Transcripcin

Dogma de la biologa molecular

Se refiere al sistema fundamental
de mantenimiento y flujo de la
informacin gentica en los
organismos vivos.

La informacin gentica contenida
en el DNA se mantiene mediante
su capacidad de replicacin.

La informacin contenida en el
DNA se expresa: Mediante el
proceso de transcripcin, paso por
el que la informacin se transfiere
a una molcula de RNA mensajero
(RNAm)

Mediante el proceso de la
traduccin, el mensaje
transportado por el RNAm se
traduce a protena



Transcripcin
La transcripcin es el proceso mediante el cual una
secuencia de nucletidos de DNA es utilizada como
molde para la sntesis de una molcula de RNA, la cual
puede ser mRNA, tRNA o rRNA, por mediacin de la
enzima RNA polimerasa DNA dependiente.

La transcripcin en procariontes y eucariontes difiere
en varios aspectos por lo que se estudian por
separado. En procariontes el proceso es mucho ms
sencillo y ha sido ampliamente estudiado en la bacteria
E. coli.

Transcripcin
Con la excepcin de los RNAs de ciertos virus, todas las molculas de RNA
se forman a partir de informacin almacenada permanentemente en el
DNA.

Durante la transcripcin, un sistema enzimtico convierte la informacin
gentica de un segmento del DNA de doble cadena en una cadena de
RNA con una secuencia complementaria a la de una de las cadenas del
DNA.

En la replicacin se copia el cromosoma entero, mientras que la
transcripcin es ms selectiva.

Secuencias reguladoras especficas indican el principio y el final de los
segmentos de DNA que deben ser transcritos y designan que cadena de
DNA se debe utilizar como molde.

Transcripcin del ADN
Una de las dos cadenas que componen el DNA de un gene acta como
molde para la sntesis de una cadena de RNA.

Pero en el DNA hay secuencias gnicas distintas:

Genes que se transcriben y se traducen: porque poseen informacin para
la sntesis de protenas. Al transcribirse originan RNAm

Genes que se transcriben pero no se traducen: por ejemplo aquellos que
tienen informacin para la sntesis del RNAr y del RNAt, que colaboran en
la sntesis de las protenas.

Secuencias que ni se transcriben, ni se traducen pero son fundamentales
como Secuencias gnicas reguladoras, indicando dnde y cuando se debe
comenzar a transcribir el gene y dnde debe finalizar la lectura.

En bacterias, existe solamente una RNA polimerasa que es capaz
de sintetizar todos los tipos de RNA, el ribosomal, el de
transferencia y los mensajeros.

En bacterias, con mucha frecuencia, los RNAm son polignicos o
policistrnicos, de manera que un solo RNAm contiene informacin
para la sntesis de varios polipptidos distintos. Habitualmente se
trata de genes que comparten un sistema comn que controla su
expresin (opern).

En eucariontes hay diferentes polimerasas encargadas de sintetizar
distintos tipos de RNA y el RNAm es usualmente monognico, solo
transcribe la informacin para un solo poliptido.



Transcripcin del ADN
A diferencia de lo que ocurre con las DNA
polimerasas, las RNA polimerasas o transcriptasas,
habitualmente carecen de funcin "correctora de
pruebas".

Esta diferencia se debe:
a) los transcritos son cortos y la probabilidad de que uno
de los RNA posea una alteracin es baja.
b) la vida media de los RNA es corta y pronto se vuelve a
sintetizar otro RNA nuevo.

Por consiguiente no es grave que se transcriba un RNA
con una alteracin ya que durar poco y ser
remplazado pronto por otro nuevo sin la alteracin.

La transcripcin en procariotas y eucariotas es igual?
Los precursores de la sntesis
del RNA son los cuatro
ribonucletidos 5 trifosfatos
(adenosn 5-trifosfato,
guanosn 5-trifosfato, citosn
5-trifosfato y uridn 5-
trifosfato).

Caractersticas bsicas de la sntesis del RNA
Transcripcin del ADN
En la reaccin de condensacin entre el
grupo trisfosfato 5' del nucletido
entrante y el grupo 3'-OH del ltimo
nucletido de la cadena, el nucletido
entrante pierde sus dos grupos fosfato
terminales. Su grupo se utiliza en el
enlace fosfodister que lo une a la
cadena. Esta reaccin ocurre en el sitio
cataltico de la polimerasa.
La cadena codificadora tiene
idntica secuencia que el RNA
transcrito excepto que en
lugar de T tiene U. El RNA, al
igual que el DNA, se sintetiza
en direccin 5' 3'.

Caractersticas bsicas de la sntesis del RNA
Sntesis de la nueva hebra en la replicacin Sntesis del RNA en la transcripcin

La RNA polimerasa, enzima que cataliza la
polimerizacin de los ribonucletidos debe
tener las siguientes capacidades:
Reconocer las secuencias promotoras que
marcan el inicio de la transcripcin, para lo
que cuenta con la ayuda de los factores
proteicos de transcripcin.
Leer la hebra molde del DNA en sentido 3
5; lee la secuencia de bases y selecciona los
ribo nucletidos trifosfatos, cuya base debe
ser complementaria a la base del molde.
Cataliza la formacin del enlace ster entre
los nucletidos. La enzima cataliza la
incorporacin del nucletido monofosfato a la
cadena del RNA en formacin mediante un
enlace ster. Al mismo tiempo utiliza la
energa desprendida de su hidrlisis al liberar
un resto de pirofosfato.
Polimeriza invariablemente en sentido 5
3.
Reconocer las secuencias de terminacin de
la transcripcin
La RNA polimerasa procariota
La RNA polimerasa procariota
La RNA polimerasa tiene las siguientes
funciones:
a) Desenrollar y enrollar el DNA
b) Contener las dos cadenas del DNA y el RNA
naciente
c) Catalizar la adicin de los ribonucletidos a la
cadena naciente de RNA
d) Ajustarse a las dificultades que encuentra en su
progreso cortando el RNA creciente y
recomenzando la sntesis del RNA con la ayuda
de algunos factores adicionales.
La dimensin total de la RNA pol
bacteriana es de ~90 x 95 x 160 . Su
peso molecular se estima en alrededor
de 465 kDa siendo considerada una de
las mayores enzimas conocidas. Esta
enzima sola transcribe todos los genes
bacterianos.
La RNA polimerasa
Transcripcin en clulas procariotas-Iniciacin
La subunidad sigma es la que inicia la transcripcin.
La enzima se une al ADN en regiones especficas
llamadas secuencias consenso: TATAAT y TTGACA
Factor
La interaccin de la subunidad , llamada tambin factor ,
con un promotor indica a la polimerasa que inicie la
transcripcin de las secuencias especficas que constituye
el molde de DNA a partir del sitio +1.

Se han identificado varios tipos de factores con diferente
selectividad. Por ejemplo, el factor 70 en E. coli, participa
en la transcripcin de la gran mayora de los genes,
mientras que 32 y 28 promueven la transcripcin de los
genes de las protenas de choque trmico (heat schock
genes) y del gene de la flagelina (protena importante en la
estructuracin del flagelo) , respectivamente. En estos
casos los exponentes indican el peso molecular del factor
en kilodaltones.

La RNA polimerasa

RNA Polimerasa de E. coli


La forma de la enzima es irregular, de ~100 x 100 x 160
.
Su caracterstica ms notable es una proyeccin
digitiforme que rodea un canal cilndrico que tiene un
dimetro de ~25 y una profundidad de 55 .
La subunidad contiene dos tomos de Zn+, que se
piensa que participan en la funcin cataltica de la
enzima.
La enzima activa requiere tambin de la presencia de
Mg2+.

RNA Synthesis Begins at Promoters
La subunidad sigma es la que inicia la
transcripcin. La enzima se une al ADN en
regiones especficas llamadas secuencias
consenso: TATAAT y TTGACA
RNA Synthesis Begins at Promoters
Iniciacin
1. La RNA polimerasa se desliza a lo largo del DNA hasta
que encuentra la secuencia del promotor (Complejo
cerrado) y enseguida, se produce el desenrollamiento
de una corta regin del DNA.
2. La transcripcin empieza con la fijacin del primer
nucletido trifosfato (usualmente ATP o GTP) al
complejo de la RNA polimerasa.
3. Entonces se produce un ataque nucleoflico del grupo
3'-OH del primer nucletido trifosfato sobre el
segundo nucletido trifosfato (posicionado por
enlaces de hidrgeno de acuerdo a la
complementariedad con el DNA que sirve de molde) y
se produce el primer enlace fosfodister.
4. Puesto que los grupos fosfato del primer nucletido
no participan en estas reacciones, el extremo 5 del
transcrito primario termina en un grupo trifosfato.
5. Cuando la secuencia de transcripcin alcanza unos 10
nucletidos, la conformacin de la RNA polimerasa
cambia, el factor es liberado y la fase de iniciacin
termina.
6. Tan pronto la RNA polimerasa ha iniciado la
transcripcin y ha dejado libre el sitio del promotor,
este queda listo para ser ocupado por una nueva
enzima e iniciar otro proceso similar de transcripcin
de dicha regin del DNA.


Elongacin


1. El alargamiento de la cadena de RNA se
realiza mediante la incorporacin de
nuevos ribonucletidos complementarios
a la secuencia de bases del DNA a.La RNA
pol, la porcin de DNA cuyas hebras se han
separado y la cadena naciente de RNA forman la
Burbuja de Transcripcin que se desliza a lo largo
del DNA durante el proceso.
2. Los ribonucletidos son unidos a la cadena
naciente de acuerdo a la ley de
complementariedad, con la excepcin de que el
uracilo se aparea con la adenina del DNA en lugar
de la timina.
3. La enzima Topoisomerasa previene la ocurrencia
de super-enrollamiento tanto por delante, como
por detrs del avance de la burbuja de
transcripcin.
4. La RNA pol no tiene actividad de nucleasa y por lo
tanto no posee la posibilidad de corregir los
errores que se produzcan durante la
transcripcin. De esto depende que la
transcripcin sea un proceso mucho ms sujeto a
errores que la replicacin.
Terminacin

Terminacin independiente de (rho). En
este tipo, varios residuos de uridina (~6)
continan la estructura de la orquilla. Puesto
que las interacciones U-A son dbiles, estas
cortas secuencias de U-A en el hbrido
promueven la disociacin del RNA
recientemente transcrito de su molde de
DNA.
Terminacin dependiente de . El factor
(una enzima que cataliza el
desenrollamiento de las dobles hlices RNA-
DNA, mediante la utilizacin de ATP)
promueve la disociacin del complejo de la
RNA polimerasa y la separacin del hbrido
RNA-DNA.
El factor se fija directamente al RNA y no a
la RNA polimerasa.
Los RNA formados van a ser lineales y
de simple cadena, aunque existen
algunos que se forman de manera
circular.
Sin embargo, debido a la posibilidad de
apareamiento complementario entre
sus diferentes partes pueden adoptar
conformaciones de doble cadena, que
pueden ser ms o menos extensas en
dependencia del tipo de RNA, adems
de que se pueden producir
interacciones laterales entre
nucletidos, todo lo cual contribuye a
que stos adopten su estructura
secundaria y terciaria.
La conformacin que adoptan los RNA
que se van formando influye en su
propia transcripcin.
Caractersticas bsicas de la sntesis del RNA


A medida que la RNA polimerasa transcribe
el DNA, ocurre enrollamiento y
desenrollamiento. Esto requiere que el
complejo de transcripcin completo rote
alrededor del DNA o que el propio DNA
rote alrededor de su eje helicoidal. A
medida que la RNA polimerasa avanza a lo
largo de la doble hlice, genera
superenrollamientos positivos (DNA
enrollado ms apretadamente) por delante
y deja atrs superenrollamientos negativos
(DNA parcialmente desenrollado). Para
cada vuelta de hlice recorrida por la RNA
polimerasa, se genera +1 vuelta por
delante y -1 vuelta por detrs. Por tanto, la
transcripcin tiene un efecto significativo
sobre la estructura local del DNA. Como
resultado, se requieren las enzimas girasa
(introduce superenrollamientos negativos)
y la topoisomerasa I (elimina
superenrollamientos negativos) para
rectificar la situacin que se crea delante y
detrs de la polimerasa, respectivamente.
Transcripcin en procariotas
Es bastante ms complejo que en procariotas, debido
principalmente a que: existen varias RNA polimerasas, la
formacin del complejo de pre-iniciacin y la necesidad de
procesar el RNA sintetizado.

Se conocen 3 RNA pol que catalizan la transcripcin de los
genes en los eucariotas:

a) RNA pol I transcribe los genes para los RNAs de 28s, 18s, y
5.8s. Esta actividad se localiza en el nuclolo.
b) RNA pol II es la responsable de la transcripcin de los
genes que codifican para el RNAm, que codificarn para la
sntesis de protenas.
c) RNA pol III es la responsable de la transcripcin de los
genes que codifican para los RNAt y para el RNAr de 5s



Factores de Transcripcin

Los factores generales de transcripcin (GTFs) que se fijan a
los promotores en los eucariotas son funcionalmente
semejantes al factor s de los procariotas.
a) La protena fijadora a TATA (TBP), reconoce la caja TATA del
promotor en los genes de tipo II (los que son transcritos
por la RNA pol II) y se fija a ella en un proceso de gran
especificidad. Recluta despus otros factores de
transcripcin para formar un complejo.
b) La RNA pol II es incorporada a este complejo para formar
el complejo de pre-iniciacin.
c) Adems del TBP, otros factores de transcripcin son ms
selectivos y especficos y se incorporan al complejo
dependiendo del gene de tipo II que ser transcrito, lo
cual regula la transcripcin de dichos genes.
Pre-iniciacin


Antes del inicio de la transcripcin se necesitan toda una serie de factores
de transcripcin que ejercen de factores de iniciacin, que se unen a
secuencias especficas de ADN para reconocer el sitio donde la
transcripcin ha de comenzar y se sintetice el ARN cebador.
Esta secuencia de ADN en la que se ensamblan los complejos de
transcripcin se llama promotor.
Los promotores se localizan en los extremos 5'-terminales de los genes,
antes del comienzo del gen, y a ellos se unen los factores de transcripcin
mediante fuerzas de Van der Waals y enlaces de hidrgeno.
Los promotores tienen secuencias reguladoras definidas, muy
conservadas en cada especie, donde las ms conocidas son la caja TATA
(situada sobre la regin -10), con la secuencia consenso TATA(A/T)A(A/T);
y la caja TTGACA (situada en el punto -35).

Promotor eucariota

1) Sobre el promotor TATA, se fija
una protena de unin (TBP)
junto con el factor de
transcripcin TFII D
2) Despus se unen otros factores
de transcripcin especficos: TFII
A, que estabiliza el complejo TFII
D-ADN; los factores TFII B y TFII E
se unen al ADN y el TFII F (una
helicasa dependiente de ATP) y al
final la ARN polimerasa.
3) Todo ello forma un complejo que
se llama complejo de pre-
iniciacin cerrado. Cuando la
estructura se abre por mediacin
del factor de transcripcin TFII H,
da comienzo la iniciacin.

Pre-iniciacin
Iniciacin
a) La ARN polimerasa simplemente se une al ADN y
separa las hebras de ADN en colaboracin con
otros cofactores permitiendo, de esta manera,
el acceso de la ARN polimerasa al molde de ADN
de cadena simple. Aunque la bsqueda del
promotor por la ARN polimerasa es muy rpida,
la formacin de la burbuja de transcripcin o
apertura del ADN y la sntesis del cebador es
muy lenta.

b) La burbuja de transcripcin es una apertura de
ADN desnaturalizado de 18 pares de bases,
donde empieza a sintetizarse el ARN cebador a
partir del nucletido nmero 10 del ADN molde
de la burbuja de transcripcin. La burbuja de
transcripcin se llama complejo abierto.

c) Cuando se forma el complejo abierto, la ARN
polimerasa comienza a unir ribonucletidos
mediante enlaces fosfodister, y una vez que se
forma el primer enlace fosfodister, acaba la
etapa de iniciacin y comienza la siguiente
etapa.


Una vez sintetizado el primer enlace
fosfodister, se debe deshacer el complejo
del promotor para que quede limpio para
volver a funcionar de nuevo. Durante esta
fase hay una tendencia a desprenderse el
transcrito inicial de ARN y producir
transcritos truncados, dando lugar a una
iniciacin abortada, comn tanto en
procariotas como eucariotas. Una vez que
la cadena transcrita alcanza una longitud
de unos 23 nucletidos, el complejo ya no
se desliza y da lugar a la siguiente fase, la
elongacin.

La disgregacin del promotor coincide con
una fosforilacin de la serina 5 del dominio
carboxilo terminal de la ARN polimerasa,
que es fosforilado por el TFII H (que es una
protena quinasa dependiente de ATP)


Elongacin


La ARN polimerasa cataliza la elongacin de cadena del
ARN. Una cadena de ARN se une por apareamiento de
bases a la cadena de ADN, y para que se formen
correctamente los enlaces de hidrgeno que determina el
siguiente nucletido del molde de ADN, el centro activo
de la ARN polimerasa reconoce a los ribonucletidos
trifosfato entrantes. Cuando el nucletido entrante forma
los enlaces de hidrgeno idneos, entonces la ARN
polimerasa cataliza la formacin del enlace fosfodister
que corresponde. A esto se le llama elongacin, la
segunda etapa de la transcripcin del ARN.

Terminacin
Al finalizar la sntesis de ARNm, esta molcula ya se ha separado completamente del
ADN (que recupera su forma original) y tambin de la ARN polimerasa, terminando la
transcripcin.
La terminacin es otra etapa distinta de la transcripcin, porque justo como el
complejo de transcripcin se ha ensamblado activamente debe desensamblarse
una vez que la elongacin se ha completado.
La terminacin est sealizada por la informacin contenida en sitios de la
secuencia del ADN que se est transcribiendo, por lo que la ARN polimerasa se
detiene al transcribir algunas secuencias especiales del ADN. Estas secuencias son
ricas en guanina y citosina, situadas en el extremo de los genes, seguidas de
secuencias ricas en timina, formando secuencias palindrmicas, que cuando se
transcriben el ARN recin sintetizado adopta una estructura en horquilla que
desestabiliza el complejo ARN-ADN, obligando a separarse de la ARN polimerasa,
renaturalizndose la burbuja de transcripcin.
Algunas secuencias de ADN carecen de la secuencia de terminacin, en este caso
poseen otra secuencia a la que se unen una serie de protenas reguladoras
especficas que indican la terminacin de la transcripcin como el factor llamado
rho.

Para que la RNA polimerasa transcriba los genes, existen en los
genes eucariotas tres tipos de secuencias gnicas reguladoras:
El promotor: es la regin ms prxima al inicio de la
transcripcin y esta formada por la secuencia -25 TATA, -
80CAAT y -120 GC. Los factores proteicos de transcripcin que
se unen al promotor, conocidos como factores basales,
ayudan a la RNA polimerasa a colocarse en el sitio de
iniciacin del gen.




Las secuencias potenciadoras (enhancers): situadas mucho ms lejos,
entre -200 y -10000, a ellas se unen los factores activadores de la
transcripcin, que cumplen dos funciones: Desempaquetar la cromatina al
disgregar los nucleosomas, y consiguen desenrollar la doble vuelta del
ADN, para que la regin promotora quede accesible. Incrementar la
velocidad de transcripcin.

Las secuencias silenciadoras (silencers): se encuentran intercaladas entre
las activadoras y a ellas se unen los represores, disminuyendo la velocidad
de transcripcin.


La maquinaria transcripcional de levaduras
El esquema representa la regin del inicio del gen (lnea negra). El promotor
(flecha negra) recluta factores generales de transcripcin (GTFs, valos rosas).
El complejo mediador (valos celestes, rojos y amarillos) acta de puente entre
los coactivadores que recluta el enhancer (valos verdes) y los GTFs. Esto
permite a la RNA polimerasa II reconocer a la regin promotora del gen e
iniciar la transcripcin. Adaptado de (1).


Modificacin en el extremo 5' Cap 5'

Modificacin del extremo 3' o Cola de Poli (A)

La generacin de la estructura 3 terminal requiere de una
endonucleasa para cortar el RNA, una poli(A)polimerasa
(PAP) para sintetizar la cola poli(A), y un componente de
especificidad (CPSF) que reconoce la secuencia AAUAAA y
dirige otras actividades. La reaccin de poliadenilacin tiene
dos etapas:
1. Se aade una secuencia corta de oligo(A) de ~10 residuos
al extremo 3. Esta reaccin es totalmente dependiente de la
secuencia AAUAAA, y la poli(A) polimerasa la lleva a cabo
bajo la direccin del factor de especificidad.

2. La cola oligo(A) se extiende hasta un residuo de ~200
adeninas. Esta reaccin requiere otro factor de estimulacin
que reconoce la cola oligo(A) y dirige a la poli(A) polimerasa
especficamente para que extienda el extremo 3 de una
secuencia de poli(A).
La longitud de la cola poliadenilada est controlada por la
PABP (polyA-binding protein) la que, de alguna forma, limita
la accin de la poli(A) polimerasa para que aada ~200
residuos de adenina. El lmite pudiera ser la acumulacin de
una masa crtica de PABP en la cadena poliadenilada. PABP
sigue siendo despus, un componente del mRNA y su rol
exacto en el metabolismo no se conoce.