Universidad Aut

onoma del Estado de Morelos

Tesis de Licenciatura
Modelacion mediante aut omatas
celulares del proceso de crecimiento de
la raz de Arabidopsis thaliana regulado
por etileno y auxinas
Para obtener el grado de Licenciado en Ciencias (Computacion)
en la Facultad de Ciencias
Presenta:
Braicot Espinoza Mor an
Director de la Tesis:
Dr. Jose Daz Escudero
Sinodales:
Dra. Lorena Daz Gonzalez
Dr. Jorge Hermosillo Valadez
Cuernavaca, Morelos. 23 de abril de 2014

Indice general
1. Introduccion: Fundamentos Biologicos 1
1.1. Crecimiento y Desarrollo en plantas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.1.1. Estructura de la raz de Arabidopsis . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.1.2. Diferenciacion Celular . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.1.3. Iniciacion y regulacion de la diferenciacion celular por vias de
se nalizacion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.1.3.1. Factores de transcripcion en el control del desarrollo . . . 4
1.1.3.2. Desarrollo regulado por se nalizacion celula-celula . . . . . 5
1.2. Etileno como Fitorregulador . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.2.1. Bioqumica de la sntesis de etileno . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.2.2. Auxinas como promotor de Biosntesis de etileno . . . . . . . . . . 7
1.2.3. Inhibidores de la produccion de etileno . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.2.4. Va de se nalizacion del etileno . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.3. Auxina como Fitorregulador . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.3.1. Biosntesis y Metabolismo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.3.2. Tipos de transporte de auxinas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.3.2.1. Transporte polar de auxinas . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.3.2.2. Transporte no polar de auxinas . . . . . . . . . . . . . . . 11
2. Modelacion matematica y Computacional en Biologa 12
2.1. Sistemas dinamicos y formas de modelaje . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.1.1. Modelo continuo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.1.2. Modelo Discreto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.2. Automata Celular (AC) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.3. Modelo de Kauman . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3. Justicacion 16
4. Objetivos 18
5. Metodologa 19
5.1. Dise no del Modelo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
5.2. La Red Booleana . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
5.3. Implementacion del Modelo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
6. Resultados 26
7. Conclusiones 28
i
Captulo 1
Introducci on: Fundamentos
Biol ogicos
En este captulo se presentan los fundamentos biologicos sobre el crecimiento y desarrollo
en plantas, especicamente se hace una revision general de la estructura de la raz de la
planta Arabidopsis thaliana, con el objetivo de contextualizar el sistema a modelar.
1.1. Crecimiento y Desarrollo en plantas
Arabidopsis thaliana es una peque na hierba de la familia de las crucferas que ha llegado
a ser uno de los mas importantes sistemas para el estudio de muchos aspectos de la
biologa de las plantas. Sus caractersticas unicas ofrecen una serie de ventajas a la
hora de considerarla como modelo de investigacion. En primer lugar, tiene un ciclo de
vida muy corto (6-8 semanas), de fecundacion autogama. Su rapido crecimiento permite
el analisis de un gran n umero de individuos en un mnimo espacio y por lo tanto, la
consiguiente amplicacion rapida de los genotipos utiles para posteriores estudios. En
segundo lugar, su compacto genoma con relativamente escasas secuencias repetidas y
un bajo contenido en DNA, la hacen con diferencia, la planta superior de genoma mas
peque no conocido, y por lo tanto, un sistema ideal para estudios geneticos y moleculares.
1.1.1. Estructura de la raz de Arabidopsis
Las races crecen y se desarrollan a partir de sus extremos. Las races estan estructuradas
en cuatro zonas: capa de la raz, zona meristematica, zona de elongacion y la zona de
diferenciacion. Ver gura 1.1.
1
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 2
Capa: Esta parte cubre la parte apical del meristemo en contra de amenazas mecanicas,
las celulas de la capa son generadas por celulas troncales especializadas.
Meristemo: Es una poblacion de celulas peque nas e isodiametricas con caractersticas
embrionarias, producen los tejidos necesarios para formar el cuerpo de la raz o el tallo,
y tienen la capacidad de regenerarse a si mismas. La razon de estas habilidades es que
algunas celulas en el meristemo no se diferencian, por lo que retienen su capacidad de
division celular, por lo que son llamadas celulas troncales o iniciales. Cuando se dividen,
en promedio una de las celulas hijas retiene la capacidad de celula inicial mientras que
las demas se diferencian.
Elongacion: Es la zona en la que se genera la elongacion celular de forma rapida y
extensiva.
Diferenciacion: En esta zona las celulas adquieren su caracteriststica particular, las
celulas entran en esta zona despues de que la division y elongacion han terminado.
Figura 1.1: Esquema de la planta y de la raz de Arabidopsis thaliana.
La parte principal en este estudio es el meristemo, que esta conformado de un n umero
peque no de celulas troncales en la punta de la raz de la planta, las cuales generan to-
dos los tipos de celulas a traves de division estereotipada seguido de la diferenciacion
celular y la regulacion de la expresion celular. Debido a que el crecimiento de la raz es
indeterminado este proceso es continuo, resultando que todos los estados de desarrollo
estan presentes todo el tiempo. Ver gura 1.2
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 3
Los diferentes tipos de celulas que conforman la raz del mersitemo son:
Centro quiesciente (CQ). Esta formado de un grupo de cuatro celulas, llamadas
las celulas centrales y son mitoticamente inactivas.
Las celulas cortical-endodermicas recubren una parte del CQ, son las encargadas
de generar las capas corticales y endodermicas.
Las celulas de la columela forman una capa que se encuentra por encima de la
punta de la raz.
Las celulas de la capa-epidermis de la raz se encuentran en el mismo nivel de las
celulas de la colmulela. En base a estas se forman la capa epidermal y la capa
lateral de la raz.
Las celulas stele se encuentran detras del CQ, estas generan los tejidos vascular y
periciclico.
Las celulas troncales junto con sus derivadas inmediatas en el meristemo apical se cono-
cen como promeristemo.
Figura 1.2: Estructura del meristemo, donde se muestran los diferentes
tipos de celulas.
1.1.2. Diferenciaci on Celular
Es el proceso por el cual las celulas adquieren caractersticas metabolicas, estructurales
y funcionales que las hace distintas de sus celulas progenitoras. En plantas la diferen-
ciacion es reversible, en tejido y en cultivo las celulas diferenciadas son manipuladas
con nutrientes y hormonas pudiendo regenerar la planta completa. Esto muestra que las
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 4
celulas diferenciadas en la planta tienen toda la informacion genetica necesaria para el
desarrollo completo de una nueva planta y a esto se le llama totipotencia.
1.1.3. Iniciaci on y regulacion de la diferenciaci on celular por vias de
se nalizacion
Se ha hecho un vasto esfuerzo por identicar los genes que tienen un papel importante
en la regulacion del crecimiento, diferenciacion celular y formacion de patrones. A con-
tinuacion se presentan algunos genes, factores de transcripcion y vias de transduccion,
que han mostrado ser componentes clave en el desarrollo.
1.1.3.1. Factores de transcripcion en el control del desarrollo
Los factores de transcripcion son protenas que coordinan y regulan la expresion de un
gen o de un grupo de genes. En muchos casos regulan su propia expresion y tambien
es frecuente que regulen a otros factores de transcripcion. Los factores de transcripcion
interaccionan con regiones especcas del ADN, con elementos como la ARN polimerasa,
con otros factores de transcripcion o con moleculas que activan o inhiben su actividad.
Conectan los estmulos externos e internos con las respuestas biologicas actuando como
transductores de se nales. El conjunto de los factores de transcripcion de una celula ge-
nera una red transcripcional cuyas conexiones determinan el conjunto de genes que se
expresan en un determinado momento (transcriptoma).
Se ha encontrado que dos familias de genes son importantes en el desarrollo de plantas:
genes MADS-box y genes Homeobox.
La familia de los genes MADS-box son reguladores de funciones importantes en
plantas, animales y hongos. Hay cerca de 30 genes MADS-box en el genoma de
Arabidopsis, algunos de los cuales controlan aspectos relacionados con el desarrollo
de la raz, hojas, ores y frutas.
La familia de los genes Homeobox codican un homeodominio de protenas que
act uan como factores de transcripcion. Este homeodominio de protenas juega un
papel importante en la regulacion de vas de desarrollo en todos los eucariontes.
Cada gen homeobox participa en la regulacion de un unico evento de desarrollo,
controlando la expresion de un conjunto de genes objetivo.
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 5
1.1.3.2. Desarrollo regulado por se nalizacion celula-celula
La coordinacion de la actividad celular requiere de la comunicacion ceula- celula, esto
implica que algunos genes importantes para el desarrollo no act uan de forma autonoma.
Un gen o un conjunto de genes pueden ejercer alg un efecto en el desarrollo de celulas
vecinas a traves de la comunicacion celula-celula. Para la modelacion del sistema objetivo
de este trabajo es de interes el de se nalizacion hormonal. La cual se describe en las
secciones dedicadas a etileno y auxina.
1.2. Etileno como Fitorregulador
La tohormona etileno (C2H4) es un hidrocarburo gaseoso simple que muestra efectos
sobre el crecimiento y desarrollo en plantas. Esta relacionado mayormente con la madu-
racion en frutos, pero tambien esta presente en la vida entera de las plantas. El etileno
es un regulador de la germinacion de semillas, abscision de petalos y hojas, senescencia
de organos, respuesta a estres y repuesta a patogenos. Ver gura 1.3
Figura 1.3: Via de la biosntesis de etileno: Las enzimas que catalizan cada paso se
muestran encima de las echas. AdoMet: S-adenil-metionina; Met: Metionina;
ACC:1-aminocilcopropano-1-acidocarboxilico; MTA metiltioadenosina.
El etileno puede ser producido por la mayora de las partes de una planta, pero la
biosntesis se da en mayor cantidad en las partes meristematicas y en las partes nodales.
Sin embargo, el incremento de la sntesis de etileno se debe tanto a la abscision de hojas,
como a la maduracion frutal y a la senectud oral; as como tambien por condiciones de
estres para las plantas como: enfermedades, inundaciones, congelacion.
El aminoacido metionina es el precursor del etileno, en donde el ACC es un intermedia-
rio en la conversion entre estos. De entre las propiedades del etileno encontramos que
es de las oleonas mas simples conocidas y su peso molecular es de 28, en condiciones
siologicas es mas ligero que el aire. Es liberado facilmente de los tejidos de plantas y
se difunde en forma de gas a traves del medio intra y extra celular.
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 6
1.2.1. Bioqumica de la sntesis de etileno
La tohormona etileno es derivada de los carbonos 3 y 4 del aminocido metionina.
El grupo CH3-S de la metionina es reciclado va el ciclo de Yang, sin este reciclaje
se limitara la cantidad disponible de metionina y por tanto la sntesis de etileno. La
metionina en primer instancia es convertida a S-adenil-metionina (AdoMet) por la en-
zima AdoMet sintetasa, posteriormente la enzima ACC sintetasa convierte AdoMet en
1-aminociclopropano-1-acidocarboxilico (ACC), el cual es un inmediato precursor del
etileno. En el ultimo paso en la biosntesis de etileno, la sintesis de ACC requiere de
oxgeno y es catalizado por la enzima ACC oxidasa. Ver gura 1.4
ACC sintetasa: Es la enzima que cataliza la conversin de ACC a etileno, su nivel
es regulado por factores internos y ambientales como: inundaciones, estres por
sequa, heridas y auxina. Esta enzima es codicada por miembros de una familia
divergente de multigenes, el genoma de la planta contiene trece genes para ACC
sintetasa (ACS1-13).
ACC oxidasa: Esta enzima es la encargada de catalizar el ultimo paso en la biosnte-
sis de etileno, por esta razon la enzima ACC oxidasa es un limitante en la sntesis.
Al igual que la enzima ACC sintetasa, ACC oxidasa (ACO) es regulada por una
familia divergente de genes.
Figura 1.4: Produccion de etileno a partir del ciclo de Yang.
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 7
1.2.2. Auxinas como promotor de Biosntesis de etileno
La sntesis del etileno esta estimulada por varios factores como estados de desarrollo,
condiciones ambientales, otras tohormonas, da nos fsicos y qumicos. La biosntesis de
etileno varia en forma circadiana, logrando un maximo durante el da y un mnimo en la
noche. Tomaremos en cuenta solo la induccion de etileno por auxinas, para el modelado
de la interaccion de las celulas del meristemo.
En ciertos casos, las auxinas y etileno pueden causar respuestas similares en las plantas,
tales como inducir la oracion e inhibir la elongacion del tallo. Esto puede deberse a
la capacidad de la auxina de promover la sntesis de etileno mediante la mejora de la
actividad de la ACC sintetasa. Esto sugiere que algunas respuestas atribuidas a auxinas
pertenecen al etileno producido en respuesta a auxinas.
Los inhibidores de sntesis de protenas bloquean tanto el ACC como el IAA induc-
tores de sntesis de etileno, lo que indica que la sntesis de la protena ACC sintetasa
causada por auxinas incrementa la produccion de etileno. Varios genes de ACC sintetasa
han sido identicados y se ha visto que su transcripcion es incrementada con la aplicacin
externa de auxina, lo que indica que el aumento en la produccin de etileno se debe a la
respuesta a auxinas.
1.2.3. Inhibidores de la produccion de etileno
Los inhibidores de hormonas son importantes para estudiar las vias de biosntesis y los
diferentes papeles siologicos de tohormonas, son particularmente importantes cuando
se quiere distinguir tohormonas que tienen efectos parecidos o cuando alguna tohor-
mona afecta la sntesis o accion de otra. Un ejemplo de esto es el caso cuando el etileno
imita el comportamiento de grandes concentraciones de auxina, inhibiendo el crecimien-
to del tallo y causando epinastia (curvatura hacia abajo de las hojas). De los inhibidores
de la sntesis de etileno tenemos a AV G y AOA, los cuales bloquean la conversion de
AdoMet en ACC, ambos inhiben la enzima que usa el cofactor piridoxal fosfato. Otro
inhibidor del etileno es el ion de cobalto (CO2+), este bloque la conversion de ACC a
etileno por ACC oxidasa, el ultimo paso en la biosnstesis del etileno.
1.2.4. Va de se nalizacion del etileno
Se han identicado una gran cantidad de componentes de la se nalizacion de etileno en
Arabidopsis, a partir del analisis de mutantes. Existen dos tipos de mutantes:
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 8
Los mutantes insensibles o resistentes a etileno, es decir, aquellos que presentan
fallas al momento de detectar la presencia de etileno exogeno.
Los mutantes constitutivos, es decir, aquellos que presentan la respuesta carac-
terstica al etileno a un en ausencia de este.
Los receptores de membrana de respuesta a etileno (ETR1, ETR2), sensor de etileno
(ERS1, ERS2), e insensible a etileno (EIN4) en Arabidopsis estan relacionados con los
sensores bacterianos de dos componentes con actividad histidina cinasa (HK) y unen
al etileno a traves de su dominio terminal-N, el cual esta localizado en el retculo en-
doplasmico. En ausencia de etileno los receptores act uan como un regulador negativo,
es decir, los receptores se encuentran activos y suprimen la respuesta a etileno. Por
otra parte caundo se liga el etileno, esto inactiva los receptores permitiendo que la res-
puesta ocurra. Los receptores actuan como reguladores negativos a traves de TRIPLE
RESPUESTA CONSTITUTIVA1 (CTR1) otro regulador negativo, el cual codica una
supuesta Rafcinasa como MAPK cinasa (MPKKK). CTR1 esta asociado principalmente
con el complejo receptor de proteinas a traves de ETR1 y ERS1.
La mutacion EIN2 bloquea todas las respuestas a etileno tanto en brotes como en plan-
tas adultas de Arabidopsis. El gen EIN2 codica una protena que contiene 12 dominios
transmembranales que es similar a la familia N-RAMP de transportadores de cationes
en animales, sugiriendo que act ua como un canal o poro. Sin embargo, hasta el momen-
to no se ha podido demostrar tal actividad como protena de transporte. Ademas, la
ubicacion intracelular de esta protena permanece desconocida.
Uno de los primeros efectos de la se nal de etileno es una alteracion en la expresion
de varios genes. El etileno afecta los niveles de transcrito del ARNm de varios genes,
incluyendo aquellos que codican celulasa, algunos otros relacionados a la maduracion
de frutos y genes que promueven la biosntesis de etileno. Se han identicado secuencias
llamadas elementos de respuesta a etileno, o EREs a partir de los genes regulados
por el etileno. La familia de factores de transcripcion EIN3 son componentes esenciales
que median los efectos del etileno en la expresion genetica. Hay al menos cuatro genes
similares a EIN3 en Arabidopsis, y se han identicado homologos en jitomate y tabaco.
En respuesta a una se nal de etileno, los homodmeros de EIN3 o sus paralogos se ligan
al promotor de un gene llamado ERF1, activando su transcripcion -Solano et al ERF1
-Factor de Respuesta a Etileno 1-codica una protena que pertenece a una familia de
factores de transcripcion que pertenecen a las as llamadas protenas ligadas a EREs-
EREBP. Varios de estos EREBPs son positivamente regulados de una forma rapida en
respuesta a etileno. Si bien los genes EREBPs son una familia de genes muy numerosa
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 9
en Arabidopsis, solo unos cuantos de estos genes pueden ser inducidos por etileno. Ver
gura 1.5
Figura 1.5: Va de se nalizacion de Etileno
1.3. Auxina como Fitorregulador
En organismos multicelulares es necesario tener comunicacion extensa entre celulas y te-
jidos para llevar a cabo los procesos de desarrollo y crecimiento. La primera tohormona
que fue descubierta fue la auxina y desde entonces gracias a diversos estudios se sabe
que tiene inuencia en una gran variedad de procesos de desarrollo. Las auxinas son
moleculas de se nalizacion y su movimiento es intracelular. En base a varios experimen-
tos visionarios se noto que la substancia inducia la promocion de crecimiento, por esta
razon, se le denomino con el nombre auxina que proviene de la palabra griega auxein:
crecimiento, incremento. Se han identicado varias formas de auxinas, principalmente
se clasican en dos tipos; las auxinas sinteticas y naturales. La principal diferencia es en
la concentracion efectiva, estabilidad metabolica y propiedades de transporte.
Las auxinas (IAA) son protonadas en el medio acido extracelular de la membrana y
entran a la celula va difusion o a traves de intercambiador de H (familia AUX1/LAX).
En el ph neutral del citosol las auxinas son anionicas, y por tanto solo pueden salir
de la celula va el complejo eux (caracterizado por el PIN1), tambien se identicaron
protenas PGP de la s uper familia de transportadores ABC, los cuales intervienen en el
transporte de auxinas en la membrana plasmatica. Esto crea y mantiene un gradiente
de auxinas. A partir de la identicacion de substancias que pueden inhibir el transporte
de auxinas, se noto la importancia del ujo de auxinas, de esto se derivo una hipotesis
quimiosmotica, la cual estableca que las auxinas se mueven de celula en celula mediante
el uso de protenas de acarreo especcas. Algunos de los componentes moleculares del
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 10
transporte polar de auxina (PAT), en particular las protenas PIN muestran una locali-
zacion asimetrica en la membrana celular.
El progreso en la caracterizaci on de componentes moleculares de la respuesta y se nali-
zacion de auxina ha permitido la identicacion local y asimetrica de la distribucion de
auxinas (gradiente de auxinas), que es resultado del transporte polar. La mayora de los
procesos de desarrollo relacionados con auxina se basan en este gradiente.
1.3.1. Biosntesis y Metabolismo
La biosntesis de IAA esta asociada con division y crecimiento rapido de tejidos, espe-
cialmente en brotes. Aunque generalmente todos los tejidos de plantas son capaces de
producir niveles bajos de IAA, los brotes meristematicos, hojas jovenes y desarrollo de
frutas y semillas, son los lugares principales en la sntesis de IAA (Ljung et al. press).
Generando una fusion entre el gen reportero GUS (B- glucuronidase) con un promotor
que contiene un elemento de respuesta a auxina, y transformando las hojas de la planta
en un ti plasmido usando agrobacteria, es posible vizualizar la distribucion de auxina
libre en hojas jovenes en desarrollo. Se observo que en cualquier lugar en el que la auxina
libre se produce, la expresion de GUS ocurre, recientemente se demostro que las auxinas
son producidas por un cl uster de celulas localizadas donde se desarrollan los hidatodos.
1.3.2. Tipos de transporte de auxinas
Aunque generalmente todos los tejidos de las plantas son capaces de sintetizar auxina,
esta es producida en mayor cantidad en las partes de desarrollo jovenes, como la zona
de brote apical, el brote de hojas, y la germinacion de semillas. La principal fuente de
auxinas esta localizada en la zona meristematica en la punta de la raz principal y en
las races que se desarrollan lateralmente.
Desde las partes de sntesis de auxinas es transportada a lo largo de toda la planta,
en donde es requerida para procesos de desarrollo como; division y elongacion celular,
desarrollo de ores y hojas, prevalecimiento apical, desarrollo lateral de races, respuesta
a estmulos del medio ambiente. El transporte de auxina por toda la planta es realizado
por dos tipos de transporte: el mas rapido es el transporte no polar en el oema, mien-
tras que el mas lento es el transporte polar de auxinas de celula a celula que se realiza
en varios tejidos.
Captulo 1. Introducci on: Fundamentos Biologicos 11
1.3.2.1. Transporte polar de auxinas
Es caracterizado por su estricta direccionalidad controlada. Ocurre de celula a celula, es
sensible a inhibidores de sentesis de protenas, es bastante lento de (5-20mm/h), puede
saturarse. Se han reconocido dos tipos de PAT; el de distancia larga que se distribuye
a lo largo de toda la planta y el de distancia corta que proporciona auxina a lugares
denidos con precision (tejidos). Ambos siguen las mismas restricciones y usan el mismo
mecanismo. El mayor ujo polar de auxina es trazado desde el tejido apical de la planta
hacia la base y mas a un llega hasta la punta de la raz (acropetal) principalmente a
traves de tejido vascular. Una vez que el ujo alcanza la punta de la raz una parte se
redirecciona de regreso hacia la parte basipetal a traves de la epidermis, es decir, a la zona
de elongacion de la raz. En otros tejidos, como los meristematicos y de diferenciacion,
el transporte polar de auxina corto esta presente, es de suma importancia porque es
requerido para la formacion de patrones de distribucion local de auxina, que es llamado
gradiente de auxina. Ver gura 1.6
1.3.2.2. Transporte no polar de auxinas
La mayora de IAA que es sintetizado en las hojas maduras, es transportado al resto
de la planta de forma no polar va oema. Las auxinas pueden moverse a velocidades
mucho ms rapidas en comparacion con el transporte polar, la traslocacion de las auxinas
en el oema es pasiva, puesto que no requiere de energa directamente. El oema parece
representar el camino principal para traslocacion de auxinas a la raz. Ver gura 1.6
Figura 1.6: Transporte polar y no polar en Arabidopsis.
Captulo 2
Modelacion matematica y
Computacional en Biologa
En este captulo se presenta el uso de teora matematica y computacional como herra-
mientas para modelar el comportamiento de sistemas biologicos. Debido al comporta-
miento de los sistemas en biologa, los modelos de estos caen en la categora de sistemas
dinamicos, los cuales pueden ser continuos, discretos o una combinacion de ambos. De-
bido a los objetivos del presente trabajo, se estudiaran las caractersticas de los modelos
discretos como: ventajas y desventajas de su uso, analisis del sistema y analisis de los re-
sultados con enfoque biologico. Particularmente se presenta la teora de automatas como
introduccion hacia el concepto de automata celular, que es el modelo que utilizaremos
para tratar de cumplir con el objetivo planteado.
2.1. Sistemas dinamicos y formas de modelaje
Los sistemas dinamicos son el estudio del comportamiento de un conjunto de elementos
que comparten alguna relacion para generar funciones especcas. Estos sistemas presen-
tan cambios en su estado a traves del tiempo. Se llaman sistemas porque estan formados
por un conjunto de elementos que se relacionan entre s siguiendo determinadas reglas.
Son dinamicos porque como resultado de las interacciones, sus variables cambian con
respecto al tiempo, que generalmente se toma como la variable independiente. Estos
sistemas pueden ser clasicados en dos tipos principales; sistemas continuos y sistemas
discretos.
12
Captulo 2. Modelacion Matematica y Computacional en Biologa 13
2.1.1. Modelo continuo
Los sistemas dinamicos de tiempo continuo se expresan con ecuaciones diferenciales;
estas pueden ser ecuaciones diferenciales ordinarias (ODEs), ecuaciones diferenciales en
derivadas parciales (PDEs) y ecuaciones diferenciales con retrasos (DDEs).
Para la construccin de un modelo se toman en cuenta los siguientes elementos:
Introducir el tiempo t como variable independiente.
Identicar los parametros del sistema
1
= (
1
,
2
, ......,).
Seleccionar las variables dependientes que identican el esatdo del sistema
x(t)=(x
1
(t), ......, x
n
(t)).
Deducir o construir las ecuaciones de movimiento que describen el comportamiento
del sistema a traves del tiempo.
Finalmente obtenemos un sistema dinamico, representado por un conjunto de ecuaciones
diferenciales, que describen el comportamiento del sistema de forma continua.
2.1.2. Modelo Discreto
Un modelo discreto se formula mediante:
La especicacion del estado del sistema a modelar usando un conjunto discreto de
variables x
1
, x
2
, ....., x
n
.
Y un algoritmo que permite calcular las variables de estado y de salida, a partir
de las variables de entrada: x
1
, x
2
,....., x
k
= f (x
k+1
, x
k+2
,.....,x
n
).
Las variables de entrada pueden incluir al tiempo u otras variables independientes. Pero,
por ser un metodo discreto, solo nos interesara conocer los valores de salida del sistema
en un conjunto nito o numerable de valores de dichas variables independientes.
En una formulacion dinamica de un modelo, se debe determinar:
El conjunto de las variables de estado que describen el sistema en cada momento.
la forma de inicializar el modelo a partir del valor inicial de las variables de entrada.
Su respuesta (esto es, como se modica el estado del modelo) cuando se produce
un cambio en dichas variables de entrada.
El metodo de calculo de las variables de salida, a partir del estado.
Captulo 2. Modelacion Matematica y Computacional en Biologa 14
2.2. Automata Celular (AC)
Un automata celular (AC) es un modelo matematico para un sistema dinamico que evo-
luciona en pasos discretos. Es adecuado para modelar sistemas naturales que puedan ser
descritos como una coleccion masiva de objetos simples que interact uen localmente unos
con otros.
Fueron introducidos en 1950 por JohnVon Neumann como un modelo biologico simple de
autoreproduccion, han sido utilizados para modelar sistemas complejos y procesos con-
sistentes de un n umero grande de componentes simples que interact uan localmente. El
estudio de estos modelos ha tenido gran auge debido a la posibilidad de generar patrones
complejos de comportamiento a partir de un conjunto de reglas relativamente simples
y reproducir de la mayora de las caractersticas de los sistemas de auto-organizacion
observados en sistemas reales.
Aunque la mayora de la teora relacionada con automatas es adjudicada a las ma-
tematicas y ciencias de la computacion, estos modelos han sido aplicados en varias areas
como; fsica, biologa, ecologa, bioqumica y qumica entre otros.
Estos modelos representan una clase de modelos computables, en base a que todo es
fundamentalmente discreto, sin embargo la computabilidad de estos modelos solo es lo-
grada con la capacidad de obtener soluciones aproximadas, mediante el uso de metodos
numericos. Es en este sentido en donde la simulacion por computadora del comporta-
miento de sistemas dinamicos se vuelve una herramienta indispensable.
No existe una denicion formal y matematica aceptada de Automata Celular; sin em-
bargo, se puede describir a un AC como un conjunto ordenado de objetos caracterizado
por los siguientes componentes:
Un espacio n-dimensional dividido en celdas.
Una vecindad denida de cada celula que consiste en un conjunto contiguo de
estas, indicando sus posiciones relativas respecto a la misma.
Una regla de evolucion tambien llamada de transicion local, que dene la evolucion
del estado de cada celula dependiendo del estado de su vecindad en la generacion
anterior.
Captulo 2. Modelacion Matematica y Computacional en Biologa 15
2.3. Modelo de Kauman
Una red de regulacion genetica es un conjunto de genes que regulan mutuamente su
expresion. Los nodos de esta red son los genes mismos, y las conexiones entre ellos re-
presentan los intrincados mecanismos de regulacion de la expresion genetica, de tal forma
que dos genes estan conectados si uno regula, positiva o negativamente, la expresion del
otro.
En 1961 Francois Jacob y Jacques Monod inventaron el primer modelo de red genetica,
el cual consista en un conjunto de ecuaciones diferenciales que describan las concen-
traciones de las protenas y algunos metabolitos producidos por los genes encargados
de regular el transporte y metabolismo de la lactosa en Escherichia coli. Este peque no
circuito genetico, conocido como el lac operon, fue considerado desde entonces y por
muchos a nos como el prototipo para la modelacion de redes geneticas.
En 1969 el Dr. Stuart A. Kauman propuso una forma diferente de modelar redes geneti-
cas. En el modelo de Kauman uno esta interesado en el estado de expresion de los genes
(prendido o apagado) en lugar de en la concentracion de las protenas producidas por
esos genes. El genoma se representa por una coleccion de variables Booleanas, cada una
de las cuales puede estar prendida o apagada de acuerdo a ciertas reglas logicas que se
construyen con base en la naturaleza represora o activadora de los factores de transcrip-
cion que regulan ese estado de expresion de los genes. Por muchos a nos el modelo de
Kauman fue considerado como un modelo sobre simplicado de lo que debera ser una
red genetica, no obstante este modelo fue capaz de producir resultados biologicamente
relevantes.
El modelo de Kauman resulto ser mucho mas poderoso desde el punto de vista pre-
dictivo de lo que originalmente se haba pensado. Kauman es capaz de reproducir los
patrones de expresion geneticos observados experimentalmente para ciertos organismos.
Por lo tanto, la evidencia teorica y experimental sugiere que el modelo de Kauman,
lejos de ser una sobre simplicacion de las redes geneticas, de hecho captura los aspectos
esenciales de las interacciones entre los genes y da resultados que pueden confrontarse
exitosamente con el experimento.
Captulo 3
Justicaci on
Este proyecto tiene como justicacion la necesidad de comprender como los sistemas
biologicos multicelulares, en general, llevan a cabo su auto-organizacion en base a sub-
sistemas diferenciados distribuidos en el espacio en forma precisa para que el organismo
funcione adecuadamente. Modicaciones en este proceso puede generar en el organismo
enfermedades letales como el cancer o malformaciones congenitas.
En el caso de las plantas, y en particular de Arabidopsis, durante el proceso de dife-
renciacion y morfogenesis de la raz el nicho de celulas troncales pueden dar lugar a
tejidos diferenciados que se mantienen totipotentes, i.e., con la capacidad de generar
cualquier otro tipo celular. Ademas, esta totipotencia le da robustez a las estructuras
diferenciadas de la raz con lo que contrarrestan cualquier modicacion perniciosa como
la generacion de tumores.
Los procesos de diferenciacion y morfogenesis en plantas estan namente controlados
por la accion circadiana del etileno y las auxinas. En el caso particular de la raz de
Arabidposis se tiene una informacion relativamente extensa de los procesos moleculares
que determinan la activacion de la red de regulacion genetica de diferenciacion y mor-
fogenesis por etileno y auxinas, sin embrago, el analisis de su comportamiento dinamico
espacio-temporal apenas comienza a ser efectuado.
Es por ello de interes en este proyecto el generar un modelo matematico y compu-
tacional de los procesos de diferenciacion celular y elongacion de la raz de Arabidopsis
producidos por la interaccion circadiana del etileno y la auxina, con el n de comprender
como se modica en forma dinamica la red regulatoria genetica de estas celulas durante
estos procesos. Es tambien de interes el entender, a partir del modelo planteado, como
se mantiene la totipotencia del nicho de celulas durante estos procesos.
16
Captulo 2. Modelacion Matematica y Computacional en Biologa 17
Es tambien de interes el entender, a partir del modelo planteado, como se mantiene la
totipotencia del nicho de celulas troncales durante la diferenciacion y morfogenesis.
El conocer como se regulan los procesos ligados a la diferenciacion y morfogenesis en
plantas, aparte de ser utiles desde el punto de vista de la ciencia basica, tambien tiene
una aportacion al conocimiento de la forma en que estos organismos se adaptan en forma
dinamica a las condiciones ambientales cambiantes, incluso a las estresantes. Este cono-
cimiento nos puede ayudar al mejoramiento de cultivos de importancia comercial sujeto
a condiciones ambientales no controladas, que es una forma de cultivo prevaleciente en
Mexico.
Finalmente, es interesante conocer como divergen los mecanismos de control de la dife-
renciacion celular y morfogenesis entre plantas y animales. Surgue una duda al respecto:
como se mantiene la totipotencia en las celulas vegetales diferenciadas en contraste con
la mayora de las celulas animales diferenciadas? Si concideramos, ademas, que muchos
de los componentes moleculares de la regulacion del ciclo celular, diferenciacion y mor-
fogenesis estan conservados entre plantas y animales, la pregunta cobra mas fuerza. La
modelacion de estos mecanismos nos puede arrojar informacion de como estan estructu-
radas las redes geneticas en platas y animales, y como las diferencias topologicas entre
ambos tipos de redes determina la plasticidad del estado diferenciado.
Captulo 4
Objetivos
Objetivo General
Desarrollar un modelo matematico y computacional detallado de los procesos de di-
ferenciacion celular y elongacion de la raz de Arabidopsis.
Objetivos especcos
1. Establecer un modelo matematico de la interaccion de las vas de se nalizacion de
las auxinas y del etileno.
2. Establecer el modelo matematico de la red regulatoria genetica que contorla los
procesos de diferenciacion celular y elongacion de la raz, activada por auxinas y
etileno.
3. Efectuar la estimacion de parametros del modelo y efectuar el analisis de estabili-
dad correspondiente.
4. Desarrollar el software correspondiente al modelo matematico desarrollado con el
n de simular computacionalmente los procesos de diferenciacion celular y elonga-
cion de la raz de Arabidopsis.
5. Desarrollar la interfaz del programa anterior para el uso por parte de los usuarios
interesados y para su registro de derechos de autor.
18
Captulo 5
Metodologa
En trabajos previos previos se establecio un modelo matematico de la va del etileno y
se han analizado sus propiedades dinamicas desde el punto de vista teorico. Reciente-
mente se han comprobado experimentalmente la validez del model, por lo cual se tiene
la conanza de que los resultados teoricos hasta ahora deducidos del modelo pueden ser
comprobados posteriormente en forma experimental.
Tambien se han desarrollado trabajos sobre la modelaciondel proceso de transporte la
va de las auxinas, sin embargo, en estos modelos no se han establecido rmemente las
propiedades dinaminas esperadas de esta va. Tambien se ha efectuado un intento de
modelar la red de regulacion genetica que controla el proceso de diferenciacion del NCM
utilizando tecnicas booleanas.
Sin embargo, hasta el momento, no se ha desarrollado un modelo matematico conjunto
de ambas vas en interaccion en la raz de Arabidopsis, lo cual es uno de los objetivos de
este trabajo.
Para lograr esto, se planteara un modelo detallado en base a ecuaciones diferenciales
nolineales de la va de las auxinas, incluyendo los procesos de biosntesis y trasporte
necesarios. Al tener ambos modelos de las auxinas y etileno unidos en un solo modeloge-
neral expresado en terminos de ecuaciones diferenciales, permitira efectuar el analisis de
estabilidad y estimacion de parametros (robustez) del modelo conjunto. La conexion del
modelo logrado en el punto anterior con la red regulatoria genetica activada por auxinas
y etileno no es trivial, ya que desconocemos muchos puntos clave de la dinamica de esta
red. Una posibilidad es generar un modelo hbrido en el cual la sealizacion intracelular es
modelada en forma continua determinista, mientras que la red regulatoria es modelada
en forma discreta, implementado mediante un automtata celular booleano.
19
Captulo 5. Metodologa 20
En este modelo hbrido se puede considerar la presencia de umbrales de activacion en
los cuales si el n umero de moleculas de un factor de transcripcion activado por auxinas
o etileno es mayor a cierto n umero crtico Nc entonces la red regulatoria se activa en
respuesta de una de las tohormonas. Dado que estamos considerando dos vas en in-
teraccion de la red puede ser bimodal, aunque es posible, en un momento dado, que sea
activada simultaneamente por ambas vas.
En respuesta a estos inputs la red regulatoria se activara y los nodos interaccionaran
entre s de acuerdo a las reglas logicas establecidas a partir de las interacciones inhibi-
torias o activadoras descritas en la literatura. Estas reglas logicas seran representadas
matematicamente mediante los conectores logicos AND, OR, NOT, XOR, etc.
De esta forma, una vez conectando las vas de se nlizacion con la red regulatoria genetica
sera posible, por primera vez, conocer en forma precisa como la actividad circadiana de
las vas de se nlizacion modulan la actividad de la red genetica que regula la diferen-
ciacion celular del NCM, pudiendo obtener pistas de como es posible que conserven su
totipotencia y como las celulas deciden su destino. Tambien es posible conocer como se
comporta la red regulatoria genetica en respuesta a diversos inputs como ruido, rampas,
escalones y sinusoidales.
A partir del modelo matematico sera posible desarrollar un modelo computacional del
proceso de diferenciacion y proliferacion. Para lo cual se partira de una celula que conten-
ga la informacion proporcionada por el modelo matematico desarrollado. Este automata
celular se sometera a distintas seales con el n de determinar bajo que condiciones se
diferencia y bajo que condiciones inicia la proliferacion celular mediante una secuencia
de automatas celulares autorreproductivos que generan, para comenzar, un arreglo lineal
de N celulas a partir de una sola celula mediante division celular.
Posteriormente puede extenderse este modelo computacional al caso de una espacio 2D.
Con este modelo se obtendra por primera vez una simulacion en tiempo real del proceso
de elongacion de la raz de Arabidopsis y podra ser utilizado para investigar como mu-
taciones en los componentes de la red regulatoria genetica afecta la elongacion de la raz
e inducen el arresto de proliferativo. Tambien se puede utilizar para determinar como
inputs de diferente clase de las tohormonas auxina y etileno modulan la elongacion o
el arresto proliferativo e induccion a la diferenciacion de las celulas de la raz.
Captulo 5. Metodologa 21
5.1. Dise no del Modelo
El modelo a implementar es un modelo hibrido con una parte continua y una parte dis-
creta, la parte continua esta dada por las vas de se nalizacion del etielno y de las auxinas
que son la entradas a nuestra red de regulacion genetica booleana, la cual es una red
discreta de 0 y 1 que nos permitiran observar y tener una idea del comportamiento entre
los diversos genes que interactuan. Las vas de se nalizacion del etileno y de las auxinas
estan implementadas mediante ecuaciones diferenciales y mediante umbrales que se van
ajustando conforme mejor convenga para mandar las salidas de estas vas como entradas
a nuestro automata celular.
El modelo se basa en las redes booleanas propuestas por Kauman, sin embargo, las co-
nexiones entre los nodos no son aleatorias, ya que en este caso se encuentran dise nadas
de acuerdo al conocimiento que se tiene de la red genetica. Cada nodo tiene entradas y
salidas por medio de las cuales se conecta con otros nodos formando as una red. Las
conexiones entre un nodo y otro simulan la interaccion que existe entre los genes. Los
genes pueden interactuar con otros activandolos o inhibiendolos ya sea de forma directa
o indirecta, por lo tanto, en nuestra red los nodos pueden estar conectados de dos formas
diferentes.Ver gura 5.1.
Activacion
Inhibicion
Figura 5.1: Los dos posibles estados en los que interact uan un par de genes.
En la red de regulacion genetica se puede observar que algunos de sus elementos tienen
la capacidad de activarse o inhibirse a s mismos. Este comportamiento funciona como
un respaldo o una va adicional que utiliza el sistema para mantener su robustez y
as asegurar que funcione correctamente. Los nodos que presentan esta caracterstica al
igual que en los estados con la interaccion de dos genes estos pueden autoactivarse o
autoinhibirse. Ver gura 5.2.
Captulo 5. Metodologa 22
Auto activacion
Auto Inhibicion
Figura 5.2: Los dos posibles estados con los que puede interactuar un gen.
5.2. La Red Booleana
En la red de regulacion genetica cada nodo representa un gen, esta interaccion que se
modela nos proporciona el comportamiento y funcionamiento de nuestro sistema diami-
co y nos genera una idea de como se lleva a cabo la diferenciacion celular. Un nodo se
puede encontrar activado o inhibido, dependiendo del estado de cada uno de los nodos y
del tiempo en que nos encontremos podemos observar un comportamiento diferente en
la red. Ver gura 5.3.
Figura 5.3: Red booleana que representa la interaccion entre los distintos genes.
El estado de cada uno de los nodos de la red va a ser determinado por el estado en que se
encuentra la red en un instante de tiempo discreto t. Para conocer el estado de un nodo
en el tiempo t+1 es necesario saber cual es su estado actual y conocer una dinamica del
funcionamiento de la misma, es decir, en el tiempo. Por lo tanto, la funcin de transicion
o actualizacion sera la que nos determine que nodos se iran activando o inhibiendo en el
transcurso del tiempo. Ver gura 5.4.
Captulo 5. Metodologa 23
v
j
(t + 1) =

0, si
n

i=0
a
ij
v
i
(t) < 0
1, si
n

i=0
a
ij
v
i
(t) > 0
v
j
(t), si
n

i=0
a
ij
v
i
(t) = 0
Figura 5.4: Funcion de transicion que determina los proximos estados de los genes a
un tiempo t+1. Donde v
i
es un elemento del conjunto de nodos V y a
ij
es el peso de
la arista que va del nodo i al nodo j.
De la funcion de transicion anterior podemos determinar que nodos se van activando o
inhibiendo de la siguiente forma a
ij
= 1 si el nodo i activa al nodo j y a
ij
= 1 si el
nodo i inhibe al nodo j. Para evaluar la funcon de transicion supongamos que tenemos
un nodo v
j
que se ecnuentra inhibido en el tiempo t, es decir que tenemos v
j
(t) = 0,
y si existe un nodo v
i
que se encuentra activando a v
j
, entonces a
ij
= 1. S v
i
(t) = 1
entonces a
ij
v
i
(t) = 1 > 0, por lo tanto, v
j
(t + 1) = 1.
Otro de los aspectos importantes cuando se modelan redes booleanas es el tipo de ac-
tualizacion, ya que se puede llevar a cabo de diferentes maneras. En este modelo se
ha implementado la actualizacion sncrona, por lo que dependiendo de lo que nos diga
nuestra funcion de transicion todos los nodos de actualizaran en el mismo instante de
tiempo discreto.
La funcion de transicion se lleva a cabo a partir de un estado inicial en el que comienza
a trabajar nuestra red booleana en el tiempo t
0
, ya que de este estado comenzaran las
interacciones entre todos los nodos de la red y dependera el comportamiento que tomen
los genes en cada iteracion. Los valores iniciales de algunos genes estan determinados
por las vas de se nalizacion del etileno y de las auxinas respectivamente y se muestran
marcados con un *, otros son opcionales para realizar cierto control sobre la red como
son SHR y CLE40 y a los dem as genes se les asignan valores arbitrarios.Ver gura 5.5
Figura 5.5: Estado inicial de cada uno de los genes antes de comenzar las iteraciones
y donde a partir de las entradas continuas toman un valor booleano ya sea 0 o 1.
Captulo 5. Metodologa 24
5.3. Implementaci on del Modelo
Se ha descrito el modelo hbrido que utilizaremos para simular la secuencia de nuestro
automata celular. Hemos diseado una red getica basandonos en las interacciones de los
genes y simplicando su comportamiento convirtiendo las entradas continuas a discre-
tas. Un modelo de estas caractersticas no requiere de un gran poder de computo para
lograr implementarlo. Sin embargo, en este trabajo ademas del dise no del modelo se ha
propuesto construir una plataforma de software dise nada para que esta red booleana se
pueda acoplar en un futuro con un modelo computacional en 2D. Se ha seleccionado
el lenguaje Java para implementar este sistema. Las caractersticas que nos brinda este
lenguaje de programacion, tales como seguridad, robustez, escalabilidad y portabilidad,
entre otras, lo convierten en la herramienta adecuada para construir este tipo de sistemas.
En la implementacion de este modelo hbrido no es necesario crear estructuras o meto-
dos complejos dada la naturaleza de la red que se ha propuesto, sin embargo, la parte
donde se realiza la mayor cantidad de calculos es en la implementacion de las entradas
de la red ya que ah se efectua la parte continua del modelo implementando ecuaciones
diferenciales. Al no utilizar cacluclos demaciado complejos, esto nos proporciona una
ventaja a la hora de ejecutar nuestro programa porque los calculos se realizan en poco
tiempo obteniendo as resultados sin la necesidad de utilizar computadoras con gran
capacidad de computo.
En la elaboracion de nuestro programa necesitamos conocer de alguna manera la es-
tructura de la red booleana para podr realizar las operaciones necesarias. Una de las
formas mas practicas para representar la red booleana es utilizar una matriz que nos
indique como se encuentran conectados todos los nodos. A esta matriz se le conoce como
matriz de adyacencia.
Una matriz de adyacencia es una matriz cuadrada en donde las las y las columnas
representan los nodos de la red. Comenzamos con la matriz llena de ceros. Si el nodo i
se encuentra activando al nodo j entonces pondremos un 1 en la posicion a
ij
, s el nodo i
se ecnuentra inhibiendo al nodo j entonces pondremos un -1 en la posicion a
ij
. Cuando
no existe un conexion entre el nodo i y el nodo j, a
ij
es igual a cero. Aplicando las
reglas anteriores obtenemos nuestra matriz de adyacencia correspondiente con nuestra
red booleana. Ver gura 5.6.
Teniendo la matriz de adyacencia obtenemos la representacion de la red que necesitamos
para programar nuestro modelo. Al recorrer la matriz por sus columnas obtenemos los
valores que nos van a servir para calcular la funcion de transicion.
Captulo 5. Metodologa 25
Figura 5.6: Matriz de Adyacencia de la red booleana.
En el programa tambien vamos a necesitar crear una lista donde vayamos almacenando
los nodos y su correspondiente valor booleano. Tendremos una copia de esta lista ya
que para calcular el estado de un nodo en el tiempo t+1 necesitamos conocer el estado
de sus vecinos en el tiempo t. De lo contrario, perderamos la informacion de los nodos
porque la actualizacion que hacemos es sncrona. Una vez que tenemos implementado
el programa resulta bastante sencillo modicar los parametros de la red para analizar el
comportamiento del modelo, ya sea cambiando el n umero de nodos, la arquitectura de
la red o el estado inicial.
El programa nal realizado en el lenjuage de programacion JAVA quedo dividido en
tres clases que son:
ViasDeSenalizacionEtileno.class: En esta clase se realizan los calculos de las
vas de se nalizacion del etileno mediante la aplicacion de ecuaciones diferenciales.
EtAux.class: En esta clase se implementan las vas de se nalizacion de las auxinas
y la interaccion entre ellas y el etileno.
RedDeRegulacionB.class:

Esta es la clase principal del programa, donde a par-
tir de las entradas de las dos clases antes mencionadas, se lleva a cabo la imple-
mentacion del automata celular y las interacciones de todos los genes de la red.
Captulo 6
Resultados
Al comenzar a correr nuestro modelo se ejecutan los calculos de las clases ViasDeSenali-
zacion.class y EtAux.class en la primera de estas dos clases, se llevan a cabo las simula-
ciones de las vas de se nalizacion del etileno relizando diversos calculos con parametros
iniciales establecidos previamente. En la ejecucion de la segunda clase se comienzan a
realizar los calculos para la simulacion de las vas de se nalizacion de las auxinas tam-
bien con parametros iniciales establecidos previamente, aunque no se ha determinado el
comportamiento tan completo como el de las vas se nalizacion del etileno se tienen apro-
ximaciones del funcionamiento de las vas de se nalizacion de las auxinas, en esta misma
clase EtAux.class se realizan ciertos calculos donde se lleva a cabo una interaccion entre
algunos genes de etileno y auxinas.
Los resultados obtenidos de las dos clases determinaran el estado inicial para comen-
zar la simulacion de nuestro automata celular, estos resultado obtenidos no son ceros o
unos, sin embargo para poder llevarlos a un estado de activacion o inhibicion que son los
que necesitamos para poder trabajar con nuestra red de regulacion genetica booleana,
necesitmos determinar cierto umbral donde a partir de el cumplamos ciertas reglas para
la activacion o inhibicion de ciertos genes como por ejemplo en el caso de Arf tenemos:
Si hls > umbral =Arf = 0 o Si Aux > umbral =Arf = 1
En el caso de PLT tenemos:
Si ET > umbral =PLT = 0 o Si Aux > umbral =PLT = 1
Otro de los casos donde dependemos de las entradas continuas para saber con que estado
iniciar un gen es WOX5 ya que tenemos: Si Narf2 > 3000 =WOX5 = 1
Tambien tenemos casos de genes en lo cuales son como de control para poder manejar
el comportamiento de nuestra red, como por ejemplo SHR y CLE40 los cuales son genes
que pueden ser tanto 0 o 1.
26
Captulo 6. Resultados 27
Al ejecutar nuestro programa se generan ciertos valores iniciales para cada gen cum-
pliendo las condiciones antes mencionadas y aplicando todas las reglas descritas con
anterioridad, si los acomodamos obtendriamos la siguiente tabla donde podemos ob-
servar la evolucion de la red a traves de pasos discretos. Los genes se van activando o
inhibiendo de acuerdo a las reglas de transicion que establecimos conforme el estado
de los nodos cambia. La tabla corresponde a la salida de nuestro programa durante 4
iteraciones. Se muestra el estado de cada uno de los nodos y en base a esto deducir el
comportamiento que estan tomando los genes y a partir de ah el mismo sistema. Ver
gura 6.1.
En la tabla partimos de un tiempo T
0
que es el estado inicial obtenido de las entra-
das continuas de las vas de se nalizacion del etileno y de las auxinas. En este tiempo T
0
es el estado que contiene la entrada que tendra nuestro automata celular. A partir de
ah aplicando la funcion de transicion en cada una de la iteraciones nuestro automata
celular se comienza a modicar en cada paso de tiempo y algunos genes podemos ob-
servar como se van activando o inhibiendo hasta llegar a un atractor donde la red se
mantiene sin modicaciones.
Figura 6.1: Red booleana que representa la interaccion entre los distintos genes.
Mediante este modelo implementado en JAVA podemos ir modicando algunas condi-
ciones como el umbral e ir variando el estado inicial de ciertos genes para experimentar
y observar los cambios que estos generan y como afectan y alteran el comportamiento de
nuestro automata celular a traves de cada paso de tiempo y asi ir comparando resultados
y obteniendo ciertas conclusiones que nos permitan entender comportamientos como la
diferacion celular que son sumamente complejos de una manera mas simple. Alomejor
no de una manera muy exacta pero nos arroja una idea del comportamiento y de otros
procesos bilogicos que se efect uan.
Captulo 7
Conclusiones
Se ha dise nado e implementado un modelo hbrido con una parte continua y una dis-
creta, en la cual mediante un automata celular se realiza una simulacion de nuestro
sistema dinamico y se da la interaccion entre diversos genes de la raz del meristemo de
la Arabidopsis donde se lleva a cabo la diferenciaci n celular. Representamos a los genes
como nodos de una red que poseen un estado booleano (activado o inhibido) y modela-
mos las interacciones entre estos genes como aristas dirigidas cuya funcion de transicion
determina el comportamiento de la red booleana.
Planteando un modelo de estas caractersticas fuimos capaces de reproducir el comporta-
miento complejo de nuestro sistema en cuestion. La implementacion de nuestro autamata
celular se sometera a distintas se nales con el n de determinar bajo que condiciones se
diferencia y bajo que condiciones inicia la proliferacion celular con la subsecuente elon-
gacion del tejido. Al implementar este modelo hbrido podemos experimentar y tener
una idea mas clara de los distintos procesos biologicos que se llevan a cabo en la di-
ferenciacion celular. Todo esto realizado en un lenguaje de programacion de alto nivel
como es JAVA y aprovechando las caractersticas que un lenguaje orientado a objetos
nos ofrece.
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