Hay un vigsimo tercer aminocido en el cdigo gentico?

Introduccin
El cdigo gentico universal incluye 20 aminocidos comunes. Adems, selenocistena(Sec) y
pyrrolysine(Pyl), conocida como los vigsima primera y segunda de veinteaminocidos, estn
codificados por UGA y UAG, respectivamente, que son los codones que normalmente
funcionan como seales de parada.
El descubrimiento de la Sec y Pyl sugiri que el cdigo gentico podra ampliarse an ms
por reprogramacin codonesde parada.
Para buscar el aminocido vigsima tercera putativo, empleamos variosprogramas de
identificacin de tRNA que analizarn archaeal 16 y 130 genomas bacterianos para tRNAs
con anticodones correspondientes a las seales de parada detres.
Nuestros datos sugieren que es poco probable la ocurrencia de aminocidos adicionales
que estn ampliamente distribuidas y genticamente codificados.
Incluso los organismos ms divergidos usan el mismo conjunto de 20 aminocidos cannico
para la sntesis de novo de prcticamente todas las protenas. Althoungh numerosos
aminocidos procedentes de las modificaciones post-traduccionales ocurren en protenas
maduras, slo dos aminocidos adicionales aminocidos se uni a la "club exclusivo" de
genticamente codificado se uni al "club exclusivo" de aminocidos codificados
genticamente que son incorporados a las cadenas polipeptdicas naciente especficamente
y co-translationally. Selenocistena (Sec), considerado como el aminocido XXI, era la
primera adicin al cdigo gentico, puesto que este cdigo fue descifrada en los aos
sesenta. Sec se utiliza en todos los tres dominios de la vida (bacterias, archaea eucariotas de
anuncio), sugiriendo eso es origen precede a su separacin. Se inserta en la nacientes
polipptidos en respuesta a codones TGA y este proceso depende de factores nicos cis - y
trans-actuar que ayudan a recodificar TGA de parada a la insercin de seg. En particular, la
insercin Sec es dependiente de un inusual segundo tRNA contiene un anticodon TCA.
(Figura 1).

Aunque la naturaleza co-translational de insercin Sec hecho este aminocido una
verdadera adicin a la gentica del cdigo, para muchos este aminocido una verdadera
adicin al cdigo gentico, por muchos aos Sec fue considerado como la nica excepcin.
Howevwe, hace cuatro aos Pirrolisina (Pyl), el segundo veinte aminocido aced, fue
descubierto. Pyl est codificada por etiqueta, otro codn que generalmente funciona como
una seal de parada.
Pyl insercin requiere ARNt Pyl especfica consultando un anticodn CTA. Sin embargo, la
distribucin de Pyl es mucho ms limitado en comparacin con los segundos en la
actualidad, slo una bacteria y archaea cinco, todos los cuales son metangenos, se sabe
que utilizan este residuo. Tambin es evidente que tanto Sec y Pyl caractersticas pueden ser
transferidos a otros organismos. Sec puede surgir por eventos de transferencia horizontal de
genes raros, considerando que puede programarse Pyl proporcionando Pyl exgeno y
expresando Pyl tRNA y la correspondiente aminocido sintetasa en Escherichia coli.
los descubrimientos de la Sec y Pyl revelaron que la extensin del cdigo gentico para
incluir estos aminocidos vigsima primera y vigsima segunda requiere slo unos cuantos
genes nuevos. Adems, varios aminocidos anormales puede ser incorporados en la
protena con relativa facilidad, por lo tanto plantea una pregunta importante hay una
vigsima tercera, actualmente sin descubrir, aminocido natural en el cdigo gentico? la
caracterstica que distingue a co-forma incorporado aminocidos es la presencia de los
tRNAs especficos para estos aminocidos.
Identificacion de estos no - cannico los tRNAs podra ser una forma directa de finfing
aminocidos generados como una extensin del cdigo gentico ( BOX 1).
UNA BSQUEDA PARA EL VIGSIMO TERCER AMINOCIDO
Para buscar el aminocido vigsima tercera putativo, hemos empleado programas
actualmente disponibles (cuadro 1) y desarroll un programa (los detalles estn en la
informacin complementaria) para identificar la mayora (si no todos) tRNA - como las
estructuras que podran perderse si son enfoques estndar utilizan (tabla suplementaria 1 en
lnea). Esta herramienta se basa en RNABOB 2.1 y es un programa altamente sensible pero
tiene baja selectividad; Sin embargo, los datos eran todava manejables. Hemos analizado
130 genomas bacterianos y 16 archaeal usando estos programas. Aunque el nmero de
falsos positivos en el paso inicial de la bsqueda fue significativamente mayor que el de los
programas de identificacin de tRNA actualmente disponibles, nuestro programa fue ms
eficiente en la deteccin de Sec y Pyl tRNA que sea versin predeterminada del tRNA
Ascan-SE o ARAGORN.
Todos los tRNAs tambin podran encontrarse en los 146 genomas con el modelo COVE y
matriz correspondiente y los valores de umbral.
ARAGORN y tRNAscan-SE (en los modos predeterminados) son adecuados para las
bsquedas de tRNA genoma porque son rpidos, selectivos y poseen razonablemente altos
sensibilidad. En las bsquedas, ARAGORN realiza ligeramente mejor que tRNAscan-SE (3
tabla suplementaria en lnea). Sin embargo, los usuarios no pueden ajustar los parmetros,
as disminucin de la flexibilidad de las bsquedas por inusual tRNAs. Modos adicionales
estn disponibles en tRNAscan con el modo 'COVE slo' siendo la ms sensible. En la
actualidad, tRNAs conocido todos pueden identificarse mediante esta modalidad. El tiempo
de ejecucin del modelo 'COVE slo' es comparable con la de nuestra bsqueda de la
herramienta, aunque ambos mtodos requieren importantes recursos computacionales. Una
desventaja potencial el modo 'COVE slo' es que se basa en el tRNA especfica matrices
(vase por ejemplo 1 tabla suplementaria en lnea), que No podra identificar tRNAs que son
significativamente diferentes de los tRNAs conocido.
Aunque nuestro programa no utiliz las matrices que eran especficos para cualquier
particular tRNA, l identificar todos SEC y Pyl tRNAs. Algunos de estos tRNAs misannotated
en bases de datos de secuencia; Sin embargo, cada candidato detectado correspondi al
consenso Sec o estructuras Pyl tRNA y su ocurrencia emparejado de segundo o Pyl-que
contienen protenas y los sistemas correspondientes para la biosntesis de los aminocidos
cidos. Los otros candidatos putativos podran ser confiablemente filtrado. Por lo tanto,
estas bsquedas no identific ninguna tRNA adicional que podra insertar no cannicas los
aminocidos.
Hay un aminocido vigsima tercera?
All parecen ser tres razones por qu novela tRNAs correspondiente a un hipottico
aminocido vigsima tercera No fueron identificados en nuestro anlisis. En primer lugar, un
aminocido cido podra no existir en los genomas analizados 146.
En segundo lugar, el vigsimo tercer aminocido podra tener un estrecha distribucin
filogentica. Aunque nuestro programa detectado Pyl tRNA, que estaba presente en slo
cinco de los 146 genomas analizados, un tRNA con la distribucin podra haber sido
comparable a la del tRNA Pyl falt durante nuestro anlisis porque el correspondiente los
genomas no estaban entre los que se incluyen en la bsqueda. El vigsimo tercer
aminocido podra ser utilizado por organismos que habitan aislados y de difcil acceso
entornos sin explotar por la secuencia anterior programas, como un suelo marino o el lago
subglacial Vostok (en la Antrtida). Tercero, algunos de nuestros supuestos podra ser
incorrecta. Nuestro enfoque no reconoce tRNAs con intrones y tRNAs en el cual el
anticodon es editado para rendir un anticodn blanco. Adems, hemos asumido que el
tRNA novela debe compartir el trbol general estructura cannica tRNAs. Sin embargo, un
nuevo tRNA podra ser tan diferentes a los tRNAs cannica que incluso puede dejar de
nuestro programa de alta sensibilidad detectar estos secuencias. Tambin existe la
posibilidad que uno de los 61 codones de parada no se utiliza exclusivamente para cdigo
para una novela aminocido en algunos de los organismos. En este caso, novela tambin se
echara tRNAs en nuestro anlisis
Por lo tanto, nuestros datos no pueden utilizarse para excluir la posibilidad de que existan
tRNAs adicional no cannica. Sin embargo, teniendo en cuenta el rendimiento de nuestra
herramienta de bsqueda con respecto a la Sec y Pyl deteccin de tRNA, podemos concluir
eso si la distribucin de la vigsima tercera aminocido es al menos comparable a la del
segundo, lo que sera se han descubierto fcilmente en nuestras bsquedas. Completamente
los genomas secuenciados todava representan slo una fraccin de la enorme diversidad
procaritica. Si hay un veinte tercer aminocido, es posible que es utilizado por organismos
cuyos genomas todava tienen que ser analizados. Aunque nosotros no identific los tRNAs
no cannica, nuestro estrategia de bsqueda y la nueva herramienta se pueden aplicar a los
genomas adicionales (incluyendo los genomas eucariotas y proyectos ambientales del
genoma que no hayan sido analizados en este estudio) para identificar los tRNAs que
pueden insertar nuevos aminocidos codificados genticamente. Este procedimiento
tambin debera ser til en la identificacin de Sec y Pyl tRNAs en secuencias genmicas.
Cmo identificar un nuevo aminocido?
Una bsqueda de tRNAs no-cannico parece ser la manera ms directa de la identificacin
de nuevos aminocidos codificados genticamente. En la actualidad, la programa estndar
de facto para la identificacin de genes ARNt en genmica secuencias es tRNAscan-SE [8].
Un programa informtico alternativo para la deteccin de genes ARNt y tmRNA, ARAGORN,
tambin es disponible [9]. Ambas herramientas realizan bien en reconocimiento a estndar
tRNAs [10], sin embargo, se pueden desaprovechar las estructuras anormales. Para No se
detect ejemplo, Methanosarcina barkeri Pyl tRNA [3] por ARAGORN o tRNAscan-SE utiliza
sus valores por defecto (esta tRNA fue descubierto usando una relativamente lento '
mximo sensibilidad ' modo de tRNAscan-SE). Como resultado, este ARNt est ausente en la
base de datos genmicos de tRNA (http://lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb), que contiene los
tRNAs identificado con tRNAscan-SE. aparentemente, muchos otros no-cannico tRNAs
faltan en la corriente anotaciones del genoma. Un tRNA para un nuevo aminocido, si existe
tal un aminocido, puede tiene una secuencia inusual primaria y una estructura secundaria,
como puede ser visto en Sec y Pyl tRNAs (por ejemplo un brazo largo variable y varios
caractersticas sin precedentes como un brazo aceptor 9-bp, un brazo T 4-bp tallo y tallo D-
brazo 6-bp en segundo tRNA). Para identificar estos tRNAs, un el programa es necesario
que es extremadamente sensible, incluso si se trata en el costo de tener poca selectividad y
muchos falsos positivos en relacin con otros programas. La configuracin ms relajada
puede ser compensada en parte por el uso de anotaciones genmicos existentes (e.g.
filtrando conocido genes). Finalmente, la bsqueda puede ser restringida a la identificacin
de los tRNAs correspondiente para detener codones. De hecho, si uno de los 61 codones
para el 20 aminocidos estndar se utiliza para codificar la vigsima tercera amino cido,
conservando su funcin cannica, el doble significado de la codn probablemente retrasar
el proceso de traduccin, considerando que esto es tan importante cuando la insercin de
un aminocido inusual compite con la parada de seales o una seal de parada es
totalmente reprogramado para codificar un aminocido nuevo. Tanto el segundo como Pyl
son codificada por las seales de parada, concuerdan con esta lgica. Supresor tRNAs,
Aunque tener un anticodn similar, tienen secuencia nucleotdica alta similitud con los
tRNAs cannica y por lo tanto puede ser distinguido de novela tRNAs.
Si cualquier gene nuevo tRNA se identifica en un genoma particular, la siguiente paso sera
buscar ORFs que contiene el correspondiente en-marco codones de parada en el mismo
genoma. SEC y Pyl otra vez pueden ser utilizado como verdaderos positivos porque estos
aminocidos son la nica conocida adiciones al cdigo gentico y se insertan en UGA y
UAG codones, respectivamente, por los tRNAs correspondiente. Segundo tanto Pyl se
consideran como adiciones finales para el cdigo gentico que fueron adquiridas por uno
de los codones de parada de recodificacin.
Observaciones finales
El nmero de genomas secuenciados completamente ha aumentado dramticamente en los
ltimos aos. Desde su desarrollo en 1997, tRNAscan-SE ha convertido en una herramienta
de eleccin para la prediccin del tRNA. Este programa es sensible y altamente selectivo, y
todos los tRNAs conoce en la actualidad pueden encontrarse su modo de sensibilidad
mxima con la matriz correcta. Sin embargo, no puede fallar tRNAs inusual para lo cual no
se ha desarrollado ninguna matriz. para identificar estos tRNAs, hemos desarrollado un
enfoque alternativo que, mientras que caracteriza por selectividad disminuida, poda
reconocer eficientemente no - cannicos tRNAs.
Se examinaron los genomas procariotas disponibles mltiples con la finalidad de detectar
genes ARNt que pueden codificar una supuesta vigsima tercera amino aced. Aunque el
programa detecta todos los tRNAs conocido que reconocen codones de parada, no se
encontraron adicional tRNAs anormal. Estos datos sugieren que si existe un vigsimo tercer
aminocido, es probable tener una limitada distribucin.
Nuestro programa, sin embargo, puede ser muy til en el examen recientemente
secuenciado los genomas para la presencia de aminocidos no estndares dentro del
cdigo gentico y para anotar el segundo y Pyl tRNAs.