1 Introduccin y Aspectos Generales 1

1 Introduccin y Aspectos Generales

Gehrard Michal y Dietmar Schomburg

1.1 Organizacin de Este Libro

Este libro trata acerca de la qumica de los organismos
vivos. Sin embargo, este tema no puede ser considerado
de forma aislada, hay que abarcarlo desde un contexto
ms general. En dos captulos introductorios, se da una
pequea relacin de sus interrelaciones con otras ciencias
similares.
Captulo 1: trata de la qumica orgnica de los
componentes ms importantes presentes en los seres vivos
y de las reacciones en las que intervienen.
Captulo 2: describe en general la organizacin de las
clulas y de sus orgnulos, as como la estructura de las
protenas y de los cidos nucleicos, seguido por una
exposicin del funcionamiento de las enzimas, que
dependen de la estructura proteica y regulan casi todos los
procesos biolgicos.
Captulo 3: los temas tratados son varios aspectos del
metabolismo, mostrando su compleja red de mltiples
interconexiones.
Las secciones de la 3.1 a la 3.6 estn dedicadas al
metabolismo en general, centrndose en pequeas
molculas (carbohidratos, aminocidos, tetrapirroles,
lpidos incluyendo los glucolpidos, esteroides,
nuclesidos y nucletidos). Las figuras de la 1.1-1 a la
1.1-3 proporcionan una visin general simplificada de las
principales vas metablicas para permitir una rpida
localizacin de las descripciones detalladas que hay en
este libro. Los nmeros decimales utilizados para la
clasificacin en los distintos cuadros se refieren a
captulos y secciones del libro. La figura 1.1-1, que es una
sntesis del Captulo 3, muestra solo las rutas metablicas
y las secuencias tratadas en l en ambos sentidos (rutas
metablicas anfiblicas). Esto evita una presentacin
compleja. (En el texto, sin embargo, las vas de
degradacin de estos compuestos estn normalmente
situadas inmediatamente despes de las reacciones de
biosntesis). La mayora de los compuestos mencionados
aqu son compuestos clave, que aparecen en figuras
detalladas ms adelante en el libro tanto al principio como
al final de las secuencias de las reacciones. La
clasificacin de estos compuestos en grupos qumicos est
indicada por el color de relleno de los nombres. La
seccin 3.7 trata acerca de cofactores y vitaminas, que
estn involucrados en muchas reaccines del metabolismo
general. Las secciones 3.8 y 3.9 describen el metabolismo
del DNA en bacterias y eucariotas y los sistemas de
reparacin de estos esenciales portadores de la
informacin. El metabolismo especial de las bacterias
(incluyendo el aspecto energtico), la biosntesis y los
efectos de los antibiticos son temas comentados en la
Seccin 3.10. La respiracin aerbia y su rol central en el
rendimiento energtico, as como las reacciones
fotosintticas que son la fuente de casi todos los
compuestos de las formas de vida, son discutidas en las
Secciones 3.11 y 3.12. Muchas reacciones especiales del
metabolismo tienen lugar en las plantas. stas estn
resumidas en la Seccin 3.13.
La biosntesis de protenas en bacterias y eucariotas, y
sus modificaciones consecutivas, as como el ciclo
celular, son tratados en el Captulo 4. La figura 1.1-2
aporta un pequeo esquema de estas reacciones,
subdividindolas en reacciones de bacterias (izquierda) o
de eucariotas (derecha).
Los virus, que utilizan estos mecanismos en las clulas
que infectan (husped), se comentan en el Captulo 5.
El Captulo 6 resume los mecanismos de transporte a
travs de la membrana y en vesculas.
El tema tratado en el Captulo 7 es la comunicacin
celular y los mecanismos regulatorios empleados por los
organismos pluricelulares. La Figura 1.1-3 resume
brevemente estas mltiples relaciones.
El Captulo 8 contiene informacin acerca de los
mecanismos de defensa de los animales superiores y el
Captulo 9 acerca de la coagulacin sangunea.
Cada uno de los temas slo puede contener una
seleccin del conocimiento de los temas que tenemos en
la actualidad. Debido a esto, el ltimo captulo (Captulo
10), es un intento de apoyo con datos sobre cmo es
posible obtener ms informacin de las fuentes
electrnicas, que nos ofrecen la ms completa coleccin
de resultados cientficos disponible hoy en da.

1.1.1 Convenciones Usadas en Este Libro

1. Se utiliza un sistema de clasificacin decimal a lo
largo de todo el libro que presenta las siguientes
subdivisiones: captulos, secciones, subsecciones.
Figuras, tablas y frmulas estn asignadas a sus
respectivas secciones con relevancia, por ejemplo,
Figura 3.7.6-1.

Reacciones:

2. Siempre que estn disponibles, los Nombres
Aceptados como correctos por el Comit de
Nomenclatura Bioqumica IUMB son utilizados
para denominar a enzimas y sustratos. El sistema
de clasificacin de enzimas (Sistema de Nmeros
EC) y el sistema de clasificacin de
transportadores (Sistema de Nmeros TC)
aparecen en el ndice.
3. Los sustratos de las reacciones enzimticas
aparecen en color negro, las enzimas en azul y
las coenzimas en rojo. Los efectos regulatorios se
muestran en color naranja. Este color tambin se
utiliza para escribir los nombres de las vas
metablicas y la informacin sobre la
localizacin de la reaccin. Para los sistemas de
numeracin se utiliza el color verde.
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4. El color de las flechas de la reaccin muestra
dnde se ha observado sta (o al menos dnde
hay indicadores razonables de su existencia):
negro = ruta metablica comn, azul = en
animales, verde = plantas y levaduras, y rojo =
en procariotas (bacterias y arqueas).
5. Las flechas en negrita indican las rutas
principales del metabolismo.
6. Las flechas de doble punta indican una
notable reversibilidad de la reaccin bajo
condiciones biolgicas. A menos que se indique
expresamente, este tipo de flecha no indica
mesomera (resonancia estable) de los estados de
un compuesto, contrariamente a su uso en
qumica inorgnica.
7. Las flechas dobles se utilizan cuando la
interconversin de dos compuestos ocurre a
travs de diferentes reacciones en funcin de la
direccin (por ejemplo, en algunos pasos de la
gluclisis).
8. Las flechas de reaccin con lnea discontinua
muestran transformaciones con importancia
mayoritariamente catablica (de degradacin).
Las flechas con lnea continua muestran tanto
reacciones principalmente anablicas
(biosintticas) como reacciones en sistemas
biolgicos que ocurren normalmente en ambas
direcciones (reacciones anfiblicas).

Regulacin:

9. Los cofactores necesarios, los iones activadores,
etc. estn en color naranja a continuacin de la
flecha de la reaccin.
10. Las flechas naranjas con lnea continua con uno
de estos smbolos acompandolas ( o )
indican que el factor respectivo ejerce una
rpida activacin o inhibicin de la reaccin
(por medio de mecanismos alostricos,
inhibicin del producto, etc.). Las flechas
discontinuas son utilizadas si el complejo
enzima-protena est regulado, por ejemplo, por
medio de variaciones en la expresin o por
cambios en la tasa de degradacin. Si tan solo
uno de los mltiples enzimas es regulado de esta
manera, se indica mediante el uso de nmeros
romanos.

Enzimas y Protenas:

11. Cuando hay complejos enzimticos
involucrados, sus componentes respectivos son
esquematizados en forma de dibujo dentro de
unas cajas de lneas azules con los bordes
redondeados. Este esquema no indica la
estructura espacial del complejo. Si es posible,
los componentes que interaccionan se dibujan
unos al lado de otros.
12. Cuando en una protena aparece una secuencia
de dominios, se utilizan smbolos especiales para
simbolizar los dominios individuales. Su
significado se explicar al lado del dibujo.
13. Cuando la cadena peptdica tiene que mostrarse,
las hlices son dibujadas como (por ejemplo,
en los dominios transmembrana), si no son
simbolizados como .

Abreviaciones y Notacin:

14. El fosfato orgnico es abreviado generalmente
como P, y el fosfato inorgnico y el pirofosfato
como P
i
y PP
i
respectivamente. En los dibujos
donde se enfatiza el mecanismo de la reaccin,
los residuos de fosfato son mostrados de la
siguiente manera OPO
3
2
.
15. Las llaves { } son usadas para tomos o residuos
que entran o salen durante la reaccin, si el
contexto molecular se desconoce.
16. Mientras que las notaciones para los genes
aparecen normalmente con letras minsculas
(por ejemplo, raf), sus respectivos productos
gnicos (protenas) aparecen con la primera letra
mayscula (por ejemplo, Raf). Un nmero de
protenas est definido por su masa molecular en
kDa, por ejemplo, p53.
17. Cuando los nombres de las protenas son
abreviados, la notacin utiliza letras maysculas
frecuentemente, por ejemplo, kinasas
dependientes de ciclinas = CDKs en acorde con
otras publicaciones.
18. En 1.1.2 se da una lista de las abreviaciones ms
comunes utilizadas a lo largo del libro. Las
abreviaturas de uso menos frecuente son
definidas en el texto.

Bibliografa:

19. Solo algunos artculos de referencia actuales,
sobretodo artculos revisados (reviews) y
monografas, aparecen como bibliografa al final
de las distintas secciones. Para ms detalles
dirjase a la bibliografa citada en estas
publicaciones, a bancos de datos electrnicos, a
libros de revisiones y revistas cientficas y a
libros de texto de bioqumica.
20. El Captulo 10 contiene una relacin de los
bancos de datos online y de las fuentes de
informacin impresas que han sido utilizadas con
mayor frecuencia durante la escritura de este
libro.

1.1.2 Abreviaturas Comunes
(Otras abreviaturas son definidas en el texto)

aa Aminocido
Acc, AccH2 Aceptor, aceptor reducido (sin esp.)
ACP Protenas transportadoras de acilos
ATP, ADP, AMP Adenosina tri-, di-, monofosfato
A Adenina
bp, kbp pares de bases, kilopares de bases
cAMP, cGMP AMP cclico, GMP cclico
CoA-SH, CoA-S- Coenzima A
CTP, CDP, CMP Citidina tri-, di-, monofosfato
C Citosina
Cyt Citocromo
Da, kDa Dalton, kiloDalton (u.m.m.)