Gaps: Se trata de un BLAST que contempla la existencia de pequeas inserciones o

eliminaciones en las secuencias que se estn comparando, permitiendo as alinear uno o

varios nucletidos o aminocidos con huecos vacos llamados gaps.
BLAST: encontrar subsecuencias en la consulta que son similares a subsecuencias de la
base de datos.
CLUSTAL: es un programa que permite hacer alineamientos globales de protenas y cidos
nucleicos y que adems tiene un algoritmo heurstico progresivo, bastante rpido, para
calcular alineamientos mltiples.
El formato FASTA: es el formato ms comn de secuencia de ADN, ARN y Protenas. Es
un formato de solo texto
HOMOLOGA: La homologa es una medida cualitativa entre las secuencias se presenta
cuando la similitud que ests tienen es atribuible a razones evolutivas y no al azar, es decir,
la homologa establece regiones entre las secuencias que se han conservado con el tiempo.
Blosum matriz: una matriz de sustitucin utilizada para el alineamiento de secuencias de
protenas. BLOSUM se usa para puntuar alineamientos entre secuencias de protenas
evolutivamente divergentes.
Tipos de alineamientos
Alineamientos Globales: Se hace un intento de alinear las secuencias completas, usando el
mayor nmero de bases o aminocidos que sean posibles. Se trata de encontrar el mximo
nmero de bases o aminocidos en comn, y se intenta incluir ambos extremos de la
secuencias. Estos alineamientos se recomiendan cuando:
Se pretende realizar comparaciones en las que se quiera localizar homologa de la
secuencia completa.
Se comparan secuencias que son muy similares entre s.
Las secuencias tienen aproximadamente la misma longitud.
Alineamientos Locales: se buscan porciones de la secuencia con el mayor grado de
similaridad posible. Los mtodos (algoritmos) de bsquedas proporcionan una o ms
regiones o "islas" de homologa. Las zonas de homologa no se extienden a ambos extremos
de las secuencias que se comparan, si no que se restringe a los extremos de las regiones donde
se encuentra la homologa. Este mtodo se recomienda cuando:
se pretende encontrar zonas discretas de gran homologa en una protena, aunque el
resto de la protena no se parezca nada a las "islas" que los programas son capaces de
reconocer. Estas zonas discretas pueden ser, por ejemplo, dominios conservados en
las secuencias de protenas.
No obstante, tambin es vlida para hacer comparaciones de la secuencia completa
ya sea de protenas como de cidos nucleicos. En este caso, la zona que se compara
se extiende a la secuencia completa.
Multi alineamiento: es un alineamiento de tres o ms secuencias biolgicas, generalmente
protenas, ADN o ARN.
Segn el esquema
la produccin y el anlisis de alineamientos de secuencias
buscando similitud
similitud evaluar
medidas de puntuacin
vacos en la alineacin
alineamiento mltiple
alineamiento por pares
base de datos de bsqueda
adaptacin local
alineamiento global
programas para buscar la base de datos
anotando el partido
el uso de patrones para encontrar la funcin
base de datos de modelo especfico