Capitulo 4 - O contedo do genoma. 4.1 Introduo A questo-chave sobre o genoma quantos genes que ele contm.

. Podemos pensar sobre o nmero total de genes em quatro nveis, que correspondem a sucessivos estgios na expresso g nica! O genoma o con"unto completo de genes de um organismo. #m ltima anlise, de$inida pela sequ ncia completa de %&A, embora, como uma questo prtica, poderia no ser possvel identi$icar cada gene inequivocamente somente com base da sequ ncia. O transcriptoma o con"unto completo de genes expressos em determinadas condi'(es. #la de$inida em termos de um con"unto de molculas de )&A que est presente e pode re$erir-se a um nico tipo de clula, ou para qualquer con"unto mais complexo de clulas, at ao organismo completo. *ma ve+ que alguns genes geram mltiplos m)&As, provvel que o transcriptoma se"a maior do que o nmero de genes de$inidos diretamente no genoma. , transcriptoma inclui )&As nocodi$icantes, bem como m)&As. O proteoma o con"unto completo de protenas. -sso deve corresponder ao m)&As do transcriptoma, embora possa haver di$eren'as de detalhes, re$letindo mudan'as na abund.ncia relativa ou estabilidades de m)&As e protenas. #le pode ser usado para se re$erir ao con"unto de protenas codi$icadas pelo genoma inteiro ou produ+idos em qualquer clula ou tecido particular. As protenas podem $uncionar de $orma independente ou como parte de con"untos mltiplas protenas. /e $osse possvel identi$icar todas as intera'(es protenaprotena, se poderia de$inir o nmero total de con"untos independentes de protenas. , nmero de genes no genoma pode ser identi$icado diretamente ao se de$inir as $ases de leitura aberta. 0apeamento em grande escala desta nature+a complicado pelo $ato de que os genes interrompidos podem consistir de vrias $ases de leitura aberta separadas. &o necessariamente teremos a in$orma'o sobre as $un'(es da protena ou dos produtos de protenas, ou uma prova, que todas so expressas, assim esta abordagem restrita a de$ini'o o potencial do genoma. &o entanto, existe uma

$orte suspeita de que qualquer $ase de leitura aberta conservada provvel de ser expressa. ,utra abordagem a de de$inir o nmero de genes diretamente em termos do transcriptoma 1identi$icando diretamente todo o m)&As2 ou proteoma 1identi$icando diretamente todas as protenas2. -sso d uma garantia de que estamos lidando com genes autnticos que so expressos em circunst.ncias conhecidas e permite perguntar quantos genes so expressos em um tipo clula ou tecido particular, que varia'o existe nos nveis relativos de expresso, e quantos dos genes so expressos em uma clula particular so nicos para essa clula ou tambm so expressos em outro lugar. #m rela'o aos tipos de genes, podemos perguntar se um determinado gene essencial! o que acontece com um mutante nulo3 /e uma muta'o nula letal, ou o organismo tem um de$eito visvel, pode-se concluir que o gene essencial ou pelo menos transmite uma vantagem seletiva. &o entanto, alguns genes podem ser suprimidos sem e$eito aparente sobre o $en4tipo. /o estes genes realmente dispensveis, ou ser resultam de uma desvantagem seletiva por aus ncia do gene, talve+, em outras circunst.ncias, ou durante longos perodos de tempo3 4.2 Genomas podem ser mapeados em vrios nveis resoluo. %e$inir o contedo de um genoma essencialmente signi$ica $a+er um mapa. Podemos pensar em mapear genes e genomas em vrios nveis de resolu'o! , mapa gentico 1ou liga'o2 se identi$ica a dist.ncia entre as muta'(es em termos de $requ ncias de recombina'o. #le limitado por sua depend ncia em rela'o 5 ocorr ncia de muta'(es que a$etam o $en4tipo. Porque $requ ncias de recombina'o podem ser distorcidas em rela'o 5 dist.ncia $sica entre os stios, no representa com preciso dist.ncias $sica ao longo do material gentico. , mapa de liga'o tambm pode ser construdo medindo a recombina'o entre os stios no %&A gen6mico. #stes stios t m varia'(es na sequ ncia que geram di$eren'as na susceptibilidade 5 clivagem por certas en+imas 1restri'o2. *ma ve+ que tais varia'(es so comuns, tal mapa pode ser preparado para qualquer organismo, independentemente da ocorr ncia de mutantes. #le tem a mesma

desvantagem como qualquer mapa de liga'o em que as dist.ncias relativas so baseadas em recombina'o. , mapa de restri'o construdo por clivagem de %&A em $ragmentos com en+imas de restri'o e medindo a dist.ncia entre os stios de clivagem. -sto representa dist.ncias em termos de comprimento de %&A, de modo que $ornece um mapa $sico do material gentico. , mapa de restri'o no identi$ica intrinsecamente locais de interesse gentico. Para que possa ser relacionada com o mapa gentico, as muta'(es t m que ser caracteri+adas em termos dos seus e$eitos sobre os stios de restri'o. 7randes mudan'as no genoma podem ser reconhecidas porque eles a$etam o tamanho ou o nmero de $ragmentos de restri'o. As muta'(es pontuais so mais di$ceis de detectar. , mapa $inal para determinar a sequ ncia do %&A. A partir da sequ ncia, pode-se identi$icar os genes e as dist.ncias entre eles. Ao analisar o potencial de codi$ica'o da protena de uma sequ ncia de %&A, pode-se dedu+ir se representa uma protena. , pressuposto bsico que a sele'o natural impede o acmulo de muta'(es pre"udiciais em sequ ncias que codi$icam protenas. -nvertendo a argumenta'o, pode-se supor que uma sequ ncia de codi$ica'o intacta provvel de ser utili+ado para gerar uma protena. Atravs da compara'o da sequ ncia de um %&A do tipo selvagem com a de um alelo mutante, $cil determinar a nature+a de uma muta'o e o seu stio exato de ocorr ncia. -sto de$ine a rela'o entre o mapa gentico 1baseado totalmente em stios de muta'o2 e o mapa $sico 1com base na sequ ncia de %&A, ou mesmo o que pode ser $ormando por est2. 8cnicas similares so utili+adas para identi$icar e sequenciar os genes e para mapear o genoma, embora, naturalmente, exista uma di$eren'a de escala. #m cada caso, o princpio a obten'o de uma srie de $ragmentos sobrepostos de %&A de que podem ser conectados em um mapa contnuo. A caracterstica essencial que cada segmento est relacionada com o segmento seguinte do mapa caracteri+ando a sobreposi'o entre eles, para que possamos ter certe+a de que nenhum segmento est $altando. #ste princpio aplicado para organi+ar grandes $ragmentos em um mapa e para conectar as sequencias que comp(em os $ragmentos.

4. Genomas individuais mostram ampla variao. &a perspectiva mendeliana original do genoma, os alelos se classi$icam como de tipo selvagem ou mutante. Posteriormente, reconhecida a exist ncia de mltiplos alelos, cada um com um e$eito di$erente sobre o $en4tipo. #m alguns casos, pode at no ser apropriado de$inir algum alelo como do 9tipo selvagem9. A coexist ncia de mltiplos alelos em um locus chamada polimor!ismo gentico. Por de$ini'o, qualquer stio em que existem mltiplos alelos como componentes estveis da popula'o polim4r$ico. *m alelo geralmente de$inido como polim4r$ico se est presente com uma $requ ncia na popula'o de : l;. <ual 5 base do polimor$ismo entre os alelos mutantes3 #les possuem di$erentes muta'(es que alteram a $un'o da protena, produ+indo assim altera'(es no $en4tipo. /e compararmos os mapas de restri'o das sequ ncias de %&A destes alelos, esses tambm sero polim4r$icos no sentido de que cada mapa ou a sequ ncia ser di$erente dos outros. Apesar de no ser evidente a partir do $en4tipo, o tipo selvagem mesmo pode ser polim4r$icos. As vers(es mltiplas do alelo do tipo selvagem podem ser distinguidas por di$eren'as na sequ ncia que no a$etam a sua $un'o, e que, portanto, no produ+em variantes $enotpicas. *ma popula'o pode ter grande polimor$ismo ao nvel do gen4tipo. #m um locus determinado podem existir muitas variantes de sequ ncias di$erentes= algumas delas so evidentes porque a$etam o $en4tipo, mas outras esto escondidas, porque no t m nenhum e$eito visvel. #nto, pode haver um continuum de mudan'as em um locus, incluindo aqueles que mudam a sequ ncia do %&A, mas no alteram a sequ ncia da protena, sem a$etar sua $un'o, e aqueles que trans$ormam a sequ ncia de protena sem a$etar sua $un'o, aqueles que criam protenas com atividades di$erentes, e aqueles que criam protenas mutantes que so no $uncionais. <uando se compara os alelos, uma mudan'a em um nico nucleotdeo chamada de polimor!ismo de nucleotdeo nico 1/&P-single nucleotide polymorphism2. *m destas mudan'as ocorre a cada >?@AA bases no genoma humano. %e$inido por seus /&Ps, cada ser humano nico. ,s /&Ps podem ser detectados por vrios meios, que varia desde compara'o direta de sequ ncia at mtodos

bioqumicos ou de espectroscopia de massa, que produ+em di$eren'as com base nas varia'(es de sequ ncias de uma regio de$inida. , ob"etivo de mapeamento gentico a obten'o de um catlogo de variantes comuns. A $requ ncia observada de /&Ps por genoma prev que, em rela'o 5 popula'o humana como um todo 1tomando a soma de todos os genomas humanos de todos os indivduos viventes2 deve ter :?A milh(es de /&Ps que ocorrem a uma $requ ncia de :?;. B $oram identi$icados :? milho. Alguns polimor$ismos do genoma podem ser detectados atravs da compara'o dos mapas de restri'o de indivduos di$erentes. , critrio uma mudan'a no padro de $ragmentos produ+idos por clivagem com uma en+ima de restri'o. A Cigura D.? mostra que, quando no genoma de um indivduo h um stio alvo, e est ausente no outro, a clivagem adicional do primeiro genoma vai gerar dois $ragmentos que correspondem ao $ragmento nico do segundo genoma.

, mapa de restri'o independente da $un'o gentica= de modo que neste nvel, um polimor$ismo pode ser detectado apesar da mudana de sequncia afetar o fentipo. Provavelmente muitos poucos dos polimor$ismos dos stios de restri'o de um genoma realmente a$etam o $en4tipo. A maioria envolve altera'(es na sequ ncia que no t m e$eito sobre a produ'o de protenas 1por exemplo, devido a que se encontram entre os genes2. *ma di$eren'a nos mapas de restri'o dos indivduos chamada de polimor!ismo no comprimento de !ragmentos de restrio 1"#$%- restriction fragment length polymorphism2. Easicamente, um )CFP um /&P que est locali+ado no stio alvo de uma en+ima de restri'o, que pode ser utili+ado como um marcador gentico, exatamente do mesmo modo que qualquer outro marcador. #m ve+ de analisar alguma caracterstica do $en4tipo, se avalia diretamente o gen4tipo, como

revelado pelo mapa de restri'o. &a $igura D.G se observa a genealogia de um polimor$ismo de restri'o seguido por tr s gera'(es. #le exibe segrega'o mendeliana nos $ragmentos de marcadores de %&A.

4.4 "#$%s e &'%s podem ser usados para o mapeamento gen(tico. Crequ ncia de recombina'o pode ser medida entre um marcador de restri'o e um marcador $enotpico visvel, tal como ilustrado na $igura D.@. Assim, um mapa gentico pode incluir tanto marcadores genotpicos e $enotpicos.

0arcadores de restri'o no se restringem a essas altera'(es gen6micas que a$etam o $en4tipo= como resultado, eles $ornecem a base de uma tcnica extremamente poderosa para a identi$ica'o de loci genticos ao nvel molecular. *m problema tpico uma muta'o com e$eitos conhecidos sobre o $en4tipo, em que o locus gentico relevante pode ser colocado sobre um mapa gentico, mas para a qual se desconhece o gene ou a protena correspondente. 0uitas doen'as humanas pre"udiciais

ou $atais se enquadram nesta categoria. Por exemplo, a $ibrose cstica mostra a heran'a mendeliana, mas a nature+a molecular da $un'o mutante era desconhecida at que se pudesse ser identi$icado como um resultado da caracteri+a'o do gene. /e polimor$ismos de restri'o ocorrem aleatoriamente no genoma, alguns deveriam ocorrer perto de qualquer gene alvo em particular. #stes marcadores de restri'o se identi$icam em virtude de sua liga'o estreita com o $en4tipo mutante. /e compararmos o mapa de restri'o do %&A de pacientes que so$rem de uma doen'a, com o %&A de pessoas saudveis, poderia descobrir que, nos pacientes sempre h um determinado stio restri'o em particular 1ou sempre ausente2. *m exemplo hipottico mostrado na $igura D.D. #sta situa'o corresponde ao descobrimento encontrar de liga'o de ?AA; entre o marcador de restri'o e o $en4tipo. -sso implicaria que o marcador restri'o $ica to perto do gene mutante que ele nunca separado dele por recombina'o.

A identi$ica'o de um marcador de tal caracterstica tem duas consequ ncias importantes! Pode o$erecer um procedimento de diagn4stico para a detec'o da doen'a. Algumas das doen'as humanas que so geneticamente bem caracteri+adas, mas mal de$inidas em $un'o moleculares e no so $acilmente diagnosticadas. /e um marcador de restri'o est ligado con$iavelmente ao $en4tipo, ento a sua presen'a pode ser usada para diagnosticar a doen'a.

 -sso pode levar ao isolamento do gene. , marcador de restri'o deve estar relativamente perto do gene no mapa gentico se os dois loci raramente ou nunca se recombinam. &o que se considera 9)elativamente pr4ximo9, em termos genticos, podem estar a uma dist.ncia considervel em termos de pares de bases do %&A= no entanto, o marcador de restri'o $ornece um ponto de partida a partir do qual podemos prosseguir ao longo do %&A para locali+ar o pr4prio gene. A $requ ncia da ocorr ncia de /&Ps no genoma humano torna-os teis para o mapeamento gentico. %os ?,H x ?AI /&Ps que " $oram identi$icados, existe, em mdia, um /&P a cada ? a G Jb. -sso deve permitir a locali+a'o rpida de genes de doen'as novas, locali+ando-os entre os /&Ps mais pr4ximos. /eguindo o mesmo princpio, o mapeamento de )CFP esteve no uso por algum tempo. *ma ve+ que um )CFP $oi atribudo a um grupo de liga'o, que pode ser colocado sobre o mapa gentico. &o homem e no rato, este mapa levou 5 constru'o de mapas de liga'o para ambos os genomas. A liga'o de um stio desconhecido pode ser provada com estes stios e pode ser colocado rapidamente no mapa. K menos )CFPs que /&Ps= assim, a resolu'o do mapa )CFP , em princpio, mais limitada. A $requ ncia do polimor$ismo signi$ica que cada indivduo tem um con"unto nico de /&Ps ou )CFPs. A combina'o espec$ica de stios encontrados numa regio espec$ica denominada )apl*tipo, um gen4tipo em miniatura. , conceito de hapl4tipo $oi originalmente introdu+ido para descrever a constitui'o gentica do locus principal de histocompatibilidade, uma regio que especi$ica protenas de import.ncia do sistema imunol4gico 1ver Laptulo G@, %iversidade -mune2. Agora o conceito $oi estendido a descrever a combina'o particular de alelos ou de stios de restri'o 1ou qualquer outro marcador gentico2 presentes em alguma rea de$inida do genoma. *sando /&Ps, criou-se um detalhado mapa de hapl4tipos do genoma humano, que $acilitou a disposi'o dos mapas de genes causadores de doen'as. A exist ncia de )CFPs $ornece a base de uma tcnica para estabelecer rela'(es inequvocas entre progenitores e sua prog nie. &os casos em que a $ilia'o est em dvida, uma compara'o entre o mapa )CFP em uma regio do cromossomo adequado entre pais e $ilho em potencial permite a atribui'o absoluta do relacionamento. A utili+a'o da anlise de restri'o de %&A para identi$icar os

indivduos tem sido chamada +', !ingerprinting (impresso digital do DNA). #m anlises de sequ ncias 9minissatlites9 especialmente das variveis se utili+a o mapeamento do genoma humano 1ver /ec'o I.?D, ,s minissatlites so teis para o mapeamento gentico2. 4.- %or .ue Genomas so to grandes/ A quantidade total de %&A do genoma 1haploide2 uma caracterstica de cada espcie viva conhecida como o seu valor C. K uma enorme varia'o na classe de valor L, a partir de M?AI pb para um micoplasma at :?A?? pb para algumas plantas e alguns an$bios. Cigura D.H resume a diversidade de valor L encontrado em di$erentes $ilos evolutivos. K um aumento do tamanho minimum de genoma encontrado em cada grupo 5 medida que a complexidade aumenta. &o entanto, o aumento dos valores absolutos de %&A nos eucariotos superiores, observado grandes varia'(es nos tamanhos de genoma dentro de alguns $ilos.

&a $igura D.I, o diagrama da quantidade mnima de %&A necessrio para um membro de cada grupo sugere para $ormar procariotos mais complexos e eucariotos in$eriores necessrio que o genoma aumente de tamanho.

,s micoplasmas so os menores procariotos e seus genomas so s4 > @x o tamanho de um bacteri4$ago grande. , tamanho das bactrias come'am em >G x ?AI pb. ,s eucariotos unicelulares 1cu"o estilo de vida pode ser semelhante dos procariotos2 tambm vivem com genomas que so pequenos, apesar de serem maiores do que os das bactrias. /endo um eucarioto em si isso no implica um grande aumento no tamanho do genoma= uma levedura pode ter um tamanho de genoma de >?,@ x ?AN pb , que apenas cerca de duas ve+es o tamanho de um genoma bacteriano mdio. *m aumento de duas ve+es no tamanho do genoma adequado para apoiar o molde viscoso do Dictyostelium discoideum, que capa+ de viver nos modos unicelulares ou multicelulares. O necessrio um novo aumento em complexidade para produ+ir os primeiros organismos totalmente multicelulares= o verme nematoide aenorha!ditis elegans tem um %&A de P x ?AN pb. 8ambm na listagem na $igura D.N podemos ver o aumento constante no tamanho do genoma de acordo com a complexidade de alguns dos organismos mais comumente analisado. O necessrio aumentar o tamanho do genoma, a $im de que se $ormem insetos, aves, an$bios, e mam$eros. Lontudo, ap4s este ponto no h uma boa rela'o entre o tamanho do genoma e a complexidade mor$ol4gica do organismo.

/abemos que os genes que so muito maiores do que as sequ ncias necessrias para codi$icar para protenas, porque os ex4ns 1regi(es codi$icadoras2 podem compreender apenas uma pequena parte do comprimento total de um gene. -sto explica porque que h muito mais %&A do que necessrio para proporcionar $ases de leitura para todas as protenas do organismo, pois grandes segmentos de um gene interrompido podem no estar relacionados com a codi$ica'o de protenas. Alm disso, tambm podem existir $ragmentos signi$icativos de %&A entre os genes,

de modo que no possvel dedu+ir o nmero de genes atravs do tamanho total do genoma. , parado0o do valor C re$ere-se 5 aus ncia de correla'o entre o tamanho do genoma e da complexidade gentica. #xistem algumas varia'(es extremamente curiosas a respeito do tamanho relativo do genoma. , sapo "enopus e o homem t m os genomas essencialmente do mesmo tamanho, porm, supomos que o homem mais complexo em termos de desenvolvimento genticoQ #m alguns $ilos, as varia'(es no contedo de %&A entre organismos que no di$erem muito em complexidade so extremamente grandes 1ve"a a $igura D.H2. 1-sto especialmente notado em insetos, an$bios e plantas, mas no ocorre em aves, rpteis e mam$eros, os quais mostram pouca varia'o dentro do grupo, com uma gama de tamanhos de genoma >Gx2. *m grilo tem o tamanho do genoma ?lx maior que de uma mosca de $ruta. #m an$bios, os menores genomas so M ?AR pb, enquanto os maiores so > ?A?? pb. O pouco provvel que se necessite uma grande di$eren'a no nmero de genes necessrios para especi$icar esses an$bios. &o se entende por que a sele'o natural permite esta varia'o, ou se tem consequ ncias evolutivas. 4.1 Genomas eucari*ticos cont2m tanto se.uencias de +', repetitivas e no repetitivas. As caractersticas gerais do genoma eucari4tico podem ser avaliadas pela cintica de reassocia'o do %&A desnaturado. #sta tcnica $oi utili+ada extensivamente antes que $osse possvel o sequenciamento de %&A em larga escala. Lom a cintica de reassocia'o se identi$icam dois tipos gerais de sequ ncias gen6micas! +', no repetitivas consiste de sequ ncias nicas! existe apenas uma c4pia em um genoma haploide. +', repetitivo consiste das sequ ncias presentes em mais de uma c4pia em cada genoma. , %&A repetitivo muitas ve+es dividido em dois tipos gerais! , %&A moderadamente repetitivo consiste de sequ ncias relativamente curtas, que so utili+adas normalmente ?A S ?AAA x no genoma. As

sequ ncias esto dispersas ao longo do genoma e so responsveis pelo elevado grau de $orma'o da estrutura secundria na pr-)&Am, quando repeti'(es 1invertidas2 nos ntrons se emparelham de modo a $ormar regi(es de duplex. , %&A altamente repetitivo consiste em sequ ncias muito curtas 1tipicamente M ?AA pb2 presentes muitas milhares de ve+es no genoma, $requentemente organi+ados em longas repeti'(es em tandem 1ver sec'o I.??, %&As /atlite encontram-se $requentemente em Keterocromatina2. &enhuma classe representa as protenas. A propor'o do genoma ocupada por %&A no repetitivos varia amplamente. A $igura D.P resume a organi+a'o do genoma de alguns organismos representativos. ,s procariotos contem apenas %&A no repetitivos. Para eucariotos in$eriores, a maior parte do %&A no repetitiva= MGA; $orma parte de um ou mais componentes moderadamente repetitivas. &as clulas animais, muitas ve+es at metade do %&A ocupado por componentes moderadamente e altamente repetitivos. #m plantas e an$bios, os componentes moderada e altamente repetitivos podem representar at PA; do genoma, de modo que o %&A no repetitivo redu+ido a um componente minoritrio.

*ma parte signi$icativa do %&A moderadamente repetitivo consiste em transposons, sequ ncias curtas de %&A 1>l Jb 2 que t m a capacidade de mover-se para novas locali+a'(es no genoma eTou para $a+er c4pias adicionais de si mesmos 1ver Laptulo G?, 8ransposons e Laptulo GG, )etrovrus e )etroposons2. #m alguns

genomas eucari4ticos superiores eles podem at ocupar mais de metade do genoma 1ver /ec'o H.H, , genoma humano tem menos genes do que o esperado2. #m ocasi(es os transposons se adaptam ao conceito de +', egosta, que de$inido como as sequ ncias que se propagam por si mesmas dentro de um genoma, sem contribuir para o desenvolvimento do organismo. ,s transposons muitas ve+es podem promover rearran"os gn6micos, e estes poderiam con$erir vantagens seletivas. Porm, "usto que se diga que realmente no se sabe por que $or'as seletivas no agem contra transposons se convertendo em propor'o to grande do genoma. ,utro termo que usado para descrever o excesso aparente de %&A U DNA de li#oV, ou se"a, sequ ncias gen6micas sem qualquer $un'o aparente. ,bviamente, provvel que no genoma exista um equilbrio entre a gera'o de novas sequ ncias e a elimina'o das sequ ncias indese"adas, e que certa propor'o de %&A que aparentemente no tem $un'o pode estar no processo de ser eliminada. , comprimento do componente no repetitivo de %&A tende a aumentar com o tamanho total do genoma, con$orme se procede a um tamanho total de genoma de >@x ?AR 1caracterstico dos mam$eros2. &o entanto, mais aumentos no tamanho do genoma, geralmente re$letem um aumento na quantidade e propor'o dos componentes repetitivos, de tal $orma que raro para um organismo ter um componente de %&A no repetitivo : G x lA R. Portanto, o contedo de %&A no repetitivo do genoma, concorda com nosso senso de relativa complexidade do organismo. $. coli tem D,G x ?AI bp= . elegans aumenta a uma ordem de magnitude de I,I pb x ?AN= D. melanogaster aumenta em mais de >?AP pb, e nos mam$eros o aumento ainda mais outra ordem de magnitude, de >G x ?AR pb. <ue tipo de %&A corresponde a genes que codi$icadores de protenas3 A cintica de reassocia'o geralmente mostra que o m)&A derivado de %&A no repetitivo. A quantidade de %&A no repetitivo , portanto, uma indica'o melhor do potencial codi$icador do que o %&A total. 1&o entanto, uma anlise mais detalhada com base em sequ ncias gen6micas mostra que muitos ex4ns tem sequ ncias relacionadas em outros ex4ns Wver /ec'o @.H, As sequ ncias de xons so conservados, mas ntrons variamX. 8ais xons evoluem por uma duplica'o para se obter c4pias que inicialmente so id nticas, mas que, em seguida, divergem em sequ ncia durante a evolu'o2.

4.3 Genes podem ser isolados pela Conservao dos 40ons. Algumas estratgias importantes para a identi$ica'o de genes baseiam-se no contraste entre a conserva'o dos xons, e a varia'o dos ntrons. #m uma regio que contm um gene cu"a $un'o $oi conservada entre uma gama de espcies, a sequ ncia que representa a protena deve ter duas propriedades distintas! %eve ter uma $ase de leitura aberta, # provvel que tenha uma sequ ncia relacionada em outras espcies #stas caractersticas podem ser usadas para isolar genes. /uponha que por dados genticos se sabe que uma caracterstica gentica particular est locali+ada em uma determinada regio cromoss6mica. /e se desconhece a nature+a do produto do gene, como se identi$ica o gene em uma regio que pode ser, por exemplo, : l 0b3 *ma abordagem heroica cu"a e$iccia tem sido demonstrada com alguns genes de import.ncia mdica consiste em detectar $ragmentos relativamente curtos da regio das duas propriedades esperadas de um gene conservado. Primeiro se tenta identi$icar $ragmentos submetidos a hibridi+a'o cru+ada com os genomas de outras espcies, em seguida, estes $ragmentos so examinados para $ases de leitura aberta. , primeiro critrio aplicado atravs da reali+a'o de 5oo 6lot. *sam-se $ragmentos curtos da regio como sondas 1radioativas2 para testar a presen'a de %&A relacionadas em uma variedade de espcies atravs da hibridi+a'o de /outhern blotting. /e se encontrar $ragmentos de hibrida'o relacionados com a sonda em vrias espcies - a sonda tipicamente humana -, est se torna um candidato para um xon do gene. ,s candidatos so sequenciados, e quando cont m $ases de leitura abertas que so usados para isolar regi(es gen6micas circundantes. /e estas parecem ser parte de um xon, posteriormente podero ser utili+ados para identi$icar o gene completo, para isolar o c%&A ou o m)&A correspondentes e, $inalmente, para identi$icar a protena.

#sta estratgia especialmente importante quando o gene alvo est disperso, porque tem numerosos ntrons proeminentes, como no caso da distro$ia muscular de %uchenne 1%0%, Duchene muscular dystrophy2, uma doen'a degenerativa muscular que ligado ao cromossomo Y, presente em um a cada @HAA nascimentos masculinos humanos. ,s passos para identi$icar o gene esto resumidos na $igura D.R.

0ediante a anlise de liga'o que se locali+a no locus correspondente a banda cromoss6mica YpG?. ,s Pacientes com a doen'a, muitas ve+es t m rearran"os cromoss6micos envolvendo essa banda. Ao comparar a capacidade de sondas de %&A ligadas ao cromossomo Y para hibridi+ar-se com o %&A de pacientes com %&A normal, se obtm $ragmentos clonados correspondentes 5 regio que $oi rearran"ada ou eliminada no %&A do paciente. *ma ve+ que se tenha obtido uma amostra de %&A locali+ado na vi+inhan'a geral do gene alvo, possvel 9caminhar 9 ao longo do cromossoma at se chegar ao gene. A caminhada cromoss6mica $oi usado para construir um mapa de restri'o das regi(es de cada lado da sonda, que cobriu uma regio de :?AA Jb. A partir de anlises do %&A de uma srie de pacientes se identi$icaram grandes dele'(es em ambas as dire'(es. A supresso mais signi$icativa aquela que est contida inteiramente dentro da regio, porque esta de$ine um segmento importante para a $un'o do gene e indica que este, ou pelo menos parte dele encontra-se nesta regio.

*ma ve+ na regio do gene, se deve identi$icar os xons e ntrons. 0ediante uma anlise de hibridi+a'o inespec$ica se identi$icaram $ragmentos que apresentam hibridi+a'o cru+ada com o cromossomo Y do rato e com outras molculas de %&A de mam$ero. Lon$orme resumido na $igura D.?A estes $oram examinados para $ases de leitura aberta e as sequ ncias tpicas de "un'(es xon-ntron. ,s $ragmentos que cumpriam estes critrios $oram utili+ados como sondas para identi$icar sequ ncias hom4logas de uma biblioteca de c%&A preparada a partir de m)&A de msculo.

, c%&A correspondente ao gene identi$ica excepcionalmente grandes m)&A de aproximadamente ?D Jb. A hibridi+a'o revertida para o genoma mostrar que o m)&A est representado em : IA xons, que so distribudos por >GAAA Jb de %&A, no qual isso $a+ com que o gene %0% se"a o mais longo at agora identi$icado. , gene codi$ica uma protena de HAA J% chamada distro$ina, que um dos componentes do msculo e est presente em quantidades relativamente baixas. 8odos

os pacientes a$etados com esta doen'a apresentam dele'o neste locus e $alta de distro$ina 1ou tem de$eito2. , msculo tambm se distingue por ter a maior protena conhecida, a titina, com quase GN mil aminocidos. , gene correspondente tem o maior nmero de xons 1?NP2 e o xon mais longo do genoma humano 1?NAAA pb2 . ,utra tcnica que permite examinar rapidamente os $ragmentos gen6micos para detectar a presen'a de xons chamada de tcnica de captura de (0ons. A $igura D.?? mostra que se inicia com um vetor que contm um promotor $orte e tem um nico ntron entre os dois xons. <uando este vetor introdu+ido nas clulas por trans$ec'o, a sua transcri'o gera grandes quantidades de um )&A que contm as sequ ncias dos dois xons. %entro de um stio de restri'o-clonagem que se utili+a para inserir $ragmentos gen6micos de uma regio de interesse. /e um $ragmento no contm um xon, no h altera'o no padro de corte e splicing, e o )&A conter apenas as mesmas sequ ncias que o vetor progenitor. Lontudo, se o $ragmento gen6mico contm um xon rodeado por duas sequ ncias intr6nicas parciais, se reconhecem os stios de corte e splicing em ambos os lados deste xon e sua sequencia inserida no )&A, entre os dois xons do vetor. &o di$cil detectar este processo por transcri'o reversa do )&A citoplasmtico em c%&A utili+ando rea'o em cadeia de polimerase 1PL)- polymerase chain reaction2 para ampli$icar as sequ ncias locali+adas entre os dois xons do vetor. Assim, o aparecimento de sequ ncias a partir do $ragmento gen6mico na popula'o ampli$icada indica que um xon $oi preso. Lomo nas clulas animais os ntrons geralmente so grandes e xons so pequenos, existe uma elevada probabilidade de que uma $ragmento parte aleat4ria do %&A gen6mico contenha a estrutura necessria de um xon rodeado por ntrons parciais. &a verdade, a captura de xons podem imitar os eventos que ocorreram naturalmente durante a evolu'o de genes 1ver /ec'o @.P, Lomo evoluiu os genes interrompidos32.

4.7 , Conservao da Organi5ao do Genoma a8uda a identi!icar genes. *ma ve+ montada a sequ ncia de um genoma, todavia se tem que identi$icar os genes dentro dela. As sequ ncias codi$icadoras representam uma $ra'o muito pequena. ,s xons podem ser identi$icados como $ases de leitura aberta ininterruptas, $lanqueadas por sequ ncias apropriadas. <uais os critrios para identi$icar um gene ativo de uma srie de xons3 A Cigura D.?G mostra que um gene ativo deve consistir de uma srie de xons em que o primeiro xon segue imediatamente a um promotor, os xons internos so $lanqueados por "un'(es adequadas corte e de splicing, e o ltimo xon seguido por sinais de processamento @Z= unindo os xons pode dedu+ir-se uma nica $ase de leitura aberta come'ando com um c4don de inicia'o e terminando com um c4don de termina'o. ,s xons internos podem identi$icar-se como $ases de leitura aberta $lanqueadas por uni(es de corte e splicing. &os casos mais simples, o primeiro e o ultimo xon iniciam e terminam a regio codi$icadora, respectivamente 1bem como, as regi(es no tradu+idas HZ e @Z2. #m casos mais complexos, esse xons podem ter apenas regi(es no tradu+idas e, portanto, serem mais di$ceis de identi$icar.

,s algoritmos que so usados para ligar os xons no so completamente e$ica+es, quando o genoma muito grande e os xons esto muito separados por grandes dist.ncias. Por exemplo, na anlise inicial do genoma humano se mapearam ?NA.AAA xons em @G.AAA genes. -sso pouco provvel que se"a correto, porque d uma mdia de H,@ xons por gene, enquanto a mdia de genes individuais que $oram totalmente caracteri+ados de ?A,G, de modo que, ou se omitiram muitos xons, ou eles devem se ligar de $orma di$erente em um nmero menor de genes em toda a sequ ncia do gen6mica. 0esmo quando a organi+a'o de um gene est corretamente identi$icada, surge o problema de se distinguir entre os genes ativos e pseudogenes. 0uitos pseudogenes podem ser reconhecidos por de$eitos 4bvios que do lugar a muta'(es mltiplas que resultam uma sequ ncia de codi$icadora inativa. ,s pseudogenes que surgiram mais recentemente no acumulam tantas muta'(es e, portanto, pode ser mais di$cil de reconhecer. #m um exemplo extremo, o rato tem apenas um gene %apdh ativo 1que codi$ica para a gliceraldedo-$os$ato-desidrogenase2, mas tem > DAA pseudogenes. Lerca de ?AA desses pseudogenes inicialmente parecia ser ativo na sequ ncia do genoma do rato, e $oi necessrio examina-los um por um para exclulos da lista de genes ativos. A certe+a de que um gene est ativo pode ser aumentada por meio da compara'o de regi(es dos genomas de espcies di$erentes. Kouve uma reorgani+a'o geral muito ampla das sequ ncias entre os genomas de rato e de humanos, como visto no simples $ato de que no genoma haploide de humanos existem G@ cromossomos e no de ratos GA cromossomos. &o entanto, a nvel local, a ordem genes geralmente a mesma! quando se compara os pares de hom4logos

humano e de ratos, os genes situados em ambos os lados tambm tendem a ser hom4logos. #sta rela'o chamada sintenia. &a $igura D.?@ mostra a rela'o entre cromossomo ? do rato e o con"unto cromoss6mico humano, se observa que G? segmentos deste cromossomo do camundongo t m hom4logos sint nicos nos cromossomos humanos. A extenso da remodela'o que ocorreu entre os genomas demonstrado pelo $ato de que os segmentos esto distribudos em seis cromossomas humanos di$erentes. ,s mesmos tipos de rela'o so encontrados em todos os cromossomos do rato com exce'o do cromossomo Y, sint nico apenas com o cromossomo humano Y. -sto explicado pelo $ato de que o Y um caso especial, su"eito a dosagem de compensa'o para a"ustar a di$eren'a entre os homens 1uma c4pia2 e mulheres 1duas c4pias2 1ver sec'o @?.H, ,s cromossomos Y podem so$rer altera'(es globais2. -sto pode exercer presso seletiva contra a transloca'o de genes at o cromossoma Y.

A compara'o das sequ ncias do genoma de ratos e de humanos revela que : RA; de cada genoma encontra-se em blocos sint nicos que variam muito em tamanho 1a partir de @AA Jb a IH 0b2. #xiste um total de @DG segmentos sint nicos, com um comprimento mdio de N [b 1A,@; do genoma2. # RR; dos genes de rato tem um hom4logo no genoma humano= e para RI; destes genes, esses hom4logos se encontram em uma regio sint nica. A compara'o dos genomas $ornece in$orma'(es interessantes sobre a evolu'o das espcies. , nmero de $amlias de genes nos genomas de rato e de humanos o mesmo, e uma di$eren'a importante entre as espcies a expanso di$erencial de $amlias espec$icas de um dos genomas. -sto especialmente visvel em genes que a$etam caractersticas $enotpicas que so nicas para a espcie. &os ratos, das GH $amlias para os quais se observa que o tamanho $oi expandido, ?D cont m genes

especi$icamente envolvidos em reprodu'o de roedores, e H cont m genes espec$icos ao sistema imunitrio. A valida'o da import.ncia de blocos sint nicos vem de compara'(es de pares de genes contidos neles. Ao buscar pseudogenes similares sobre a base de compara'(es de sequ ncias, para um gene que no est em uma locali+a'o sint nica 1isto , o seu contexto di$erente nas duas espcies2 duas ve+es mais provvel de que se"a um pseudogene. %ito de outra maneira, a transloca'o de dist.ncia do locus original tende a ser associada com a cria'o de pseudogenes. Portanto, a $alta de um gene relacionado em uma posi'o sint nica desperta motivos para suspeitar que um suposto gene pode realmente ser um pseudogene. #m geral, : ?A; dos genes que so inicialmente identi$icados por anlise do genoma so provavelmente resultam de pseudogenes. Lomo uma regra geral, as compara'(es entre os genomas aumentar signi$icativamente a e$iccia de previso gentica. <uando se conservam caractersticas da sequ ncia que condu+em a genes ativos, por exemplo, entre o homem e o rato, se aumentam as probabilidades de que identi$icam hom4logos ativos. A identi$ica'o de genes que codi$icam )&A mais di$cil porque no possvel utili+ar o critrio de $ase de leitura aberta. 8ambm verdade que com a anlise comparativa do genoma se aumentou o rigor da anlise. Por exemplo, a anlise tanto o genoma do rato quanto o humano se identi$ica >HAA genes que codi$icam para t)&A, mas a compara'o das caractersticas sugerem que M @HA destes genes so de $ato ativos em cada genoma. 4.9 Organelas tem +', A primeira evid ncia da presen'a de genes $ora do ncleo $oi $ornecida por heran'a no mendeliana detectada em plantas 1observados nos primeiros anos do sculo YY, logo ap4s a redescoberta da heran'a mendeliana2. #m ocasi(es, a heran'a no mendeliana, est relacionada com o $en6meno da segrega'o somtica. Ambos t m uma causa semelhante! A heran'a no mendeliana de$inida pela incapacidade da prog nie de um acasalamento de mostrar a segrega'o mendeliana para caracteres dos progenitores.

#ste limitante re$lete que $alta a associa'o entre o carter segregacionista e o $uso mei4tico. A segrega'o somtica descreve um $en6meno em que os caracteres dos progenitores se segregam em clulas somticas e, portanto, exibem a heterogeneidade do organismo. #sta uma caracterstica notvel do desenvolvimento da planta, uma ve+ que re$lete a $alta de associa'o entre o carter segregacionista e o $uso mit4tico. &or conseguinte' se considera que a herana mendeliana e a no segregao som(tica indicam a presena de genes que residem fora do n)cleo e no utili*am a segregao nos ei#os mitticos e meiticos para distri!uir r+plicas dos gametas ou de c+lulas filhas' respecti,amente. &a $igura D.?D se mostra que isso acontece quando as mitoc6ndrias herdadas dos progenitores de ambos os sexos t m di$erentes alelos, e por acaso uma clula $ilha recebe uma distribui'o desequilibrada das mitoc6ndrias, que representa apenas um dos progenitores 1ver /ec'o ?N.?G, Lomo se replicam e segregam as mitoc6ndrias32.

A $orma extrema de heran'a no mendeliana a heran'a uniparental, quando se herda o gen4tipo de apenas um dos progenitores e o do outro progenitor permanentemente perdido. &os exemplos menos extremos, a prog nie de um gen4tipo progenitor ultrapassam os de outro gen4tipo. 7eralmente gen4tipo da me

que se herda pre$erencialmente 1ou exclusivamente2. #ste e$eito por ve+es descrito como )erana materna. , ponto importante que predomina o gen4tipo proporcionado pelo progenitor de determinado sexo, como visto em nas propor'(es de segrega'o anormais quando se reali+a um cru+amento entre um mutante e o tipo selvagem. #ste contraste com o comportamento da gentica mendeliana, com ocorre quando cru+amentos recprocos mostram que as contribui'(es de ambos os pais so herdadas de $orma equivalente. A polari+a'o nos genomas progenitores estabelecida na ou logo ap4s a $orma'o de um +igoto. #xistem vrias causas possveis. A contribui'o da in$orma'o materna ou paterna para as organelas do +igoto pode ser desigual= no caso mais extremo, apenas um dos progenitores contribui. #m outros casos, as contribui'(es so iguais, mas as in$orma'(es $ornecidas por um dos progenitores no sobrevive. O possvel que se combinem ambos os e$eitos, mas se"a qual $or a causa, a representa'o desigual das in$orma'(es provenientes dos progenitores contrasta com a in$orma'o gentica nuclear, que deriva igualmente de cada progenitor. A heran'a no mendeliana resulta da presen'a de genomas de %&A nas mitoc6ndrias e cloroplastos, herdadas independentemente dos genes nucleares. Lom e$eito, o genoma das organelas um $ragmento de %&A $isicamente sequestrado numa parte de$inida da clula e su"eito 5 sua pr4pria $orma de expresso e de regula'o. *m genoma de organela pode codi$icar algumas ou todas as molculas de )&As, mas s4 apenas algumas das protenas necessrias para perpetuar a organela. As outras protenas so codi$icadas no ncleo, expressadas atravs do mecanismo citoplasmtico de sntese de protena, e importadas para o interior da organela. ,s genes que no residem no ncleo so geralmente descritos como genes e0tra-nucleares que so transcritos e tradu+idos no mesmo compartimento da organela 1mitoc6ndria ou cloroplasto2 no qual residem. #m contraste, os genes nucleares so expressos por meio da sntese citoplasmtica de protenas. 1, termo heran'a citoplasmtica por ve+es utili+ado para descrever o comportamento de genes em organelas, mas esta descri'o no se deve utili+ar porque importante ser capa+ de distinguir entre o que acontece no citosol geral e aqueles em organelas espec$icos2.

,s animais superiores mostram heran'a materna, o que se explica se as mitoc6ndrias viram todas do 4vulo e no de todo espermato+oide. A $igura D.?H mostra que o esperma contribui apenas com uma c4pia do %&A nuclear. Assim, os genes mitocondriais so derivados exclusivamente da me, e nos machos so descartados a cada gera'o.

As condi'(es da organela so di$erentes das observadas no ncleo, e, portanto, o %&A das organelas evolui a sua pr4pria taxa distinta. /e a heran'a uniparental, pode no haver recombina'o entre os genomas progenitores. &a verdade, a recombina'o geralmente no ocorre quando os genomas de organelas so herdados a partir de ambos os progenitores. , %&A das organelas possui um sistema de replica'o di$erente do ncleo= como um resultado, a taxa de erro durante a replica'o pode ser di$erente. , %&A mitocondrial acumula muta'(es mais rapidamente do que o %&A nuclear em mam$eros, mas em plantas a acumula'o na mitoc6ndria mais lenta do que no ncleo 1o cloroplasto a velocidade intermediria2. *ma consequ ncia da heran'a materna que a sequ ncia de %&A mitocondrial mais sensvel 5 redu'o do tamanho da popula'o de reprodu'o do que a do %&A nuclear. As compara'(es de sequ ncias de %&A mitocondrial em uma srie de popula'(es humanas permite construir uma rvore evolutiva. A diverg ncia entre as molculas de %&As mitocondriais humanos se estende por A,HN;. O possvel

elaborar uma rvore em que as variantes mitocondriais divergiram de um ancestral comum 1a$ricano2. A taxa 5 qual o %&A mitocondrial de mam$eros acumula muta'(es de G; a D ; por milh(es de anos, o que : ?Ax mais rpida do que a taxa de globina. 8al taxa geraria a diverg ncia observada ao longo de um perodo evolutivo de ?DA.AAA a GPA.AAA anos. -sto implica que a ra'a humana descende de uma nica $ mea que viveu na \$rica h >GAA.AAA anos.

4.1: Os genomas das organelas so mol(culas circulares de +', .ue codi!icam protenas de organelas. A maioria dos genomas de organelas assume a $orma de uma nica molcula circular de %&A de sequ ncia nica 1chamada mt+', na mitoc6ndria e ct+', no cloroplasto2. K algumas exce'(es em que o %&A da mitocondrial uma molcula linear= estas estruturas geralmente ocorrem em eucariotos in$eriores. &ormalmente, em uma organela individual existem vrias c4pias do genoma, e em cada clula h mltiplas organelas, de modo que so numerosos os genomas de organelas por clula. #mbora o pr4prio genoma das organelas se"a nico, constitui uma sequ ncia repetitiva em rela'o a qualquer sequ ncia nuclear no repetitiva. ,s genomas de cloroplastos so relativamente grandes, geralmente >?DA Jb nas plantas superiores e MGAA Jb em eucariotos in$eriores, dimens(es comparadas com as de um grande bacteri4$ago, o 8D, por exemplo, mede >?IH Jb. #xistem vrias c4pias do genoma por organela, tipicamente de GA a DA em uma planta superior , e mltiplas c4pias do organela por clula, geralmente de GA a DA. , tamanho dos genomas mitocondriais varia por mais de uma ordem de magnitude. Assim, os genomas mitocondriais das clulas animais so pequenos, aproximadamente de ?I,H Jb em mam$eros. #xistem vrias centenas de mitoc6ndrias pela clula, e cada mitoc6ndria tem mltiplas c4pias de %&A. A quantidade total de %&A mitocondrial em rela'o ao %&A nuclear pequena, se estima ser M ?;. Ao contrrio, nas leveduras, o genoma mitocondrial muito maior. #m -accharomyces cere,isiae, o tamanho exato varia entre as di$erentes cepas, mas tem

por mdia de >PA Jb. K >GG mitoc6ndrias por clula, o que corresponde a >D genomas por organela. #m clulas de cultivo, a propor'o de %&A mitocondrial pode chegar a ser to alta como ?P;. As plantas mostram uma gama extremamente ampla de varia'o no tamanho do %&A mitocondrial, com um mnimo de >?AA Jb. , tamanho do genoma torna di$cil isolar intactos, mas o mapeamento de restri'o em diversas plantas sugere que o genoma mitocondrial geralmente uma sequ ncia nica que organi+ada como um crculo. %entro desse crculo, h sequ ncias hom4logas curtas. A recombina'o entre estes elementos gera molculas circulares subgen6micas menores que coexistem com a genoma UmsterV completo, um bom exemplo da complexidade aparente de molculas de %&As mitocondriais das plantas. Agora que se conta com a sequ ncia dos genomas mitocondriais de muitos organismos, podemos observar alguns padr(es gerais na representa'o de $un'(es no %&A mitocondrial. A Cigura D.?I resume a distribui'o de genes deste tipo de genomas. , nmero total de genes codi$icadores de protenas bastante pequeno e no se correlaciona com o tamanho do genoma. As mitoc6ndrias de mam$eros usam seus genomas de ?I Jb para codi$icar as ?@ protenas, enquanto que as mitoc6ndrias de leveduras usam seus IA a PA Jb para codi$icar apenas oito protenas. As plantas, que t m genomas mitocondriais muito maiores, codi$icam mais protenas. &a maioria dos genomas mitocondriais se encontram ntrons, embora no nos muito pequenos genomas de mam$eros.

,s dois principais r)&As so sempre codi$icados pelo genoma mitocondrial. , nmero de )&At codi$icado pelo genoma mitocondrial varia desde nenhum at todo o complemento 1GH a GI nas mitoc6ndrias 2. -sso explica a varia'o na $igura D.?I. A maior parte da atividade codi$icadora de protenas dedicada aos componentes dos con"untos de mltiplas subunidades dos complexos respirat4rios --]. 0uitas protenas riboss6micas so codi$icadas nos genomas protistas e

mitocondriais das plantas, mas existem poucos ou nenhum em $ungos e animais. #xistem muitos genomas mitocondriais protistas que tem genes que codi$icam protenas envolvidas na importa'o. 4.11 , organi5ao do +', ;itocondrial ( varivel. , %&A mitocondrial dos animais extremamente compacto. #m di$erentes $ilos animais se observa extensas di$eren'as na organi+a'o g nica detalhada, mas se conserva o princpio geral do genoma pequeno que codi$ica um nmero restrito de $un'(es. #m genomas mitocondriais dos mam$eros, a organi+a'o extremamente compacta. &o h ntrons, de $ato alguns genes se sobrep(em, e quase todos os pares de bases podem ser atribudos a um gene. Lom a exce'o do ciclo %, a regio implicada com a inicia'o da replica'o do %&A, no mais do que PN de ?I.HIR pares de bases do genoma mitocondrial humano se encontra em regi(es intercistr6nicas. As sequ ncias de nucleotdeos completas de genomas mitocondriais das clulas animais mostram uma homologia extensa quanto a organi+a'o. , mapa do genoma mitocondrial humano encontra-se resumido na $igura D.?N. K ?@ regi(es codi$icadoras de protenas. 8odas as protenas so componentes do aparelho respirat4rio. #stes incluem citocromo b, as tr s subunidades da citocromo-oxidase, uma das subunidades de A8Pase, e sete unidades 1ou protenas associadas2 de &A%K desidrogenase.

A discrep.ncia do tamanho dos genomas mitocondriais de -. cere,isiae 1PDJb2, cinco ve+es maior do que entre os mam$eros 1?I Jb2 nos alerta para o $ato de que deve haver uma grande di$eren'a na sua organi+a'o gentica , apesar de sua $un'o comum. , nmero de produtos relacionados com as $un'(es en+imticas

mitocondriais e sinteti+ados endogenamente parece ser similar. /er que o material gentico adicional nas leveduras mitocondriais representam outras protenas, talve+ relacionadas com a regula'o, ou no se expressa3 , mapa representado na $igura D.?P representa o )&A principal e os produtos proteicos da mitoc6ndria de levedura. A caracterstica mais notvel a disperso dos locis no mapa.

,s dois loci mais proeminentes so os genes interrompidos !o# 1codi$icado para o citocromo b2 e o#i. 1que codi$ica a subunidade ? da citocromo-oxidase2. Buntos, estes dois genes so quase to longos como a totalidade do genoma mitocondrial em mam$erosQ 0uitos dos ntrons longos desses genes t m $ases de leitura aberta no registro com o xon anterior 1ver /ec'o GN.H Alguns ntrons do grupo - codi$icam endonucleases que promovem a mobilidade2. #ste $en6meno adiciona vrias protenas, todos sinteti+ados em pequenas quantidades, o complemento da mitoc6ndria e da levedura. ,s genes restantes so ininterruptos e correspondem 5s outras duas subunidades da citocromo-oxidase codi$icadas pela mitoc6ndria, para a1s2 subunidade1s2 da A8Pase , e 1no caso do gene ,ar/2 para uma protena riboss6mica mitocondrial. O pouco provvel que o nmero total de genes mitocondriais das leveduras exceda >GH. 4.12 O genoma de cloroplastos codi!ica numerosas protenas e mol(culas de "',. <ue genes transportam os cloroplastos3 As molculas de %&A dos cloroplastos variam em comprimento ?GA a ?RA Jb. ,s genomas sequenciados de cloroplastos 1:

?A no total2 t m PN a ?P@ genes. A $igura D.?R resume as $un'(es codi$icadas pelo genoma dos cloroplastos em plantas terrestres. &o h maior varia'o nos genomas dos cloroplastos das algas.

7eralmente, a situa'o semelhante ao das mitoc6ndrias, exceto que h mais genes esto envolvidos. , genoma de cloroplasto para todas as espcies de r)&A e de t)&A so necessrios para a sntese proteica. , ribossomo inclui duas pequenas r)&As, alm das espcies principais. , con"unto de t)&A pode incluir todos os genes necessrios. , genoma dos cloroplastos codi$ica >HA protenas, incluindo a )&A polimerase e protenas riboss6micas. 8ambm neste caso, a regra a de que os genes das organelas so transcritos e tradu+idos pelo mecanismo da organela. Lerca de metade dos genes de cloroplastos codi$icam protenas envolvidas na sntese de protenas. A origem endossimbi4tica dos cloroplastos en$ati+ada pelas rela'(es entre estes genes e suas contrapartes nas bactrias. A organi+a'o dos genes de r)&A, em particular, est intimamente relacionado com o de uma cianobactria, a qual de$ine com maior preciso o ltimo ancestral comum entre cloroplastos e bactrias. ^ntrons e cloroplastos se encaixam em duas classes gerais. ,s que se encontram nos genes de t)&A geralmente locali+ado no circuito antic4don 1embora no necessariamente2, como os ntrons encontrados nos genes t)&A nucleares das leveduras 1ver /ec'o GI.?D , , corte e splicing do t)&A das leveduras envolve os procedimentos de corte e reunio2. ,s ntrons locali+ados nos genes codi$icadores de protenas lembram os ntrons de genes mitocondriais 1ver Laptulo GN, , )&A Lataltico2. Por isso o evento endossimbi4tico reside num perodo da evolu'o antes da separa'o dos procariotos com genes ininterruptos.

A $un'o dos cloroplastos a reali+ar a $otossntese. 0uitos dos seus genes codi$icam para protenas de complexos locali+ados nas membranas dos tilac4ides. A constitui'o destes complexos mostra um equilbrio di$erente daquele dos complexos mitocondriais. #mbora alguns complexos $ossem similares aos complexos mitocondriais, devido que algumas subunidades so codi$icadas pelo genoma das organelas e algumas pelo genoma nuclear, outros complexos de cloroplastos so codi$icados inteiramente por um genoma. 4.1 , mitoc<ndrias evoluram por endossim6iose. Lomo evoluiu uma situa'o em que uma organela contm a in$orma'o gentica para algumas das suas $un'(es, enquanto que outras so codi$icadas no ncleo3 A $igura D.GA mostra o modelo da endossimbiose para a evolu'o das mitoc6ndrias, durante a qual, clulas primitivas capturam bactrias que $orneceram as $un'(es e estruturas que evoluram para mitoc6ndrias e cloroplastos. &este momento, a protoorganela, deve ter contido todos os genes necessrios para especi$icar suas respectivas $un'(es.

As homologias sequenciais sugerem que as mitoc6ndrias e cloroplastos evoluram separadamente, a partir de linhagens comuns as eubactrias, mas as mitoc6ndrias compartilham sua origem com as bactrias _-prpura e os cloroplastos, compartilham sua origem com as cianobactrias. #ntre as bactrias, o parente das mitoc6ndrias mais pr4ximo conhecido 0ic1ettsia 1o agente causador do ti$o2, que um parasita intracelular obrigat4rio que provavelmente descendente de bactrias de

vida livre. -sso re$or'a a hip4tese de que as mitoc6ndrias se originaram em um evento endossimbi4tico envolvendo um ancestral que tambm comum a 0ic1ettsia. %evem ter ocorrido duas altera'(es, con$orme as bactrias se integram na clula receptora e evoluram para mitoc6ndria 1ou cloroplastos2. As organelas t m muito menos genes do que uma bactria independente e perderam muitas das $un'(es genticas que so necessrias para a vida independente 1como as vias metab4licas2. A maioria dos genes que codi$icam $un'(es das organelas, de $ato, se locali+a no ncleo, portanto, estes genes devem ter sido trans$eridos para l da organela. A trans$er ncia de %&A entre organelas e ncleo ocorreu ao longo de perodos evolutivos, e ainda continua. A velocidade de trans$er ncia pode ser medida diretamente atravs da introdu'o em uma organela de um gene que pode $uncionar apenas no ncleo, porque, por exemplo, contm um ntron nuclear, ou porque a protena tem de $uncionar no citosol. #m termos de $ornecimento do material necessrio para a evolu'o, as velocidades de trans$er ncia das organelas para ncleo so aproximadamente equivalentes 5 taxa de muta'o de um nico gene. , %&A introdu+ido nas mitoc6ndrias trans$erido para o ncleo a uma taxa de G x ?A -H por gera'o. ,s experimentos para medir a trans$er ncia no sentido inverso, a partir do ncleo para a mitoc6ndria, sugerem que a taxa muito menor M ?A-?A. <uando se introdu+ um gene nuclear espec$ico de resist ncia a antibi4tico nos cloroplastos, a sua trans$er ncia para o ncleo e o xito da sua expresso, geralmente monitorada por analises de pl.ntulas, de modo a avaliar a resist ncia ao antibi4tico. #ste processo mostra que a trans$er ncia ocorre a uma velocidade de ? em ?I.AAA pl.ntulas, ou I x ?A-H. ,bviamente, a trans$er ncia de um gene de uma organela para o ncleo requer movimento $sico do %&A, claro, mas a expresso bem sucedida tambm requer altera'(es na sequ ncia de codi$icadora. As protenas de organelas que so codi$icadas por genes nucleares t m sequ ncias especiais que lhes permitem ser importadas para a organela depois de terem sido sinteti+ados no citoplasma 1ve"a /e'o ?A.?I, A inser'o p4s-traducional da membrana dependente de sequencias lder2. #stas sequ ncias no so necessrias para as protenas que so sinteti+adas dentro da organela. 8alve+ o processo de trans$er ncia de genes e$ica+ ocorreu num perodo em que os compartimentos se de$iniam de $oram menos rgida, de modo que

era mais $cil, que se trans$erir o %&A e que as protenas ser incorporadas na organela, independentemente do stio em que se sinteti+aram. ,s mapas $ilogenticos mostram que as trans$er ncias de genes devem ter ocorrido de $orma independente em muitas linhagens di$erentes. Parece que as trans$er ncias de genes mitocondriais para o ncleo ocorreram apenas no principio da evolu'o das clulas animais, mas possvel que o processo ainda continue nas clulas das plantas. , nmero de trans$er ncias pode ser alto= no organismo Ara!idopsis h : PAA genes nucleares cu"as sequ ncias esto relacionadas como os genes situados nos cloroplastos de outras plantas. #stes genes poderiam ter evoludo a partir de genes originados no cloroplasto.

4.14 "esumo As sequ ncias de %&A que comp(em um genoma eucari4tico podem ser classi$icadas em tr s grupos! /equ ncias no repetitivas nicos= /equ ncias moderadamente repetitivas que esto dispersas e repetem um pequeno nmero de ve+es como relatado por c4pias no id nticas= # sequ ncias altamente repetitivas, que so curtas e geralmente repetidas em $orma de sequencias tandem. As propor'(es dos tipos de sequ ncias so caractersticas de cada genoma, embora alguns genomas maiores tendessem a ter uma menor propor'o de %&A no repetitiva. <uase HA; do genoma humano consistem de sequ ncias repetitivas, e a grande maioria corresponde a sequ ncias de transposons. A maioria dos genes estruturais se locali+a no %&A no repetitivo. A quantidade de %&A no repetitivo re$lete melhor a complexidade do organismo do que o tamanho total do genoma= a maior quantidade de %&A no repetitiva nos genomas >G x ?AR pb. A heran'a no mendeliana se explica pela presen'a de %&A nas organelas do citoplasma. As mitoc6ndrias e os cloroplastos so sistemas delimitados por membrana em que algumas protenas so sinteti+adas dentro da organela, enquanto outros so importados. 7eralmente, genoma das organelas uma molcula circular

de %&A, que codi$ica todas as molculas de )&A e algumas das protenas necessrias pela organela. ,/ genomas mitocondriais variam enormemente em tamanho, desde a ?I Jb no genoma minimalista de mam$ero, a HNA Jb no de plantas superiores. ,s genomas maiores podem codi$icar $un'(es adicionais. ,s genomas de cloroplastos variam entre ?GA e GAA Jb. Aqueles que $oram sequenciadas possuem a organi+a'o e $un'(es codi$icadoras semelhantes. #m ambas as mitoc6ndrias e cloroplastos, muitas das protenas principais cont m algumas subunidades sinteti+adas na organela e outras importadas do citosol. &as leveduras, as reestrutura'(es ocorrem com bastante $requ ncia e no %&A mitocondrial, e tem se veri$icado recombina'o entre os genomas mitocondriais ou entre os genomas dos cloroplastos. Coram observadas trans$er ncias de %&A entre os genomas dos cloroplastos ou das mitoc6ndrias e dos genomas nucleares.