So elementos genticos extracromossmicos com capacidade de replicao
autnoma, que no possuem uma forma extracelular (ao contrrio dos bacterifagos, que podem formar partculas virais que so estveis fora da clula hospedeira). A grande maioria dos plasmdeos formada por molculas de DNA de fita dupla circulares, embora existam alguns poucos plasmdeos de DNA de fita dupla lineares, que geralmente ocorrem em bactrias que tambm possuem cromossomos lineares. Por serem capazes de se auto-replicar os plasmdeos so tambm considerados replicons, multiplicando-se independentemente do cromossomo bacteriano. A seqncia nucleotdica da maioria dos plasmdeos tem pouca ou nenhuma homologia com o cromossomo da clula hospedeira, podendo ser considerados, sob esse aspecto, como elementos estranhos a bactria. Os plasmdeos tendem, contudo, a ser perdidos quando as bactrias so mantidas em laboratrio. Tal fato ocorre porque o DNA plasmidial geralmente no codifica nenhum produto com funo essencial para a clula hospedeira. As vantagens adaptativas conferidas pela presena de plasmdeos operam apenas quando outros fatores, que no a simples disponibilidade de nutrientes, determina a sobrevivncia e a multiplicao da bactria. Os plasmdeos artificiais so ferramentas importantes nas tcnicas de biologia molecular, sendo utilizados principalmente como vetores de clonagem. Qualquer plasmdeo contm todas as seqncias para a sua autoduplicao, incluindo uma origem de replicao e, geralmente, um gene que codifica uma protena que regula o processo. Alm disso, muitos plasmdeos contm uma considervel quantidade de informaes gentica adicional, grande parte da qual pode ser importante para a clula bacteriana em seu ambiente natural. Bacterifagos Os vrus que infectam bactrias so denominados de bacterifagos ou, simplesmente, fagos. Como os demais vrus, os bacterifagos no possuem uma maquinaria metablica prpria e, dessa forma, so incapazes de se multiplicarem na ausncia de um hospedeiro sensvel. Os bacterifagos podem apresentar tanto um genoma de RNA, como de DNA circular de fita simples ou de DNA linear de fita dupla. A distino entre bacterifagos e plasmdeos nem sempre muito clara. Plasmdeos so considerados replicons-no letais (pelo menos para as suas clulas hospedeiras), enquanto bacterifagos so replicons potencialmente letais. Aps a entrada do genoma viral num hospedeiro suscetvel, o fago pode entrar num ciclo ltico ou lisognico, dependendo da sua natureza (se virulenta ou temperada) e do estado fisiolgico da clula hospedeira. No ciclo ltico, o genoma do fago expresso seqencialmente, numa cascata reguladora que requer fatores codificados tanto pelo fago como pela bactria. Logo aps a infeco, a prpria maquinaria de transcrio da bactria hospedeira determina a expresso dos denominados genes iniciais do fago. Os genes iniciais codificam protenas reguladoras que determinam a transcrio dos genes intermedirio, cujos produtos so principalmente protenas envolvidas no processo de replicao do genoma do fago. Genes intermedirios tambm produzem algumas protenas reguladoras, que determinam a expresso dos genes tardios. Os produtos dos genes tardios so protenas do capsdeo do fago e fatores envolvidos na formao das partculas virais maduras e na lise da clula hospedeira. Ao final do ciclo, as novas partculas virais formadas so liberadas e podem infectar novas clulas hospedeiras suscetveis. No ciclo lisognico, fagos temperados so capazes de perpetuar o seu material gentico sem provocar a morte da clula hospedeira. Nesse processo, o genoma do fago se integra, por recombinao sitio-especifica, no genoma bacteriano. O processo reversvel, de forma que o genoma do fago pode ser eventualmente liberado, havendo a possibilidade de o mesmo entrar num ciclo lisognico. A bactria que carrega uma cpia do genoma viral integrada no seu cromossomo dita lisognica e o genoma do fago, que mantm a capacidade potencial de lise da clula hospedeira, denominado de profago. Profagos que perderam (por deleo ou rearranjos do genoma bacteriano) algumas funes essenciais para o ciclo ltico e a produo de partculas infectivas, mas ainda retm outros genes funcionais do fago, so denominados de profagos crpticos. Bactrias lisognicas possuem imunidade contra a infeco adicional por outros bacterifagos do mesmo tipo, pois o profago possui um gene que determina a produo de uma protena repressora que, alm de manter seu circuito regulador lisognico, reprime o ciclo ltico de qualquer outro fago que possua no seu genoma os stios reguladores onde essa protena atua. Certos fagos, especialmente os temperados, tm a capacidade de atuar como vetores naturais para a transferncia de pequenos segmentos de DNA do cromossomo bacteriano de uma clula para outra, num processo denominado de transduo. A transduo pode ser de dois tipos: generalizada, quando envolve a mobilizao de qualquer regio do cromossomo e especializada, quando envolve uma regio definida do mesmo.