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ARTCULO ORIGINAL
La tipificacin de Salmonella Typhi cepas aisladas
de Egipto por RAPD PCR
Noha A. Rezk

Hoda Mansour

Nahed H. Ghoneim

Mahmoud M. Rifaat
Recibido: 9 de Junio de 2011 / Aceptado: 11 de septiembre 2011 / Publicado
en lnea: 30 de agosto 2011
El Autor (s) 2011. Este artculo se publica con acceso abierto a
Springerlink.com
Toma de huellas dactilares basada en PCR abstracto usando aleatoria ampli-
ADN polimrfico especificar (RAPD) se ha utilizado ampliamente para
identificacin genoma. En este estudio, 13 de Salmonella Typhi
cepas fueron aisladas de pacientes de fiebre tifoidea de Asun,
El Cairo, Fayoum y Monofya gobernaciones de Egipto. La
aislamientos, junto con tres cepas de referencia, es decir, O901, H901,
y Ty2 se sometieron a toda la tipificacin del genoma mediante RAPD
PCR. Tres RAPD-PCR primers 10-mer generaron un total de
85 bandas RAPD (81 bandas polimrficas), 12 distinta de PCR
perfiles, y ha demostrado ser til para discriminar el iso-
lates y cepas estudiadas. Curiosamente, el B
1
y C
1
PCR
el perfil se encuentra slo en El Cairo y Monofya, respectivamente;
y algunos tipos de PCR aparecieron slo en ciertas gobernaciones
de Egipto. Mediante la combinacin de los perfiles obtenidos con el cebador
tro utilizado en este estudio, un excelente ndice de discriminacin
(D) de 0,942 se alcanz. Las comparaciones por pares de Jaccard de
coeficientes de similitud calculadas entre los 12 tipos de PCR
identificado threemajor racimos; es decir, la rama O901 y Ty2 y
H901 sub-ramas. Anlisis de componentes principales ade-
cuadamente resuelto cada uno de estos tres grupos principales. Tres
componentes principales representaron alrededor del 72% de la variabilidad
acin, con los dos primeros componentes que representa alrededor
62% de la variacin total entre los genotipos estudiados. Bi-
clustering mejorado la visualizacin de grupos de RAPD ampli-
contras (marcadores) que se agrupan de manera similar en los genomas y
podra delinear caractersticas relativas a la estructura del genoma. En
conclusin, RAPD PCR proporciona un mtodo rpido, con alta
potenciales en la vigilancia y las investigaciones epidemiolgicas
de las infecciones por Salmonella Typhi.
Palabras clave RAPD Perfiles tipos RAPD Discriminacin
Anlisis ndice de un anlisis cluster un componente principal
Biclustering
Introduccin
La fiebre tifoidea es una infeccin sistmica con la bacteria
Salmonella enterica serotipo Typhi. Esta fiebre es un
causa importante de enfermedad y muerte con un global de ocurrir-
rencia de 21,6 millones de infecciones y unas 200.000 muertes
de fiebre tifoidea por ao (Bhutta 2006 ). En Egipto, el
incidencia poblacional de la fiebre tifoidea en Fayoum
Gobernacin fue de 59/100, 000 personas / ao. A relativo
prevalencia de multirresistente Salmonella Typhi (29%)
se inform (Srinkantiah et al. 2006 ).
Salmonella Typhi ha desarrollado un mecanismo gentico para
la expresin de genes de virulencia situados en la patogenicidad
islas en el genoma bacteriano. El tamao, la estructura, la funcin
cin y distribucin de estas islas en los genomas de
Subespecies de Salmonella y serovares pueden ser marcadamente dife-
rentes (Hensel 2004 ; Aguirre et al. 2006 ; Akiba et al.
2006 ). Como puso de manifiesto mediante la secuenciacin y anlisis de
microarrays,
el genoma de Salmonella Typhi tambin acumul muchos
pseudogenes (McClelland et al. 2004 ).

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El xito de los estudios de vigilancia epidemiolgica de
Salmonella se relaciona con los procedimientos de tipificacin aplicadas a
diferenciar los genotipos. Varios mtodos de caracterizacin para
Salmonella se han descrito para epidemiolgica y
fines filogenticos (Ruiz et al. 2003 ;. Lim et al 2005 ;
Araque 2009 ; Nath et al. 2010 ). La tipificacin basada en el ADN
mtodos son cada vez ms til para realizar
encuestas epidemiolgicas de las bacterias patgenas. Aleatoriamente
ADN polimrfico amplificado (RAPD), tambin conocido
reaccin en cadena de la polimerasa sellarse como arbitraria (AP-PCR),
se basa en la presencia de sitios de unin de cebadores en la
genoma suficientemente cerca como para permitir la amplificacin de PCR
usando un
solo cebador con la secuencia de nucletidos arbitraria a baja
temperatura de recocido. RAPD PCR, entre otros gentica
escribiendo procedimientos, se ha demostrado ser herramienta til para
rastrear
Salmonella epidemiolgicamente y distinguir Salmo-
nella cepas de diferentes orgenes geogrficos. RAPD
tipificacin era til para la tipificacin epidemiolgica de Salmonella
aislados de brotes humanos y de fuentes aviares y
para complementar los mtodos de tipificacin de serotipificacin y fagos
(Soto et al. 1999 , 2000 ;. De Cesare et al 2001 ; Lim et al.
2005 ; Quintaes et al. 2004 ; Smith et al. 2011 ).
El objetivo de este estudio es desarrollar un simple, fcil
interpretar, y el mtodo de bajo coste con sede en RAPD, para escribir
Salmonella Typhi aisladas de pacientes que sufren de Egipto
de la fiebre tifoidea. Como RAPD PCR detecta secuencia
la diversidad de ADN total, se espera para mostrar un buen
grado de divergencia de secuencia. El mtodo no
requiere ningn conocimiento especfico de la secuencia de ADN de la
apuntar organismos. Esto hace que sea una herramienta flexible que tiene un
gran
el poder y la aplicabilidad general. Por otra parte, el mtodo es
ms rpida y tcnicamente menos exigente que la mayora de otros
mtodos de caracterizacin molecular.
Materiales y mtodos
Muestras
Anti-coagulado de sangre entera perifrica (WPB) muestras
se obtuvieron de 300 pacientes que sufren de prolongada
fiebre y admitido en el Hospital Abbassia Fiebre
(El Cairo), Hospital General de Fayoum (Fayum), Asun
Hospital General (Aswan), y el Hospital General Shebein
(Monofya). Salmonella enterica serotipo Typhi (Salmo-
nella typhi) fue aislado por cultivo de sangre de 13
(4,3%) pacientes. Tres cepas de referencia Salmonella typhi;
es decir, TY2, O901 y H901, as como la cepa de E. coli JM109
(Control no-Salmonella) tambin se incluyeron en este estudio
(Tabla 1 ).
Materiales
Kit de identificacin bacteriana se obtuvo de Bio-Merieux
Vitek Inc., (Hazelwood, Missouri, EE.UU.). Selectivo
medio de enriquecimiento (selenita'' F'' caldo de enriquecimiento) y
agar medios chapado (MacConkey lactosa bilis sal y Sal-
Salmonella-Shigella agar) se obtuvieron de Becton, Dick-
Inson Microbiologa Sistemas (NJ, EE.UU.). Salmonella O y
H antisueros empleado en la identificacin de somtica y
antgenos flagelares se obtuvieron de SA Scientific Inc.
(San Antonio, TX). Reactivos grado biologa molecular eran
comprado a Roche (Roche Diagnostics GmbH, Alemania
muchos), New England Biolabs Inc. (MA, EE.UU.), FMC
Bioproducts (Rockland, Maine, Estados Unidos), y GeneCraft
(GeneCraft GmbH, Alemania).
Primers
Los oligonucletidos fueron sintetizados comercialmente por
Operon (Operon, A Qiagen Company, Qiagen GmbH,
Alemania). Nueve cebadores 10-mer se utilizaron para RAPD-PCR
escribir (Tabla 2 ). Todos los cebadores utilizados se resuspendieron en TE
buffer, se almacenan a -20 C, y 10 lm (22:00 / ll) de trabajo
Se prepararon soluciones para ser utilizado en la PCR.
Preparacin de ADN genmico
ADN genmico bacteriano se prepar de acuerdo con Sam-
arroyo et al. ( 2001 ). Las bacterias se cultivaron durante la noche a
37 Cin Luria-Bertani (LB) caldo de preparacin toDNA antes.
La lisozima se utiliz a una concentracin final de 3 mg / ml.

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Dodecil sulfato de sodio (SDS) se aadi a finales concen-
tracin de 1%, y proteinasa K se utiliz a una concentracin final
tracin de 50 lg / ml. El ADN fue preparado ms
purificado utilizando el Alto Pure Kit preparacin molde de PCR
(Roche Diagnostics GmbH, Alemania) de acuerdo con la
protocolo proporcionado por el fabricante. La calidad de los
Typhi ADN de Salmonella preparado en este estudio se verific
mediante amplificacin por PCR de the16S ADNr de la bacteriana
genoma.
RAPD PCR
La mezcla de reaccin (25 LL) contena 10 mM de Tris-HCl
pH 7,5, KCl 50 mM, 1,5 mM de MgCl
2
, Espermidina 0,5 mM,
DNTP 0,1 mM, 15 pmol del cebador RAPD, 20 ng
ADN genmico, y 0,8 U de Taq ADN polimerasa.
La amplificacin se llev a cabo en un calienta-tapa Biometra
Thermal Cycler (Biometra GmbH, Alemania) durante 40 ciclos,
cada uno compuesto de una etapa de desnaturalizacin de 1 min a 94 C,
seguida por la etapa de recocido de 1 min a 36 C y un
etapa de extensin de 2 min a 72 C. El ltimo ciclo se fol-
seguido por 5 min de extensin a largo a 72 C. La amplificacin
productos de cationes se separaron por electroforesis en gel en
2,2% de agarosa (SeaKem LE agarosa; FMC Bioproducts,
Rockland, Maine, EE.UU.) en 45 mM Tris-borato, 1 mM
Tampn de EDTA (pH = 8,0), que contena bromuro de etidio a
0,5 lg / ml a un voltaje constante de 5 V / cm. Los geles fueron
fotografiado con transiluminacin UV utilizando una cmara digital
cmara dentro de un sistema de documentacin de geles (Alpha Inno-
tecnologa, CA, EE.UU.).
Anlisis de los datos de RAPD PCR
Gel imgenes fueron analizadas por la similitud gentica entre
aislados utilizando el Software AlphaEase (Alpha Innotech,
CA, EE.UU.). Bandas RAPD fue evaluado como variables discretas,
utilizando'' 1'' para indicar la presencia y'' 0'' para indicar el
ausencia de una banda en el perfil. Los perfiles de PCR son
definido por el patrn de la presencia o ausencia de bandas en
el gel. Cada perfil de PCR se marc con un alfabtico
letra seguida por un subndice que identifica el nmero
cebador usado para generar el perfil de PCR. Cada amplicn
se le asign un nombre que empiece con la letra P seguida
por un nmero que indica el cebador RAPD utiliza, y un 2 -
nmero de dgitos que identifica la posicin de la banda. Los dis-
Se calcul el ndice de discriminacin (D) por cada imprimacin por
utilizando el ndice de diversidad de Simpson segn lo descrito por Hunter
y Gastn ( 1988 ) de la siguiente manera:
Cuando el nmero total de N de las cepas en la poblacin estudiada,
S nmero total de tipos RAPD, n
j
nmero de cepas
que pertenece al tipo de orden j, n
j
/ N la probabilidad de que un solo
tensin muestreada en rescate pertenecer al tipo de orden j, y n
j
(N
j
- 1) / n (n - 1) la probabilidad de que dos muestras de cepas
consecutivamente pertenecer al mismo tipo j.
Las similitudes entre las huellas dactilares de ADN se cal-
cionados con el coeficiente de la banda de coincidencia de Jaccard que
rangos de 0 a 1,0, donde 1,0 representa 100% de identidad
(Presencia y posicin) para todas las bandas en las dos PCR fin-
dactilares comparadas. Un pairwise similitud (o dis-
cia) matriz fue desarrollada y anlisis de conglomerados fue
realizado mediante el mtodo de grupo no ponderado par con
Mtodo de las medias aritmticas (UPGMA). Principal compo-
anlisis nente (PCA), un procedimiento matemtico que utiliza
transformacin lineal ortogonal, se utiliza para reconocer
patrones en los marcadores RAPD generados y destacar
las relaciones entre los genotipos examinados. PCA
y biclustering, es decir, la agrupacin de los tipos RAPD y RAPD
amplicones se realizaron utilizando el Cluster y Tree-
Ver programa de la Universidad de Stanford, EE.UU. (Eisen et al.
1998 ).
Resultados y discusin
La Salmonella Typhi cepas, as como los tres de refe-
No se encontraron cepas rencia estudiados para dar RAPD reproducible
perfiles de la misma o de genmica recin extrado-
ADN purificado como se describe en'' Materiales y mtodos ''
y se almacena a -20 C. La reproducibilidad de RAPD pro-
de presentacin, es decir, la capacidad para amplificar el mismo perfil de
RAPD
y observar el mismo polimorfismo, se puso a prueba en al
menos tres repeticiones.
De los nueve cebadores ensayados, slo tres cebadores, es decir,
B02, E10, E18 y eran adecuados para la discriminacin
(Tabla 2 ). Cada uno de los tres cebadores producidos al menos tres
perfiles de PCR distintas de las preparaciones de ADN de Sal-
Salmonella typhi aislados y cepas estudiadas (Fig. 1 ), as
como, un perfil distinto de E. coli (control sin Salmonella).

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Los cebadores restantes produjeron menos de 3 de PCR distinta
perfiles. Los perfiles de PCR generados por los cebadores B02, E10,
y E18 incluy 8-18 amplicones que variaban en tamao desde
200-1,500 pb. Estos tres primers fueron, por lo tanto, utilizan para
reproducible amplificar fragmentos aleatorios de ADN de
Salmonella Typhi genoma.
Un total de 85 bandas RAPD (81 bandas polimrficas) fueron
anot. Las cuatro bandas monomrficas fueron producidos por
RAPD imprimacin E10 (P2-13 y P2-22) y el cebador E18 (P3-
19 y P3-26). Los nmeros de bandas RAPD resueltas se
32 (todos polimrfica, 39,5%), 25 (23 polimrfica, 28,4%),
y 28 (26 polimrfica, 32,1%), por los cebadores B02, E10,
y E18, respectivamente. En promedio, 27 polimrfica
Marcadores RAPD fueron producidos por imprimacin RAPD de la
genomas estudiados. Los nmeros de perfiles de PCR amplificados
por los tres cebadores fueron 5, 3, y 3, respectivamente
(Tabla 4 ).
El B02 imprimacin RAPD mostr la mayor discriminacin
ndice tory (D = 0,675) y se identificaron cinco PCR distinta
perfiles (A
1
, B
1a
, B
1b
, C
1
, Y D
1
) De 16 Salmonella
Muestras Typhi examinados (Fig. 1 ). El B
1
y C
1
PCR
perfiles slo se encontraron en las muestras obtenidas de
El Cairo y Fayoum, respectivamente (Tabla 3 ). Esta RAPD
imprimacin fue til para distinguir la cepa de referencia
O901 (Un
1
Perfil de PCR) del resto de la Salmonella
Typhi cepas y las cepas estudiadas. Los otros dos de referencia
cepas (Ty2 y H901) tambin eran distinguibles por este
imprimacin y perteneci a diferentes perfiles de PCR (B
1a
y D
1
perfiles, respectivamente). Por lo tanto, las tres cepas de referencia
dado diferentes perfiles de la banda con este manual. Este
observacin est de acuerdo con los de McKenna et al. ( 1995 ) en
la diferenciacin de Ty21a cepa de la vacuna del resto de
Salmonella Typhi asla usando un nico cebador arbitrario,
y los reportados por Grakan et al. ( 2008 ) sobre el uso de un
La figura. 1 La agrupacin de los perfiles de Salmonella Typhi RAPD basa en
Coeficiente de Jaccard y el mtodo UPGMA. Juego Band fue
basado en el ajustado R
F
valores (AlphaEase FC Software, Alpha
Innotech, CA, EE.UU.). Los perfiles de PCR se marcaron con alfabtico
letras (A, B, C, y D) seguidos por los nmeros (1, 2, o 3) como
subndices. Los subndices numricos se asignaron respectivamente a la
tres cebadores, B02, E10, E18 y. una Profiles A
1
, B
1a
, B
1b
, C
1
, Y D
1
generada por RAPD imprimacin B02. b perfiles A2, B2, C2 y generado
por cebador RAPD E10. c Perfiles A
3
, B
3
, Y C
3
generada por RAPD
imprimacin E18. Los perfiles de referencia fueron A
1
, A
2
, Y A
3
. Cada amplicn
se le asign un nombre que empiece con la letra P seguida de un
nmero (1, o 2, o 3) que indica el cebador utilizado (B02, E10, y
E18, respectivamente), y un nmero de 2 dgitos que identifica la banda
posicin. La direccin de la migracin electrofortica fue de izquierda a
derecho, y la numeracin de la banda comienza a partir de los grandes
amplicones en cada
perfil
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solo cebador RAPD como marcador de serotipo especfico para
Typhimurium Salmonella.
El cebador RAPD E10 tena el ms bajo discriminatoria
ndice (D = 0,508) y se identificaron slo tres distintas PCR
perfiles (A
2
, B
2
, Y C
2
) De los aislados y cepas
examinado. Dos amplicones RAPD (P2-13 y P2-22) fueron
comn entre estos tres perfiles de PCR (Fig. 1 ), Mientras que el
otros amplicones fueron tiles para la asignacin de Salmonella Ty-
phi en los diferentes perfiles. La referencia de las cepas O901
y H901 tena distintos perfiles de PCR con esta cartilla. La
RAPD cebador E18 tuvo una discriminatorio intermedia
ndice (D = 0,575) y se identificaron tres distintos PCR pro-
Archivos (A
3
, B
3
, Y C
3
) De los aislados y cepas ejem-
ined. Dos amplicones RAPD (P3-19 y P3-26) fueron
monomrfica entre los tres perfiles de PCR producidos por
Este cebador (Fig. 1 ). Las cepas de referencia H901 y Ty2
eran indistinguibles por los dos cebadores E10 o E18.
Tabla ( 4 ) muestra que la PCR ms frecuente Perfiles de Gen-
erated por los cebadores B02, E10, y E18 fueron D1, B
2
, Y C
3
,
respectivamente. El D
1
y B
2
Los perfiles de la PCR se encontraron en
tres gobernaciones, mientras que C
3
Perfil de PCR fue encontrado en la
cuatro gobernaciones.
En este estudio, los tres cebadores RAPD utilizados fueron capaces de
generar 12 tipos distintos de PCR mediante la combinacin de los perfiles
obtenido con los tres cebadores (Tabla 3 ). El ms fre-
tipo frecuente de PCR fue de tipo 11 (4 aislamientos). Una discriminacin
se logr ndice (D) de 0,942 para el RAPD combinado
escribir utilizado en este estudio (Tabla 4 ). Lim et al. ( 2005 )
informado de que una combinacin de dos RAPD diferentes o un
combinacin de RAPD y ERIC era mejor que el otro
combinaciones para la diferenciacin de campo-Sal-aislado
cepas monella y estudios epidemiolgicos. Combinando
los tipos de PCR identificados por la tipificacin RAPD y fagos
escribir o combinando RAPD y PFGE aument el

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capacidad de discriminacin (Soto et al. 1999 ; Delgado Ronda
et al. 2006 ). La combinacin de la tipificacin de RAPD con anti-
las pruebas de sensibilidad bitico era un discriminatoria fiable
enfoque para diferenciar Salmonella para epidemiolgico
efectos en Irn (Madadgar et al. 2008 ).
Coeficientes de similitud de Jaccard, basado en el 85 RAPD
marcadores, identificaron tres grupos principales, a saber, la rama O901
y sub-ramas Ty2 y H901 (Fig. 2 a).
La rama O901 O901 tena la cepa de referencia (PCR
tipo 1), junto con la PCR tipo 8. El Ty2 subrama con-
mantenida el Ty2 cepa de referencia junto con cinco tipos de PCR
(es decir, los tipos 3-7), mientras que la sub-rama H901 agrupado el
cepa de referencia H901 (Tipo 9) junto con tres tipos de PCR
(Tipos 10 a 12). El H901 cepa de referencia (Tipo 9) y el
aislar A-Ceniza (Tipo 12) agrupados estrechamente en este sub-
rama, con un coeficiente de similitud de Jaccard una de 0,82,
lo que indica una similitud gentica estrecha.
Los resultados del anlisis de componentes principales (PCA),
realizado en los marcadores RAPD 85, mostr que la primera
(PC1), segundo (PC2) y tercero (PC3) de componentes principales
explica 48.52, 13.27, y 10.77% de la variacin total en
Datos de RAPD, respectivamente. Los dos primeros componentes
representaron alrededor del 62% de la varianza total, y la
Datos de RAPD-PCR fueron adecuadamente representados por tres
La figura. 2 a El dendrograma
construido a partir de la pairwise
comparaciones de Jaccard de
coeficientes de similitud y
calculado sobre la base de la 85
Marcadores RAPD. Una importante rama
(Rama O901) fue identificado, como
as como, dos sub-ramas (Ty2
H901 y sub-ramas).
b Resultados de principal
El anlisis de componentes (PCA)
que muestra las dos dimensiones
Plot (PC1 y PC2). La primera
dos componentes principales (PC1
y PC2) resolvi el principal
rama (rama O901) y cada
de los dos sub-ramas (Ty2
y H901). T1-T12 indican la
doce tipos RAPD PCR
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componentes principales que representa alrededor del 72% del total
variacin. Los resultados de anlisis de PCA eran en gran
acuerdo con la representacin general de los genomas
revelado por comparaciones por pares de similitud de Jaccard
coeficientes. En la trama de PCA de dos dimensiones, casi todos
los tipos RAPD PCR fueron claramente distintos unos de otros,
y la rama principal (rama O901) y los dos sub-
ramas (Ty2 y H901) podran resolverse (Fig. 2 b).
Por lo tanto, los resultados de anlisis de conglomerados fueron apoyados por
los de anlisis de componentes principales (ACP).
Adems de los tipos de PCR ms frecuentes (tipos 8 y
11), se encontraron diferentes tipos de PCR en El Cairo, Monofya,
Fayoum, y Asun (indicado por los crculos con carga de negro en
La figura. 3 ). Los tipos ms frecuentes de PCR (tipos 8 y 11)
no se encontraban entre los tipos de PCR ms similares (tipo 9 y
12). Del mismo modo, los perfiles ms frecuentes generado por
cebadores B02 y E10 no estaban entre los ms similares
perfiles generados por estos cebadores (Tabla 4 ). Los datos,
por lo tanto, indica que no existe una relacin estrecha
entre los tipos de PCR ms frecuentes observados. Este
apoya la conclusin de que los aislamientos de Salmonella
Typhi tena un grado considerable de heterogeneidad gentica.
Sin embargo, debido al pequeo tamao de la muestra, la relacin
entre los perfiles y las localidades no se pudo establecer
significativamente. Estudios previos sobre la caracterizacin molecular y
distribucin phylo geogrfica de Salmonella Typhi
mostraron que diferentes cepas podran estar en circulacin en
zonas endmicas y epidemias estn relacionadas con slo unos pocos
cepas (Soto et al. 2000 ; Baker et al. 2010 ). Entre Sal-
Salmonella aisladas en tres provincias del centro-oeste de
Espaa, lneas clonales menores adicionales coexistieron dentro
todas las reas. La mayora de los casos de infecciones son causadas por la
la propagacin epidmica de un clon o, al menos, por un grupo de cepas
que son genticamente muy similar. Aparicin y propagacin de
Salmonella se debi principalmente a los ms frecuentes lin-
eages (Soto et al. 2000 ;. Delgado Ronda et al 2006 ).
El algoritmo biclustering se utiliz para reordenar la
Tipos RAPD PCR (genomas) y la PCR RAPD
amplicones (marcadores) a fin de optimizar la agrupacin y a
visualizar los datos como un mapa de calor. El biclustering indi-
cado que ciertos amplicones RAPD (marcadores) de clster
de manera similar en todos los tipos de PCR (genomas). Por ejemplo,
Amplicones RAPD P2-21 a P2-23 estuvieron ausentes de PCR
tipos 1 y 8, mientras que los amplicones RAPD P2-07 a P2-08
estuvieron ausentes de tipos de PCR 1, 8, y 12 (fig. 4 ). Por
Por otro lado, los amplificados RAPD P2-11 a P2-14 fueron slo
presentes en tipos de PCR 1 y 8, mientras que los amplicones RAPD-P2
03 a P2-24 estaban presentes slo en tipos de PCR 1, 8, y 12.
Amplicones RAPD P3-27 al P3-01 estaban presentes slo en
Tipos de PCR 2, 9, y 12.
Es concebible que varias caractersticas relativas a
la arquitectura del genoma en Salmonella podra ser revelado por
biclustering. El genoma de Salmonella Typhi se carac-
racterizado por la presencia de un gran nmero de gentica
elementos (Salmonella islas de patogenicidad o SPI) que
puede adquirirse por transmisin horizontal para permitir bac-
rios para obtener rpidamente funciones de virulencia complejas y para
permitir la aparicin de nueva epidemia resistente a los antibiticos
cepas. Acerca de 7,8% del genoma de Salmonella typhi
se compone de islas de patogenicidad y varias comn
motivos de secuencias se identificaron entre SPI (Hensel
2004 ). Estas caractersticas, sin embargo, puede ser estudiada posteriormente
utilizando mtodos de tipificacin que utilizan oligonucletidos de consenso
para revelar la presencia de ADN repetitivo disperso
secuencias.
Debido a la inherente polimorfismo en la secuencia, como se
as como, la corta longitud de los cebadores RAPD utiliza, la
Mtodo de tipificacin RAPD dio lugar a una agrupacin de los aislamientos
en
altamente discriminar rboles genticos. Aunque relativamente pocos
muestras se utilizaron en este estudio, los datos sugieren que RAPD
escribir es discriminatoria, es fcil de interpretar y consti-
tituye un mtodo de bajo costo para introducir las diversas cepas de Sal-
Salmonella Typhi. El poder discriminatorio alta (D = 0,942)
del mtodo de tipificacin de RAPD utilizado en este estudio revel la
La figura. 3 Ubicacin de los tipos de Salmonella Typhi RAPD identificadas
en este
estudio. Los tipos RAPD que representan las cepas de referencia O901, Ty2,
y H901 no se muestran. Nmeros rodeados indican la RAPD
tipos. Un crculo negro lleno indica que este tipo RAPD apareci
slo en esta ubicacin
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robustez del mtodo y promete un alto potencial como
mtodo de tipificacin molecular en la vigilancia y el brote local
investigaciones de las infecciones por Salmonella Typhi.
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