Comisin de apuntes biotecnologa

Bioqumica Funcional
Tema 1: Enzimas.

ndice:
INTRODUCCIN: .................................................................................................................................... 1
NATURALEZA Y PROPIEDADES DE LAS ENZIMAS:..................................................................... 1
NOMENCLATURA................................................................................................................................... 2
ESPECIFICIDAD DE LAS ENZIMAS.................................................................................................... 3
CENTRO CATALTICO, CATLISIS Y COMPLEJO ENZIMA-SUSTRATO (ES) ....................... 4
FORTALEZA COMPLEJO ES: ...................................................................................................................... 4
MECANISMOS DE CATLISIS. .................................................................................................................... 5
CINTICA ENZIMTICA....................................................................................................................... 5
ENZIMAS BISUSTRATO......................................................................................................................... 8
CMO ACTAN LAS ENZIMAS EN LA CLULA? ........................................................................ 9
MODIFICADORES DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA................................................................. 10
MECANISMOS DE REGULACIN ENZIMTICA. ......................................................................... 14
COENZIMAS ........................................................................................................................................... 17
EJEMPLOS DE COENZIMAS. ..................................................................................................................... 18
BIBLIOGRAFA...................................................................................................................................... 20
CRDITOS. .............................................................................................................................................. 20


Introduccin:

Existen dos condiciones fundamentales para la vida:
1) La entidad debe poder replicarse.
2) Ha de poder catalizar reacciones de forma selectiva y eficiente.
Los seres vivos consumen energa de su entorno. La reaccin de oxidacin de la
sacarosa es altamente exergnica (libera una gran cantidad de energa), con un G muy
favorable. No obstante, la reaccin es increblemente lenta. Sin embargo, esa oxidacin
en un organismo vivo dura apenas unos segundos. Cmo es eso posible? Gracias a las
enzimas, unos catalizadores que se encargan de disminuir drsticamente ese tiempo de
reaccin.

Naturaleza y propiedades de las enzimas:

Son catalizadores biolgicos especficos, de gran poder cataltico y sometido a
regulacin que con la excepcin de un grupo de molculas de ARN catalticas, son de
naturaleza proteica. Normalmente, no actan solas, necesitan de un componente
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qumico llamado cofactor, que puede ser o iones metlicos, como por ejemplo Fe
2+
, o
alguna molcula orgnica o metaloorgncia denominada coenzima. La mayora de las
coenzimas son derivados de las vitaminas (como, por ejemplo, la vitamina D que ayuda
en la absorcin de Ca
2+
). Un coenzima o in metlico unido covalentemente o de
manera muy fuerte a la protena recibe el nombre de grupo prosttico.
Debido a la naturaleza proteica de stas, son muy sensibles al calor o cualquier
variacin en su cadena de aa (aminocidos); sin embargo, el cofactor es termoestable.
La enzima completa (funcional) recibe el nombre de holoenzima, mientras que la
parte proteica de ste se llama apoenzima. La apoenzima no acta catalticamente sin el
cofactor.

Holoenzima = apoenzima + cofactor
Nomenclatura

Muchas enzimas, fueron bautizadas aadiendo el sufijo asa al sustrato que
catalizaban (Ej ADN polimerasa). Otras, recibieron nombres muy generales antes de
saber qu tipo de reaccin catalizaban (Ej. Pepsina). Con la finalidad de agruparlas, se
implantaron unas clases que aparecen a continuacin:

1. Oxidorreductasas: Catalizan reacciones redox del sustrato (ej.
Deshidrogenasas).
2. Transferasas: Reacciones de transferencia de radicales.
3. Hidrolasas: Rompen enlaces por reaccin de hidrlisis (con H
2
O).
4. Liasas: Reacciones en las que se adiciona radicales a un sustrato con dobles
enlaces, u origina dobles enlaces en un sustrato. Tambin pueden aadir
CO
2
.
5. Isomerasas: Reacciones de isomerizacin.
6. Ligasas o sintetasas: Catalizan reacciones de unin de molculas o grupos,
con gasto de ATP.

Constituyeron el primer paso para obtener un nombre ms sistemtico que
permitiera agruparlas, idendose el sistema de EC-WXYZ, siendo EC las siglas de la
comisin de enzimas y 4 nmeros WXYZ, que son: W la clase, X la subclase, Y la
subsubclase y Z corresponde a la enzima en s.
As por ejemplo, la Creatin-Kinasa recibe el nombre EC 2.7.3.2, el primer 2 por ser una
transferasa, el 7 por ser fosfotransferasa, el 3 es porque el aceptor del grupo fosfato es
un nitrgeno del sustrato y el 2 que viene de creatina-kinasa.
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Catlisis enzimtica:

Cuando tenemos una reaccin del tipo A B, con un G<0, a un T determinada y
en sentido A B, sabemos que esa reaccin es termodinmicamente favorable, pero
puede o no puede ser favorable cinticamente. Esto es debido a que cada reaccin tiene
una determinada energa de activacin (Ea) que impide que la reaccin se realice a esas
condiciones de T. Pues bien, aqu es donde actan los catalizadores (y, naturalmente,
las enzimas).
La Ea determina la velocidad de una reaccin. Es la cantidad necesaria para llevar 1
mol de molculas al estado de transicin, a una determinada T. Las enzimas se
encargan de disminuir esta Ea para que la reaccin pueda darse en las determinadas
condiciones a una velocidad aceptablemente rpida y en sentido AB debido a la
energa libre del proceso. La enzima no desplaza la reaccin, sino que hace que se
alcance antes el equilibrio, catalizando ambos pasos (AB).

Analizando la ecuacin de Arrhenius:

K(T)= A e
-Ea/RT
(1.1)

Que nos da la constante de velocidad de la reaccin en proceso, vemos que al
disminuir la energa de activacin, K(T) va a aumentar, y con ello la velocidad del
proceso en cuestin, pero, como vemos, G
0
no se ve afectada:


Fig 1: Grfica Ea. En ella podemos observar cmo la presencia del
catalizador hace disminuir la Ea de la reaccin para que sta se realice
ms fcilmente.

Especificidad de las enzimas.

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Como se ha mencionado anteriormente, las enzimas tienen una alta especificidad, la
cual podemos dividir en tres grupos:

1. Especificidad Absoluta: Es aquella enzima que slo reconoce un sustrato en
concreto. Ej. La ureasa (reconoce urea, y no metil-urea).
2. Especificidad Relativa: Cataliza un determinado tipo de reaccin. Ej. -
Glucosidasa.
3. Estereoespecificidad: Reconocen ismeros espaciales. Ej. Fumarasa.

Esto dio lugar a las teoras de cmo se unan las enzimas con su sustrato. Fisher, al
descubrir el primer grupo de especificidad, pens en un mecanismo llave-cerradura, por
el cual el sustrato y la enzima se complementan perfectamente. Y ms tarde, Koshland
dio su teora del efecto inducido, que dice que la enzima sufre un cambio
conformacional inducido por el sustrato para unirse a l.

Centro cataltico, catlisis y complejo Enzima-sustrato (ES)

Pero no toda la estructura de la enzima interviene en el proceso, son unos pocos aa
los que interaccionan directamente con el sustrato, es un lugar crtico de la enzima que
recibe el nombre de centro activo.
Digamos que podramos dividir los aa de la enzima en 4 grupos:
1. Aa de relleno: Son los alejados del centro activo (CA). Su cambio
normalmente no perjudica a la actividad enzimtica.
2. Aa estructurales: Dan una determinada forma al CA propiciando un cambio
de estructura 3D si cambiamos alguno; esta estructura 3D es la responsable
de la especificidad de las enzimas.
3. Aa de anclaje: Participan en la unin al sustrato, pero no tienen actividad
cataltica.
4. Aa catalticos: Son muy pocos, se encuentran en el CA y son crticos ante
cualquier cambio. Para su estudio, se utiliza la mutacin dirigida a alguno de
dichos aas.
El funcionamiento del CA puede ser por medio de catlisis cido-base, catlisis
covalente o catlisis por iones metlicos. Estos mecanismos suponen una interaccin
covalente transitoria con el sustrato, o bien la transferencia de radicales a alguno de los
dos.
Fortaleza complejo ES: En el momento que se forma el ES, el agua del centro
activo sale formndose un corazn apolar que cambia radicalmente las propiedades
cido-base de los aminocidos (como cis, asp) para que tengan una funcin
determinada. Todo esto aumenta la unin del complejo.
Demostrar la existencia del complejo ES es realmente difcil ya que su formacin es
muy rpida y, aunque su separacin para dar enzima ms producto es la etapa limitante
de la reaccin y que nos dara la posibilidad de verlo, las interacciones ES, aunque
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numerosas, son muy dbiles, luego lo hace muy difcil de aislar. Estas interacciones
son:
1. Int. Electroestticas, entre grupos polares del sustrato y del centro activo.
2. Enlaces por Puente de H. Son enlaces dbiles formados entre grupos dadores
o aceptores de hidrgeno, con una fortaleza de 3-7 kcal/mol.
3. Int. Hidrofbicas. Originas por sustancias apolares con la finalidad de que su
contacto con el medio acuoso sea mnimo.
4. F. de Van der Waals. Son interacciones muy dbiles y se producen por la
interaccin de tomos. Muy dependientes de la distancia entre ellos.
Una parte significativa de la energa usada para elevar la velocidad de las reacciones
enzimticas proviene de dichas interacciones. La estructura del CA hace que algunas de
dichas interacciones tengan preferencia en el estado de transicin de la reaccin
provocando su estabilizacin.
Mecanismos de catlisis.
1. cido - base. Muchas de las reacciones bioqumicas suponen la formacin de
intermedios cargados inestables, que ocasionan el no transcurso de la reaccin.
Pero se pueden estabilizar llevando protones desde el solvente o viceversa
(dependiendo del intermedio). Cuando dicha velocidad es mayor que la de
descomposicin, la reaccin transcurre con normalidad.
2. Covalente. Esta implica la formacin de un enlace covalente entre la enzima y el
sustrato creando un nuevo camino para la reaccin, con una Ea menor que la
anterior. Dichos procesos experimentan otra reaccin adicional para dar la
enzima libre.
3. Iones metlicos. Los iones pueden actuar de muchas formas: estabilizando
intermedios de reaccin, debilitando enlaces, en procesos redox, Todos ellos,
hacen que la Ea disminuya.
4. Efecto de torsin o distersin: Dicho efecto produce la rotura de enlaces clave
con mayor facilidad, lo que ocasiona que la Ea disminuya.

Cintica enzimtica
Pensemos en una reaccin monosustrato del tipo.

Fig 2. Reaccin monosustrato.
En dichas reacciones, debemos de trabajar con [S]
0
>> [E]
0
ya que las ecuaciones
diferenciales resultantes para otros estados carecen de solucin real, y tambin debemos
medir a tiempos cortos que no excedan de 1 min. En estas condiciones se llega al
llamado estado estacionario del complejo ES (Fig 3).
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[ES]=cte
Fig 3. Grfica reaccin enzimtica concen/tiempo. Vemos
que en el estado estacionario [ES]=cte.
Pues bien, de la ecuacin representada en la fig 2, podemos obtener otras
ecuaciones:
E+S ES (1.2)
ES E+S (1.3)
ES E+P (1.4)

Cada una con su constante de velocidad correspondiente, como se ve en Fig 2.
Pues bien, como sabemos que V
1
=V
2
, entonces:
K
1
[E][S]=(K
-1
+K
2
)[ES] (1.5)
Con [E]
total
= [E] + [ES] (1.6)
V
0
=K
2
[ES] (1.7)

Sustituyendo y realizando operaciones llegamos a la ecuacin de Michaelis-
Menten:


(1.8)

Siendo Km la constante de Michaelis-Menten, que representa el valor de [S] para
que V=V
max
/2. Tambin la podemos obtener de la siguiente forma.

Km = (K
-1
+K
2
)/ K
1
(1.9)



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Fig 5. Grfica de Lineweaver-Burk
Y al ser (1.4) la etapa limitante de la reaccin, es la que dar la V
max
, que la
podemos obtener aplicando:

V
mx
= K
2
[E]
total
(1.10)

Si representamos V
0
con respecto a [S] obtenemos:


Fig 4. Grfica V0/[S]
Podemos deducir de su anlisis que la V
0
ir aun valor mximo de velocidad V
mx
y
que es de tipo exponencial. Esto quiere decir que las enzimas actan de forma conjunta;
una desencadena la accin de las otras.

Pero, como sabemos, es ms cmodo trabajar de forma lineal, y para ello se realiza
la transformacin de la inversa.


(1.11)


Que nos da una grfica del tipo y = mx + n al representarla:

Esta ecuacin (1.11), recibe el nombre de
ecuacin de Lineweaver-Burk (L&K). Esta
ecuacin establece una grfica de 1/V
0
contra
1/[S]. La pendiente de la grfica nos da
Km/V
max
, la interseccin con el eje 1/V
0
es
1/V
max
, y la interseccin con el eje1/[S] es igual
a -1/Km. Dicha grfica nos permite obtener de
una forma ms precisa V
max
.
An as, muy pocas enzimas que siguen la
ecuacin (1.8) tienen el mecanismo tan sencillo
mencionado en la Fig 2. La mayora catalizan
hasta 8 pasos de reaccin, confiriendo a Km y
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Fig 6. Mec Al azar
Fig 7. Mec Ordenado
V
max
valores diferentes de una enzima a otra pero que son constantes para cualquier
valor de pH. Toda variacin de dichas constantes se dicen que son solo aparentes
denominndolas Km
app
y Vmax
app
.
De la ecuacin (1.10), al ser K
2
la constante del paso limitante, se le denomina
constante cataltica, de unidades s
-1
, y nos da el n de veces que puede actuar la
enzima por segundo.
Tras la implantacin de la ecuacin de Michaelis-Menten como la ecuacin para
enzimas con un tipo concreto de cintica, Brig y Haldane, revisando sus estudios, vieron
que la hiptesis de M&M no estaba del todo comprobada. Para ellos, la ecuacin (1.9)
se resume en:
Km = K
-1
/ K
1
(1.12)
Ya que suponan que K
2
<< K
-1,
por lo que los clculos se simplificaban mucho;
pero estos dos caballeros demostraron que la hiptesis era fiable para cualquier K
2
.
Esta Km recibe el nombre de K
disociacin
de ES, cuando K
2
<< K
-1
.
Para dicha situacin (K
2
<< K
-1
) podemos deducir, viendo la ecuacin, que si Km es
muy alta, la enzima es poco eficiente, ya que la K
1
es muy baja, lo que implica que la
reaccin transcurre muy lentamente.
Gracias a los enzimlogos y sus estudios, se ha determinado que la mejor zona de
actuacin de una enzima est a una concentracin de
Km/5 < [S] < 5Km (1.13)
En esos rangos de concentracin se obtiene la mxima eficiencia de la enzima, que
viene descrita por la ecuacin
Ef = V
max
/Km = 1/m (1.14)
O lo que es lo mismo, la mxima eficiencia es la inversa de la pendiente.
Enzimas bisustrato

Existen enzimas con ms de un sustrato. Dichas enzimas son las ms frecuentes y en
la mayora de ellas se transfiere un grupo funcional de un sustrato a otro. Pensemos en
una reaccin del tipo
A + B C + D
Cada reactivo con su propia Km y la reaccin con una V
max
determinada. Estamos
de acuerdo que la reaccin anterior depende de unos factores determinados y de un
mecanismo de reaccin determinado. Estos mecanismos pueden ser:

1. Mecanismo al azar.


2. Mecanismo ordenado.


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Fig 8. Mec Ping-Pong
Fig 10. Ec. L&K para mec Ping-Pong
3. Mec Ping-Pong.


En el primer mecanismo, la reaccin puede transcurrir indiferentemente a partir de
uno u otro sustrato, pero son necesarios los dos para poder avanzar en ella. En el
ordenado, la enzima sigue una secuencia determinada concreta. Y en el ping-pong, la
enzima, tras pasar por el primer sustrato, sufre un cambio covalente que es transferido
(el grupo) al segundo sustrato.
Dichos mecanismos tienen sus grficas determinadas:
Fig 9. Ec. L&K para ordenado y al azar. Las
lineas se cortan pero no en x=0 o y=0.

Cmo actan las enzimas en la clula?

Hemos visto cmo las enzimas actan in vitro, pero an no sabemos cmo lo hacen
en la clula. Fisiolgicamente, se encuentran formando sistemas multienzimticos, lo
que conlleva que el producto de una enzima es sustrato de otra, dando lugar de esta
manera a una ruta metablica concreta.
En la clula podemos encontrar varios sistemas de organizacin para interaccionar
con un sustrato y sus productos:
1. Libres en el citoplasma, aisladas unas con respecto a las otras.
2. Unidas formando un complejo multienzimtico (ej. Sintetasa de c. grasos).
3. Adheridos a estructuras como mitocondrias o a membrana celular (Ej.
Ribosomas en REr).
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Fig 11. Campana de pH
Fig 12. Grfica V/T. Vemos
que existe una T ptima de
operacin, variando significa-
tivamente a cualquier cambio de
ella.



Modificadores de la actividad enzimtica

La actividad enzimtica es dependiente de unos factores que les proporciona el
entorno. A saber:
1. Concentracin de sustrato.
2. pH. El pH es una variable muy imporante a
tener en cuenta en las reacciones enzimticas.
Todos los enzimas, ya sean proteicos o
nucleicos, funcionan correctamente a un
determinado valor de pH. Dicho valor va a
venir determinado por la composicin de la
enzima. En el caso de las peptdicas, vendr
determinada por los aas y los grupos
funcionales de los mismos. Pensemos en una
enzima proteica. Sabemos que tiene una
estructura primaria formada por los enlaces
peptdicos y disulfuro de los aas, y una
estructura globular compleja por la disposicin de ellos en el espacio. Pues si
variamos el pH pueden romperse los enlaces peptdicos, perder su estructura
y/o pI, en definitiva, perder su funcionalidad. Por eso en laboratorio se usan
tampones que controlen el pH. El estudio del pH, y por consiguiente, de los
pKs de la enzima, nos sirve para averiguar qu aas son crticos para la
funcin y poder redisear la enzima.
3. Temperatura: Las enzimas estn
diseadas para trabajar a una
determinada temperatura, pero tiene un
rango. Como toda reaccin, al aumentar
la temperatura, aumentan las colisiones
por segundo luego aumenta la velocidad,
pero, su naturaleza hace que al pasar de
un lmite, pierda su estructura y deje de
ser funcional, luego su actividad
decrece.
4. Inhibidores. Las enzimas estn sometidas a
la accin de molculas inhibidoras o
activadoras que intervienen en la catlisis.
Hay de dos tipos:
4.1. Irreversibles
4.2. Reversibles.
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4.1 - Inhibidores irreversibles.

Los inhibidores irreversibles se unen de forma covalente al grupo funcional de la
enzima, destruyendo su actividad cataltica. Un tipo muy especial de ellos son los
inactivadores suicidas, que ya estudiaremos ms adelante.
Mecanismos:

E+I Ei (1.15)
E+I EI Ei (1.16)
Dichos mecanismos, son los de en una etapa o en dos respectivamente. Teniendo
(1.15) una K (constante de velocidad) determinada, y (1.16) dos Ks, que las
llamaremos K
I
y K
i
respectivamente.
Estos inhibidores, en concreto los inactivadores suicidas, son muy apreciados en
farmacologa. Ya que si lo hacemos bien slo atacan a una enzima en concreto y nos
har? encontrar el CA de la enzima. Por eso es importante estudiar el tipo de mecanismo
y la fuerza de dicha inhibicin (dada por K en 1.15 y por K
i
en 1.16).
4.2. Inhibidores reversibles.

Los inhibidores reversibles, son los que se unen de manera transitoria a la enzima
y/o al complejo enzima-sustrato, y podemos encontrar tres tipos:

4.2.1 Competitivo: Compite con el sustrato por la enzima.
4.2.2 No competitivo: Se une a E y a ES.
4.2.3 Acompetitiva: Se une a ES.

Los competitivos son como otro sustrato ms de la reaccin, de lo que se deduce
que deben de ser parecidos en estructura al sustrato original de la enzima. La inhibicin
competitiva se puede estudiar usando una variacin de la Ec (1.8), que pasa a ser:

(1.17)
Con:

(1.18)


Dicha ecuacin (1.17) describe las caractersticas importantes de la inhibicin
competitiva con Km determinado experimentalmente y una Km
app
.
Esta inhibicin, como todo, tiene una grfica caracterstica:
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Fig 13. In. Competitiva. Se ha respre-
sentado para el control y dos a distintas
[I] (=2 y =3 respectivamente).

En la figura, adems de observar la
ecuacin de L&K para la inh. Competitiva,
podemos ver cmo para distintas [I], las
rectas se cortan en distintos puntos del eje
1/[S]. Lo que quiere decir que siempre hay un
valor de [S] donde V
max
es mxima (valga la
redundancia) para cualquier concentracin de
inhibidor.
La fortaleza del inhibidor viene
determinada por K
I
que, como recordaremos,
es la K del verdadero paso de inhibicin, y la
podemos calcular con una sencilla ecuacin.
Km
app
= Km (1.19)



Si representamos Km
app
con respecto a [I]
obtendramos una lnea recta de ecuacin.
Km
app
= (Km/K
I
) [I] + n (1.20)
De donde, sabiendo la pendiente de la recta, obtenemos el valor de Km.

La no competitiva es un caso especial de la mixta, que no explicaremos porque a da
de hoy no es importante
1
. El inhibidor se une indiferentemente a E o a ES, afectando a
Vmax pero no a Km.
Para ella, existe una ecuacin determinada:

V
o
= (Vmax/)[S]/(Km+[S]) (1.21)
Siendo
Vmax
app
= Vmax/ (1.22)
2


Dicha ecuacin (1.21) nos da la cintica qumica del estado estacionario para la no
competitiva, que al transformarla en la L&K obtenemos una grfica donde las rectas
para distintas concentraciones de I se cortan en el eje X, como vemos en la siguiente
figura:

1
LEHNINGER, Principios de Bioqumica5 edicin, pp 203.
2
La realizacin de una grfica secundaria como con (1.19) nos permite calcular el valor de K
I
.
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1/S
1
/
V
o

Fig 14. Grfica de L&K para inhibidor no competitivo.

Y por ltimo, tenemos la acompetitiva, en la que se une a un sitio diferente del
centro activo, y es el llamado sitio prosttico y slo es capaz de unirse al complejo ES.
Este tipo de inhibicin afecta tanto a Km como a V
max
. Su ecuacin es:
V
o
= (V
max
/)[S]/(Km/ + [S]) (1.23)
Siendo
V
max
app
= V
max
/ (1.24)
Tal y como se deduce de (1.23) cuando [S] ; vemos que V V
max
/. As, un
inhibidor de esta clase disminuye la V
max
observada, al igual que disminuye Km por
estar dividida por . La ecuacin (1.23) de L&K ofrece una grfica de rectas paralelas
para concentraciones crecientes de I.
1/S
1
/
V
o

Fig 15. Grfica de L&K para inhibidor acompetitivo.

Los inhibidores son de gran importancia en farmacologa, como por ejemplo las sul-
famidas, que inhiban el mecanismo de sntesis del cido flico en bacterias, lo que
ocasionaba su muerte.
[I]
Sin Inhibidor
[I]
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Mecanismos de regulacin enzimtica.

En la clula, nos vamos a encontrar varios mecanismos de regulacin enzimtica:
1. Mecanismos que regulan la concentracin de enzima.
2. Mecanismos que regulan la actividad de las enzimas.
3. Compartimentacin de las enzimas.

1.1 - Mecanismos de regulacin de la enzima.
La enzima va a estar sometida a dos procesos, a su sntesis y degradacin. En
condiciones fisiolgicas normales, ambas velocidades son constantes, lo que quiere
decir que d[E]/dt = 0; es decir, nos encontramos en un estado estacionario de
concentracin de enzima.
Pero, durante una enfermedad o cambio ambiental, la variacin de enzima puede
sufrir modificaciones, en un sentido y otro (destruccin de enzimas, control de su
sntesis) Es por eso que en anlisis rpidos para comprobar si una persona est
enferma o no, no se mide [E], se mide su actividad.
Sabemos que.
Act = a[E] (1.25)
Siendo a una constante de proporcionalidad. Pues bien, de la ecuacin (1.8), y
haciendo sustituciones podemos llegar a
V
0
= K[E] (1.26)
Lo que implica que su velocidad es directamente proporcional a la concentracin de
enzima, esto sirvi para establecer el sistema de unidades de la act. Enzimtica.
Se llama unidad de enzima (UI) a la cantidad de enzima que en condiciones
fisiolgicas, produce o usa 1 mol/min de producto o sustrato. Tambin existe el Katal,
que es la cantidad de enzima que en condiciones fisiolgicas, produce o usa 1 mol/s.
Naturalmente, la actividad enzimtica se va viendo reducida con el tiempo por
diversos factores; en esos casos, se produce una digestin de las enzimas para recupera
los aas, vitales en la vida.

2.1 Mecanismo de regulacin de catlisis.
Existen varias formas de regular la actividad de las enzimas:
1) Inhibidores/activadores (explicado anteriormente).
2) Modificaciones covalentes reversibles o irreversibles.
3) Procesos de asociacin/disociacin
4) Presencia de isoenzimas
5) Enzimas con actividad sigmoidea.

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2.1.2 Modificaciones covalentes.
La actividad enzimtica se ve afectada por la formacin o rotura de enlaces
covalentes en su estructura.
Dentro de las reversibles, el mecanismo ms importante es el de fosfo-
rilacin/desfosforilacin, otro muy importante es la acetilacin/desacetilacin. Dentro
de los irreversibles, vamos a encontrar la activacin de zimgenos y la inactivacin
suicida.
Fosforilacin/desfosforilacin. La unin de grupos fosforilo a residuos
como S, T u Y produce cambios importantes en su polaridad activando
o desactivando la actividad enzimtica.
Para estudiar dicho mecanismo, usaremos el ejemplo de la glucgeno
fosforilasa, de reaccin:
(Glucgeno)
n
+Pi (Glucgeno)
n-1
+ Glu-1-P.

Glu-Fosorilasa
Fig16. Reaccin de Glucgeno fosforilasa
Dicha enzima es un dmero que consta de dos subunidades, cada una
de las cuales tiene dos Ser, unos aa muy importantes por su grupo
hidroxilo. Cuando la enzima se fosforila (con gasto de H
2
O, uno por
fosfato), forma un tretrmero activo; una vez ha cumplido su funcin, llega
una fosforilasa-fosfatasa dependiente de ATP que lo desfosforila,
volviendo a su estado original.

Modificacin covalente irreversible. Puede ser por zimgenos (enzima
proactiva). Muchas enzimas gstricas se regulan de esta manera. Por
ejemplo, la tripsina, se produce como tripsingeno. La rotura y prdida
de algunos aminocidos produce un CC que exponen el CA volviendo
ala enzima funcional, esto es as para evitar que degrade el lugar donde
se produce, ya que ocasionara graves problemas al organismo. Una
vez ha realizado su funcin, se autodigiere la tripsina.
El otro mtodo, y anunciado anteriormente, es la inactivacin suicida. Un
inactivador suicida pasa a travs de los primeros pasos de la reaccin
enzimtica normal, pero a continuacin sufre un cambio en su CA dejando
al sustrato combinado con la enzima. Ejemplo, c. Clavurnico con -
Lactamasa.

2.1.3. Procesos de asociacin/disociacin.
Estn formadas por ms de una subunidad, y no son funcionales hasta la
adiccin/excisin de una o varias subunidades. Ej. Polimerasa III de E.coli.
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2.1.4 Isoenzimas.
Catalizan la misma reaccin, pero tienen distintas cinticas, adems de variar en la
secuencia de DNA. Ej: Lactato deshidrogenasa (LDH).

HOOCCHOHCH3 COOHCOCH3


Fig17. Reaccin de LDH para dar origen al piruvato.

Pero dependiendo de dnde nos encontremos, hay una u otra versin del LDH. La
enzima est formada por 4 subunidades de 35 kDA cada una. Pueden ser H o M, dando
lugar distintas isoenzimas: M
4
en el corazn y msculo; H
3
M, en leucocitos; M
2
H
2
en
los pulmones; M
3
H, en los riones, placenta y pncreas; y la M
4
en hgado y msculo
esqueltico.
2.1.5 Inactivacin por cintica sigmoidea

Recordemos la ecuacin (1.8) y la figura 4, viendo la grfica podemos ver que
presenta una funcin hiperblica. En cambio la ecuacin sigmoidea (1.27) presenta
otras caractersticas que la hacen ventajosa.

V
0
= (V
max
[S]
n
)/(K + [S]
n
) (1.27)


Fig 18: Funcin sigmoidea
Como se mencion anteriormente, las enzimas presentan una cooperatividad, pero
dependiendo del tipo de cintica que presenten, se pueden producir distintos resultados.
NAD
+
NADH+H
+

LDH
Vmax
0.5Vmax
K
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Cintica hiperblica.
Si queremos pasar de V
0
= 0.1V
max
V
0
= 0.9V
max
obtenemos que
3
:
[S]
0,9
/[S]
0,1
=81 (1.28)
Cintica sigmoidea.
Si queremos hacer lo mismo, obtenemos que su cociente es:
[S[
0,9
/[S]
0,1
= 81
1/n
(1.29)
Qu se deduce de lo anterior? Se deduce que para hacer el mismo incremento, se
necesita menor incremento de sustrato cuando n>1, por lo que aumenta V
0
(recordar
hemoglobina/mioglobina).
A n se le denomina ndice de cooperatividad o ndice de Hill.
Haciendo transformaciones en (1.27) podemos llegar a la siguiente ecuacin de
L&K.
Log
10
[V
0
/(V
max
V
0
)] = nLog
10
[S] Log
10
K (1.30)
Una ecuacin tipo lineal y = mx + z de donde se deduce que:
n = tag = Log
10
[V
0
/(V
max
V
0
)]/Log
10
[S] (1.31)
Y de todo lo anterior nos damos cuenta que cuando [S] = K se obtiene 0.5V
max
, de
forma que se define K como la concentracin de sustrato para alcanzar la mitad de la
velocidad mxima.

Coenzimas
Como se mencion antes, las enzimas pueden usar cofactores inorgnicos (iones) o
cofactores orgnicos denominados coenzimas, o grupo prosttico si la unin es muy
fuerte.
Una coenzima acta transportando grupos qumicos, en consecuencia, se modifica
el sustrato, luego acta en ms de una reaccin, en unos dando y en otros quitando;
dicho proceso le sirve para recuperarse. Si se ha reducido, luego se oxida, etc.
Muchas coenzimas son vitaminas (por Funk, que la denomin amina de la vida)
que no podemos sintetizar y las adquirimos con la alimentacin.
Se pueden distinguir dos tipos de enzimas en funcin de lo que transportan.
1. De Redox. Transportan H
+
y e
-
, entre ellas destacan la NAD
+
, FAD
+
, etc.
2. De transferencia de grupos. Son las que tranfieren grupos, las ms
importantes son la ATP y un derivado de nucletido no nucleico, la acetil-
CoA.

3
Los datos de concentraciones se obtienen experimentalmente.
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En la siguiente figura se muestra un resumen da las ms importantes coenzimas:

Fig19. Resumen de coenzimas.
Ejemplos de coenzimas.

1. Coenzima A.
Formada por una 3-P-ADP unido al
cido pantotnico y ste unido al -
mercaptoetanolamina, que presenta el
grupo tiol reactivo. Reacciona con
cidos carboxlicos formando un
tioster (se lleva un grupo acilo),
pasando a denominarse acetil Co-A.


2. cido Flico o vitamina B9
Formado por el cido pteroico unido al c. L-glutamico. l no es funcional pero s
su forma reducida, el cido tetrahidroflico (FH
4
) que acta como transportador
intermediario de grupos con un tomo de carbono, especialmente grupos formilo,
que se precisa en la sntesis de purinas, compuestos que forman parte de los
nucletidos, sustancias presentes en el ADN y el ARN, y necesarias para su sntesis
durante la fase S del ciclo celular, y por lo tanto para la divisin celular; tambin
acta en la transferencia de grupos metenilo y metileno.

Fig 20. Coenzima A
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Fig21. NAD
+

3. NAD
+

Tambin llamado Nicotinamina-Adenin-
Dinucletido, su carga positiva puede
desplazarse hasta el carbono opuesto, y ese
carbono sufre el ataque de un in hidruro (H
-
)
y ponindose en el centro del anillo un
protn,originando muchas funciones redox.
En el metabolismo, el NAD
+
est implicado
en reacciones de reduccin-oxidacin,
llevando los electrones de una reaccin a otra.
Debido a esto, la coenzima se encuentra en
dos formas: como un agente oxidante, que
acepta electrones de otras molculas.
Actuando de ese modo da como resultado la
segunda forma de la coenzima, el NADH, la
especie reducida del NAD
+
y puede ser usado
como agente reductor para donar electrones.
Las reacciones de transferencia de electrones
son la principal funcin del NAD
+
, que
tambin se emplea en otros procesos celulares, siendo el ms notable su actuacin
como sustrato de enzimas que adicionan o eliminan grupos qumicos de las
protenas en las modificaciones postraduccionales.

4. FAD
+

Tambin llamado Flavina-Adenina -Dinucletido.
Su riboflavina sufre un cambio de estructura al
aceptar protones. A su N
5
se le aade un protn,
sufriendo un cambio en la disposicin de los dobles
enlaces adyacentes.
Por tanto, al reducirse capta dos protones y dos
electrones, lo que lo capacita para intervenir como
dador de energa y/o poder reductor en el
metabolismo. Por ejemplo, el FAD (y tambin el
NAD), se reducen en el ciclo de Krebs y se oxida en
la cadena respiratoria (respiracin aerbica)
posibilitando la formacin de ATP
La funcin bioqumica general del FAD es oxidar
los alcanos a alquenos.
Fig22. FAD
+

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Bibliografa
1. Apuntes del profesor.
2. LENHINGER, Principios de Bioqumica, 5 Edicin.
3. JIMENO, Biologa 2 Bachillerato, Santillana, 2009.
4. <http://es.wikipedia.org/> [Consulta: 30/09/2011].



Crditos.
Tema elaborado por:
Adrin Matencio Durn.
Tema corregido por:
Enrique Carrasco Piera.