prcdente. 2-3-4. La prcision sur les donnes ne semble toujours pas un sujet de proccupation dans ce sujet. Et cest reparti. Quelle courbe ? Si on trace 1 / v en fonction de 1 / [S], on obtient la courbe 2 (voir question 2-2-6-2). Lenzyme ne se comporte donc pas selon le modle propos, puisquon nobtient pas une droite

2-4. Analyse cintique de lenzyme rgule 2-4-1. [ES] v = v max [E]

2-4-2. Le taux de saturation reprsentant la quantit de sites occups sur la quantit de sites [ES] do v = . totale, on a srement = v max [E]

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2-4-3-1. Pas bien clair. Peut-tre dans le cas dune formation de ES par quilibre rapide et renversable. 2-4-3-2. KR est la constante de formation de ES et KM ressemble sa constante de dissociation (dans le cas de lquilibre rapide entre E, S et ES et pas de lapproximation des tats C 1 quasistationnaires, comme utilis en 2-2), K R = ou K R = si on na rien faire KM KM des dimensions des constantes, comme je souponne que ce soit le cas de cet nonc.

2-4-3-3.

K R [S] , KR = 104, S = v / vmax et vmax = 5.106 mol.L1.min1, on obtient le C tableau de valeurs :

Avec =

1,0 0,50

1,3 0,56

2,5 0,71

5,0 0,83

10 0,91

Ensuite, mes calculs numriques chouent lamentablement pour trouver KL. Cest trop pnible Il nest pas exclure que jaie commis des fautes dans les calculs prcdents ! 2-4-4.

v v max
2-4-5.

= S encore ?

Mme conclusion quen 2-4-3-3 2-4-6. Ici, la prsence de I dplace lquilibre entre les formes R et T vers T, dfavorable la complexation avec S donc lactivit enzymatique. Il me semble que cela ressemble au modle de 2-3 o le complexe EI joue un rle analogue aux complexes entre la forme T et I du modle de 2-1.

3. Bases molculaires du transport de dioxygne

3-1. Coordination du dioxygne 3-1-1. Une question remarquablement ambigu pour commencer cette partie en beaut. Et comment parler de degrs doxydation datomes dans des cas aussi tordus ? Je propose les trois structures suivantes :

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(0) O (-I) O

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(0) (0) O O Fe (+II)

(0)

(0) O

Fe (+II) gomtrie coude

Fe (+III) gomtrie coude

3-1-2. Les frquences de vibration observes en spectroscopie IR sont proportionnelles la raideur du ressort dcrivant la liaison dans le modle de loscillateur harmonique. Plus une liaison est forte, plus sa frquence de vibration est donc leve. 3-1-3-1. O2 : deux atomes au nombre doxydation (0). Superoxyde O2 : un atome (0), un atome (I) H2O2 : deux atomes (I) 3-1-3-2. En passant de O2 O22, dans la thorie des orbitales molculaires, on peuple des niveaux antiliants (*) : la liaison OO est donc de moins en moins forte, la frquence de vibration diminue, conformment aux valeurs du tableau, et la longueur de liaison augmente. 3-1-3-3. 1 = 571 cm1 : liaison FeO 2 = 1107 cm1 : liaison OO 3-1-3-4. Par comparaison avec les valeurs du tableau, on dduit que le ligand dans loxyhmoglobine ressemble lanion superoxyde O2. Do les structures possibles :
O O O O Fe gomtrie linaire

Fe gomtrie coude

3-1-4. Hum Dabord raction doxydorduction entre Fe(+II), oxyd en Fe(+III), et O2, rduit en O2. Puis complexation de Fe(+III) par O2. Mais a peut se discuter, tant cette reprsentation formelle des nombres doxydation est purement formelle.

3-2. Structure lectronique de loxyhmoglobine 3-2-1. On doit donc considrer le ligand O2 dans cette question. Je suppose que, par analogie avec O2, le diagramme dorbitales molculaires de O2 attendu est le suivant :

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z*
HO

x* x z s* s

y* y
O O

z y

Indice de liaison = (8 5) / 2 = 3/2. Molcule paramagntique, possdant un lectron clibataire. Allure de la HO (x*) :

3-2-2-1.
E E

3-2-2-2. Indice de liaison = (8 2) / 2 = 3 (parmi les niveaux occups, seule lorbitale de type s*, la deuxime en partant du bas, est antiliante). Molcule diamagntique. 3-2-3-1. La HO de O2 peut interagir avec une orbitale vacante du fer : une orbitale d. Comme la structure nest pas linaire, on peut penser une structure du genre :

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O O

Fe

3-2-3-2. Une interaction ! Ben voyons ! En admettant que ce soit une faute de frappe (peu probable dans un contexte dune telle rigueur mais on ne sait jamais), voici une interaction possible entre la HO de CO et une orbitale vacante (type dz2) :
Fe C O

Linteraction se produit entre une BV de CO (*) et une orbitale occupe du fer (type dxz) :

Fe

Cest cette fois une rtrodonation du mtal vers le ligand. 3-2-4. cause du phnomne de rtrodonation, CO est un ligand trs fort, il complexe le fer avec une trs forte constante dassociation (500 fois suprieure celle du dioxygne) et il risque donc dempcher le transport de dioxygne et den priver les cellules.

3-3. Ractivit du fer 3-3-1. Oxydation du fer (II) de oxy-Hb en fer (III) par le dioxygne : 4 oxy-Hb + O2 + 4 H+ = 4 oxy-Hb+ + 2 H2O oxy-Hb+, contenant du fer (III), ne peut plus transporter le dioxygne. Cette raction est limite pour des raisons striques par lencombrement d lenvironnement de lhme dans lhmoglobine.

3-3-2-1. Quelle question de feu ! Il sagit du ligand uniquement, daprs lnonc, et pas du complexe avec le fer. Il sagit donc dtudier la rduction totale de O2 par des rducteurs biologiques dans le milieu aqueux , que je considrerai simplement comme source dlectrons : Rduction de lanion superoxyde en peroxyde : O2 + e = O22 Protonation de lion peroxyde : O22 + 2 H2O = H2O2 + 2 HO Rduction du peroxyde dhydrogne : H2O2 + e = HO + HO 3-3-2-2. Le radical hydroxyle HO a la rputation dtre un oxydant trs fort (un des constituants du ractif de FENTON obtenu par Fe2+ + H2O2).