SOFTWARE EN DISEO DE ENZIMAS

ENZIMOLOGA 1

SOFTWARE EN DISEO DE ENZIMAS
INTRODUCCION
Utilizando las herramientas de tecnologa de la informacin para entender la
maquinaria molecular de la clula ofrece tanto retos como oportunidades para
cientficos de la computacin. En la ltima dcada, nuevos algoritmos han sido
desarrollados tanto para el anlisis de datos biolgicos y sintticos problemas de la
biologa como la ingeniera de protenas.
ALGORITMO K*
Un equipo de investigacin de la Universidad de Duke conformado por ingenieros,
cientficos y bioqumicos han desarrollado un programa de ordenador que puede
mostrar experimentos y formas de cambiar el mecanismo que las bacterias poseen,
para as fabricar antibiticos naturales. Este eficiente mtodo da un paso ms hacia
la eterna carrera armamentstica entre los antibiticos y los grmenes.
El software, a travs de un conjunto de normas conocidas como el algoritmo K*
(pronunciado como K Star), es capaz de clasificar todas las posibles formas y los
cambios clave de una enzima que produce un antibitico natural llamado
Gramicidina S, segn comentaba Bruce Donald, William Dukes y Sue Gross,
profesores de Bioqumica y Ciencias de la Computacin. La nueva tcnica podra
allanar el camino hacia un nuevo diseo ms automatizado de antiguos frmacos
para reducir la resistencia de los grmenes a los medicamentos.





Fig.1 Estructura qumica de la Gramicidina S
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Realmente nos entusiasma que podamos redisear enzimas a travs de un trabajo
en equipo, con la ayuda del laboratorio y conseguir nuestros objetivos como estaba
previsto, deca Donald, quien dirige la investigacin y autor del artculo publicado
sobre este proyecto en la revista de investigacin Proceedings of the National
Academy of Sciences (PNAS).

La bsqueda de nuevos antibiticos usualmente comienza directamente por la
modificacin de los compuestos. Sin embargo el equipo de investigacin predijo
mutaciones a las enzimas por parte de un microorganismo cuando entra en
contacto con antibiticos. Como resultado, el uso de K* ayudar a mejorar los
diseos en la bsqueda de ms rpidos y ms baratos frmacos.
Es esencialmente una nueva va para los nuevos antibiticos, deca Donald. Hay
muchos posibles cambios que pueden constituir a una protena, pero el algoritmo
puede probar a cabo rdenes de gran magnitud con ms variaciones que los
experimentos de laboratorio por s solos.
Otros diseos de protenas a travs de algoritmos han sido propuestos, y algunas de
estas incluso han intentado revelar la forma real de las partes esenciales de las
protenas en su movimiento en tres dimensiones.
Sin embargo, Donald deca que la versin ms reciente de K* permite a las
protenas y cadenas laterales troncales moverse de tal modo como lo haran en la
vida real. Adems, se evala al mismo tiempo lo que l llam un lbum o
conjunto, de forma posiblemente cambiante. Por lo tanto, podra ser capaz de
descubrir ms rpidamente aspectos que a travs de tcnicas experimentales
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tradicionales, las cuales tardan mucho ms. En principio, debe ser posible volver a
disear cualquier enzima simplemente a travs de la introduccin de la forma de la
protena en el algoritmo y ejecutando la orden que se desee que realice.
Esta investigacin es el ltimo hito en un esfuerzo de casi 10 aos para desarrollar
el diseo de algoritmos fiables de enzimas, segn comentaba Donald. En el
proceso, su grupo ha tenido una larga colaboracin con Amy Anderson de la
Universidad de Connecticut para probar la exactitud bioqumicamente del
algoritmo usando el Gramicidin S Sinteasa en el sistema enzimtico, que produce el
antibitico natural de las bacterias Bacillus brevis. Si bien el Gramicidin S
probablemente no es un antibitico muy til contra las enfermedades infecciosas
emergentes, es un gran sistema de modelo para el estudio de cmo las enzimas
trabajan, porque sabemos mucho sobre su forma en 3-D, deca Donald.
El algoritmo incluye un callejn sin salida de eliminacin que puede funcionar
realmente bien en todas las posibles interacciones qumicas y arquitecturas
moleculares flexibles para seleccionar las situaciones en las que no pueden
trabajar. Calcular un nuevo diseo podra durar hasta una semana con el 230-
processor ubicado en el laboratorio. Adems, cabe la pena destacar que el
algoritmo K* se encuentra disponible como software de cdigo abierto para que
investigadores puedan evaluarlos y utilizarlos. El proyecto fue financiado con una
donacin de los Institutos Nacionales de Salud.