I.-Como evolucionan los genes y los genomas I.1.

-Generacion de la variacin gentica Una mutacion que se produce en la lnea germinal se trasmite a la siguiente generacin. Una mutacion en las clulas somaticas, aunque podra tener consecuencias, como el cncer, no se trasmite a la descendencia. La pista de cambios genticos que se acumulan durante la evolucin se concentra en acontecimientos en la lnea germinal. I.1.2.-Cambios genticos que contribuyen a la evolucin La evolucin trabaja en secuencias de DNA que se heredan. Un gen o genoma no es enteramente nuevo. Las variaciones se suman durante millones de generaciones, el efecto acumulativo es un cambio radical. Existen 5 tipos bsicos Mutacion dentro de un gen Duplicacion gnica Supresion gnica: Por roturas de cromosomas y fallas en su reparacin Recombinacion de los exones: dos o mas genes existentes pueden romperse y volver a unirse para producir un gen hibrido Trasferencia gnica horizontal (intercelular) I.1.3.-Duplicacion de ADN Dan origen a familias de genes reacionadas dentro de una nica celula. Duplicacion y divergencia. I.1.4.-Evolucion del gen de la globina I.1.5.-Origen de nuevos genes por repeticin y recombinacin de exones Como los genes de albuminas, inmunoglobulinas y colgenas. Duplicaciones repetidasz de un solo segmento de DNA dentro de un gen. Pueden producirse debido a que el DNA se rompe y se vuelve a unir en cualquier sitio en los intrones largos a cada lado del exn que codifica el dominio proteico. I.2.-Investigacion del genoma humano Del primer borrador del genoma humano se dio cuenta en febrero de 2001, gracias al trabajo simultneo del Internacional Human Genome Sequencing Consortium (IHGSC), una agrupacin de organismos pblicos de diferentes instituciones, y de la empresa Celera Genomics que moviliz capital privado para invertir en esta tarea. Los borradores iniciales que se publican sobre cualquier genoma complejo suelen estar necesitados de un perfeccionamiento que resulta notablemente lento. El IHGSC ha hecho pblica recientemente la situacin actualizada de la secuencia1 lo que nos permite resumir con bastante precisin el diseo general y las caractersticas del genoma de nuestra especie (Tabla I). Destaca el hecho de que los casi 3.000.000 de pares de bases que integran los 23 cromosomas de la dotacin haploide2 de la especie, solo se identifican 20.00025.000 genes codificantes, un nmero mucho ms bajo del esperado.

I.2.1.-Como estn organizados nuestros genes

I.2.2.-Variacion gentica e individualidad A lo largo de la existencia de cada individuo, esa dotacin gentica que se incorpora a cada una de sus clulas puede sufrir algunas modificaciones. Son modificaciones que si se incorporan a las clulas germinales, espermatozoide u vulo, se transmitirn a la descendencia que de ellas pueda surgir. De forma esquemtica sealamos las fuentes de variabilidad gentica, y la forma en que se ponen de manifiesto en los anlisis genmicos, completos o parciales, que se vienen efectuando: - Mutaciones - Duplicaciones, transposiciones, inserciones, deleciones - Recombinacin La individualidad gentica resulta del hecho de que cada individuo procede de un gameto femenino y otro masculino, nica como tales, ciertamente individualizados frente a los dems gametos generados en la misma persona. nicamente cabe pensar en una identidad gentica en gemelos monocigticos, en los instantes iniciales de su desarrollo, porque posteriormente la propia variacin gentica individual podr hacer su aparicin. I.2.3.-ADN repetitivo -En tndem --DNA Satelite 10 a 15% de secuencias repetitivas del genoma Seris argas de cientos de kilobases de repetidos en tndem de 5-171 pb Heterocromatina pericentromerica

Otra porcin despersa en el genoma, comop amortiguador de mutaciones (hiptesis salvavidas de Hsu) --DNA alfa satlite, alfoide Heterocromatina centromerica (3 a 5%) Barrera para evitar recombinacin entre especies no realcionadas --DNA Minisatelite Secuencis cortas de 6 a 64 pb repetidas en tndem Telomerica (necesarias para mantener la integridad del cromosoma durante la replicacin, aadidas por la telomerasa)y la hipervariable (en regiones subtelomericas y dispersas, VNTR, huellas gnicas) --Microsatelite Bloque pequeos de 150 pb mximo de secuencias de 1 a 4 pb repetidas en tndem (STR) Cerca de regiones codificantes -Disperso --SINE 10% del genoma humano, siendo la familia Alu la mas comun Repeticin de 300 pb --LINE 5-12% del genoma humano, siendo LINE 1 o L1 la mas comn 200,000 a 500,000 copias de una secuencia de DNA de casi 6.1kb I.2.4.-ADN codificante I.2.5.-Farmacogenomica y farmacogenetica La farmacogenetica estudia la influencia de los genes en respuesta del organismo a los frmacos. La farmacogenomica es un trmino utilizado para describir el uso de las herramientas de la biologa molecular para aclarar como las variaciones en las secuencias del DNA de los individuos pueden disminuir o amplificar el efecto de algunos frmacos.

3.-Variacin Gentica Individual: Mutacin y Polimorfismo 3.1.-Mutacion Cualquier cambio en la secuencia de un nucletido o en la organizacin del ADN 3.1.2.-Mutaciones genmicas, cromosmicas y gnicas (errores en la reparacin del ADN y mutaciones durante la reparacin de daos en el ADN) -Genomicas: Afectan al numero de cromosomas Son las mas comunes Errores en la segregacion 1 por cada 25-50 divisiones meioticas Son frecuentes en celulas cancerosas -Cromosomicas: Alteran la estructura del cromosoma Una por cada 1700 divisiones celulares Pueden ser espontaneas o por errores en la segregacion Son incompatibles con la vida y con la reproduccion normal Son frecuentes en celulas cancerosas -Genicas: Alteran a los genes Tipos Sustituciones de pares de bases Inserciones Deleciones Producidas por: Errores en el proceso de replicacion Fallo de la reparacion del DNA daado Pueden ser espontaneas o por factores ambientales fisicos o qumicos La DNA polimerasa se encarga de duplicar la doble helice bajo reglas estrictas(A-T y G-C) a una velocidad de 50 pares de bases por segundo Solamente existe la introduccion de una base incorrecta en cada 10 millones de pares de bases Entre 10mil y 1 millon de nucleotidos por celula y por dia sufren daos debido a procesos quimicos espontaneos de origen ambiental Depuracion Desmetilacion Desaminacion 3.2.-Base molecular de la mutacion y su deteccin 3.2.1.-Sustitucion de nuceotidos, mutaciones de terminacin de cadena, mutaciones de ensamblaje del ARN, mutaciones puntos calientes, deleciones e inserciones -Sustituciones de Nucletidos (mutacin puntual) Altera el cdigo del triplete y puede causar la sustitucin de un aminocido por otro en el producto gnico

Representan casi 50% de todas las mutaciones que causan enfermedades gnicas en los humanos. Desvan el marco de lectura -Adiciones -Deleciones No desvan el marco de lectura Sustituciones a) Mutaciones silenciosas: Estas ltimas se llaman Neutras. b) Mutaciones de sentido errneo Mutaciones sin sentido, de terminacin de cadena Una mutacin crea un codn de terminacin puede causar una parada prematura de la traduccin. Una mutacin que destruya el codn de terminacin, prolongara la traduccin. Estas mutaciones constituyen aproximadamente el 12% de todas las que causan enfermedades. Mutaciones de ensamblaje del ARN Eliminacin de intrones necesitan las secuencias cerca de las fronteras intron/exn (sitio aceptor 3) y exn/intron (sitio donante 5) para formar el ARNm maduro. 2 tipos de mutaciones: Las que afectan a las bases que se precisan en los lugares donantes o aceptores interfieren o impiden el ensamblaje normal del ARN en ese lugar. El otro consiste en sustituciones de bases de intrones no afectan los sitios donante o aceptor pero crean sitios alternativos que compiten con los normales y la secuencia de ARNm maduro > intrones ensamblados de forma errnea. 10% de las enfermedades gnicas. Mutaciones puntos calientes En lneas generales se clasifican en: transiciones: Purina por purina y pirimidina por pirimidina transversiones: Purina por pirimidina y pirimidina por purina son puntos o zonas dentro del genoma donde se concentran mutaciones con una frecuencia mayor que la esperada si se distribuyeran al azar Forma mas frecuente es metilacin de residuos de Citosina (para formar metilcitosina) especialmente cuando estn inmediatamente localizados 5 a una Guanina. (5-CG-3) CT o GA Doblete CG es un verdadero hotspot Deleciones e inserciones Involucran pocos nucletidos, detectados por anlisis moleculares de secuenciado de nucletidos.

Inversin, duplica o translocacin de un gen importante, creando un hibrido nuevo. (transferencia de Southern o PCR) Raras veces visibles citogenticamente (delecin de 2-4 millones de bases) 3.2.2.-Mutacion somatica y cncer El cncer es una enfermedad gentica (espordicamente o con historia familiar) Genes causantes de cncer: oncogenes y genes supresores de tumores TSG: guardianes/cuidadores 3.2.3.-Defectos generalizados en la reparacin del cancer

3.3.-Trasposicion Un transposn o elemento gentico transponible es una secuencia de ADN que puede moverse de manera autosuficiente a diferentes partes del genoma de una clula En base a su contenido Transposn simple, secuencia de insercin o elemento de insercin (IS): Transposn compuesto (Tn): Segn estrategia de transposicin Clase I o retrotransposones Clase II o DNA transposones Clase III o MITE, por sus siglas en ingls "Miniature Inverted-repeats Transposable Elements". 3.4.-Concepto de Polimorfismo La palabra polimorfismo (poli, muchas; morfos, formas) refiere la variabilidad de un rasgo o caracterstica.

En gentica, un locus se define como polimrfico cuando al menos 1% de los cromosomas en la poblacin tiene una secuencia diferente a la de la mayor parte.

4.-Tecnicas de manipulacin de genes 4.1.- Como se analizan las molculas de ADN 4.1.1.-Enzimas de restriccin Las enzimas de restriccin, tambin conocidas como endonucleasas, son enzimas que cortan los enlaces fosfodiester del material gentico a partir de una secuencia que reconocen. Generalmente reconocen secuencias palindromicas Dos tipos de cortes -Extremos adhesivos o escalonados -Extremos romos Tipo I: Restringen (Cortan) y modifican (metilan). Cortan lejos de la secuencia de reconocimiento, ya sea ro arriba o ro abajo. Necesita ATP para moverse a travs de la molcula de DNA, desde el lugar de reconocimiento hasta el sitio del corte. Tipo II: Slo tienen actividad de restriccin. Cortan de manera consistente y predecible dentro de la secuencia que reconocen. Slo requieren Mg++ como cofactor. No necesitan ATP. Las Tipo III: Restringen (Cortan) y modifican (metilan) Cortan de 5-8 bases antes o despus de la secuencia que reconocen. Necesitan ATP para moverse a travs de la molcula de DNA, desde el lugar de reconocimiento hasta el sitio del corte. 4.1.2.-Electroforesis en gel Es una tcnica empleada para separar molculas basndose en propiedades como el tamao, la cantidad de nucletidos, peso molecular. Consiste en que molculas cargadas son forzadas a ir a travs de una matriz debido a un flujo de corriente elctrica.

La electroforesis en gel se utiliza generalmente con propsitos analticos, pero puede ser una tcnica preparativa para purificar molculas parcialmente antes de aplicar PCR, clonacin o secuenciacin de ADN. 4.1.3.-Secuenciacion de ADN

4.2.- Hibridacion de acidos ncleicos Es un proceso por el cual se combinan dos cadenas de cidos nucleicos antiparalelas y con secuencias de bases complementarias en una nica molcula de doble cadena, que toma la estructura de doble hlice, donde las bases nitrogenadas quedan ocultas en el interior. 4.2.1.-Transferencia Southern: Deteccion y anlisis de fragmentos de DNA de interes en un conjunto poco informativo de 1 millon de fragmentos obtenidos por accin de enzimas de restriccin. No detecta micro deleciones o inserciones pequeas. Detecta mutaciones o deleciones de gran tamao. 4.2.2.-Transferencia Northern o de RNA: Metodo para determinar el tamao y abundancia de un mRNA derivado de un determinado gen en una muestra de RNA. 4.2.3.-Transferencia Western: Evaluacion de una o ms protenas en clulas o tejidos. Para fenotipios clnicos concretos. Duchenne o Becker. 4.2.4.-Hibridacion in situ fluorescente (FISCH): DNa en metafase fijados en un portaobjeto se desnaturaliza para hacer uso de una sonda. Sonda: Molecula clonada de DNA o RNA marcada con radioactividad u otro trazador detectable, para identificar sus secuencias complementarias mediante hibridacin molecular. Para aberraciones cromosmicas 4.3.-Clonacion del DNA El proceso de la clonacin molecular implica la transferencia de una secuencia de DNA de inters a una clula de un microorganismo. 4.3.1.-Moleculas de ADN recombinante La ligacin de molculas de DNA de orgenes distintos, tal como un fragmento de DNA humano y un vector, se denomina tecnologa del DNA recombinante. 4.3.2.-Vectores para clonar ADN Vector: Molecula de DNA en la que se clona el gen o una secuencia de DNA de inters, y resulta capaz de de replicaerse en un huesped determinado. Plasmidos 4.3.3.-Genotecas de ADN Genoteca: coleccin de clones de cada unbo de los cuales contiene un vector al que se le ha insertado un fragmento diferente del DNA derivado ddel DNA o el RNA totales de una celula o tejido. Genoteca genmicas Genotecas de cDNA 4.3.4.-Reaccion en cadena de Polimerasa

PCR: Amplificacion enzimtica de un fragmento de DNA localizado entre un par de cebadores. Tipos: -En tiempo real, cuantitativa (DMD, portadoras de sexo femenino) -Anidad o nested -Multiple o Multiplex -PCR con transcriptasa inversa -PCR im situ Puesto que las temperaturas del ciclo (95 C en las fases de desnaturalizacin del ADN) suponen la inmediata desnaturalizacin de toda protena, se emplean ADN polimerasas termoestables, extradas de microorganismos adaptados a vivir a esas temperaturas, restrictivas para la mayora de los seres vivos. Dichos microorganismos, generalmente arqueas, son: Thermus aquaticus (polimerasa Taq), Pyrococcus furiosus (Pfu),Thermococcus litoralis (Vent) y Thermus thermophilus (Tth). Para enfermedades gnicas.