Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC Departamento de Bioqumica - CCB Disciplina: BQA5125 - Bioqumica para Engenharia Sanitria e Ambiental

Bolsistas REUNI: Priscila G. A. Martins e Tiago Bortolotto Lista de Exerccios de Bioqumica 1 As biomolculas encontradas nos seres vivos possuem diversos tipos de grupos qumicos. Na molcula abaixo, descreva quais os grupos qumicos indicados em rosa.

Resposta:

2 Dada a seguinte estrutura:

a) a qual tipo de biomolcula ela pertence? Resposta: ao grupo dos aminocidos. b) indique os grupos qumicos apontados pelas setas. Resposta:

c) h pelo menos dois grupos qumicos que so ionizveis em soluo. Quais so eles e quais os respectivos valores de pKa? Resposta: so os grupos amina e carboxila. O pKa do grupo carboxila varia entre 1,8 e 2,4 enquanto o pKa do grupo amina varia entre 8,8 a 10,9. d) levando em considerao os valores de pKa desses dois grupos, como estes devem estar ionizados em pH 7? Resposta: em pH 7, a maior parte dos aminocidos deve estar com o grupo amina protonado (NH3+) pois seu pKa maior que o pH do meio. J o grupo carboxila tende a estar desprotonado (COO-), pois seu pKa muito menor que o pH do meio. 3 Os aminocidos so considerados molculas dipolares ou zwitterinicas. Qual a principal caracterstica deste grupo de molculas? O que faz dos aminocidos molculas dipolares? Resposta: molculas dipolares ou zwitterrinicas, so molculas que possuem dois grupos polares em sua estrutura. Em soluo, os grupos amina e carboxila tendem a ficar ionizados e com isso tornam-se polarizados (amina carregada positivamente e carboxila carregada negativamente), sendo esta a origem do carter zwitterinico dos aminocidos. 4 Todos os aminocidos compartilham de grupos qumicos comuns, com exceo de um. Quais so os grupos comuns a todos os aminocidos e qual o grupo varia para cada aminocido? Resposta: os grupos em comum a todos os aminocidos so: amina, carboxila e o hidrognio. O grupo varivel a cadeia lateral. 5 Os 20 aminocidos que so encontrados na maioria das protenas (eventualmente chamados de aminocidos comuns) diferenciam-se entre si pelas diferentes estruturas da cadeia lateral. As cadeias laterais conferem aos aminocidos diferentes propriedades qumicas que so utilizadas para separar essas molculas em grupos (ou classes). Quais so esses grupos e quais os aminocidos que os compem. Resposta:

6 Veja a figura abaixo:

a) na figura acima vemos a oxidao (perda de eltrons) de duas molculas de um aminocido formando um dmero. Qual o aminocido envolvido nessa reao e qual o nome dado ao dmero desse aminocido? Resposta: o aminocido oxidado a cistena e o dmero chamado de cistina. b) como se chama a ligao covalente (em amarelo) da molcula dimerizada? Resposta: ligao dissulfeto. c) esse dmero pode ser novamente convertido ao aminocido original. Com qual reao qumica isso possvel? Resposta: sim, por meio de uma reao de reduo. 7 Alm dos 20 aminocidos comuns, h outros aminocidos no-comuns que so encontrados nas protenas. Com base nisso, descreva: a) como esses aminocidos so incorporados nas protenas; Resposta: no so incorporados pela via da sntese protica comum, nos ribossomos e sim so modificados aps j estarem presentes nas protenas. b) cite um exemplo; Resposta: dehidro-alanina c) a falta de um aminocido no-comum no colgeno gera uma grave doena humana. Que aminocido no-comum esse e qual a doena? Resposta: o aminocido a hidroxi-prolina e a doena o escorbuto. 8 A ligao entre dois aminocidos chamada de ligao peptdica. Faa um esquema de como ocorre a ligao peptdica entre os aminocidos glicina e serina e d o nome do dipeptdeo gerado. Resposta:

9 O dipeptdeo seril-histidina exatamente igual o dipeptdeo histidil-serina no que diz respeito a sua estrutura? Prove seu ponto de vista desenhando os dipeptdeos abaixo. Resposta: as estruturas so diferentes, pois no dipeptdeo histidil-serina o amincido histidina o N-terminal e a serina C-terminal. No dipeptdeo, seril-histidina ocorre o inverso. Portanto, os dipeptdeos so estruturalmente diferentes e no apenas ismeros.

10 Quais so os quatro nveis de organizao estrutural das protenas e o que caracteriza cada nvel? Resposta: Os quatro nveis de organizao so: primrio, secundrio, tercirio e quaternrio. A estrutura primria de uma protena compreende o nmero, espcie e a sequncia dos aminocidos unidos por ligaes peptdicas e pontes dissulfetos. especificada por informao gentica. A estrutura secundria abrange os arranjos regulares e recorrentes da cadeia polipeptdica (- hlice e folha pregueada). A estrutura terciria descreve o dobramento final da cadeia polipeptdica por interao de regies com estrutura regular (- hlice e folha pregueada) ou de regies sem estrutura definida. A estrutura quaternria o arranjo espacial de duas ou mais cadeias polipeptdicas (ou subunidades proticas) com a formao de complexos tridimensionais. 11- Quais so os tipos de interaes intramoleculares (dentro da prpria protena) responsveis em manter a estrutura terciria de uma protena? Resposta: Interaes no covalentes: Ligao hidrognio (antigamente conhecida como ponte de hidrognio), interaes hidrofbicas e ligaes eletrostticas ou inicas.

Interao covalente: ponte dissulfeto. 12 O que uma protena desnaturada? Cite 3 fatores que podem ocasionar a desnaturao de uma protena. Resposta: uma protena que teve sua estrutura espacial afetada a ponto de ocasionar a perda de sua funo biolgica. A protena dita desnaturada teve sua conformao nativa destruda devido quebra de ligaes no covalentes e o resultado uma cadeia polipeptdica distendida. Os fatores que podem ocasionar a desnaturao de uma protena so: elevao de temperatura, alterao de pH, radiao ultravioleta, exposio a detergentes, agitao vigorosa at formao de espuma, tratamento qumico (solventes orgnicos como lcool e acetona) e uria. 13 O que so os efeitos salting in e salting out e como eles interferem na solubilidade de protenas? Resposta: O efeito salting in o aumento da solubilidade de protenas devido ao acrscimo de baixas concentraes de sais em soluo. Os ons salinos interagem com as cargas inicas das protenas aumentando assim o nmero efetivo de cargas e a quantidade de molculas de gua fixadas ionosfera protica. O efeito salting out a precipitao de protena em soluo por altas concentraes de sais. Os sais atraem as molculas de gua do meio, de modo a ficar menos gua disponvel para as molculas proticas o que acarreta na diminuio da solubilidade e precipitao. 14 Como ocorre o processo de dilise? Resposta: A dilise um tipo de filtrao molecular. A mistura de protena e molculas pequenas (como sais) colocada dentro de um saco de material semipermevel (como o celofane). Quando o saco de dilise imerso em tampo as molculas proticas ficam retidas, enquanto que molculas pequenas ou ons atravessam a membrana de dilise. 15 Diferencie os diferentes tipos de cromatografia (troca inica, afinidade e filtrao em gel). Resposta: Na cromatografia de excluso molecular (ou filtrao em gel) a mistura de protenas passa por uma coluna que formada por polmeros que possuem pequenas cavidades. Ao contrrio das molculas grandes, as molculas pequenas conseguem entrar e sair destas cavidades ficando assim mais tempo retidas na coluna. As molculas grandes so ento eludas primeiro seguida das menores, ocorrendo assim a separao por tamanho molecular. Na cromatografia por afinidade uma molcula pela qual a protena de interesse tem afinidade ligada a uma matriz insolvel. A mistura de protenas ento passada por esta matriz, a protena que possui afinidade pelo ligante fica retida (por adsoro) enquanto que as outras protenas passam livremente. A protena adsorvida pode ser eluda da coluna por adio de soluo concentrada de ligante. A cromatografia de troca inica embasada na adsoro e ligao reversvel de molculas carregadas a grupos carregados com carga oposta ligados a uma matriz insolvel. O valor de pH onde uma biomolcula possui carga nata nula chamado de ponto isoeltrico (pI). Quando exposta a pH abaixo do seu pI, a biomolcula apresentar

carga positiva e poder ser atrada por colunas contendo grupos com cargas negativas (coluna trocadora de ction). Quando expostas a pH acima do seu pI, a biomolcula apresentar carga negativa e poder ser atrada por colunas contendo grupos com cargas positivas (coluna trocadora de nion).

16 Qual tipo de cromatografia poderia ser utilizada para separar: a) uma protena de 90 kDa de uma protena de 10 kDa. Resposta: a separao poderia ser feita por uma cromatografia de filtrao em gel. b) uma protena com carga positiva em pH 5 de uma protena cujo seu pI 5? Resposta: a separao poderia ser feita por uma cromatografia de troca inica usando-se um tampo em pH 5 como eluente e uma coluna dita trocadora de ctions. A protena que a presenta pI 5 passar livremente pela coluna enquanto que a outra (com carga positiva) ficar retida. c) uma protena que possui afinidade ao metal Zn de uma protena que no afinidade a este metal. Resposta: a separao poderia ser feita por uma cromatografia de afinidade. Neste caso usaria-se uma coluna cuja matriz possui o metal Zinco imobilizado, a protena que possui afinidade a este metal ficaria retida na coluna enquanto que a outra, por no possuir afinidade ao metal, seria eluda com o tampo. 17 Qual o principio da eletroforese? Resposta: Em um mesmo pH, protenas diferentes apresentaro cargas lquidas diferentes, o que determinar velocidades de migrao diferentes, se as protenas forem submetidas a um campo eltrico. Este o princpio da eletroforese. 18 Quais so os parmetros de separao de protenas em uma eletroforese bidimensional? Resposta: Os parmetros de separao de protenas em uma eletroforese bidimensional so: pI (ponto isoeltrico) e massa molecular.