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Rio Grande/RS, Brasil, 23 a 25 de outubro de 2013.

SIMULAES POR DINMICA MOLECULAR DA PROTENA AcrB
PRATES, Nbia Souza (auor!
MAC"ADO, #ari$a %o& Sa$o& (ori'$a%or!
nnubiaits@hotmail.com
E('$o) E$co$ro %' P*&+,ra%ua-.o
/r'a %o co$0'ci1'$o) M'o%o2o3ia ' T4c$ica& %a Co15ua-.o
Pa2a(ra&+c0a(' (Simulao !or "in#mica $olecular, GR%$&'S(.
6 INTRODU7O
Simula)es !or din#mica molecular ("$( tem se constitu*do ao lon+o dos
anos como uma t,cnica muito utili-ada no estudo da estrutura de sistemas
biol.+icos. Sendo /ue a !rimeira simulao com !rote*nas 0oi reali-ada !or
$c'ammon (et al., 1122(. 3as simula)es, as mol,culas so tratadas como
!art*culas, e dessa 0orma so a!licadas as 4eis de mo5imento de 3e6ton !ara
an7lise da e5oluo tem!oral do sistema (3amba et.al., 2008(. 9ste trabalho
a!resenta os resultados !reliminares obtidos !ela e:ecuo da simulao !or "$ da
bomba de e;0lu:o, uma !rote*na /ue !ode causar a resist<ncia de bact,rias ao
tratamento com antibi.ticos.
8 MATERIAIS E M9TODOS
=ara a e:ecuo da din#mica molecular 0oi utili-ado o !acote de 0erramentas
GR%$&'S (=ron>, 2013(. & simulao reali-ada !ode ser descrita em cinco eta!as,
con0orme ?ernandes (1188(@
1. Anicialmente so atribu*das as !osi)es iniciais a um conBunto de !art*culas
/ue sero colocadas numa cai:a cCbica de sol5ataoD
2. &tribuio das 5elocidades iniciais de cada uma das !art*culasD
3. '7lculo da ener+ia !otencial entre !art*culasD
E. Ante+rao das e/ua)es de 3e6ton !ara cada !art*cula utili-ando o
al+oritmo de FerletD
5. 9/uilibrao do sistema.
&o t,rmino de tais eta!as, , obtida a traBet.ria dos 7tomos /ue !ossibilita a
reali-ao de in0er<ncias sobre o sistema (3a>ahara, 2002(. &tra5,s do so0t6are
G$GR&'9 !ode;se 5isuali-ar os +r70icos /ue mostram os resultados da simulao,
como !or e:em!lo, o +r70ico do R$S" (Root $ean S/uare "e5iation(.
: RESULTADOS E DISCUSS7O
Htili-ando a 0erramenta GR%$&'S, 0oi simulado a din#mica da !rote*na &crB,
de bomba de e;0lu:o, cuBa estrutura inicial 0oi obtida no =rotein "ata Ban> ('.di+o
="B@ 1AIG(. 9ssa simulao de 10 ns (1ns J 1000 !s e 1!s J 10
;12
s(, corres!ondem
a 10.000 di0erentes estruturas da !rote*na arma-enadas a cada 1!s de simulao, o
/ue +erou 80 GB de dados e des!endeu em torno de 30 dias de e:ecuo em um
des>to! Kuad'ore com 8 GB de mem.ria R&$. =ara a an7lise da simulao
reali-ada, neste trabalho selecionou;se o +r70ico do R$S". % R$S" !ermite
.
Rio Grande/RS, Brasil, 23 a 25 de outubro de 2013.
analisar a estabilidade estrutural do sistema em relao L con0i+urao inicial
(?i+ura 1(.
?i+ura 1 M (a( 9strutura da !rote*na 1AIG na 0orma 3e6'arton (so0t6are F$"(. (b( Gr70ico
do R$S" resultante da simulao !or "$ da !rote*na &crB
(a( (b(
?onte@ &utoria !r.!ria
; CONSIDERAES <INAIS
9ste trabalho te5e como obBeti5o a!resentar uma an7lise +r70ica do R$S"
obtido !or meio da simulao !or din#mica molecular da bomba multi e;0lu:o. %s
dados indicam /ue o sistema simulado no , inst75el, e5idenciando uma e5oluo
tem!oral da estrutura. 3os !assos se+uintes outras caracter*sticas sero a5aliadas
sobre a simulao reali-ada. &l,m do mais, !retende;se estender essa simulao
!or mais no m*nimo 10ns.
RE<ER=NCIAS
?ernandes, ?. $. S. S.@ Simulao com!utacional o m,todo da din#mica molecular.
Re5. 'i<ncia, Fol. 2, 10;15 (1188(
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