INTRODUCCIN.

En el campo biolgico. Qumico y matemtico en donde e ta ciencia b ica con!o"man un g"upo elemental y #ue "eunida y dando un en!o#ue m in$e tigati$o y con la ayuda de nue$a tecnologa acad%mica como la in!o"mtica donde la implementacin de ba e de dato no ayudan y !acilitan la b& #ueda de p"ime" en ecuencia de nucletido . 'dem e ta (e""amienta bioin!o"matica no olo ayudan a la pa"te academia i no #ue e en!oca al de cub"imiento en el campo gen%tico y biolgico a nue$o a$ance y de cub"imiento de patologa y en!e"medade #ue a#ue)an al e" (umano.

*a ba e de dato contienen la ecuencia #ue obtienen lo in$e tigado"e y #ue on acce ible a ella en el mundo. E ta ba e de dato contienen in!o"macin ob"e ecuencia de cido nucleico o ecuencia p"oteica + ent"e ella podemo encont"a" a ni$el cient!ico la EMBL ,Eu"opean -olecula" .iology *abo"ato"y/+ GeneBank ,t(e NI0 genetic e#uence databa e/ y DDBJ ,DN' Databa e o! 1apan/.

O.1ETI2O3

-ediante la utili4acin de (e""amienta bioin!o"matica mane"a e!ecti$a y adecuada como m%todo de ap"endi4a)e.

emplea"la

de

Conoce" a !ondo la aplicacione p"incipale #ue me o!"ece la ba e de dato . 'mplia" lo conocimiento ad#ui"ido en la cla e de bio in!o"matica pa"a la aplicacin en el campo biom%dico en el di e5o de nue$o e#uipo pa"a el de a""ollo de la mi ma. Emplea" la opcione #ue p"e enta la ba e de dato aplicacione . pa"a u di!e"ente

QU ES Y PARA QUE SE UTILIZA LA AMPLIFICACIN POR PCR. PCR: Reaccin en Cadena de la 6olime"a a78 e una t%cnica #ue pe"mite con egui" muc(a copia de 'DN y ampli!ica"la. E te p"ocedimiento e uno de lo m "ele$ante de la actual "e$olucin en gen%tica molecula". 'nte de u ad$enimiento+ la obtencin de g"ande cantidade de 'DN pa"a u ecuenciacin e"a un p"oce o la"go y tedio o. Con e ta t%cnica la p"obabilidad de identi!ica" lo #ue on $i"u y bacte"ia lo cual 6e"mite cuanti!ica" la cantidad de 'DN o 'RN ampli!icado en cada momento mediante el ma"ca)e con !luo"oc"omo y detecta" la !luo"e cencia emitida cuando e gene"a el !"agmento e pec!ico du"ante la ampli!icacin. El de cub"imiento de bacte"ia e9t"em!ila #ue opo"tan tempe"atu"a al"ededo" de lo :;; <C pe"miti ai la" u 'DN polime"a a + la cuale on !uncionale a e a tempe"atu"a. *a 'DN polime"a a ai lada de e ta bacte"ia pe"miti el de a""ollo de =ciclado"e = automtico #ue no nece itan #ue e ag"egue 'DN polime"a a a la mue t"a luego de cada ciclo. >ue di e5ada po" el D". ?a"y -ulli en :@AB. Can el p"emio Nobel de Qumica en :@@D po" u in$ento. Utili4o el 6CR pa"a ampli!icacin del gen de E(emoglobina (umana+ y el diagno tico p"enatal de anemia !alci!o"me. El p"oce o de F6CR7 incluye D pa o b ico #ue e "epiten GH $ece o m 8 1. Desnaturali a!i"n# Con i te en epa"a" la doble (eb"a de DN' y con$e"ti"la en (eb"a encilla. Tpicamente e u a una tempe"atu"a de @HIC E @BIC+ po" :H a J; egundo tiempo depende del tama5o del genoma. el

2. A$area%ient&# *o cebado"e Fp"ime" 7 p"e$iamente di e5ado + "eaccionan con la (eb"a encilla de DN' y e pegan en luga"e e pec!ico po" complementa"iedad de ba e . 6a"a e to+ e ba)a la tempe"atu"a Ee).8 HHIC po" D;

egundo E. *a tempe"atu"a y el tiempo pueden $a"ia" ent"e cebado"e el ca o.

eg&n ea

3. P&li%eri a!i"n & E'tensi"n# Una 6olime"a a de DN' e9tiende lo Fp"ime" 7+ en el e pacio comp"endido ent"e ambo Fp"ime" 7+ y coloca dinucleotido t"i!o !atado ,dNT6K / de HKa DK leyendo el DN' de DKa HK. De e ta !o"ma inteti4a la ecuencia complementa"ia de la (eb"a de DN' molde 3e e!ect&a a B;IC po" :L minuto ,puede $a"ia" eg&n ea nece a"io/

*o pa o :+ G y D e "epiten cuanta $ece

ea nece a"io.

PCR ani(a(a T%cnica muy en ible de 6CR en la #ue el p"oducto de una ampli!icacin e utili4ado como molde pa"a "eali4a" una egunda ampli!icacin con cebado"e #ue e ubican dent"o de la p"ime"a ecuencia ampli!icada.

PCR in situ

El 6CR in itu con i te en una "eaccin de 6CR en eccione (i tolgica o c%lula donde lo p"oducto gene"ado pueden $i uali4a" e en el itio de ampli!icacin. *a t%cnica de in 6CREin itu e "eali4a p"ime"o ampli!icacin de 'DN blanco y luego deteccin mediante (ib"idacin in itu con$encional con onda 'DNM'RN. De e ta mane"a pueden detecta" e cantidade pe#ue5 ima de genoma $i"al.

PCR %ulti$le' 6CR en la cual e ampli!ica m de una ecuencia en una mi ma "eaccin e utili4a do o m pa"e de cebado"e en &nico tubo pa"a ampli!ica" imultneamente m&ltiple egmento de 'DN. E ta t%cnica Con i te en combina" en una &nica "eaccin todo pa"e de cebado"e de lo i tema #ue e #uie"en ampli!ica" y adem e de muy "pida la con t"uccin la ba e de dato pa"a obtene" la in!o"macin.

PCR tie%$& real. 3e puede di$idi" en do t%cnica ba ada en onda e pec!ica . una ba ada en !luo"oc"omo y ot"a t%cnica

*a 6CR en Tiempo Real e b icamente una 6CR con$encional en la #ue lo e#uipo de ampli!icacin ,te"mociclado"e / lle$an inco"po"ado un i tema de deteccin de !luo"e cencia !luo"met"o.

*a tecnologa e t ba ada en la utili4acin de una mol%cula e pec!ica denominada !luo"!o"o y #uenc(e" en lo #ue ambo !acto"e no pe"miti" monito"i4a" en tiempo "eal lo #ue e t ocu""iendo dent"o de cada tubo en cada ciclo de ampli!icacin.

El pa"met"o !undamental en una 6CR en Tiempo Real y en !uncin del cual e $an a "eali4a" lo clculo analtico y obtencin de "e ultado + e el denominado Ciclo Umb"al #ue e de!ine como el ciclo a pa"ti" del cual la !luo"e cencia e *a p"incipale p"opiedade de e te.

La t)!ni!a (e S&n(as Ta*Man# 3on la onda m utili4ada inicialmente de a""ollada po" Roc(e y 'pplied .io y tem . Con i te en uni" en el e9t"emo HN de la onda un #uenc(e" al DN

>ue"on

Cuando el !luo"!o"o e e9citado+ t"an !ie"e u ene"ga po" #uenc(e". Cuando la Ta# empie4a ampli!ica" a pa"ti" del p"ime" unido al DN' diana+ de pla4a el e9t"emo HK de la onda #ue e deg"adado po" la acti$idad e9onuclea a HK OPDK de la Ta#. E te p"oce o libe"a el !luo"!o"o al medio epa"ndolo del #uenc(e" lo #ue oca iona un aumento i""e$e" ible de la !luo"e cencia detectada.

S&n(as S!&r$i&ns# *a (o"#uilla e ta unida al e9t"emo HK de un p"ime" e peci!ico po" medio de un Fblo#ueante de la 6CR7.

De pu% de la e9ten in del p"ime" du"ante la ampli!icacin+ la ecuencia e pec!ica de la onda e une a la "egin complementa"ia dent"o de la mi ma (eb"a de DN'. E ta (ib"idacin ab"e la e t"uctu"a de (o"#uilla de tal !o"ma #ue el #uenc(e" ya no #ueda p"9imo al !luo"!o"o lo cual e ob e"$a un inc"emento en la !luo"e cencia.

El Fblo#ueante de la 6CR7 e$ita #ue contin&e la ampli!icacin a lo la"go de la onda. *a unin inte"molecula" de la e!ecti$a. onda e cin%ticamente !a$o"able y altamente

QU ES UN PRIMERS +O CE,ADOR-. Primers8 *o =primers= o cebado"e on pe#ue5a pie4a de 'DN en una ecuencia de cido nucleico #ue contiene un g"upo DQ(id"o9ilo lib"e #ue !o"ma pa"e de ba e con una (eb"a molde complementa"ia y act&a como punto de inicio pa"a la adicin de lo nucletido con el !in de copia" la (eb"a molde. *a 'DN polime"a a e9tiende el 'DN de de el e9t"emo HQ (a ta el DQ !inal. *o p"ime" e anillan y pe"miten la t"an c"ipcin y e eleccionan en mane"a #ue cuando e !o"man la do nue$a copia ello e upe"ponen. 3e calcula #ue on ap"o9imadamente G; nucletido la cantidad nece a"ia pa"a #ue p"obablemente coincida en un itio de la cadena de DN' *o p"ime" tambi%n on di!e"enciado"e como po" e)emplo en la e pecie de la bacte"ia lo cual pe"mite identi!ica" la cla e e bacte"ia y conoce" u e pecie bacte"iana pa"a lo cual *o =p"ime" uni$e" ale = e pegan a la "egin altamente con e"$ada del gen+ lo cual pe"mite u u o en una g"an $a"iedad de e pecie bacte"iana . Un Ter%&!i!la(&r# e un apa"ato cuya tempe"atu"a puede e" p"og"amada p"eci amente a una dete"minada tempe"atu"a el cual e puede p"og"ama" pa"a #ue la cambie "pidamente y de mane"a cclica. Contiene en u inte"io" una g"adilla de metal en la cual lo tubo de mue t"a cal4an pe"!ectamente.

E ta m#uina tambi%n adem pe"iodo co"to de tiempo.

de calenta" puede

en!"ia" la

"eaccione

en

El u o de lo te"mociclado"e no lo e &til en p"oce o de 6CR+ #ue e utili4an tambi%n en e tudio con en4ima de "e t"iccin #ue nece itan actua" a cie"ta tempe"atu"a en un dete"minado pe"odo de tiempo. De e ta !o"ma e cont"olan pe"!ectamente la condicione en la #ue e de ee la "eaccin.

Anlisis de prmers. Cuando e di e5an p"me" e nece a"io (ace" una e"ie de p"ediccione + como la tempe"atu"a de !u in ,Tm/ la p"e encia de pa"e inde eable 8 ,a/ la po ibilidad de !o"macin de (o"#uilla ,b/ #ue puedan "educi"+ po" competencia+ la e!ecti$idad de empa"e)amiento con la ecuencia de 'DN diana.

,a/

,b/ on8

*a $a"iable a tene" en cuenta en el di e5o de p"me" :. G. D. J. H.

Tama5o del oligonucletido Tempe"atu"a de !u in ,Tm/ E peci!icidad 3ecuencia complementa"ia Contenido en CMC y t"acto de polipi"imidina ,T+ C/ o polipu"ina ,'+ C/

R. 3ecuencia DK te"minal. B. 3ecuencia HK te"minal y "egione cent"ale . *a ecuencia del p"me" debe e" capa4 de uni" e al 'DN diana en una locali4acin p"eci a y ob"e la (eb"a p"eci a. 'dem debe e"$i" pa"a #ue la 'DNE6olime"a a elongue la cadena. 6a"a elecciona" la ecuencia ap"opiada de un p"me" con el #ue e p"etende anali4a" una ecuencia de 'DN e pueden tene" en cuenta8 *a ecuencia iemp"e deben e c"ibi" e del e9t"emo HQ al DQ. E to incluye la ecuencia del 'DN molde i e conocido in e"ta" y la ecuencia de lo p"me" p"opue to . E c"ibi" ecuencia in$e" a de p"ime". 6o" e)emplo8 6RI-ER 6"ime" :8 6"ime" G8 TT''CTCC'CC'TT'CC'CC CTCCCTTTCC'CTTCC'CTT C'CCC'''CCTC''CCTC'' ''CTCC''CTCC'''CCC'C *a 6olime"a a iemp"e elonga el e9t"emo DQ del p"ime" y la ecuencia #ue e" leda e" la mi ma (eb"a en el mi mo entido o en el in$e" o #ue la del p"me" . Cont"a"iamente i e e coge un p"me" de la (eb"a complementa"ia a la de la ecuencia Q!uenteQ la ecuencia "e ultante debe e" leda (acia la i4#uie"da. !ili"a#i$n de la %ase de da!&s 'primer (.)* para dise+ar ,n prmers Des!inad& a la ampli-i#a#i$n p&r PCR de ,na re.i$n de AD/. *o p"ime"o #ue tenemo #ue (ace" e bu ca" la $e" in de p"ime" J.; #ue e la ba e de dato #ue e $a utili4a". 3i po" e)emplo e $a a "eali4a" el di e5o de pc" pa"a el gen de la beta globina. Sa #ue e te con tituye la !o"ma m com&n de la (emoglobina en lo e"e (umano la Clobina beta '0BB1 TEglobina/ e una p"otena !o"mada po" do cadena al!a y beta. El gen e encuent"a en el locu de la globina T. E9p"e in de la globina beta y la globina de $ecino en el locu de la globina T e cont"olado po" una ola "egin cont"olado"a de locu ,*CR/.

El o"den de lo gene de la betaEglobina de "acimo e de H Q %p ilon+ gammaEC+ gammaE'+ delta E %e!a DQ.

6a"a el di e5o de de p"ime" lo p"ime"o #ue (acemo e ab"i" la pagina de la $e" ion J.;

3e encuent"an en e ta ca illa en la pa"te del cent"o e debe coloca" pega" la ecuencia de nucleotido de ecuencia de HK a DK. En la pa"te in!e"io" encont"amo t"e ca illa en la cuale en la pa"te in!e"io" i4#uie"da e encuent"a la ca illa co""e pondiente a coloca" i e tiene uno de lo p"ime" + la ca illa de cent"o co""e ponde a elegi" la onda de (ib"idacin y !inalmente la ca illa del lado de"ec(o co""e ponde a pega" el ot"o p"ime" .

En e te e pacio no mue t"a la condicione gene"ale como lo e tama5o m9imo y mnimo #ue tiene el p"ime" p"ime" y tabla de pa"met"o te"modinmico ,Tm/.

*uego de e to e toma de la ba e de dato la ecuencia8

TC'C'CTCTCCCTTCCTCTCTCTTTCTCTTCTCCTCCCCTCCTCCCT'T''''C CT'CC'CCTC'TCCTC CCC'CCCTCCTT'T'TC''CTTC'CCT'TC'CCT''TTTTTCTCTTT'CT''TT TTC'TC'CTCTTTCC'

TT'CC'CTCCCCTCCCCTCTCT'''C''T'CTCCCTCC'TTCTTC'TCCC''' T'''CTCCTTTCTC''C TCCTCCC''TTTT'C'CTTCCT'CC'TC'CCTTCCC'CTTT''CCTCTC'TCCT TCCCCTC''CCCTCTC TTCCTCC'CC'CCCTCCTCCCTC'CC'TTCCC'TTC'CTCTTTCCTCCT'''T 'TCCCTCT''CTTT'TT C'TTC'TC''CC'CTCCTC'CC''CCTTCC'TC'''CCCC'''''CTC''CTC TC'CTC'CC'CCTTCCT

3e utili4a el p"og"ama lib"e online pa"a di e5a" la 6CR en e te ca o el p"ime"D.E to con el !in de conoce" lo po ible p"ime" #ue e encuent"a en la ecuencia.

3i e tiene la ecuencia de lo p"ime" como po" e)emplo8 6RI-ER3 6RI-ER *E>T8 6RI-ER RIC0T8 CCCTCCCCTCTCT'''C'' 'TC'C'CCTT'''CTCCC''CCTC T'CTCTCC''TTTC'CCCTTCC'C C'CCTTCCC'CTTT''CCTCTC'T

TC'C'CTCTCCCTTCCTCTCTCTTTCTCTTCTCCTCCCCTCCTCCCT'T''''C CT'CC'CCTC'TCCTC CCC'CCCTCCTT'T'TC''CTTC'CCT'TC'CCT''TTTTTCTCTTT'CT''TT TTC'TC'CTCTTTCC' TT'CC'CTCCCCTCCCCTCTCT'''C''T'CTCCCTCC'TTCTTC'TCCC''' T'''CTCCTTTCTC''C TCCTCCC''TTTT'C'CTTCCT'CC'TC'CCTTCCC'CTTT''CCTCTC'TCCT TCCCCTC''CCCTCTC TTCCTCC'CC'CCCTCCTCCCTC'CC'TTCCC'TTC'CTCTTTCCTCCT'''T 'TCCCTCT''CTTT'TT C'TTC'TC''CC'CTCCTC'CC''CCTTCC'TC'''CCCC'''''CTC''CTC TC'CTC'CC'CCTTCCT

Con p"ime"

E to

e bu can y e eleccionan de de el inicio (a ta el !inal.

De pu% de e to e calcula la Tm con alguna de la !o"mula $i ta en cla e pa"a cada uno de lo p"ime" ,*E>T y RIC0T/. Tm ,*E>T/ U ,V CCWJ/ X ,V 'TWG/ U :;WJ X @WG U HA

Tm ,RIC0T/ U ,V CCWJ/ X ,V 'TWG/ U ::WJ X :DWG U B;

De tama5o e el ampli!icado8 ::G 3e puede Utili4a" el p"og"ama lib"e online pa"a di e5a" lo co""e pondiente p"ime" 8

3i e de ea e "eali4a la g"a!ica de la condicione te"mociclado" utili4a"a pa"a ampli!ica" e te gen.

en la

#ue el

95o 70o 64o

Tm

4o

3e (alla la ,Tm/ p"omedio8

CONC*U3IONE3.

Con e te manual de pa o #ue e "eali4o bu ca amplia" y e)ecuta" lo p"og"ama de in!o"mtica e9i tente en la ayuda en el de a""ollo de la medicina como una (e""amienta de aplicacin y de in$e tigacin.

*a ba e de dato no pe"miten a no ot"o lo ingenie"o biom%dico en el de a""ollo de nue$a tecnologa #ue ayuden a da" olucin de de un punto de $i ta in$e tigati$o y ciencia pa"a la deteccin de en!e"medade #ue a#ue)an al e" (umano.

*a aplicacin de la p"incipale ciencia como la la in!o"mtica la gen%tica ent"e ot"a dan como in$e tigati$o p"o!undo pa"a la b& #ueda de en!e"medade o patologa #ue pueden a!ecta" al

matemtica la biologa "e ultado un de a""ollo nue$a olucione a e" (umano.

'l utili4a" la ba e de dato como una (e""amienta e log"a tene" un campo acti$o y "eal de la di!e"ente en!o#ue #ue le podemo da" en una !o"ma adecuada #ue i"$a pa"a el de a""ollo del la (umanidad.

*a aplicacin de la di!e"ente ba e de dato on un de a""ollo en la pa"te de academia y como m%todo de in$e tigacin.