Creado en el reinado de Carlos V en 1519 como seccin especial del Consejo de Castilla, y desde 1524 fue independiente bajo la presidencia del cardenal Loaysa. Se compona de veinte miembros, tuvo el mismo nivel jerrquico que otros Consejos de la Corona, tena el rango de Cancillera Regia y el de Ministerio Colonial en todo lo relativo al gobierno de Amrica: a su navegacin, comercio, armadores, fletes, cargamentos, retornos, aduanas, administracin de la justicia civil, criminal y eclesistica, causas contenciosas, fiscales de Patronato y pleitos en apelacin referentes a algunas de estas denominaciones. Adems, formulaba los informes y los proyectos de resolucin, que, una vez firmados por el Rey, eran registrados en sus Archivos con el carcter de Cdulas o mandatos reales. Su coleccin sirvi de base al Cdigo colonial llamado despus Leyes de Indias.
En uso de sus facultades gubernativas, el Consejo propona al monarca el nombramiento de los cargos de virreyes, presidentes de Audiencias, gobernadores, oidores, fiscales y, en general, todos los puestos significativos en Amrica. El 25 de agosto de 1600, se estableci la Junta de Guerra de Indias, uno de los organismos ms influyentes dentro del Consejo. La creacin de sta obedeci a la preocupacin especial que requeran los negocios y materias de guerra. Tambin, a semejanza del Consejo de Castilla, el de Indias tena una Cmara, llamada de Indias, encargada de la distribucin de mercedes y de proponer al rey los nombramientos en los oficios seculares y eclesisticos (Real Patronato). El Consejo era itinerante, pues deba moverse de acuerdo con el traslado de la Corte Real, hasta que se instal por orden del rey en Madrid. Con la llegada de los Borbones decay la importancia que tena. En 1778 se declar que haba cumplido con su misin fundamental, que era la propagacin del cristianismo y de la cultura espaola. Por ltimo, cabe mencionar que la actuacin del Consejo de Indias se caracteriz por un exceso de burocracia, una exasperante lentitud en la adopcin de decisiones y muchas veces fue utilizado para satisfacer los intereses de sus propios consejeros. LA CASA DE CONTRATACIN Adjunta o incluida en el Consejo, se erigi La Casa de Cantratacin, vasta organizacin central de las Aduanas y de la Contabilidad colonial, encargada de registrar, clasificar y distribuir los buques, cargamentos y retornos que salan o que regresaban de Amrica, especialmente los del convoy de las Dos Flotas que transportaban el surtido para Mxico y para el Per por el Istmo y Portobelo. La Casa de Contratacin era tambin Audiencia Real Americana en todo lo relativo a comercio y navegacin: es decir, lo que aqu llamamos ahora Corte Suprema de Justicia.