Poderosos Enzimas son protenas que pueden acelerar reacciones bioqumicas en factores de 10 5 to 10 17 ! Esto es mucho mayor que catalizadores qumicos. Enzimas pueden ser extremadamente especficas en trminos de sustratos y productos en las reacciones. Enzimas catalizan reacciones bajo condiciones moderadas (e.g. pH 7.4, 37C). La actividad cataltica de muchas enzimas pueden ser regulada por efectore alostricos.
Caractersticas Casi todas enzimas son protenas. Son termosensibles Son hidrosolubles Pueden ser precipitadas por reactivos que precipitan las protenas Contienen el 16% de su peso como nitrgeno. Clasificacin Nombres caprichosos. Pepsina, tripsina, quimotripsina. Luego se agrego el sufijo asa. En funcin de la reaccin que catalizan o el sustrato sobre el cual actan. Lactasa acta sobre su sustrato lactosa. Clasificacin La Unin Internacional de Bioqumica y Biologa Molecular (IUBMB). Sistema de nomenclatura para las enzimas. El nombre comienza con EC, Primer digito representa la clase Segundo digito significa la subclase Tercer digito es la subsubclase o subgrupo Cuarto digito da el numero de la enzima particular en la lista Clasificacin 1. Oxidorreductasas: Transferencia de hidrgeno o adicin de oxigeno. (Lactato deshidrogenasa) 2. Transferasas: Transferencia de grupos diferentes del hidrgeno. (aminotranferasas) 3. Hidrolasas: Ruptura de enlace con adicin de agua. (Tripsina) 4. Liasas: Ruptura sin adicin de agua. (Aldolasa) 5. Isomerasas: Transferencia intramolecular. (triosa fosfato isomerasa) 6. Ligasas: Condensacin de dos molculas ATP dependiente. (acetil CoA carboxilasa) Ejemplo Alcohol deshidrogenasa Alcohol-NAD-oxidorreductasa (IUBMB) EC.1.1.1.1
Diagramas de Energa Libre K eq = e G/RT
For A A
[A]
/[A] o = e G/RT
[A]
= [A] o e G/RT K eq = constante de equilibrio [A]
= concentracion de las moleculas con la energia de activacion [A] o = concentration total G
= cambio en la energia libre estandar de la energia de activacion
Efecto de un Catalizador en la Energa de Activacin Catalizador no afecta G A (inicial) o G B (final) por lo que no afectan el cambio de enregia libre (G = G B - G A ) o la constante de equilibrio K eq . Concentracion en el equilibrio de A y B es determinada por el cambio en energia libre. Catalizadores solamente afectan G
, disminuyendo la energia de activacion.
Aceleran ambos sentidos de las reacciones en sentido hacia la derecha y la reaccion inversa (incrementando la constante cinetica k 1 and k -1 ). Intermediarios en una Reaccion de Multiples Pasos Cintica Enzimtica Efecto de la Concentracion del Sustrato en la Velocidad de Reaccion Cintica de Michaelis-Menten (1) v = k 2 [ES] (Nota: k 2 tambien se le llama k cat )
[Enzima] total = [E] t = [E] + [ES]
Como encontrar [ES]?
1. Asumir el equilibrio, si k -1 >> k 2 : K S = k -1 /k 1 = [E][S]/[ES] or 2. Asumir estado estacionario: d[ES]/dt = 0 (Michaelis y Menten, 1913) (Briggs y Haldane, 1925) E = enzima, S = sustrato, ES = complejo enzima-sustrato, P = producto Cintica del Estado Estacionario en Enzimas Nota: Esto significa que v en v = k 2 [ES] debe ser la velocidad inicial, v o , la velocidad de la reaccion despues del estado pre- estacionario y al inicio del estado estacionario, i.e., antes de que ~10% del sustrato sea convertido a producto. Cintica de Michaelis-Menten Continua (2) Porque se asume el estado estacionario: d[ES]/dt = k -1 [ES] + k 2 [ES] - k 1 [E][S] = 0
Por lo que: k 1 [E][S] = k -1 [ES] + k 2 [ES]
Rearreglo: [ES] = (k 1 /(k -1 + k 2 ))[E][S]
Sustituyendo (constante de Michaelis = K M = (k -1 + k 2 )/k 1 ) = K S + k 2 /k 1 : [ES] = ([E][S])/K M
Entonces:
K M [ES] = [E][S] Cintica de Michaelis-Menten Continua (3) Sustituyendo ([E] = [E] t - [ES]): K M [ES] = [E] t [S] - [ES][S]
Rearreglo: [ES](K M + [S]) = [E] t [S]
Entonces: [ES] = [E] t [S]/(K M + [S])
Ahora podemos sustituir por [ES] en la ecuacion de velociad v o = k 2 [ES], entonces
Ecuacion de Michaelis-Menten v o = k 2 [E] t [S]/(K M + [S])
or
v o = V max [S]/(K M + [S])
(Ya que V max = k 2 [E] t cuando [S] >> K M ) Lineweaver-Burk (Doble Reciproco) Eadie-Hofstee Reaccion de Multiples Pasos E + S ES EP E + P
v o = k cat [E] t [S]/(K M + [S]) k 2 k 3 k 1 k -1
(k cat = constante de velocidad general que incorpora k 2 y
k 3 )
Eficiencia Catalitica (k cat /K M ) => Enzima Perfecta
Limite de reaccion controlada por Difusion: 10 8 -10 9 M -1 s -1 Preferencia de sustrato de la quimotripsina Dependencia del pH para la Actividad de la Enzima
Reacciones de Bisustratos Catalizadas por Enzimas: Dos Ejemplos Reacciones de Bisustratos S1 + S2 P1 + P2
A-X + B A + B-X (en reacciones de transferasas)
Union secuencial de S1 y S2 antes de la catalisis: Union aleatoria del sustrato Ya sea S1 o S2 pueden enlazarse primero, y luego el otro se une. Union ordenada del sustrato - S1 debe unirse primero que S2. Reaccion de Ping Pong primero S1 P1, P1 es liberado antes de que S2 se una, entonces S2 P2.
E
E
Reaccion de Ping Pong Union secuencial Complejo Ternario Indicativo de la formacion de un complejo ternario y un mecanismo secuencial Indicativo de un mecanismo de Ping Pong