Protenas:

Estructura y funcin
Parte I
Lda. Regina Cabrera

Enzima?

Anticuerpo?

Hormona?

Protena estructural?

Qu diferencia qumica hay?

ESTRUCTURA

Niveles de complejidad

Estructura primaria. Descripcin de todos los enlaces covalentes secuencia de residuos de aminocidos. Estructura secundaria. Disposicin estable de los aminocidos patrn

Estructura terciaria. Plegamiento tridimensional (una cadena)

Estructura cuaternaria. Plegamiento tridimensional con todas sus subunidades (>1 cadena/subunidad)

Conformacin. Ordenamiento espacial de tomos; depende de la rotacin de los enlaces y puede cambiar sin romper enlaces covalentes.
Conformacin nativa. Forma estable en la que se dobla una protena bajo condiciones fisiolgicas.

Estructura nativa: estabilidad

Estabilidad: tendencia a mantener conformacin nativa.

Interacciones qumicas que estabilizan conformacin nativa: enlaces disulfuro e interacciones inicas y dems interacciones dbiles. Nmero de interacciones dbiles. Modificacin de interacciones dbiles, permite flexibilidad de protenas

Forma de las protenas

Globulares. Esfricas, hidrosolubles y compactas, interior hidrofbico. Agentes dinmicos de la accin biolgica Fibrosas. Parte de estructuras subcelulares o extracelulares, se ensamblan en grandes cables o hebras.

Estructura primaria

estructura primaria

Las diferencias en la estructura primaria pueden ser especialmente informativas Nmero y secuencias distintivas

estructura primaria

Determina la forma en que se pliega en una estructura tridimensional nica (funcin)

Secuencia y funcin biolgica (gentica)

estructura primaria

La secuencia de aminocidos tienen cierta flexibilidad (polimrficas) No tienen ningn efecto sobre la funcin

Regiones conservadas (esenciales para su funcin)

estructura primaria

El conocimiento de la secuencia de aminocidos de una protena puede proporcionar datos acerca de:

estructura tridimensional funcin, localizacin celular, vida media evolucin

estructura primaria

La estructura tridimensional no siempre se puede predecir a partir de la secuencia. Existen familias de protenas que tienen caractersticas (estructurales y funcionales) compartidas coincidentes en un >25% de sus secuencias

estructura primaria

In vitro se pueden sintetizar protenas de una longitud de 100 aminocidos en unos pocos das con un rendimiento razonable

estructura primaria

La informacin deducible de una secuencia proteica solo esta limitada por nuestro grado de comprensin de los principios estructurales y funcionales

Secuencias de tipo conservador

La necesidad de mantener la funcin proteica puede implicar que sean tolerables algunas sustituciones (propiedades qumicas similares)

Cada protena va a tener propiedades cido-base de acuerdo a su secuencia primaria

Estructura secundaria

Dado que es posible la rotacin libre alrededor de muchos enlaces, pueden adoptar un nmero muy grande de conformaciones!!!

Estructura secundaria

Describe la distribucin espacial local de los tomos de su cadena

No es al azar Es constante Especfica

de hidrgeno, puentes salinos, interacciones inicas, interacciones hidrofbicas

Puentes

Estructura secundaria

Puede ser:
Hlices-, - Hebras-, Hojas (lminas)-, - Giros-, - Asas - Indefinida
-

Longitud: 4 - 40 (x =12) residuos

Enlace peptdico

3 enlaces covalentes C-C-N-C

Enlace peptdico

Formacin de un pequeo dipolo elctrico (carcter parcial de doble enlace)

Limita el giro Limita el nmero de conformaciones

Enlace peptdico

La conformacin del grupo peptdico se limita a Trans y Cis

ngulos de torsin
Definen la conformacin del pptido: (fi): N-C (psi): C-C (omega): C-N positivo: a favor de las manecillas del reloj negativo: contrarios a las manecillas del reloj

Barrido de 180

Estructura secundaria: Hlice

Disposicin mas sencilla

Hace uso ptimo de los puente de hidrgeno internos

: -57 / : -47 Cada giro incluye 3,6 residuos

hlice-

hlice-

hlice-

El giro de la hlice es dextrgiro en todas las protenas Todos los residuos deben pertenecer a la misma serie de estereoismeros

Rueda helicoidal

hlice-

Se pueden formar interacciones a tres residuos de distancia

hlice-

Formacin de un dipolo neto

hlice-

Estructura secundaria: Lminas

Conformacin mas extendida (zig-zag) Hebras- forman lminas- Los grupos R sobresalen dando lugar a patrones alternantes
Longitud entre residuos: 0.32-0.34nm Puede ser paralela o antiparalela
= -119 / - 139 / = +133 / + 135

(longitud hebras: 6 residuos; longitud de lminas:15 hebras)

Estructura secundaria: lmina

Estructura secundaria: lmina

Estructura secundaria: lmina

Estructura secundaria: Asas y giros

Rizos y vueltas Causan cambios de direccin Unen hlices- y hebras-

Disponen de puentes de hidrgeno internos

Estructura secundaria: giros

Estructura secundaria: giros

Prolina y Glicina son los ms frecuentes

Estructura secundaria: Asas

Compuestas por mas de cuatro residuos de aminocidos, periten cambiar la orientacin hacia cualquier direccin.

Estructura secundaria

Estructura terciaria

Estructura terciaria

Plegamiento de un polipptido en forma apretada

Estabilizada principalmente por interacciones no covalentes Formacin de puentes disulfuro

Estructuras supersecundarias (motivos)

Patrones de plegamiento reconocibles

Combinaciones de hlices, hebras y giros Se pueden relacionar con determinada funcin

Dominios

Parte de la cadena polipeptdica que es estable de manera independiente

Unidad compacta que consiste en varios elementos con estructura secundaria Pueden ser combinaciones de motivos Unidos por asas e interacciones dbiles

Motivos y Dominios

Doblez o pliegue

Combinacin de estructuras secundarias que forman el ncleo de un dominio

Estructura cuaternaria

Estructura cuaternaria

Nivel adicional de organizacin

Se refiere a la organizacin y al ordenamiento de subunidades (oligmero) Uniones por interacciones dbiles no covalentes

Para qu adoptar un nivel ms complejo de organizacin?

Estabilidad Formacin
Regulacin Amplitud

(duracin) de sitios activos

de funciones definidas