El agua subterrnea tiende a ser dulce y potable, pues la circulacin subterrnea
tiende a depurar el agua de partculas y microorganismos contaminantes. Sin embargo, en ocasiones stos llegan al acufero por la actividad humana, como la construccin de fosas spticas o la agricultura. Por otro lado la contaminacin puede deberse a factores naturales, si los acuferos son demasiado ricos en sales disueltas o por la erosin natural de ciertas formaciones rocosas. La contaminacin del agua subterrnea puede permanecer por largos perodos de tiempo. Esto se debe a la baja tasa de renovacin y largo tiempo de residencia, ya que al agua subterrnea no se le puede aplicar fcilmente procesos artificiales de depuracin como los que se pueden aplicar a los depsitos superficiales, por su difcil acceso. En caso de zonas locales de contaminacin se pueden realizar remediacin de acuferos mediante la tcnica de bombeo y tratamiento, que consiste en extraer agua del acufero, tratarla qumicamente, e inyectarla de vuelta al acufero. Entre las causas antropognicas (originadas por los seres humanos), debidas a la contaminacin estn la infiltracin de nitratos y otros abonos qumicos muy solubles usados en la agricultura. Estos suelen ser una causa grave de contaminacin de los suministros en llanuras de elevada productividad agrcola y densa poblacin. Otras fuentes de contaminantes son las descargas de fbricas, los productos agrcolas y los qumicos utilizados por las personas en sus hogares y patios. Los contaminantes tambin pueden provenir de tanques de almacenamiento de agua, pozos spticos, lugares con desperdicios peligrosos y vertederos. Actualmente, los contaminantes del agua subterrnea que ms preocupan (?) son los compuestos orgnicos industriales, como disolventes, pesticidas, pinturas, barnices, o los combustibles como la gasolina. En cuanto a los abonos qumicos minerales, los nitratos son los que generan mayor preocupacin. Estos se originan de diferentes fuentes: la aplicacin de fertilizantes, los pozos spticos que no estn funcionando bien, las lagunas de retencin de desperdicios slidos no impermeabilizadas por debajo y la infiltracin de aguas residuales o tratadas. El envenenamiento con nitrato es peligroso en los nios. En altos niveles pueden limitar la capacidad de la sangre para transportar oxgeno, causando asfixia en bebs. En el tubo digestivo el nitrato se reduce produciendo nitritos, que son cancergenos.
La contaminacin del agua superficial El agua dulce que utilizamos proviene de dos fuentes: agua superficial y agua subterrnea (mantos freticos). Al agua de la precipitacin que no se infiltra en el suelo o que regresa a la atmsfera, por evaporacin o transpiracin, se conoce como agua superficial. Esta es el agua dulce que se encuentra sobre la superficie del planeta Tierra en ros, lagos, pantanos y rebalses o depsitos artificiales. Las cuencas hidrolgicas o colectoras, tambin llamadas cuencas de captacin, son aquellas reas de tierra que captan y llevan el agua de escurrimiento hasta las denominadas masas de agua superficial. Al agua que fluye por la superficie de la tierra hasta los cuerpos o masas de agua en la superficie se le conoce como escurrimiento superficial, y al agua que fluye por los ros hasta los ocanos se le denomina escurrimiento fluvial. Se considera que el 69 % del agua que llega a los ros en toda la Tierra proviene de la lluvia y de la nieve derretida en sus cuencas, y el agua restante proviene de descargas de agua subterrnea. Las cuencas fluviales, alimentadas en gran parte por la lluvia, ocupan el 60 % del rea de tierra firme y sustentan al 90 % de la poblacin mundial. La deforestacin puede causar cambios significativos en los patrones estacionales de los escurrimientos fluviales. Esto puede dar por resultado mayores tasas de escurrimiento superficial e inundaciones en temporada de lluvias, as como una gran probabilidad de ros sin agua en temporada de secas. La contaminacin de los mantos de aguas superficiales puede ocurrir por fuentes no puntuales y por fuentes puntuales. La principal fuente no puntual de contaminacin del agua es la agricultura. Los agricultores pueden hacer que las aguas superficiales no sean vertederos de fertilizantes y disminuir su infiltracin a los mantos acuferos, no utilizando cantidades excesivas de fertilizantes en tierras planas y evitar usarlos en las laderas. Pueden utilizar fertilizantes de liberacin lenta y alternar la siembra de frijol de soya u otras plantas fijadoras de nitrgeno para reducir la necesidad de fertilizantes. Los agricultores tambin deben tener zonas separadoras con vegetacin permanente entre los campos cultivados y el agua superficial cercana a los sembrados aplicada como fertilizante en tierras de cultivo y en bosques.