BIOINFORMATICA

German Moreno 2013220032

Andres Morales 2012223015

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BIOINFORMATICA

Es una disciplina cientfica emergente que utiliza tecnologa de la informacin para organizar, analizar y distribuir informacin biolgica. La meta de esta disciplina cientfica es permitir el descubrimiento de nuevas ideas, as como ofrecer una perspectiva global a partir de la cual se puedan discernir nuevos principios y paradigmas biolgicos y con la promesa de una nueva era en la cual la investigacin genmica puede ayudar dramticamente a mejorar la condicin y calidad de vida humana, a travs de Avances en la deteccin y tratamiento de enfermedades y la produccin de alimentos genticamente modificados, que son entre otros ejemplos de los beneficios ms frecuentemente mencionados.

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BIOINFORMATICA

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BIOINFORMATICA

cmo almacenar y organizar secuencias de ADN?

Cmo hallar intrones y exones en secuencias de ADN genmico?

Cules son las condiciones necesarias para la transcripcin de un determinado gen?

Cmo conocer ms acerca de la estructura de una protena?

Cmo comparar secuencias de protenas o predecir su estructura?

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HISTORIA

1953
No vislumbraron el formidable volumen de informacin que en forma exponencial se generara a partir de ese momento

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HISTORIA

1945 - 1955
por primera vez se secuenci en forma completa una protena, la insulina, por parte de Frederick Sanger y sus colegas en la Universidad de Cambridge

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HISTORIA

1958
Sanger obtuvo el Premio Nobel de qumica
Con posterioridad se desarrollaron otros mtodos de secuenciacin menos dispendiosos y ms eficientes que el de Sanger, como la reaccin de degradacin de Edman, las columnas de intercambio inico y la electroforesis

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HISTORIA

1960
la creciente cantidad de datos referentes a la qumica de las protenas, llev a los cientficos a combinar las estrategias de la biologa molecular, las matemticas y los computadores, para enfrentar con xito el desafo que ello representaba.

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HISTORIA
NCBI
BIOINFORMATICA

busca y utiliza patrones y estructura inherente en datos biolgicos como secuencias gnicas, as como el desarrollo de nuevas metodologas para acceso y bsquedas en bases de datos

BIOLOGIA COMPUTACIONAL
se refiere a la simulacin fsica y matemtica de los procesos biolgicos

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HISTORIA

1970
Los computadores digitales de alta velocidad, Inventados en el marco de programas de investigacin para disear armamento blico, durante la segunda guerra mundial. y que slo estuvieron al alcance de los investigadores a comienzos de la dcada de 1970

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HISTORIA

1925-1983
La difusin de las nuevas tcnicas para secuenciar el ADN y las protenas, as como el volumen cada vez mayor de secuencias almacenadas en los bancos de datos, hicieron necesaria la creacin de algoritmos a fin de catalogar y comparar secuencias, en los que se reconoce como pionera a Margaret Oakley Dayhoff

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La doctora Dayhoff desarroll mtodos computacionales que le permitieron comparar secuencias proteicas y a partir de los alineamientos entre ellas, investigar las relaciones y por tanto la historia evolutiva. Su trabajo, recopilaba todas las secuencias proteicas entonces conocidas, se public en un libro titulado Atlas de secuencia y estructura de protenas

HISTORIA

1965

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HISTORIA

1980
La doctora Dayhoff cre la primera base de datos computarizada de la que se tiene noticia, con secuencias de cidos nucleicos y de protenas, en un computador casero al que los usuarios externos podan conectarse por va telefnica.

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HISTORIA

1983
La Protein Sequence Database (PSD) era la base de datos ms grande del mundo, con ms de 2000,000 de nucletidos secuenciados, con sus respectivas referencias y anotaciones. Sin embargo, este avance no hubiera sido posible sin la llegada de Internet.

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HISTORIA

1989 - 1990
el trabajo de Margaret Dayhoff impuls la generacin de bases de datos primarias como GenBank, FASTA y BLAST (Basic Local Alignment Tool). Mientras GenBank almacenaba y catalogaba las secuencias de ADN y de protenas, BLAST permita comparar con mayor rapidez las secuencias de inters contra cada una de las secuencias contenidas dentro de la enorme base de datos

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En la actualidad, existen bases secundarias, llamadas tambin bases de conocimiento porque contienen el conocimiento biolgico acumulado necesario para comprender el funcionamiento y la utilidad en todos los niveles de organizacin de un ser vivo (molecular, celular, organismo). As por ejemplo, estas bases incluyen todas las familias de protenas con sus dominios funcionales y sus estructuras tridimensionales, as como tambin las diferentes vas de sealizacin

ACTUALIDAD

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PRINCIPALES BASES DE DATOS

http://www.ebi.ac.uk/embl/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide

Secuencias de ADN EMBL GenBank

Secuencias de protenas SwissProt Uniprot Estructuras de protenas PDB Variabilidades gnicas http://www.rcsb.org/pdb/ http://us.expasy.org/sprot/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/

dbSNP

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

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PRINCIPALES BASES DE DATOS

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed http://pdg.cnb.uam.es/UniPub/iHOP/

Literatura cientfica PubMed iHOP

Arrays de ADN
SMD ArrayExpress Interaccin de protenas PSI standard Intact psimi.ibioinformatics.org http://www.ebi.ac.uk/intact/index.html http://genome-www5.stanford.edu/ http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

Mint
Bases de datos Mdicas OMIM

http://mint.bio.uniroma2.it/mint/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM

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BIOINFORMATICA EN EL MUNDO
Instituto Espaol de Bioinformtica (INB) Centro Nacional para la Informacin Biotecnolgica (NCBI)

Instituto Suizo de Bioinformtica (SIB)

Laboratorio Europeo de Biologa Molecular ( EMBL)

Instituto Europeo de Bioinformtica (EBI)

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BIOINFORMATICA EN EL MUNDO
Anlisis de secuencias y anotacin del genoma Biologa evolutiva computacional Anlisis de la expresin gentica Anlisis de la expresin de protenas Anlisis de las mutaciones en cncer

En los ltimos aos se han ido marcando las reas de investigacin que a nivel mundial son atendidas por la Bioinformtica, segn Febles y Montero son las siguientes:

Prediccin de estructuras y funciones de biomolculas Preservacin de la biodiversidad

Modelacin de sistemas biolgicos

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BIOINFORMATICA EN COLOMBIA
Centro bioinformtico del instituto de biotecnologa de la universidad Nacional de Colombia (CBIB)

Universidad Javeriana

Universidad de Antioquia

Universidades de los Andes

Centro nacional de secuenciacin genmica (Medelln)

Corpogen

Universidad del Quindo Universidad del Valle

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BIOINFORMATICA EN COLOMBIA

En Manizales, contamos con el Centro de Bioinformtica y Biologa Computacional de Colombia (http://www.cbbc.org.co/) el cual trabaja de la mano con las Universidades de Caldas, Autnoma, Catlica, Manizales y Nacional.

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BIBLIOGRAFIA

[1] http://www.revistabiomedica.org/index.php/biomedica/article/view /1 80/171 [2] http://www.bioline.org.br/pdf?rc08015 [3] http://www.institutoroche.es/Biotecnologia_bioinformatica/V4.html [4] http://www.eumed.net/libros-gratis/2009a/514/Desarrollo%20 actual%20de%20la%20Bioinfor matica%20en%20el%20mundo.htm [5] http://fisiolofar.blogspot.com/2013/09/el-fascinante-mundo-de-labioinformatica.html

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