Esta musculatura a diferencia de la epiaxial est mucho ms desarrollada, tiene como
funciones principales; realizar los movimientos respiratorios ya que los reptiles carecen de diafragma y slo los cocodrilos poseen un esbozo, tambin sostener los rganos del aparato digestivo.
La musculatura hipoaxial se ha diferenciado en unos pocos msculos especializados, un reflejo del control ms complicado ejercido sobre la flexin de la columna y el movimiento de la caja torcica. Estos msculos son: oblicuos (parrilla costal), el recto abdominal (que une el borde de la parrilla costal con la cintura plvica) y el msculo subvertebral (que acta antagonizando la accin de la musculatura epiaxial). En los ofidios, se presentan msculos que vinculan las costillas entre s y las escamas ventrales. En las costillas, esternn y columna vertebral de los rptiles la musculatura hipoaxial forma una buena parte de la pared del cuerpo y est asociada como ya se dijo antes a la respiracin, porque estos msculos se fijan a la caja torcica. Dado que en los testudines (tortugas) la caja torcica es rgida, estos msculos estn reducidos o faltan, en cuanto a los ofidios, que no tienen esqueleto apendicular ni msculo apendicular, los msculos hipoaxiales estn fuertemente desarrollados ya que junto con la musculatura epiaxial intervenien significativamente en las ondulaciones laterales (locomocin). Existen tres precursores embrionarios de los grupos de msculos, tres directos y un cuarto compuesto. Un grupo es la musculatura dorsomedial que discurre bajo la columna vertebral (subvertebral) y se extiende hacia el lado anterior como el largo del cuello (longus collis), que ayuda a mover el cuello. El segundo grupo es la musculatura medial, que est distribuida en el lado interno de la caja torcica e incluye el transverso abdominal (transversus abdominis) y al oblicuo interno. El tercer grupo constituye la musculatura lateral, que se extiende por el lado externo de la caja torcica; incluye el oblicuo externo y los intercostales externos. Aparentemente, los derivados de la musculatura medial y lateral contribuyen a la musculatura ventral a lo largo del vientre, que incluye el recto abdominal (rectus abdominis), desde el esternn y las costillas hasta la pelvi. Est dividido medioventralmente a lo largo de toda su longitud por la lnea alba y es atravesado a intervalos irregulares por tejido conjuntivo, un modelo que sugiere una segmentacin bsica. Fig1. Organizacin de la musculatura axial (secciones transversales). (b) Las salamandras tienen una musculatura espiaxial que es una masa musucular relativamente indiferenciada, el tronco dorsal. Los msculos hipoaxiales se diferencian en varios msculos definidos. (c) Los lagartos tienen masas musculares epiaxiales e hipoaxiales que se han diferenciado en diversos grupos de msculos especializados. El septo horizontal no se reconoce fcilmente , pero de la distribucin de las ramas del nervio espinal permite identificar los derivados de la musculatura epiaxial (rama dorsal del nervio espinal) e hipoaxial (rama ventral). Especificando un poco ms en estos distintos grupos de msculos se pueden encontrar las siguientes caractersticas: La musculatura subvertebral suele ser poco voluminosa y tener funciones secundarias; solas acta como componente de la musculatura dorsal en los movimientos dorsoventrales de la columna vertebral. Los msculos de los flancos, que se extienden sobre la regin que va desde las apfisis transversas hasta la regin ventral, donde se encuentra el sistema de los rectos, son complicados y variables. Tpicamente existen tres hojas principales de msculos superpuestas y con disposicin segmentaria (cada una puede adems subdividirse en varias regiones y zonas). El recto del abdomen se extenda primitivamente a lo largo del vientre, desde el hombro hasta la pelvis, actualmente esta acortado a cierta parte del cuerpo.