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Microbiologia Avanada/ Microbiologia II

2013.2014
Contedos Programticos:
Evoluo e filogenia microbiana
Sistemtica microbiana. Taxonomia clssica, numrica e molecular
Domnio Bacteria e Archaea
Fungos: classificao, caractersticas, distribuio e ecologia.
Importncia mdica, industrial, econmica e ambiental
Diversidade microbiana em ecossistemas aquticos. Algas:
caractersticas, distribuio e estratgias de sobrevivncia. Bactrias
fotossintticas oxignicas e anoxignicas. Bactrias formadoras de
prosteca
Comunicao e interaco microbiana. Formao de biofilmes
Diversidade microbiana em ecossistemas terrestres. Bactrias
formadoras de endsporos. Actinomicetas
Interaces m.o/outros organismos. Micorrizas. Rizobia/leguminosas.
Agrobacterias/dicotiledneas
O papel dos microorganismos nos ciclos biogeoqumicos dos elementos.


Microbiologia Avanada/ Microbiologia II
2012.2013
Avaliao:
I. Avaliao Contnua
- 2 frequncias tericas: 50%
- avaliao das aulas prticas: 50%
NOTAS:
A classificao de cada uma das frequncias tericas tem que ser superior a
8.0 (oito) valores.
Os alunos no podero ter uma nota inferior a 9,5 valores em nenhuma
destas componentes (terica e prtica)
A avaliao ter em considerao as presenas e o desempenho durante as
aulas.
A aprovao na disciplina de Microbiologia II obriga a aprovao na
componente prtica.
A no aprovao componente prtica obriga repetio das componentes
terica e prtica no semestre lectivo seguinte.

Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
Evoluo e filogenia
microbiana

Earth is a microbial planet always has been, and always
will be

(Knoll et al., 2011, Microbe, 6 (2): 75-78







Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
3.8 bilies de anos aparecimento
de entidades com capacidade
replicativa (RNA)
- mutaes
- recombinao gnica
- seleco natural

Evoluo de novos organismos

Processos geoqumicos
(Novos microhabitats)


Diversidade microbiana

Evoluo e Filogenia Microbianas
O mundo do RNA
RNA 1 polmero da vida Molcula com capacidade
auto-replicativa: - contm informao gentica
- capacidade cataltica
Etapas evolutivas no Mundo do RNA:
1. formao de nucletidos
2. formao de molculas de RNA
3. replicao do RNA
4. RNAs com actividade cataltica ( sntese proteica?)
5. sequncia de RNA protenas
6. evoluo para DNA: >estabilidade; <Energia

Evoluo e Filogenia Microbianas -ACV
primeiros fsseis microbianos:
parede celular e envelope
lpidos
camadas de organismos filamentosos
aprisionados em sedimentos estruturas tri-
dimensionais (Stromalites: 3,5 bilies de anos)
filmes microbianos
assinaturas especficas em minerais
precipitados em massas de gua antigas

Stromalite cnica. Perodo Pr-
Cmbrico (Precambrian
Paleobiology Research Group -
UCLA)
Colnia de cianobactrias.
Cianobactrias filamentosas
Perodo Pr-Cmbrico
(Precambrian Paleobiology Research
Group - UCLA)
Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
Estabelecimento das primeiras formas de vida:
Nascentes hidrotermais
Ambiente redutor: superfcies slidas Fe - S
Ambientes anidros (pirite, gessos, basaltos)

Primeiras formas de vida:
hipertermfilos actuais Gloeocapsa sp.
Metabolismo: quimioorganotrofia e quimiolitotrofia

Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
Evoluo microbiana:
Transferncia horizontal de genes
Mutaes
Vrus como agentes evolutivos
Tempo evolutivo (bilies de anos)
Seleco
Estudo da evoluo microbiana:
Modificao de organismos p/ resoluo de problemas (ex:
derrames, fertilizao e cultivo)
Alteraes climatricas (ciclos biogeoqumicos)

Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
Filogenia Microbiana
rvore Universal da Vida:
Descrio da histria evolutiva dos organismos
Representao de linhas evolutivas no-organsmica
Construo da rvore => escolha de cronmetros evolutivos:
macromolculas homlogas cuja sequncia de monmeros difere
entre 2 organismos medio da distncia evolutiva
molculas universalmente distribudas no grupo em estudo
molculas funcionalmente homlogas
sequncias passveis de serem alinhadas
alteraes comensurveis (baixa taxa mutacional)
exs: rRNA, ATPase, RecA, rpoS, hsp60, etc
Evoluo e Filogenia Microbianas
- ACV
Construo da rvore => sequncias assinatura, sondas
filogenticas, FISH (hibridao in situ por fluorescncia), FTIR
(espectroscopia vibracional com transformada de Fourier), etc.

Sequncias assinatura: sequncias de 5nt-12nt, nicas
em certos grupos de microorganismos. Regies
conservadas, representando inseres ou deleces de
comprimento definido, numa mesma posio, num gene
particular, entre todos os membros de um dado grupo


3 Domnios (taxa mais elevado): Bacteria, Archaea, Eucarya




Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
rvore molecular baseada em comparaes de sequncia de
rRNA. S esto esquematizadas algumas linhas evolutivas.
Evoluo e Filogenia Microbianas
- ACV
Todas as formas de vida actuais so modernas, adaptadas e
bem sucedidas nos seus nichos ecolgicos:
Nenhum Domnio evoluiu a
partir de outro: (conceito de
procariota obsoleto)
Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
Classificao de microorganismos

Enorme diversidade gentica => problema na classificao/conceito de espcie

1. Taxonomia clssica: baseada em caractersticas fenotpicas
1.1. Estrutura e Morfologia
1.2. Bioqumica/fisiologia
1.3. Serotipia
1.4. Fagotipia
1.5. Taxonomia numrica:

S coeficiente de semelhana = a/(a+b+c)
a n de caractersticas comuns a ambos
b n de caractersticas presentes em 1 e em 2
c n de caractersticas presentes em 2 e ausentes em 1

2. % GC: (G+C)/( A+ C+ G+T) x 100%
Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
Classificao de microorganismos (cont.)

3. Taxonomia molecular:
- +objectividade
- no necessidade de isolamento do microorganismos em cultura
vantagem 99% dos microorganismos no cresce em
cultura

3.1. % hibridao DNA-DNA
3.2. Ribotiping (molecular fingerprinting)
3.3. Espectroscopia de massa (ex: FT-IR)
3.4. FAME (fatty acids analysis)

Sistemtica Microbiana deve ser polifsica, fazendo uso de vrias
tcnicas

Evoluo e Filogenia Microbianas - ACV
Nomenclatura
Nomenclatura bacteriana reflecte um consenso apenas num dado
perodo de tempo.
Comisso Jurdica do International Committee on Systematics of
Prokaryotes regula a atribuio taxonmica
Nomenclatura binomial
Divergncia > 3% => Nova espcie
Gnero: 93% - 95% semelhanas
Em bacteriologia => categoria adicional: estirpe: descendentes de uma
cultura pura
Referncias:
- Bergeys Manual of Systematic Bacteriology
- The Prokaryotes
- Bases de dados

Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Domnio Archaea





Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Mapa da ecologia do Domnio
Archaea





Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Domnio Archaea

Linhagem de clulas considerada como a
mais prxima em forma e fisiologia da linha
existente h bilies de anos.




Classificao: 2 filos principais?

Crenarchaeota (hipertermfilas)

Euryarcheota (halfilas extremas, metanognicas, termpolasmales,
hipertermfilas)

Korarchaeota (hipertermfilas):Auchtung; T. et al., 16S rRNA Phylogenetic
Investigation of the Candidate Division Korarchaeota, Applied. Environ. Mic., 2006,
72(7):5077.

Proposta de 3 Filo: Thaumarchaeota ('thaumas = maravilha) -
mesfilas. Brochier-Armanet, C., Mesophilic crenarchaeota: proposal for a third
archaeal phylum, the Thaumarchaeota, Nature Reviews Microbiology , 2008, 6: 245


Domnio Archaea
Ana Cruz V.

Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Eubacteria vs Archaea
Composio da parede => colorao Gram no conclusiva
Estrutura da parede:

Gram




Gram +
Pyrobaculum aerophilum
a
Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Eubacteria vs Archaea
Estrutura da membrana : Lpidos ; Ligaes ter



Bacteria, Eukaria
Archaea
Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Eubacteria vs Archaea
Ribossomas com morfologia diferente
RNA polimerases mais complexas
Sntese proteica Domnio Bacteria
Flagelinas nicas => flagelos mais finos, curtos e simples; nicas
estruturas responsveis pela motilidade celular neste domnio

Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Halfilas
Ambientes hipersalinos: 9% -23% [NaCl]; 32% [NaCl] = saturao;
Lagos salgados, salinas, material proteico salgado
Maioria aerbia

Adaptaes:
osmoadaptao => acumulao de [K+, Na+, Cl-] no interior da
clula contrabalano da presso osmtica externa
parede celular estabilizada por Na+
estabilizao de componentes celulares (ex: enzimas) por [K+, Na+]

Halfilos extremos => restrio a esses nichos
Halfilos moderados => estratgias de adaptao mais flexveis
Ex: Halobacterium, Haloferax, Natrobacterium, Halobacterium salinarium
Halobacterium salinarium

Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Termfilas e Hipertermfilas
Temperaturas elevadas (115C)

Adaptaes:
conformao proteica adequada => maior rigidez
Expresso de protenas de choque trmico
DNA girase reversa
Protenas de ligao ao DNA
Acumulao de compostos orgnicos com funo termoestabilizadora
numa variedade de protenas
Thermoplasma sp. Archaeglobus sp. Pyrodictium sp. Sulfolobus sp.
Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Acidfilas e alcalfilas

pH: 0 11.5
pH intracelular:
5-7 acidfilos;
7 9 alcalfilos
manuteno de elevados gradientes protnicos transmembranares
exporte ou importe de H+ => no necessidade de adaptaes especiais dos
componentes celulares
Arqueobactrias isoladas na Mina de
Richmond, USA
Domnio Archaea
Ana Cruz V.
Metanognicas

Metanognese: reduo de compostos orgnicos por H
2
por bactrias
sintrficas
Pntanos, sedimentos marinhos, esgotos, intestinos dos animais, etc.
Anaerbias estritas e mesfilas, na maioria.
O metano o principal produto metablico final
Methanobacterium thermoautotrophicum Methanosarcinae barkeris
Metanognese

Polmeros complexos
Hidrlise bacteriana
a.a, glcidos
Fermentao bacteriana
H
2
+CO
2
acetato Propionato, butirato, succinato,
alcois
Acetato
acetognese
Bactrias
metanognicas
H
2
+CO
2
acetato
Bactrias
produtoras de H
2
Fermentao
Bactria metanognicas
CH
4
+ CO
2

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