Respuestas bioqumicas

1.-Explicar en un mximo de media pgina del sindrome de Lesch-Nyhan incluida las

estrategias de tratamiento que se usan actualmente.
El sndrome de Lesch-Nyhan (LNS) es la forma ms grave del dficit de la hipoxantina-guanina-
fosforribosil-transferasa (HPRT), un trastorno hereditario del metabolismo de las purinas asociado
con una sobreproduccin de cido rico (AU), discapacidad neurolgica y problemas de conducta.
Fue descrito por primera vez por M. Lesch y W. Nyhan en 1964,4 como una trada: hiperuricemia,
coreoatetosis y retraso mental.
La prevalencia estimada es de entre 1/380. 000 y 1/235.000. Los hombres son generalmente los
afectados y las mujeres heterocigotas son portadoras. Los pacientes son normales al nacer.
Este sndrome se transmite de padres a hijos (se hereda) como un rasgo ligado al cromosoma X y
en su mayora se presenta en nios varones. La mutacin responsable normalmente es portada
por la madre que la transmite a su descendencia, aunque un tercio de los casos son mutaciones
nuevas y por tanto no se encuentran en el historial familiar. Se caracteriza por tres sntomas
principales: disfuncin neurolgica, trastornos cognitivos y de conducta y aumento o sobre
produccin de cido rico.
Un caracterstica llamativa del sndrome es el comportamiento autodestructivo, consistente en el
mordido compulsivo de las yemas de los dedos y los labios, cuya causa es desconocida, similar a
las compulsiones del trastorno obsesivo-compulsivo.
Las mujeres portadoras no presentan la enfermedad, pero pueden transmitir el gen anmalo a sus
descendientes y tienen riesgo aumentado de padecer gota por excesiva produccin de cido rico.
La actividad enzimtica de la HPRT indetectable en sangre perifrica o clulas intactas (eritrocitos,
fibroblastos), y las pruebas genticas moleculares confirman el diagnstico. El diagnstico
diferencial incluye la parlisis cerebral, otras causas de dficit intelectual, la distona y la
autolesin, incluido el autismo; el sndrome de Tourette, el sndrome de Cornelia de Lange, el
dficit intelectual idioptico, y los problemas psiquitricos graves.
La sobreproduccin de AU se trata con alopurinol, alcalinizacin de la orina e hidratacin.
Tratamiento
No existe un tratamiento especfico para el sndrome de Lesch-Nyhan. El medicamento para la
gota alopurinol puede bajar los niveles de cido rico; sin embargo, el tratamiento no mejora el
pronstico neurolgico.
Algunos sntomas se pueden aliviar con los siguientes medicamentos:
Carbidopa o levodopa
Diazepan
Fenobarbital
Haloperidol
2.- Complete la siguiente figura, indicando el origen de los 7 tomos que se
muestran con flecha. Adems, indique las diferencias entre la biosntesis de
purinas y pirimidinas.














Diferencias entre la biosntesis de purinas y pirimidinas: La diferencia es entre estas
sntesis es que en las pirimidinas se va a sintetizar primeramente el anillo de
pirimidina y despus se va a unir a la ribosa-5-fosfato y en el caso de las purinas, se
formaba la purina sobre la ribosa-5-fosfato. Adems las purinas son de dos anillos y
las pirimidinas de uno slo. Tambin en la biosntesis de purinas se va a generar
como producto final IMP, AMP y GMP (monofosfatos). En cambio, en la biosntesis de
pirimidinas se va a producir trifosfatos: UTP y CTP.

3.- Cules son las caractersticas de la doble hlice Watson y Crick??? Cmo se
mantiene la estructura de doble hlice???
El ADN es una doble hlice enrollada helicoidalmente a derechas (sentido
dextrorso). Algo parecido a dos muelles entrelazados.
Enrollamiento de tipo plectonmico: para separar las dos hlices es
necesario girarlas como si fuera un sacacorchos.
Cada hlice es una serie de nucletidos unidos por enlaces fosfodister en
los que un grupo fosfato forma un puente entre grupos OH de dos azcares
sucesivos (posiciones 3 de un azcar y 5 del siguiente).
Las dos hlices se mantienen unidas mediante puentes o enlaces de
hidrogeno producidos entre las bases nitrogenadas de cada hlice.
Siguiendo los datos de Chargaff (1959), la Adenina de una hlice aparea
con la Timina de la hlice complementaria mediante dos puentes de
hidrgeno. Igualmente, la Guanina de una hlice aparea con la Citosina de
la complementaria mediante tres puentes de hidrgeno.
Las dos hlices por razones de complementaridad de las bases
nitrogenadas son antiparalelas, teniendo secuencias de tomos inversas.
Una hlice lleva la secuencia 5P 3 OH , mientras que la hlice
complementaria sigue la secuencia de tomos 3OH 5P.
El dimetro de la doble hlice es de 20 .
Las bases nitrogenadas son estructuras planas perpendiculares al eje de la
doble hlice y estn apiladas unas sobre otras a una distancia de 3,4 .
Cada 10 bases, cada 34 se produce una vuelta completa de la doble
hlice (360).
Las bases se encuentran en sus configuraciones cetnicas, cumpliendo as
las reglas de apareamiento A-T y G-C.
La secuencia de bases nitrogenadas puede ser cualquiera, no existe
ninguna restriccin.

4.- Describir las caractersticas del DNA-Z. Adems, indicar cul es su rol biolgico.
El ADN-Z es una forma de doble hlice levgira (con giro hacia la izquierda) con una
conformacin del esqueleto en zig-zag. Es una variacin que puede realizar el ADN.
Forma Z, se puede formar con secuencias especficas y en condiciones especificas, con
purinas-pirimidinas alternando
La formacin del ADN-Z se produce durante la transcripcin de genes, en los puntos de
inicio de la transcripcin cerca de los promotores de genes que se transcriben de manera
activa.
Es un doble hlice con enrollamiento hacia la izquierda, tiene 12 pares de bases por giro
completo, se puede observar en segmentos de ADN con secuencia alternante de bases
pricas y pirimidnicas (GCGCGC), debido a la conformacin alternante de los residuos
azcar-fosfato sigue un curso en forma de zig-zag.
Slo se observa un surco, el emparejamiento entre las bases (que forman el surco mayor
-cercano al eje- en la forma ADN-B) est hacia un lateral, en la superficie exterior, lejos
del eje. El conjunto es una doble hlice ms estrecha y alargada que el ADN-B; una
diferencia notable es que las purinas estn en conformacin syn-, es decir, la base y la
pentosa estn situados del mismo lado que el enlace glicosdico: Otra diferencia
estructural es que en el ADN-Z desaparece por completo el surco ancho mientras que el
surco estrecho se hace an ms estrecho y profundo.
Requiere una concentracin de cationes superior a la del ADN-B. Los grupos fosfato se
encuentran ms cerca entre ellos a comparacion de la forma ADN-B. La conformacin Z
est favorecida por un elevado contenido en G-C. Las secuencias de ADN pueden pasar
de la forma B hacia la forma Z y viceversa.
Una funcin posible del ADN-Z podra ser absorber esta superhelicoidizacin negativa. Al
final de la transcripcin, la topoisomerasa relaja la estructura del ADN volviendo a la
conformacin B
- Se han encontrado anticuerpos frente al ADN-Z en el Lupus Eritomatoso y en otras
enfermedades autoinmunes.
- El ARN de doble cadena (ARNdc) puede adoptar una conformacin del ADN-Z.

5.- Describir las caractersticas del DNA-H. Adems, indicar cul es su rol biolgico.
Se encuentra en regiones de polipurinas o de polipirimidinas que tambin incorporen una
repeticin especular. Un ejemplo sencillo es un fragmento largo de residuos de T y C
alternados. El DNA-H se caracteriza por una estructura en triple cadena. Esta triple
cadenas dos de las tres hebras del DNA-H contienen pirimidinas y la tercera purinas.
En el DNA celular, los sitios de reconocimiento de muchas protenas que se unen a
secuencias especificas tienen secuencias palindromicas y en las regiones implicadas en
la regulacin de la expresin de algunos genes eucariticos se encuentran secuencias de
polipurinas y polipirimidinas que pueden formar hlices triples o incluso DNA-H. En
principio, hebras de DNA sinttico, diseadas para aparearse con estas secuencias y
formar hlices triples, podran alterar la expresin gnica.

El control del metabolismo celular mediante estos mtodos tiene cada vez mayor
importancia comercial por sus potenciales aplicaciones en medicina y agricultura. Estas
estructuras tienen inters farmacutico puesto que la formacin de la hlice triple en una
regin concreta del genoma puede impedir la transcripcin de la protena codificadora en
esa regin. La forma de la triple hlice es muy selectiva por lo que esta estrategia
permitira, en principio, disear frmacos que bloqueasen la expresin de un nico gen.
Adems puede tener un papel funcional en la regulacin de la expresin gnica y sobre
los ARNs (por ejemplo, en la represin de la transcripcin).
El DNA H o DNA de triple hlice es una estructura poco habitual, formada por tres hebras,
se encontr por primera vez en el RNA, pero es en el DNA donde se manifiesta con ms
frecuencia. Se forma en regiones ricas en pirimidas (secuencia (CT)n) en una hebra y
secuencias ricas en purinas (secuencia (AG)n) en la hebra complementaria. En
condiciones normales, dichas secuencias se encuentran totalmente apareadas sin
alteracin alguna en la doble hlice. Sin embargo, puede ocurrir que parte de la doble
hlice se abra y la hebra rica en (CT) se repliegue y se aparee con la hebra (AG),
mediante una nueva clase de enlace por puente de hidrgeno, en una zona donde est
an la doble hlice.
Aparece, por lo tanto, una triple hebra formada por (CT)n / (AG)n / (CT)n en dicho
segmento del DNA. La otra hebra desapareada de DNA forma una especie bucle.
La importancia biolgica de este DNA es la aplicacin en terapias de inhibicin de la
expresin de los genes, mediante la unin de un oligonucletido sinttico a la doble hlice
del DNA en la regin promotora de un gen, formando una triple hlice que le impide la
expresin del gen.
6.- Completar la siguiente tabla y explicar el significado del DNA de copia nica, repetitivo
y satlite.

Tipo de DNA

% del Genoma Caractersticas
Copia nica 75 Incluye la mayora de los genes
Repetitivo 15 Intercaladas en el genoma, entre y en genes,
incluye secuencias Alu* y satlites mini (micro)
Satlite (tandem) 10 Secuencias altamente repetidas, centrmeros y
telmeros.

7.- Haga un esquema de secuencias repetitivas como las secuencias Alu y
secuencias en tndem como los microsatlite








8.- Explique brevemente el porqu el RNA es ms susceptible a la hidrlisis que el DNA.
El hecho de que el RNA tenga grupos hidroxilos en posicin 2' y 3' lo hace ms
susceptible a la hidrlisis y que el DNA no tenga el OH en la posicin 2' lo hace ms
estable.

Parte 2

1 .-Complete el siguiente esquema de sntesis de DNA procaritico, indicando las hebras
de sntesis contnua y discontnua, y los extremos de todos los fragmentos cortos y largos.
Incluya asimismo en el esquema la o las DNA polimerasa (s) que participan. Explique
brevemente.





DNA helicasa: Abre y separa la doble hebra.

DNA primasa: sintetiza el RNA partidor

DNA pol I: Remueve los partidores y rellena el espacio que queda de dicho partidor

DNA pol III: encargada de la replicacin

DNA ligasa: une los fragmentos de Okazaki

DNA girasa: introduce sobre enrollamientos negativos en la horquilla de
replicacin

Protenas SSB: protenas encargadas de mantener separadas ambas hebras.

2.- Cules son las propiedades del genoma humano? Cuntos pares de bases tiene el
genoma humano?
Propiedades del genoma humano

DNA Nuclear
El genoma haploide humano tiene ~3 X 109 pb de DNA
DNA de una sola copia corresponde a ~75% del genoma humano
El genoma humano contiene ~30,000 genes
La mayora de los genes son de copia nica en el genoma haploide
Los genes estn compuestos de 1 a >75 exones
Los genes varan en el largo de <100 a >2,300,000 pb
Secuencias Alu estn presentes en el genoma

3.- Qu es un exn y qu es un intrn?
Los genes eucariticos son segmentados, contienen intrones y exones.
Los exones tienen la informacin para la protena
Los intrones son regiones no codificadas, no para la protena a la que corresponde el gen.

4.- Qu es un nucleosoma? Cul es el grado de empaquetamiento del DNA en el
estado nucleosomal (cadena polinucleosmica)? Explique.
5
3
5
5
3
3
Cadena contina
5
Cadena discontinua
Fragmentos de Okazaki
DNA ligasa
3
DNA pol I
DNA pol
III
DNA helicasa
DNA primasa

Un nucleosoma son aproximadamente 200 pb que se enrollan alrededor de un corazn de
protenas y un pedazo de DNA llamado DNA espaciador.
Forma el collar de perlas, la cadena polinucleosomica se enrolla forma la fibra gruesa,
esta estructura corresponde a 6 nucleosomas por vueltas = solenoides. (Ancho 30nm).
Esta fibra gruesa se une a H1 para estabilizarla. Luego se vuelve a sobre enrollar formando
una roseta, 30 rosetas =1 coil 10 coil = 2 cromtidas.
En el fondo el DNA interacta con histonas y con una serie de protenas para formar este
cromosoma condensado que se observa en la metafase.

5.- Explique la funcin de la topoisomerasa

6.- Describa la funcin de las actividades exonuclesicas 5-3 y 3-5 de las DNA
polimerasas

7.- Cules son las caractersticas de las histonas nucleosomales y de H1?
HISTONAS (H1, H2A, H2B, H3, H4)

Protenas pequeas, su gen no es segmentado

Ricas en arginina o lisina: cargadas positivamente

interactan con DNA cargado negativamente, por los fosfatos

Pueden ser modificadas post tranduccionalmente para hacerlas menos positivas.

Se pueden Acetilar de las siguientes formas:

Fosforilacin

Poli(ADP) ribosilacin

Metilacin

Acetilacin
o Hipoacetilacin (menos acetiladas)

Por histona desacetilasa

Nucleosomas apretados

Se asocia con represin transcripcional (transcripcionalmente inactivo)
o Hiperacetilacin (mas acetiladas)

Por histona acetilasa

Nucleosomas sueltos

Se asocia con activacin transcripcional

Mas dbil la interaccin entre el DNA y estas protenas porque al estar acetiladas las hace
menos positivas o mas negativas. Por lo tanto el nucleosoma va a estar ms relajado, en
estos casos puede ocurrir la transcripcin.
H1: estn ubicadas en la parte externa de nucleosoma, tiene el doble que aminocidos que las
dems histonas

8.- Qu es un telmero y cmo es la funcin de la telomerasa?

Telmeros: secuencias de DNA repetitivo en los extremos de los cromosomas, en
todos los DNA lineales.

Funcin del telmero es proteger los cromosomas de las vas de reparacin y por
o tanto mantiene el largo de los cromosomas.

Telomerasa: complejo ribonucleoproteico, tiene una funcin de enzima.

Funcin es estabilizar el largo de los telmeros agregados a esta secuencia que se
repite muchas veces.

9.- Cmo se relaciona el largo de los cromosomas con envejecimiento?
En que una hebra siempre va a quedar 5 u 8 bases ms corta, lo que se traduce en una prdida de
genes lo que finalmente lleva a un envejecimiento.

10.- Cmo se repara el DNA que presenta dmeros de Timina?
Un dmero de piridina es producido por la luz UV, al formarse enlaces covalente entre dos
bases de piridina produce una obstruccin para la doble hlice.
Mecanismo de reparacin por remocin de nucletidos: la nucleasa remueve todo el
pedazo, incluyendo el dmero de piridina, se completan los 12 nucletidos. Aqu participa
la DNA ligasa, DNA helicasa, DNA polimerasa. Se agregan los nucletidos y la DNA ligasa
sella con enlaces fosfodister.

11.- En qu se basa la secuenciacin del DNA?
La secuenciacin del ADN es un conjunto de mtodos y tcnicas bioqumicas cuya finalidad es la
determinacin del orden de los nucletidos (A, C, G y T) en un oligonucletido de ADN. La
secuencia de ADN constituye la informacin gentica heredable del ncleo celular, los plsmidos,
la mitocondria y cloroplastos (En plantas) que forman la base de los programas de desarrollo de
los seres vivos. As pues, determinar la secuencia de ADN es til en el estudio de la investigacin
bsica de los procesos biolgicos fundamentales, as como en campos aplicados, como la
investigacin forense. El desarrollo de la secuenciacin del ADN ha acelerado significativamente la
investigacin y los descubrimientos en biologa. Las tcnicas actuales permiten realizar esta
secuenciacin a gran velocidad, lo cual ha sido de gran importancia para proyectos de
secuenciacin a gran escala como el Proyecto Genoma Humano. Otros proyectos relacionados, en
ocasiones fruto de la colaboracin de cientficos a escala mundial, han establecido la secuencia
completa de ADN de muchos genomas de animales, plantas y microorganismos

Parte 3

1.-Explique los mecanismos de accin de drogas que inhiban la replicacin y la
transcripcin (dos ejemplos de cada caso). Explicar su uso teraputico.

: Existen diversos antibiticos que inhiben la sntesis de los cidos nucleicos. Dentro de
este grupo encontramos las quinolonas, que tienen como diana especfica muchas
enzimas que estn involucradas en la sntesis de cidos nucleicos.
Las quinolonas inhiben la actividad de las topoisomerasas de tipo 2 bacterianas despus
de que stas se han unido al ADN. La mayora de las bacterias contienen 2 clases de
topoisomerasas de tipo 2, la girasa y la topoisomerasa IV.
Para que el ADN pueda replicarse y transcribirse es preciso contar con la actividad de
enzimas que relajen su estructura superhelicoidal y separen las molculas hijas que, de
otra manera, quedaran encadenadas. La girasa se encarga del desenrollado y la
topoisomerasa IV de la separacin de las molculas hijas. El proceso incluye la ruptura de
la doble cadena de ADN y su sellado posterior.
La diana primaria de las diversas quinolonas depende del derivado en cuestin y del tipo
de bacteria. Por lo general, en los bacilos gram negativos, la diana primaria es la girasa,
mientras que en los cocos gram positivos es la topoisomerasa IV. Entre las quinolonas
ms utilizadas se encuentra el ciprofloxacino y el levofloxacino.
Tambin se conocen algunos frmacos que inhiben la transcripcin del genoma viral: En
este grupo encontramos a los que inhiben la DNA polimerasa viral (Aciclovir), los que
inhiben la RNA polimerasa viral (Ribavirina) y los que inhiben transcriptasa reversa
(Zalcitabina).
El mecanismo por el cual el Aciclovir inhibe la DNA polimerasa se explica por la selectividad en las
interacciones del frmaco con las protenas virales.
Primero para inhibir el DNA, el Aciclovir debe ser primero fosforilado por la timidina quinasa viral.
Luego de la sntesis de Aciclovir monofosfato (aciclo-GMP), las enzimas de la clula husped
sintetizan aciclo-GDP y aciclo-GTP. Esta aciclo-GTP inhibe la DNA polimerasa viral y se
incorpora en el DNA viral en formacin finalizando su replicacin.

2.- Describa las caractersticas del promotor procaritico. Explique su funcin.
: La ARN polimerasa reconoce un sitio de unin especfico en el ADN, este sitio es
denominado Promotor.
La enzima es capaz de reconocer este sitio del ADN y, convenientemente, abrir
localmente las cadenas de ADN para poder leer la cadena molde. Es de esperarse
entonces que, el sitio de contacto con la ARN polimerasa tuviese regiones comunes a
todos los Promotores.
Se ha comprobado que estos sitios mencionados contienen secuencias de bases
comunes, a las que se las ha denominado Secuencias de Consenso.
Por mera convencin entre los cientficos, se considera que el sentido de la transcripcin
de un gen determinado es hacia la derecha. Al punto en el cual se inicia este proceso se
lo denomina punto 0. Con nmeros negativos se sealan las bases ubicadas a la
izquierda del punto 0. Con el mismo criterio, se sealan con nmeros positivos a las
bases ubicadas a la derecha del punto 0.
La secuencia de consenso ms importante y mejor estudiada, comprende seis bases y su
centro est ubicado a diez bases a la izquierda del punto de inicio (-10). La secuencia de
consenso es TATAAT y se la denomina TATA box o Caja Pribnox. Esta caja es
responsable de orientar a la ARN polimerasa en la direccin de sntesis de ARN y es la
regin en la cual la doble hlice se abre para formar el Complejo Promotor Abierto. El
hecho de que la TATA box contenga las bases A-T no es mera casualidad, ya que estas
se unen con sus complementarias por medio de dos enlaces del tipo Puente de
Hidrgeno, lo cual implica un menor gasto de energa para la apertura del ADN.

3.- Cul es la estructura de la RNA polimerasa de E. Coli? Cul es la funcin
del factor sigma?

La ARN polimerasa en procariotas en una gran molcula. Est formada por cinco
subunidades de aproximadamente 410 kilodaltons 2', con dos unidades idnticas,
que se une al ADN de forma inespecfica para catalizar la sntesis de ARN. Para unirse a
regiones promotoras especficas, la ARN polimerasa requiere un factor sigma con el que
se reduce enormemente la afinidad con regiones de ADN inespecficas, aumentando la
especificidad por regiones promotoras para formar la enzima de cinco
subunidades 2' (~480 kDa). La estructura de la ARN polimerasa presenta una
ranura de 55 de longitud y una anchura 25 . Esta ranura permite el paso de la doble
hlice de ADN que mide 20 . La longitud de 55 puede aceptar la secuencia de 18
nucletidos.
Todas las unidades que forman la enzima funcionan conjuntamente para llevar a cabo las
reacciones de transcripcin. La subunidad ' participa en la unin del ADN, la subunidad
contiene parte del centro activo y la subunidad est implicada principalmente en la
iniciacin de la transcripcin, disocindose del resto de la enzima una vez iniciada la
transcripcin.

4.- Cmo empieza y cmo termina la sntesis de RNA en procariontes? Explique.
: El proceso de la transcripcin se puede dividir en 4 etapas:
1 etapa- Unin de la ARN polimerasa al ADN.
2 etapa- Iniciacin de la sntesis.
3 etapa- Elongacin de la cadena de ARN.
4 etapa- Terminacin de la sntesis y liberacin de la cadena de ARN.

La iniciacin se produce mediante la unin de la ARN polimerasa al ADN de doble
cadena. Para que la cadena molde est disponible para el apareamiento de bases con los
ribonucletidos, las dos cadenas de ADN deben separarse. El desenrollamiento es local y
se produce cuando la ARN polimerasa contacta con el sitio llamado TATA Box.
Una vez que el complejo promotor se encuentra abierto, la ARN pol. comienza la sntesis.
La fase de iniciacin no se completa hasta que se hallan polimerizado los primeros seis
ribonucletidos.
La terminacin ocurre en una secuencia determinada del ADN, denominada Secuencia
Terminadora. En este punto, la enzima deja de aadir los ribonucletidos a la cadena de
ARN en crecimiento, liberando el producto terminado y disocindose del ADN.
La terminacin requiere que todos los enlaces Puente de Hidrgeno, que mantenan al
Hbrido ARN ADN, se rompan volvindose a reconstituir el ADN de cadena doble.

5.- Cuntos tipos de RNA se pueden encontrar en una clula eucaritica?
Cules son las RNA polimerasas que sintetizan esos RNAs?
ARN mensajero. El ARN mensajero (ARNm o RNAm) lleva la informacin sobre la
secuencia de aminocidos de la protena desde el ADN, lugar en que est inscrita, hasta
el ribosoma, lugar en que se sintetizan las protenas de la clula. Es, por tanto, una
molcula intermediaria entre el ADN y la protena y el apelativo de "mensajero" es del
todo descriptivo. En eucariotas, el ARNm se sintetiza en el nucleoplasma del ncleo
celular y de all accede al citosol, donde se hallan los ribosomas, a travs de los poros de
la envoltura nuclear.
ARN de transferencia. Los ARN de transferencia son cortos polmeros de unos 80
nucletidos que transfiere un aminocido especfico al polipptido en crecimiento; se unen
a lugares especficos del ribosoma durante la traduccin.
ARN ribosmico. El ARN ribosmico se halla combinado con protenas para formar los
ribosomas, donde representa unas 2/3 partes de los mismos. En los eucariotas, la
subunidad mayor contiene tres molculas de ARNr y la menor, una. En ambos casos,
sobre el armazn constituido por los ARNr se asocian protenas especficas. El ARNr es
muy abundante y representa el 80% del ARN hallado en el citoplasma de las clulas
eucariotas.

En las clulas eucariotas existen tres tipos de ARN polimerasa:
ARN polimerasa I.
ARN polimerasa II
ARN polimerasa III
La polimerasa IV y polimerasa V (reparacin en condiciones nicas).

6.- Describa las caractersticas estructurales de un mRNA eucaritico.
El ARN mensajero lleva la informacin sobre la secuencia de aminocidos de la protena desde el
ADN, lugar en que est inscrita, hasta el ribosoma, lugar en que se sintetizan las protenas de la
clula. En eucariotas, el ARNm se sintetiza en el nucleoplasma del ncleo celular y de all accede
al citosol, donde se hallan los ribosomas, a travs de los poros de la envoltura nuclear.

- Cadenas de largo tamao con estructura primaria.
- Se le llama mensajero porque transporta la informacin necesaria para la sntesis
proteica.
- Cada ARN
m
tiene informacin para sintetizar una proteina determinada.
- Su vida media es corta.
- En eucariontes en el extremo 5posee un grupo metil-guanosina unido al trifosfato, y el el
extremo 3posee una cola de poli-A


En los eucariontes se puede distinguir tambin:
- Exones, secuencias de bases que codifican protena
- Intrones, secuencias sin informacin.
- Un ARN
m
de este tipo ha de maduRar (eliminacin de intrones) antes de hacerse
funcional. Antes de madurar, el ARN
m
recibe el nombre de ARN heterogeneonuclear
(ARN
hn
).


7.- Haga un esquema indicando el promotor eucaritico y el inicio de la
transcripcin a cargo de la RNA polimerasa II.





8.-Cul es la funcin de los factores de transcripcin?
Los factores generales de transcripcin ayudan a la ARN polimerasa a localizar el sitio de inicio de
la traduccin.

El primer factor general de transcripcin que se une a la caja TATA es el TFIID, que es una proteina
multimerica formada por una unica proteina de union al DNA, llamada TBP y otros factores
adicionales TAF. Para la transcripcin in vitro no son necesarios los factores adicionales. TBP se
une a un surco mayor del DNA en el sitio de inicio produciendo una curvatura en la doble helice.
Seguidamente se unen los factores TFIIB y TFIIE, creando el sitio de unin para TFIIF que se une
con la ARN pol II. Por ultimo se une TFIIH que gracias a su actividad de helicasa, separa las hebras
de DNA (con gasto de ATP) para que la ARN pol II comienze a transcribir. El dominio carboxilo
terminal (CTD) de la ARN pol II es fosforilado. Todos los factores generales de transcripcion se
separan del DNA una vez que se inicia la transcripcion, excepto TBP.


9.- Cules son los compuestos que inhiben la transcriptasa reversa? Explique la
importancia de su uso clnico.

AZT (3-Azido-2,3-dideoxythymidine): primer medicamento antirretroviral (ARV), indicado
para personas infectadas con el VIH por su efecto retardador de la extensin de la
infeccin por VIH, aunque no representa una cura y no garantiza la disminucin de la
cantidad de enfermedades relacionadas con la infeccin por VIH. AZT no evita el contagio
del VIH a otras personas. Es comercializado bajo el nombre de Retrovir y Retrovis, y es
un ingrediente en el Combivir, Epzicom y Trizivir. Es un anlogo de la timidina.

DDI (2,3-Dideoxyinosine): segundo frmaco que la FDA aprob para el tratamiento de la
infeccin VIH-1. Se trata de un anlogo de la inosina: su molcula activa dentro de la
clula es la didesoxiadenosn-trifosfato (ddATP). Es eficaz 'in vitro' frente a VIH-1 y VIH-
2 a dosis 10-20 menores que las consideradas txicos celulares. Tiene menor eficacia
intrnseca que AZT y ddC, pero mejor ndice teraputico al ser menos txico.

10.- Explique las diferencias entre el mecanismo de accin de las DNA
polimerasas y las RNA polimerasas.
La reaccin qumica que cataliza la ARN polimerasa consiste en la unin de ribonucletidos
trifosfato, adenosn trifosfato (ATP), uridn trifosfato (UTP), guanosin trifosfato (GTP) y citidn
trifosfato (CTP), liberndose los grupos fosfato.
Adems de la polimerizacin de los ribonucletidos trifosfato, la ARN polimerasa tiene otras
funciones como:
Reconocer y unirse a localizaciones especficas o promotores de la molcula de ARN.
Desenrollar parcialmente la molcula del molde de ADN, gracias a su actividad helicasa intrnseca.
Sintetizar un ARN cebador para la elongacin posterior.
Terminacin de la cadena.
La ARN polimerasa cataliza consecutivamente la elongacin de la cadena de ARN, al mismo tiempo
que enrolla y desenrolla la doble cadena de ADN, y termina la transcripcin despus de copiar
el gen.
Las ADN polimerasas intervienen en la replicacin del ADN para dar a cada clula hija una copia
del ADN original en el proceso de la mitosis. Llevan a cabo la sntesis de la nueva cadena
de ADN emparejando los desoxirribonucletidos trifosfato (dNTP) con
los desoxirribonucletidos complementarios correspondientes del ADN molde. Los dNTP que se
usan en la replicacin del ADN contienen tres fosfatos unidos al grupo hidroxilo 5' de
la desoxirribosa y dependiendo de la base nitrogenada sern dATP, dTTP, dCTP o dGTP. La
reaccin fundamental es una transferencia de un grupo fosfato en la que el grupo 3'-OH acta
como nuclefilo en el extremo 3' de la cadena que est en crecimiento. El ataque nucleoflico se
produce sobre el fosfato (el ms prximo a la desoxirribosa) del desoxirribonuclesido 5'
trifosfato que entra, liberndose pirofosfato inorgnico y alargndose el ADN (al formarse un
nuevo enlace fosfodister).


11.- Cmo se mantiene el largo de los cromosomas?
El largo de los cromosomas se mantiene gracias a los telmeros, los cuales son los extremos de los
cromosomas, especificamente son regiones de ADN no codificante, altamente repetitivas, cuya
funcin principal es otorgarle estabilidad estructural a los cromosomas en las clulas eucariotas, la
divisin celular y el tiempo de vida de las estirpes celulares.


12.-Explique dos mecanismos de reparacin del DNA
- Reparacin por escisin de bases: repara el dao sobre un nucletido causado por
oxidacin, alquilacin, hidrlisis o desaminacin. La enzima DNA glucosilasa detecta el
dao, lo cual por ej. en la desaminacin de citosna elimina el uracilo, rompe el enlace N-
glucosdico entre desoxirribosa y la base, pero no rope la unin azcar-fosfato, por lo que
deja una desoxirribosa sin base para ser eliminada.
Se requiere de una endonucleasa y una fosfodiesterasa para remover el azcar y el
fosfato. Finalmente la DNA polimerasa agrega el nuevo nucletido y la DNA ligasa forma
los enlaces.

- Reparacin por escisin de nuclotido: acta por ej. sobre los dmeros de pirimidina. La
escinucleasa hidroliza enlaces fosfodister a ambos lados de la lesin, cortando a varios
nucletidos de distancia. La helicasa favorece la separacin del oligonucletido.
Finalmente la Dna polimerasa rellena el hueco producido y la ligasa forma enlaces.


13.- Complete el siguiente esquema (DNA doble hebra) e indentifique los
componentes responsables de la reparacin de este DNA. Explique brevemente.

________________________ _______________________
______________________________________________________________


Parte 4

1.- En qu consiste el procesamiento de un mRNA eucaritico?
El ARN mensajero obtenido despus de la transcripcin se conoce como transcrito primario o ARN
precursor (pre-ARN), que en la mayora de los casos no se libera del complejo de transcripcin en
forma totalmente activa, sino que ha de sufrir modificaciones antes de ejercer su funcin
(procesamiento o maduracin del ARN). Entre esas modificaciones se encuentran la eliminacin de
fragmentos (splicing), la adicin de otros no codificados en el ADN y la modificacin covalente de
ciertas bases nitrogenadas. Concretamente, el procesamiento del ARN en eucariotas comprende
diferentes fases:
Adicin al extremo 5' de la estructura denominada caperuza o casquete (o CAP, su nombre
en ingls) que es un nucletido modificado de guanina, la 7-metilguanosina, que se aade
al extremo 5' de la cadena del ARNm transcrito primario (ubicado an en el ncleo celular)
mediante un enlace 5'-fosfato 5'-fosfato en lugar del habitual enlace 3',5'-fosfodister.1
Esta caperuza es necesaria para el proceso normal de traduccin del ARN y para mantener
su estabilidad; esto es crtico para el reconocimiento y el acceso apropiado del ribosoma.
Poliadenilacin: es la adicin al extremo 3' de una cola poli-A, una secuencia larga de
poliadenilato, es decir, un tramo de RNA cuyas bases son todas adenina. Su adicin est
mediada por una secuencia o seal de poliadenilacin (AAAAAA), situada unos 20-30
nucletidos antes del extremo 3' original. Esta cola protege al ARNm frente a la
degradacin, aumentando su vida media en el citosol, de modo que se puede sintetizar
mayor cantidad de protena.
En la mayora de los casos, el ARN mensajero sufre la eliminacin de secuencias internas,
no codificantes, llamadas intrones. Esto no ocurre en clulas procariontes, ya que estas no
poseen intrones en su ADN. El proceso de retirada de los intrones y conexin o empalme
de los exones se llama ayuste, o corte y empalme (en ingls, splicing). A veces un mismo
transcrito primario o pre-ARNm se puede ayustar de diversas maneras, permitiendo que
con un solo gen se obtengan varias protenas diferentes; a este fenmeno se le llama
ayuste alternativo. Ciertas enzimas parecen estar involucrados en editar el RNA antes de
su exportacin fuera del ncleo, intercambiando o eliminando nucletidos errneos. Por
esto, es posible decir, que el plegamiento que sufre el ARNm momentos antes de la
eliminacin de los intrones, le confiere una estructura secundaria que a su vez, perder en
el momento en el que esos intrones, sean eliminados.
El ARN mensajero maduro es trasladado al citosol de la clula, en el caso de los seres
eucariontes, a travs de poros de la membrana nuclear.
Una vez en el citoplasma, el ARNm se acoplan los ribosomas, que son la maquinaria
encargada de la sntesis proteica. En procariontes, la unin de los ribosomas ocurre
mientras la cadena de ARNm esta siendo sintetizada.
Despus de cierta cantidad de tiempo el ARNm se degrada en sus nucletidos
componentes, generalmente con la ayuda de ribonucleasas.



2.- Qu son los snRNPs?
Los snRNPs (pronunciado snurps), o ribonucleoproteins nucleares pequeos, son las partculas
con las cuales combine pre-mRNA y varias protenas a formar spliceosomes (un tipo de complejo
molecular grande). SnRNPs reconoce los lugares a lo largo de un filamento de pre-mRNA y sea
esencial en el retiro de introns. Estas molculas se encuentran dentro de la clula ncleo.
Los dos componentes esenciales de snRNPs son molculas de la protena y RNA. Se conoce El RNA
encontr dentro de cada partcula del snRNP como RNA nuclear pequeo, o snRNA. Estas
molculas son generalmente cerca de 150 nucleotides largo. El snRNA es limitado por a Protena
de Ribonuclear (RNP) activar su actividad enzimtica.
Los principios y los finales exactos de intrones en las transcripciones primarias son marcados por
las seales por las cuales los snRNPs pueden reconocerlas y quitar. Por lo menos cuatro diversas
clases de snRNPs cooperan adentro ms el empalmar. El RNA en estas partculas est como RNA
ribosomal en que est utilizado directamente, y tiene un papel enzimtico y estructural.

3.- Cules son las caractersticas de los URNAs y cul polimerasa los sintetiza?

4.- Qu se entiende por splicing alternativo?
El splicing alternativo (alternative splicing en ingls) o empalme alternativo permite obtener a
partir de un transcrito primario de mRNA o pre-ARNm distintas molculas de mRNA maduras. Este
proceso ocurre principalmente en eucariotas, aunque tambin puede observarse en virus.

Tipos de splicing.
(a) Seleccin de promotores alternativos: este es el nico mtodo que da lugar a un dominio N-
terminal alternativo. En este caso, cada promotor puede dar lugar a un juego de exones
diferentes.
(b) Seleccin de sitios de poliadenilacin alternativos: este es el nico mtodo que da lugar a un
dominio C-terminal alternativo. En este caso, cada sitio de poliadenilacin puede dar lugar a un
juego de exones diferentes.
(c) Retencin de intrones: en este caso en lugar de ayustar los intrones, estos son retenidos en el
transcrito. Este intrn puede expresarse, dar lugar a un codn de parada o cambiar la pauta de
lectura.
(d) Splicing de exones (exon splicing): en este caso ciertos exones son sujetos a splicing fuera.



5.- Cmo se procesan los rRNAs procariticos?

Cuando se sintetiza rRNA se sintetiza primero un transcrito primario de rRNA que contiene rRNA
16s, 23s y 5s, tRNA, estos se cortan en distintas regiones para generar finalmente el rRNA 16s,
tRNA, rRNA 23s y rRNA 5s maduros.

6.-Dnde se sintetizan y cmo se procesan los rRNA eucariticos?
El procesamiento es igual que en procariontes pero aqu no se sintetizan tRNA, son sintetizados en
el nuclolo.

Parte 5

1.- Qu significa que los mRNA tengan en teora 3 marcos de lectura?
Los tres codones que no son reconocidos por ningn ARNt (es decir, que no codifican ningn aminocido) funcionan
como seales de terminacin. De esta manera, cuando aparece uno de estos tripletes (UAA, UAG, UGA) la
protena recin formada se libera del ribosoma.
Es importante destacar que en principio el ribosoma podra leer tres oraciones diferentes, tener tres marcos de
lectura (figura 4) en el mismo ARNm, ya que puede comenzar a leer los tripletes en una base, en la base siguiente
o en la tercera base. Es decir, un marco de lectura es una secuencia ininterrumpida de tripletes que puede ser
diferente de acuerdo con el nuclotido de inicio.

Figura 4. Marcos de lectura. A partir de una misma secuencia de ARN es posible leer tres oraciones diferentes, lo
que se traduce en tres protenas diferentes. La secuencia ser completamente diferente e incluso puede variar su
longitud si, por ejemplo, aparece un codn de terminacin como en el marco de lectura 3 (codn UAA)

2.- Cules son los codones de trmino y dnde se encuentran?

El codn de inicio de la traduccin o codn
de inicio es una secuencia de ARN de tres
nucletidos (es decir, un codn) que
indica a la maquinaria celular el lugar en
el que comienza la traduccin del ARN
mensajero. En el ADN se encuentra
codificado en el triplete TAC (timina-
adenina-guanina), mientras que, en el
ARN mensajero, queda como AUG
(adenina-uracilo-guanina).El codn de
inicio no slo es una seal de inicio de la
traduccin, sino que se traduce de forma
efectiva, por lo que, al menos antes de su
procesamiento proteoltico, todas las protenas eucariotas poseen en su extremo amino terminal
una metionina, que es el aminocido correspondiente al codn segn el cdigo gentico. En
procariotas, dicha metionina se encuentra modificada como N-formilmetionina. Lo que no quiere
decir que todo los componentes del proteoma posean dicha metionina en su extremo, pues es
comn que sea escindida enzimticamente.
Si bien AUG es el codn de inicio ms empleado en eucariotas, existen otros codones que
tambin son vlidos como inicio de la traduccin. Dichas excepciones son bastante ms comunes
en procariotas, donde, como codones alternativos de inicio de la traduccin, pueden emplearse
GUG y UUG. Por ejemplo, Escherichia coli, una bacteria de la familia Enterobacteriaceae, emplea
en un 83% de los casos ATG (AUG en el ARN), GTG en un 14% (GUG en el transcrito) y en un
3% TTG (UUG en el ARN) y an algn otro.
Existen tres codones de terminacin, que reciben distintos nombres. UAG, el primero
descubierto, se conoce como codn mbar; UGA, como codn palo; y UAA, como
codn ocre. Y se encuentran en el extremo 3






3.- Qu significa que el cdigo gentico sea universal y degenerado?

Universalidad
El cdigo gentico es compartido por todos los organismos conocidos, incluyendo virus y organelos, aunque
pueden aparecer pequeas diferencias. As, por ejemplo, el codn UUU codifica el aminocido fenilalanina
tanto en bacterias, como en arqueas y en eucariontes. Este hecho indica que el cdigo gentico ha tenido un
origen nico en todos los seres vivos conocidos.
Degeneracin
La degeneracin aparece porque el cdigo gentico designa 20 aminocidos y la seal parada. Debido a que
hay cuatro bases, los codones en triplete se necesitan para producir al menos 21 cdigos diferentes. Por
ejemplo, si hubiera dos bases por codn, entonces slo podran codificarse 16 aminocidos (4=16). Y dado
que al menos se necesitan 21 cdigos, 4 da 64 codones posibles, indicando que debe haber degeneracin.
los codones cuatro veces degenerados pueden tolerar cualquier mutacin puntual en la tercera posicin,
aunque el codn de uso sesgado restringe esto en la prctica en muchos organismos; los dos veces
degenerados pueden tolerar una de las tres posibles mutaciones puntuales en la tercera posicin. Debido a
que las mutaciones de transicin (purina a purina o pirimidina a pirimidina) son ms probables que las de
transversin (purina a pirimidina o viceversa), la equivalencia de purinas o de pirimidinas en los lugares dobles
degenerados aade una tolerancia a los fallos complementaria.
Ala (A) GCU, GCC, GCA, GCG Lys (K) AAA, AAG
Arg (R) CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG Met (M) AUG
Asn (N) AAU, AAC Phe (F) UUU, UUC
Asp (D) GAU, GAC Pro (P) CCU, CCC, CCA, CCG
Cys (C) UGU, UGC Sec (U) UGA
Gln (Q) CAA, CAG Ser (S) UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC
Glu (E) GAA, GAG Thr (T) ACU, ACC, ACA, ACG
Gly (G) GGU, GGC, GGA, GGG Trp (W) UGG
His (H) CAU, CAC Tyr (Y) UAU, UAC
Ile (I) AUU, AUC, AUA Val (V) GUU, GUC, GUA, GUG
Leu (L) UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG
Comienzo AUG Parada UAG, U

4.- Cules son las caractersticas estructurales de un tRNA?

Los ARNt son relativamente
pequeos y monocatenarios.
Como mnimo, ocho de los
residuos de nucletidos de todos
los tRNA tienen bases
modificadas infrecuentes pero
que son derivados metilados de
las principales. Tienen un residuo
de G en el extremo 5', y una
secuencia 5'CCA3' en el extremo
3'. Forman una estructura en
forma de hoja de trbol
con cuatro brazos mientras que
su estructura tridimensional tiene
el aspecto de una L retorcida. En
el ARNt est n los anticodones que
son tres bases complementarias
del ARNm que codifican las
protenas.
Brazos
Brazo AAI o del aminocido: porta un aminocido especfico esterificado por su grupo
carboxilo al grupo hidroxilo 2' o 3' del residuo de A en el extremo 3'. Brazo del anticodn:
contiene el anticodn: Py-U-ANTICODN-Pu-Base (que no se aparea segn el modelo Watson
y Crick).
Brazo DHU: contiene el nucletido dihidrouridina.
Brazo TYCG: contiene ribotimina y pseudouridina.

5.- A qu se refiere la posicin wobble?

La relacin entre el ARNm y el ARNt a nivel de la tercera base se puede producir por bases modificadas en la
primera base del anticodn del ARNt, y los pares de bases formados se llaman pares de bases wobble
(tambaleantes). Las bases modificadas incluyen inosina y los pares de bases que no son del tipo Watson-
Crick U-G.

6.-Cul es la estructura de un ribosoma procaritico y uno eucaritico?














7.- Si realiza una electroforesis en geles de agarosa, qu podr observar si la muestra
corresponde a RNA asilado de clulas procariticas?















8.- En qu consiste la activacin de aminocidos?

La activacin de los aminocidos para formar los complejos de transferencia es el paso previo
necesario para que pueda comenzar la traduccin, y consiste en la unin de cada aminocido a su
ARN-t especfico mediante la intervencin de un enzima, la aminoacil-ARN-t sintetasa y el aporte
de energa del ATP.

aa1 + ARN-t1 + ATP ARN-t1-aa1 + AMP + PPi

La unin del aminocido al ARN-t tiene lugar por el extremo 3' del ARN-t. Todos los ARN-t en su
extremo 3' contienen la secuencia 3' ACC 5'. Las aminoacil-ARN-t-sintetasas tienen tres sedes
distintas, una para el reconocimiento del aminocido, otra para el ARN-t y otra para el ATP. Debe
existir al menos una aminoacil-ARN-t-sintetasa diferente por cada ARN-t distinto. El ARN-t se une
a la aminoacil-ARN-t-sintetasa a travs del lazo dihirouracilo (DHU).

Por ltimo, la especificidad de reconocimiento de las aminoacil-ARN-t-sintetasas y el
correspondiente aminocido no reside en el anticodn del ARN-t. Esta especificidad es lo que se
ha llamado el Segundo Cdigo Gentico. Esta especificidad reside en el par de bases G y U que
ocupan las posiciones 3 y 70, respectivamente del ARN-t. La ausencia de este par impide que se
una la alanina a su ARN-t y la introduccin de dicho par en la misma posicin en los ARN-t-cys y
ARN-t-phe les confiere la capacidad de unirse al aminocido alanina.

9.- Cules son las caractersticas de la enzima aminoacil sintetasa?
Aminoacil-tRNA-sintetasas
Las aminoacil-tRNA sintetasas tienen dos sustratos: el tRNA y el aminocido. La
reaccin que catalizan es cargar el tRNA con un aminocido cosa que realizan en
dos pasos y mediante la hidrlisis de ATP. Se tiene que formar un enlace ster entre el
grupo carboxilo del aminocido con el 3'OH del tRNA. Esta reaccin se hace en dos
pasos: Primero se activa el aminocido mediante su reaccin con el ATP:
aa + ATP <---------> aminoacil-AMP + PPi
Segundo este compuesto reacciona con el tRNA para dar:
aa-AMP <---------> aminoacil-tRNA + AMP
Hay dos tipos de aminoacil-tRNA sintetasas que colocan el aminocido en una u otra
posicin: en 2' teniendo que sufrir despus un proceso de transesterificacin y en 3'OH
directamente. Son muy especficas. Las tRNA sintetasas pueden reconocer slo el
anticodn, parcialmente el anticodn y elementos estructurales o no reconocen el
anticodn.

10.- Cul es el significado de un tRNA isoaceptor?
Es la existencia de ms de un tRNA para cada aminocido. Para un aminocido ocupan la misma
sintetasa.

Codones que en el cdigo gentico corresponden al mismo aminocido, por lo tanto se
cargan con la misma enzima.
11.- Cmo se une un amino cido al tRNA?

Las molculas encargadas de transportar los aminocidos hasta el ribosoma y de reconocer los
codones del ARN mensajero durante el proceso de traduccin son los ARN transferentes (ARN-t).
Los ARN-t tienen una estructura en forma de hoja de trbol con varios sitios funcionales:

Extremo 3': lugar de unin al aminocido (contiene siempre la secuencia ACC).

Lazo dihidrouracilo (DHU): lugar de unin a la aminoacil ARN-t sintetasa o enzimas
encargadas de unir un aminocido a su correspondiente ARN-t.

Lazo de T C: lugar de enlace al ribosoma.

Lazo del anticodn: lugar de reconocimiento de los codones del mensajero.


12.- Qu se requiere para iniciar la sntesis de protenas?

Las subunidades ribosmicas.
RNAm.
RNAt.
Enzima aminoacil RNA sintetasa.


13.- Cules son las funciones de los factores de iniciacin en procariontes?
IF-1: previene la unin prematura del tRNA al sitio A del ribosoma unindose a el.
IF-2: facilita la unin del tRNA de la metionina de inicio la 30s
IF-3: se une al 30s previniendo que se una el 50s y aumenta la especifidad del sitio P por
el codn de la metionina de inicio.

14.- Qu es y cul es la funcin de la secuencia de Shine-Dalgarno?

La unin s en el extremo 3 se realiza a travs de la alineacin de una secuencia rica en
pirimidinas del ARNr 16S, con una regin rica en purinas del extremo 5del ARNm.

15.-Cul es el primer aminocido en procariontes?

El primer aminocido de la cadena polipeptidica en procariontes, es el formil metionina.

16.- Qu es un complejo de iniciacin 70S?
Se forma para dar paso a la elongacin, contiene el mRNA y el met-tRNA met. (codn de
inicio metionina)

Parte 6

1.-En qu consiste la etapa de elongacin en la sntesis proteica? Cuntas son las
etapas?

Consiste en aadir aminocidos para alargar la cadena aminoacidica, donde son
necesarias 3 etapas, las cuales se repiten tantas veces como aminocidos deban
aadirse. Las etapas son las siguientes:
- Unin de aminoacil-tRNA entrante.
- Formacin del enlace peptdico.
- Translocacin

2.-Cul es la funcin de los factores EF-Tu, EF-Ts y EF-G?

EF-Tu: une la aminoacil-tRNA y el GTP, formando un complejo, el cual se unir al
sitio A del complejo de iniciacin.
EF-Ts: recicla EF-Tu mediante el cambio de GTP a GDP
EF-G: tambin llamada translocasa, puede unirse al sitio A y desplazar al peptidil-
tRNA

3.-Cules son las caractersticas estructurales y funcionales de la petidil transferasa?

Se encarga de la formacin de enlaces peptdicos entre aminocidos adyacentes
durante la traduccin de ARN mensajero y, por tanto, la sntesis proteica.
En bacterias, la actividad peptidil transferasa se encuentra en la subunidad 50S
(componente 23S); en cambio, en eucariotas es la subunidad 60S (componente 28 S) la
que lo alberga.

4.-Describa los roles que cumplen los siguientes factores de iniciacin eucariticos: eIF2,
eIF4B, eIF4E y eIF4G.

eIF2: Facilita la unin de Met-tRNA
met
iniciador a la subunidad ribosomal 40S.
eIF4B: se une al mRNA; facilitando el escaneo al lugar del primer AUG.
eIF4E: se une al cap5 del RNA
eIF4G: se une a eIF4E y a la cola de poli A uniendo protena (PAB)

5.-Cmo se aumenta la eficiencia en la sntesis proteica eucaritica?

6.-Describa la accin molecular de los siguientes compuestos e indique si inhiben la
sntesis procaritica, eucaritica o ambas: puromicina, tetraciclina, cicloheximida, toxina
del clera, eritromicina y ricina.

Puromicina: causa la liberacin prematura de la cadena polipeptdica por su adicin al
final de la cadena creciente. Inhibe la sntesis procaritica y eucaritica.

Tetraciclina: bloquea la unin del aminoacil-tRNA al sitio A. Inhibe la sntesis procaritica.

Cicloheximida: bloquea la translocacin. Inhibe la sntesis eucaritica.

Toxina del clera: acta sobre la subunidad alfa de la Protena G heterotrimrica
(responsable de traduccin de seales extracelulares en respuestas intracelulares),
catalizando la unin de ADP-ribosa citoplasmtica a dicha subunidad, reaccin llamada
ADP ribosilacin. Esta unin produce la activacin permanente de la adenil ciclasa, la que
a su vez aumenta los niveles de AMPc, incrementando la secrecin de agua y electrlitos.

Eritromicina: se une al sitio E inhibiendo la translocacin del ribosoma. Inhibe la sntesis
procariotica.

Ricina: se une a los ribosomas de las clulas eucariotas paralizando la sntesis de
protenas, lo que causa su muerte por apoptosis. Inhibe la sintesis eucaritica.

7.-Explique lo que se refiere a modificacin post-traduccional de las protenas.
Ejemplifique.

Las protenas que no adquieren inmediatamente su forma nativa se modifican por
reacciones de modificacin postraduccionales. Por ejemplo, el extremo C , puede ser
metilado o ADP-ribosilado.

8.-Cul es la secuencia que permite que una protena sea N-glicosilada?

La secuencia es Asn-X-Ser/Thr, siendo X un aminocido que puede glicosilarse.

9.-Cules son las funciones del carbohidrato en una glicoprotena?

Funciones Fsico qumicas: modifican solubilidad, carga elctrica, tamao/masa.
Funciones de Marcadores de reconocimiento biolgicos: seales para clearence
de glicoprotenas desde el sistema circulatorio, marcadores de diferenciacin celular,
mediadores de la fagocitosis.

10.- Qu caractersticas estructurales tienen las secuencias de destinacin al retculo
endoplsmico, al ncleo y a la mitocondria?
Para ser translocados al RE, la secuencia contiene entre 10-15 aminocidos
hidrofbicos que pueden atravesar la membrana del RE.
La secuencia para ser importados al ncleo, debe tener aminocidos de carga
positiva (Lys y Arg). Esta secuencia no est ni en C-terminal ni en N-terminal y se
denomina Secuencia de localizacin celular (NLS).
La secuencia de destinacin a la mitocondria consta de Lys y Arg en lugares
separados en el extremo N-terminal.

Parte 7

1.-Cul es la funcin de una enzima de restriccin? Explique.

Las enzimas de restriccin poseen la capacidad de reconocer secuencias especificas
dentro del DNA, tambin llamadas sitios de restriccin, y realizar cortes en dichas
regiones rompiendo los enlaces fosfodiester de la doble hebra, dependiendo de la enzima
los cortes pueden resultar en

Extremos romos


O cohesivos


Esta caracterstica ha permitido utilizar a las enzimas de restriccin como una herramienta
en el diagnostico de enfermedades relacionadas con mutaciones en el DNA ya que
gracias a estas es posible diferenciar entre mutaciones, deleciones o inserciones.

2.- Explique en qu consiste el RT-PCR, retro-transcripcin acoplada a la reaccin
de la polimerasa en cadena
El RT-PCR es una herramienta utilizada en biologa molecular que consiste bsicamente
de 2 pasos. El primero es la retrotranscripcin de una hebra de RNA, para lo cual se
utiliza una enzima llamada transcriptasa reversa que es una DNA polimerasa RNA
dependiente, esta sintetiza una hebra de cDNA, el que es utilizado como templado en el
segundo paso que es la reaccin en cadena de la polimerasa, que consiste en la
utilizacin de una DNA polimerasa y de partidores o primers especficos que sern
complementarios a una regin de inters dentro de este cDNA, amplificando asi la regin
en cuestin, debido a que el PCR consiste en cambio cclicos de temperatura en la cual
existen temperaturas de desnaturacin, alineamiento de partidores con su regin
complementaria y por ultimo una temperatura de extensin en la cual la enzima sintetiza
una nueva hebra utilizando a los primers como punto de inicio.
Esta tcnica posee muchos usos, dentro de los cuales cabe destacar la identificacin de
transcritos, ya que, en el caso de los mRNA de eucariontes estos no poseen intrones su
presencia ser claramente identificable al ser comparada con el DNA del genoma del
sujeto en estudio. Tambien se utiliza para el diagnostico molecular debido a su rapidez y
especificidad.

3.- Describa brevemente cmo se clona DNA.
Inicialmente, el ADN de inters necesita ser aislado de un segmento de ADN de tamao
adecuado. Posteriormente, se da el proceso de ligacin cuando el fragmento amplificado
se inserta en un vector de clonacin: El vector se linealiza (ya que es circular),
usando enzimas de restriccin y a continuacin se incuban en condiciones adecuadas el
fragmento de ADN de inters y el vector con la enzima ADN ligasa.
Tras la ligacin del vector con el inserto de inters, se produce la transfixin dentro de las
clulas, para ello las clulas transfectadas son cultivadas; este proceso, es el proceso
determinante, ya que es la parte en la que vemos si las clulas han sido transfectadas
exitosamente o no.
Tendremos que identificar por tanto las clulas transfectadas y las no transfectadas,
existen vectores de clonacin modernos que incluyen marcadores de resistencia a
los antibiticos con los que slo las clulas que han sido transfectadas pueden crecer.
Hay otros vectores de clonacin que proporcionan color azul/ blanco cribado. De modo,
que la investigacin de las colonias es necesaria para confirmar que la clonacin se ha
realizado correctamente.

4.- Qu es un anlisis de Northern blot? Qu es un Southern Blot? Explique
detalladamente.
Es una tcnica utilizada para la deteccin molecular de RNA, consiste bsicamente en,
luego de obtener una muestra de RNA de un tejido o desde clulas, separar
electroforticamente estos RNA obtenidos en un gel denaturante (para evitar estructuras
secundarias del RNA) de agarosa, donde sern separados por tamao. Luego de esta
separacin, el RNA es transferido a una membrana con carga positiva para facilitar el
proceso. En el ltimo paso se utilizan sondas marcadas con isotopos radioactivos o se
puede utilizar quimioluminiscencia. Las sondas consisten bsicamente en secuencias
complementarias a una regin especifica del RNA en cuestin y que sean de inters,
posteriormente esta membrana es revelada utilizando una autorradiografa para observar
la presencia de seal esperada.


5.- Nombre algunos ejemplos de productos gnicos recombinantes.
Los productos recombinantes se pueden agrupar en las siguientes categoras:
1. Microorganismos manipulados genticamente (Levadura de cerveza) que se han
modificado genticamente para ser capaces de degradar celulosa y que se utilizaran en
las industrias cervecera y vitivincola)
2. Hormonas y productos recombinantes para procesamiento.
3. Plantas y productos vegetales que per se son OVM.
4. Productos obtenidos de plantas transgnicas.
5. Animales transgnicos.
6. Vacunas recombinantes.
Parte 8

Explicar brevemente en qu consisten las siguientes tcnicas moleculares:
Southern blot
Northern blot
Western blot
FISH
Cloning de DNA
PCR
Secuenciacin de DNA