BIOQ-121 Clase 1 y 2 Bioelementos y Biomolculas

Bioelemento y Biomolculas
Por qu es importante la bioqumica para un farmacutico?
La bioqumica estudia los constituyentes qumicos de la materia viva, su funcin, sus
transformaciones e interacciones en un proceso, lo que es vital para interpretar
fenmenos biolgicos.
Como farmacuticos van tener que conocer muchas molculas destinadas a mejorar
el estado de salud de las personas, pero no basta con solo conocerlas, estos
medicamentos interactan con los componentes de la materia viva de las clulas,
todo lo que llega a nuestro organismo est compuesto por molculas !lo que
tomamos, comemos, etc."
#ara hacerse una idea de la importancia de la bioqumica, podemos agregar$
Los premios %obel del &''( en adelante han sido por manejar clulas madres con
genes modi)cados, *islar protena luminescente verde que puede seguir la
e+presin de un gen, fertili,acin in -itro, etc.
!./0/1 23L*C4/%*0/1 C/% L* 54/67894C*"
3jemplo de interaccin de molculas$ el jugo de pomelo baja la capacidad de
absorcin de los medicamentos y, la coca:cola es acida por lo que afecta en el p; de
disolucin de los medicamentos.
!La pirmide alimenticia ha cambiado mucho de cmo era antes hasta ahora, en
estos momentos &<= de lo que comemos deberan ser frutas y verduras"
Los microbios comensales del intestino pueden ayudar a combatir el virus de la
in>uen,a en el pulmn$
Los resultados de la investigacin sugieren que un largo tratamiento con antibiticos
pueden disminuir la habilidad de combatir la in>uen,a en algn individuo, ms an,
puede impedir el efecto de la vacuna. 3sto es algo a considerar cuando se utili,an
antibiticos. 3l uso de probiticos puede ayudar a estimular el 14. 3n resumen la
>ora bacteriana comensal de nuestro intestino, de alguna manera, gatilla al 14 para
estar ms preparada para atacar el virus de la in>uencia. ?7n tipo en un congreso
e+puso hace muchos a@os queA B.odos los seres vivos eucariticos pluricelulares
como nosotros, tenemos ms clulas y genoma bacteriano que clulas y 0%*
eucariticoCD
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E BLos seres vivos estn compuestos por
molculas no vivasC !*lbert Lehninger"
E BLa qumica es la lgica de los fenmenos
biolgicosC
!Farrett and Frisham"
Propiedades
Distintivas de los
Sistemas Vivos
3stas propiedades son las que nos
permite diferenciarnos de las
simples molculas que no
tienen vida.
E Los /rganismos son complejos y
altamente organi,ados !hasta
el organismo unicelular es complejo y altamente organi,ado".
E Las estructuras biolgicas sirven para propsitos funcionales !todas las
estructuras biolgicas dentro de un organismo tienen un propsito funcional".
E Los sistemas vivos son muy activos en transformaciones de energa !algo muy
caracterstico de nosotros, sobretodo en transformaciones de energa qumica, es un
Breactor biolgicoC".
E Los sistemas vivos tienen la e+traordinaria capacidad de auto:replicarse !esta es la
consecuencia de todas las propiedades anteriores, la capacidad de transformar el
tejido, la funcionalidad de cada una de sus estructuras, y ser
altamente organi,ados"
;asta los organismos ms simple pueden replicarse, como por
ejemplo los virus que ni siquiera son una clula completa, son
capaces de replicarse invadiendo una clula y que esta trabaje para l y, as generar
nuevos individuos.
3n esta imagen podemos ver a las cebras, que
aparentemente parecen iguales, pero los e+perto dicen que
no es as, que las rayas son como huellas digitales y, que
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cada uno es distinto del otro, los potros son capaces de distinguir a su madre por el
olor y el patrn de rayas que tiene.
Las medusas son temibles, su veneno es muy potente, y el guila, seres vivos que
coloni,an el aire. G organismos vivos capaces de habitar cualquier medio ambiente
como las bacterias, por ejemplo la echericha coli que
vive en nuestros estmagos.
Hinalmente los ms peque@os de todosA Los virus. Los
virus no son otra cosa que una estructura proteica con
material gentico en su interior y, un par de en,imas
para empe,ar a funcionar cuando invade la clula.
Clula
3sta de aqu es una bacteria, tiene distintas estructuras
con una organi,acin ms o menos simple, pero no por
ello deja de ser compleja. Las bacterias de dividen en
gram positivas o gram negativas, segn la presencia de
pared o no, respectivamente.
G esta es una clula eucariotica, un poco ms compleja,
que se diferencia de una procarionte porque tiene un
ncleo delimitado por membrana y presencia de organelos
delimitados por membranasA mitocondria, 23L, 232,
cloroplastos, lisosomas, etc.
La clula vegetal tiene algunas diferencias con la clula animal, la primera tiene
cloroplastos, pared celular.
1e considera que la unidad bsica
de la vida es la clula porque tiene
toda la informacin
necesaria para auto:replicarse bajo
diferentes circunstancias !no
como el virus que tiene que
invadir una clula".
3l tercer nivel de complejidad estara dado por la pared, membranas y organelos
que son supra:estructuras moleculares. 3l nivel supra:molecular est compuesto a
su ve, por macromolculas !la membrana plasmtica est compuesta de protenas
mas lpidos", tales como, 0%*, celulosa, protenas. 3stos a su ve, estn compuestos
por molculas ms peque@as y sensibles, por ejemplo, el *0% est compuesto por
nuclolos. G este es el nivel bsico que tomamos como referencia, como los
monosacridos, aminocidos !modulo biolgico capa, de ejercer una funcin".
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3ntonces podemos distinguir en los seres vivos distintos niveles de estructuras, todo
est hecho de unidades monomricas, que son molculas que se polimeri,an y
asocian para formar macromolculas, las cuales se vuelven a asociar para formar
estructuras supra:moleculares, y estas estructuras supra:moleculares dan origen a
la clula.
G si profundi,amos an ms nos encontramos con que todas las molculas estn
hechas de tomos.
tomos y elementos
C:;:/:%, componen ms del IIJ de las
clulas gracias a sus propiedades para la
vida, como es la habilidad de formar
enlaces covalentes !el 1 igual puede
formar este tipo de enlace".
3l carbono es el tomo central pero no mayoritario.
abla peri!dica
2/K/ son elementos ms
abundantes en el cuerpo
humano
*9*24LL/ son elementos tra,a
!sin las cuales algunas molculas
no funcionan, son vitales para su
funcionalidad" de ellos los mas
abundantes son el 9g y el He.
;ay elementos que estn en cantidades Btra,asC que son t+icos para el organismoA
"i# 1e usa en medicamentos para trastornos neuronales y psiquitricos. 1u to+icidad
es baja.
Pb# se usaba en pinturas, altamente t+ico.
$%# interacciona con protenas inhabilitndolas o bloqueando grupos esenciales.
&s$ altamente t+ico
'# en ?D limitadas es
utili,ado para fortalecer
la dentina.
3n aguas valdivianas
hay H y Cl, y esto
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produce polmica porque el e+ceso de H y Cl es t+ico por vas metablicas y mata
bacterias.
&bundancia (
'ormaci!n de enlaces#
La propiedad de
C;/% que lo hace
tan importantes y
apropiados para
la qumica de la
vida es su
capacidad de
compartir
electrones de su ultima capa de valencia para
formar enlaces covalentes muy estables.
*qu nos muestran como se comparten los
electrones en molculas muy estables.
0ihidrgeno !la molcula de hidrgeno"
*gua !elemento esencial para la vida"
*monio
G la serie orgnicaA
9etano
;idrgenosulfurado !es t+ico, adems el 1
tiene la capacidad de compartir algunos
electrones" y
fosfato.
3l siguiente cuadro muestra la fuer,a
de enlace medido en LK como medida
de 3. 1on todos enlaces covalente de
energa relativamente alta, cuando
son dobles enlaces la energa es
mayor y, cuando son triples enlaces
es an mayor. 3sto quiere decir que
se requiere una gran cantidad de
energa para romper estos enlaces y,
por lo tanto, son molculas
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relativamente estables en las condiciones a las que est e+puesto en un organismo
vivo. Como su 3 es alta, es muy difcil romper estos enlaces.
)l Carbono
La base de la variedad de compuestos orgnicos que vamos a encontrar en los seres
vivos, especialmente los vistos en qumica orgnica, se deben a la capacidad del C
de unirse con ;, /, %. 3l carbono puede unir M electrones, por lo tanto compartir M
pares de electrones, lo que da una gran variedad de enlaces C:C.
Caractersticas del C#
*a+Los electrones se pueden ubicar formando una pirmide para quedar lo ms
alejados posible y as causar el menor impedimento estrico, lo que permite una
mejor distribucin
para formar una
amplia variedad de
compuestos.
*b+7na de las gracias de
los enlaces C:C es que
pueden rotar, formar
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molculas que pueden tener distinta forma molecular !pero con la misma
composicin" en el espacio.
*c+Cuando forman dobles enlaces la molcula se rigidi,a y el resto de los
sustituyentes se encuentran en un mismo plano, ah el ngulo para ellos cambia
porque se esta for,ando una interaccin.
Las fuer,as con las que se reali,an algunos
enlaces del C tienen que ver con la
electronegatividad !capacidad de atraer
electrones", es decir, mientras ms
electronegativo el elemento !Cl, /, %", ms
tiempo pasan los electrones con ellos.
,rupos 'uncionales
%o hay que
aprenderse las
formulas de
memoria, solo
saber
reconocer el
grupo
funcional y
que
propiedades
tienen !su
accin en la
molcula".
Como dijimos
anteriormente,
la
funcionalidad
de los seres
vivos, radica
en la
funcionalidad
qumica de
cada uno de
sus elementos,
por lo tanto,
todos estos
grupos funcionales son parte de molculas, las cuales a su ve, forman parte de
complejos supramoleculares, cuya funcionalidad est dada por los grupos
funcionales que ellos tienen.
Frupo metilo
Frupo etilo
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1on apolares, lo que signi)ca que la electronegatividad no
es muy distinta entre sus componentes, por lo que
tienden a formar enlaces covalentes y tener una
distribucin homognea de sus electrones, lo que le
otorga propiedades hidrofbicas, no tienen carga.
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Frupo fenilo
*ldehdo
Cetlico
Carbo+ilato
3nol
3ter
3ster
*lcohol
*mino
4mida,ol
Fuanidinium
4mida,ol
1ul)hidro
#uente disulfuro
.ioester
.ioimino
Hosforilo
Hosfoanhidro
*c. Carbo+ilico con acido fosfrico
3n qumica orgnica por convencin hay colores atribuibles a los grupos por el
tomo caracterstico que tengan. Las ,onas apolares !cadenas hidrocarbonadas" se
colorean con gris, con / rojo !carga negativa", % a,ul !carga parcial positiva", 1
amarillo, # naranjo.
Las representaciones
espaciales estn con
estos colores,
indicando forma y
tama@o molecular.
*cetil:coen,ima *
9olcula compleja
con mltiples grupos
funcionales, hay que
saber por los colores
los grupos funcionales
de la molcula. 49#320/%*5L3 14 %/ 13 1*53.
;ay = formas de representar una molcula orgnica$
3sta molcula tiene aminoNcarbo+iloNmetiloO aminocido, *L*%4%*
.iene un C con caractersticas especiales
porque es quiral, sus sustituyentes son
todos diferentes que distribuye de manera
tetradrica, es un C asimtrico. 3s una
molcula ;402/H/5*.
Cuando los C hacen doble enlace, hay &
con)guraciones que tienen igual formula
qumica pero distinta distribucin espacial
de los sustituyentes que forman doble enlace, pueden ser C41 o .2*%1, y estos son
compuestos totalmente distintos en su funcionalidad dentro del organismo.
Las grasas .rans a mayor cantidad,
mas mala calidad del alimento, las
grasas insaturadas naturales son C41
!cidos grasos", las grasas trans son
sintticas, han sido manipuladas.
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- muy electronegativo, todas las molculas son
polares, solubles en agua, interaccionan con agua.
. mas electropositivo !es bueno para ceder
electrones", los electrones pasan mas tiempo con
el C, por lo tanto se carga positivamente. 1on
polares.
.ienen 1.
.ienen #
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La mantequilla es ms sana que la margarina porque, esta ltima est manipulada
de alguna forma !tiene ms grasas trans".
P#or qu es malo el transQ
3l trans en el organismo tiende a
producir o+idacin, las o+idaciones
producen radicales libres, los cuales
provocan da@os moleculares
acumulativos como lesin celular,
muerte celular, cncer, etc.
Las molculas quirales se e+citan con
la lu,, pasan de C41 a .2*%1 con la lu,
lo que permite medir cuantos de lu, en
el organismo.
7na molcula es diferente a su
imagen especular porque no son
superponibles. %o hay quiralidad
cuando hay & sustituyentes 4F7*L31.
Cuando los grupos
funcionales
interaccionan con molculas ms grandes, como
la protena que tambin tiene grupos funcionales,
estos deben encajar como pie,as del rompecabe,as
para que se puedan producir interacciones entre
ambas molculas. G esto, va a modi)car la actividad
de la protena.
La interaccin va a depender de la distribucin
espacial de los grupos funcionales.
)/# 2sabor a menta 1 %o tiene sabor a menta.
L:*spartamo sabor dulce. 0:fenilalanina 1abor amargo.
;ay dos grandes venenos
en nuestra sociedad la sal
!hipertensin" y el a,car
!diabetes", con la sal que
tienen los alimentos es
su)ciente.
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.odas estas molculas relativamente sencillas,
forman grandes grupos de compuestos, como los
*minocidos, bases nitrogenadas, cidos grasos,
carbohidratos, que son bloques para sinteti,ar
compuestos ms complejos, tales como,
protenas, hormonas, alcaloides t+icos,
neurotransmisores, lpidos, ceras, glucosa,
celulosas, almidn, fructosa, sucrosa, lactosa, c.
%ucleicos, protenas, palmitato, glicerol, etc.
*#23%032 %/95231 03
C/9#731./1.
3sta tabla nos muestra los componentes moleculares de la 3. coliA
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9olculas ms simples se juntan
para formar molculas ms
complejas
PCmo se hacen estos tipos de estudiosQ
1i queremos conocer que molculas estn en el
organismo, vamos en el sentido inverso,
desarmamos el tejido, llegamos a clulas y
comen,amos a aislar organelos.
3n la siguiente imagen se muestra un hgado, el
hgado se homogeni,a, se coloca en una
especie de BjugueraC, se rompen sus clulas y
sus componentes y, se centrifuga varias veces,
para ir separando los compuestos ms grandes,
que son las clulas enteras que no se
rompieron, membranas, cito esqueleto, el
ncleo.
.omamos el sobrenadante que contienen
organelos como mitocondrias, lisosomas,
per+isomas !grandes", se vuelve a centrifugar para obtener el sobrenadante que
tiene microsomas !fragmentos de 32" y peque@as vesculas. G )nalmente se
centrifuga y el sobrenadante tiene protenas solubles, 2%*.
* travs de esta centrifugacin diferencial, se nos permite anali,ar las distintas
fracciones y saber que componentes hay en el 232, lisosoma, pero+isomas, etc.
*hora para separar estos organelos, lo que podemos hacer es tomar estas
fracciones y ponerlas en una gradiente de sacarosa y volver a centrifugar. La
gradiente de sacarosa nos permite separar lisosomas, mitocondrias, 232, 23L, etc.
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Cuando se empie,an a conocer las propiedades que pueden tener las 5iomolculas,
uno se da cuenta de que son un re>ejo de cmo estn adaptadas y seleccionadas
para funcionar y proveer la funcin que se conoce como vida.
Propiedades de las
Biomolculas
1on molculas que han sufrido un proceso de
evolucin para ajustarse a funciones que le
dan la vitalidad a la clula.
Las macromolculas y sus bloques
tienen un sentido de direccionalidad.
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Las macromolculas son informacionales; todas estas macromolculas tienen
informacin per s para poder llevar a cabo sus funciones. 3l 0%* tiene
informacin codi)cada que puede ser ledo en un cierto sentido y esa
informacin es traspasada a macromolculas como protenas que cumplen
cierta funcin.
Biomolculas tienen arquitectura tridimensional espacial caracterstica,
propia.
Las fuerzas dbiles mantienen las estructuras biolgicas y determinan las
interacciones biomoleculares. 7na de las caractersticas ms importantes es
que pueden interaccionar a travs de enlaces dbiles dadas por las cargas
parciales positivas o negativas de los grupos funcionales, los cuales al ser
dbiles se pueden asociar y desasociar fcilmente. .odas las interacciones
biomoleculares est determinado, en general, por fuer,as dbiles !porque si
se unieran de forma permanente, un receptor podra ser usado solo una ve, y
la clula tendra que sinteti,ar uno nuevo, lo cual es un gasto muy grande e
innecesario para la clula".
Los enlaces dbiles que permiten que se formen estas macromolculas
tambin son importantes porque le dan cierto dinamismo para que puedan
que adquirir o variar su estructura
brevemente en el espacio.
'uer0as dbiles#
3stas fuer,as e+ternas son las que permiten los
enlaces dbiles y las interacciones entre las
macromolculas$
Fuerzas de Van der aals
!uentes de "idrgeno
#nlaces $nicos
$nteraccin ;idrfoba
La interaccin ;idrofbica se ha reconocido hace poco, la cual se utili,a, por
ejemplo, en la tcnica cromatogra)ca BCromatografa de interaccin hidrfobaC que
ha sido la que ms se ha desarrollado en los ltimos R' a@os.
.odos estos enlaces dbiles que determinan todas las interacciones entre todas
estas molculas orgnicas, y en estas interacciones es importante que los enlaces
se puedan formar y soltar muy fcilmente para permitir un 04%*9419/ a las
molculas y que estas puedan ajustarse y hacer todas las reacciones que hay que
hacer dentro de una clula.
*dems, hay dos puntos importantes a tener en cuenta acerca de estos enlaces
dbilesA
#l reconocimiento biomolecular est% mediado
por enlaces qumicos dbiles, pensemos por
ejemplo en las interacciones *g:*c, hormona:
receptor, como los virus son reconocidos por la
clula, las bacterias intra:celulares como entran a
la clula. .odos deben primero ser reconocidos.
Los enlaces dbiles restringen a los organismos a un estrec&o rango de
condiciones medioambientales, esto quiere decir que los enlaces dbiles son
muy afectados por una fuente energtica como .S, presin, p;. !#uede haber
adaptacin a travs de cambio de molculas unidas por enlaces dbiles
hacindose resistentes a esa otra .S, presin o p;. Lo que signi)ca, por ejemplo,
los peces que han adaptado sus molculas para funcionar en el agua a R'TC, si
los cambiamos a ='TC bruscamente estas clulas se mueren, pero si se pasan
lentamente, estas pueden acostumbrarse porque se adaptan pero, cambian las
molculas que tienen por unas que funcionen mejor a ='T que a R'T".
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Ms Fuerte
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'tro factor importante a destacar, que afecta o restringe el funcionamiento
de los enlaces dbiles es el pH; .odos los seres vivos son apro+imadamente
de U'J agua, con compuestos y molculas orgnicas que tienen grupos
funcionales como cidos carbo+licos que son cidos dbiles o grupos aminos
que son bases dbiles, por lo cual e+iste cierta concentracin de protones
!p;" en el organismo.
3l p; es algo muy importante, la sangre humana tiene un p; de U,M y, en todos los
seres vivos la clula funciona a un p; ms o menos neutro.
Como ser de importante el p; que sobre U,V o bajo W,V estn muertos. 3s as como
el funcionamiento del sistema biolgico ha evolucionado para funcionar con un
rango estrecho de p;. #or eso es importante tener elementos como los tampones
que nos permitan mantener el p; constante.
o Sustancias B1sicas o alcalinas# mar, clara de huevo, bicarbonato de sodio,
Clorinda !R& o R=", etc.
o Sustancias cidas# leche, cerve,a, vinagre, saliva, vino tinto, limn, caf, coca:cola,
jugos gstricos, etc.
.enemos mecanismos !tampones" para compensar el p; de lo que comemos.
Curva de titulaci!n *peque2o repaso+
3sta es una curva de titulacin de C;=C//; p;OR con %a/;
.enemos el actico solo en un vaso precipitado, medimos el p; que es alrededor de
R, luego vamos agregando el %a/; y midiendo el p; al mismo tiempo, hasta llegar
un punto en donde hay un cambio brusco de p; y llega a la ,ona en donde el p;
comien,a a variar lentamente, para luego llegar nuevamente a una ,ona donde el
p; vara bruscamente.
3n la ,ona tampn yo puedo agregar gran cantidad de %a/; sin que se produ,ca un
cambio de p; signi)cativo.
3l punto de in>e+in que se puede calcular con la primera derivada del gra)co y
ms e+actamente con la segunda derivada. 3n este punto hay un equilibrio entre las
dos formas inicas, cido actico y acetato, y esto se conoce como pL, el pL es el
p; en el que esta reaccin de desasociacin del cido esta en equilibrio.
3ntonces la capacidad tamponantes es X R el pL. #ara preparar una solucin
tampn tenemos que elegir un compuesto que sea tamponante en el rango de p;
que queremos mantener.
3ste tipo de reacciones es bastante importante porque dentro del organismo
constantemente van a ver reacciones biolgicas que liberaran o consumen protones,
por lo tanto esta variando el p; localmente dentro de la clula, por esto es
necesario que hayan compuestos tamponantes.
7na reaccin tpica que tiene que ver con liberacin de protones o consumo de
protones es la respiracin celular, en la respiracin celular adems de /&
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Zona en la que puede usarse como
solucin tampn.
Punto de inflexin, CH3COO
-
CH3COOH,
p!pH, "#$%&%'(%O
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intercambiamos C/&. Como el C/& es un gas en un ambiente acuoso no es soluble
por lo que el C/& que entra en el organismo sufre una reaccin con el agua
transformndose a Carbonato, que reacciona rpidamente al p; de la clula y se
transforma a bicarbonato. #ero en los pulmones para e+halar C/& debe ocurrir lo
inverso pasar de bicarbonato a C/& elevando la concentracin de ;. 3n la sangre no
hay C/& hay bicarbonato.
Las variaciones de protones en la sangre se conocen como procesos de acidosis o
alcalosis, un desequilibrio para cualquiera de los dos lados es un cuadro muy
complicado de tratar.
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