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TRANSCRI PCI N

TRANSCRI PCI N
M et abolismo del RNA
M et abolismo del RNA
Lic. TM. Patricio Orrego L.
El RNA de la clula esta en parte en el ncleo, parte en el citoplasma,
y en parte soluble de la clula;
Muchos investigadores han mostrado que estas tres fracciones participan de manera diferente.
Es muy importante discutir sobre su rol en la clula
que metabolicamnete

no es muy homognea, y probablemente hay ms de un tipo.
Francis H. C. Crick, articulo en un
Simposio de la Sociedad de Biologa Experimental
en 1958.
Molecular model of a tRNA molecule.
Crick predicted that such adaptor molecules might exist as the links between codons and amino acids.
Genes diferentes diferentes son activados en clulas
diferentes diferentes,
creando las protenas especficas especficas que dan
a una clula en particular su carcter.
Lnea de tiempo para el universo, Lnea de tiempo para el universo,
sugiriendo la temprana existencia de un mundo de ARN de sistemas sugiriendo la temprana existencia de un mundo de ARN de sistemas vivos vivos
Molecular Biology of the Cell
Alberts, Bruce; J ohnson, Alexander; Lewis, J ulian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter
New York and London: Garland Science; c2002
Genomes
Brown, T.A.
New York and London: Garland Science ; c2002
Qu entiendes por Transcripcin?
Definicin:
Proceso mediante el cual se sintetiza RNA a
partir de un molde de DNA
LAS ACCIONES Y PRIOPIEDADES DE CADA
TIPO CELULAR EST DETERMINADA POR
LAS PROTENAS QUE CONTIENE
La transcripcin forma parte del proceso de convertir la informacin
codificada en el DNA a protenas:
http:/ / www.biology.lsu.edu/heydrjay/1201/Chapter17/SCI_Amino_Acid_CIRCLE.jpg
TRANSCRI PCI N
TRADUCCI N
DNA RNA PROTENAS
Dogma Central de la Biologa F. Crick 1958.
Ribozima
tRNA
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Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson,
D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
Concepto de GEN
Estudios de
Archibald Garrod (1908)
The analysis of alkaptonuria (black urine disease)
Introduction to Genetic Analysis
Griffiths, Anthony J .F.; Miller, J effrey H.; Suzuki, David T.; Lewontin, Richard C.;
Gelbart, William M.
New York: W. H. Freeman & Co.; c1999.
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1
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Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
Bioqumica.
J eremy Mark Berg, Lubert Stryer, J ohn Tymoczko, J os M. Macarulla. Edition: 6,
Publicado por Reverte, 2008
http://blafar.blogia.com/2007/040902-
cromatografia-en-papel.php
Ingram, V.M. (1956).
"A Specific Chemical Difference between Globins of Normal and Sickle-cell Anemia Hemoglobins".
Nature 178: 792794.
Ingram,, V.M. (1957).
"Gene Mutations in Human Hemoglobin: The Chemical Difference between Normal and Sickle Hemoglobin".
Nature 180: 326328.
Ingram, Vernon M. (2004).
"Sickle-Cell Anemia Hemoglobin: The
Molecular Biology of the First "Molecular Disease"
The Crucial Importance of Serendipity".
Genetics 167 (1
Introduction to Genetic Analysis
Griffiths, Anthony J .F.; Miller, J effrey H.; Suzuki, David T.; Lewontin, Richard C.; Gelbart, William M.
New York: W. H. Freeman & Co.; c1999
Transcripcin..
Sntesis de TODOS los
Sntesis de TODOS los
RNAs
RNAs
de la clula
de la clula
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Cuntos tipos de RNAs
conoces?
Clasificacin segn su localizacin y funcin en la clula:
mRNA Mensajero
rRNA Ribosomal
tRNA Transportador
Adems en eucariontes encontramos:
hnRNA Heterogneos nucleares
snRNA Pequeos nucleares
Ribozimas
Contenido de RNA de una clula.
Brown TA. Genomes 2nd Edition. 2002, Garland Science.
TRANSCRIPCIN
Sntesis de TODOS los RNA
mRNA
rRNA
tRNA
mRNA
rRNA
tRNA
hnRNA
snRNA
RNAs pequeos
75%
1-5%
10-15%
Obtained from Qiagen Handbooks & Protocols. 2009.
Eddy

SR.
Noncoding

RNAgenesand

the

modern

RNAworld.
Nat

Rev

Genet.2001Dec;2(12):91929.Review
Madigan et al. Brock-Biologa de los Microorganismos. . 10 Edicin. Pearson Prentice Hall. 2007.
Transcripcin y Traduccin
Transcripcin y Traduccin
Procariotas
Procariotas
y Eucariontes
y Eucariontes
An Introduction to Genetic Analysis.
Eighth Edition. Anthony J .F. Griffiths, Susan R. Wessler, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, David T. Suzuki J effrey H. Miller.
An Introduction to Genetic Analysis.
Eighth Edition. Anthony J .F. Griffiths, Susan R. Wessler, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, David T. Suzuki J effrey H. Miller.
El nuevo RNA sintetizado se desplaza desde el El nuevo RNA sintetizado se desplaza desde el nucleo nucleo al citoplasma al citoplasma
Principios en juego
La complementariedad de
bases es la responsable de
determinar la secuencia de
una nueva hebra de DNA
(replicacin) y del RNA
(transcripcin).
Determinadas protenas
reconocen secuencias
particulares de bases en el
DNA. Estas protenas se
unen al DNA y llevan a
cabo su funcin.
Estructura del tipo dedos de zinc.
K
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9
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;

7
:
1
6
3
-
1
7
2
Human Molecular Genetics 2
Strachan, Tom and Read, Andrew P.
New York and London: Garland Science; c1999
La direccin de la transcripcin es siempre la misma para cualquier gen, y comienza
desde el extremo 3de la hebra mode (template) hacia el extremo 5de esta.
An Introduction to Genetic Analysis.
Eighth Edition. Anthony J .F. Griffiths, Susan R. Wessler, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, David T. Suzuki J effrey H. Miller.
CRECIMIENTO DEL NUEVO RNA 5 A 3
An Introduction to Genetic Analysis.
Eighth Edition. Anthony J .F. Griffiths, Susan R. Wessler, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, David T. Suzuki J effrey H. Miller.
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
Definidas en base a la funcin en la
transcripcin
La secuencia de nucletidos en el RNA debe ser la misma de la La secuencia de nucletidos en el RNA debe ser la misma de la hebra que hebra que
no acta como molde, a excepcin que las no acta como molde, a excepcin que las Ts Ts son reemplazadas por son reemplazadas por Us Us
Definicin
Proceso por el cual una hebra de DNA es utilizada
Proceso por el cual una hebra de DNA es utilizada
como
como
molde
molde
para sntesis de un RNA
para sntesis de un RNA
complementario, por la accin de la RNA
complementario, por la accin de la RNA
polimerasa.
polimerasa.
Bioqumica 2 ed. Mathews, C.K. Van Holde, K.E y Ahern, K.Ed. Addison Wesley. 1998.
Transcripcinv/sReplicacin
Replicacin
Uniforme
Precisa
Transcripcin
Estadofisiolgico
Necesidades
(selectiva)
Modern

Genetic

Analysis
Griffiths,AnthonyJ.F.;Gelbart,WilliamM.;Miller,Jeffrey

H.;Lewontin,RichardC.
New

York:W.H.Freeman

&Co.;c1999
Transcripcin v/s Replicacin
Ribonucletidos
Sin necesidad de primasa (cebadores)
Uracilo reemplaza a Timina
Dplex DNA-RNA
Slo una hebra sirve de molde
Ms selectiva
El producto es una cadena simple
Tasa de error mayor
10.000 a 100.000
Qu se requiere?
RNA
polimerasa
Cofactores
Transcripcin
Actividad cataltica: RNA polimerasa
Molde: Una de las hebras del DNA
Apareamiento U (uracilo) con A (adenina)
Elongacin de 5 a 3
Formacin enlace fosfodiester 3 - 5
Inicio en promotores
Sin necesidad de primer
DNA
ATP-GTP-UTP-CTP
Mg+2
ACTIVIDADES DE LAS RNA pol.
Reconocimiento y unin a secuencias especficas de DNA.
Denaturacin del DNA.
Separacin de las hebras de DNA.
Estabilidad de DNA:RNA.
Renaturacin.
Termino de la sntesis de RNA.
RECONOCIMIENTO
DENATURACIN
DNA
MANTENCIN HEBRAS
SEPARADAS
ESTABILIDAD
HBRIDO
DNA:RNA
RENATURACIN
TRMINO
SNTESIS
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega.
2001.
17 bp
ATP
GTP
UTP
TTP
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega.
2001.
An Introduction to Genetic Analysis.
Eighth Edition. Anthony J .F. Griffiths, Susan R. Wessler, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, David T. Suzuki J effrey H. Miller.
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
Mecanismo Cataltico
5`
3`
3`
5`
PIROFOSFATASA
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
RNApol

E.coli
5090nt/s
TOPOISOMERASAS
Fases de la Transcripcin
INICIO Reconocimiento secuencias especficas
ELONGACIN Incorporacin de ribonucletidos
50-90 NTP/s
TRMINO Interrupcin sntesis
Molecular Biology

of

The

Gene. Fifth

Edition. James D. Watson. 2003.
Molecular Biology

of

The

Gene. Fifth

Edition. James D. Watson. 2003.
Transcripcin en Procariontes
Inicio de la Transcripcin en Procariontes
Reconocimiento del promotor
Promotor
Secuencia de DNA que determina el sitio de iniciacin de la
transcripcin de una RNA polimerasa
TATA box
Pribnow box
MODELO INICIAL
Walter G, Zillig W, PalmP, Fuchs E. Initiation of DNA-dependent RNA synthesis and the effect of heparin on RNA polymerase. Eur J Biochem. 1967 Dec;3(2):194-201.
McClure WR. Mechanismand control of transcription initiation in prokaryotes. Annu Rev Biochem. 1985;54:171-204. Review.
An Introduction to Genetic Analysis.
Eighth Edition. Anthony J .F. Griffiths, Susan R. Wessler, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, David T. Suzuki J effrey H. Miller.
EstructuradelaRNApolimerasabacteriana.
Laenzimacore

(2`) contienedospolipptidos, unpolipptido,
yunpolipptido`. Laadicinde permitelainiciacinhacia
lossitiosdelpromotor,conformandoalaholoenzima

(2

`) .
Introduction

to

Genetic

Analysis
Griffiths,AnthonyJ.F.;Miller,Jeffrey

H.;Suzuki,DavidT.;Lewontin,RichardC.;Gelbart,WilliamM.
New

York:W.H.Freeman

&Co.;c1999
Nucleo

(core)dela

enzima
EnzimaActiva
An Introduction to Genetic Analysis.
Eighth Edition. Anthony J .F. Griffiths, Susan R. Wessler, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, David T. Suzuki J effrey H. Miller.
Molecular Cell

Biology. 4th ed. Lodish, Harvey. 2000.
Mathews. Biochemistry. 3rd ed.
Molecular Biology

of

The

Gene. Fifth

Edition. James D. Watson. 2003.
Conclusiones
El nucletido +1 es generalmente una purina (A o G)
Dos secuencias altamente conservadas
Regin -10 TATAAT
Regin -35 TTGACA
Regiones -10 y -35 separadas por 17+/-1 nucletido
The

Cell

-

A Molecular Approach. 2nd ed. Cooper, Geoffrey

M.2000.
Footprinting
EMSA
electrophoretic mobility shift assay
S. Yoshinaga et al., 1989, J . Biol. Chem. 264:10529.
Lodish et al. Molecular Cell Biology 5th Ed.
Reconocimiento del promotor
2 etapas
Formacin del
complejo
Iniciacin
abortiva
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson,
D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
The Cell - A Molecular Approach. 2nd ed. Cooper, Geoffrey M.2000.
Elongacin
Desligamiento subunidad
18 pb denaturados
Hbrido de 8 pb
Incorporacin sucesiva de ribonucletidos al extremo 3 hidroxilo
ndice de error 10e5
Enrollamiento y desenrollamiento, Topoisomerasas
The Cell - A Molecular Approach. 2nd ed. Cooper, Geoffrey M.2000.
Terminacin de la Transcripcin
Lugar en secuencias de bases especficas del DNA.
Secuencia con una repeticin invertida con un segmento central no repetido.
Ocurre una desestabilizacin del complejo de transcripcin.
Madigan et al. Brock-Biologa de los Microorganismos. . 10 Edicin.
Pearson Prentice Hall. 2007.
Terminacin
(rho) independiente
intrinseco


(rho) dependiente
Seales (secuencias) provocan desestabilizacin del complejo de transcripcin.
Participacin activa del RNA sintetizado.
Cesa la formacin de enlaces fosfodisters.
Se separa el hbrido ARN-ADN.
Se libera la ARN polimerasa.
90% en E. coli
Consumo de ATP


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Bioqumica 2 ed. Mathews, C.K. Van Holde, K.E

y Ahern, K.Ed. Addison

Wesley. 1998.


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Bioqumica 2 ed. Mathews, C.K. Van Holde, K.E

y Ahern, K.Ed. Addison

Wesley. 1998.
Actividad helicasa
RNA-DNA dependiente
de ATP
El ciclo
de
transcripcin
de la RNA pol bacteriana.
Molecular Biology of the Cell
Alberts, Bruce; J ohnson, Alexander; Lewis, J ulian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter
New York and London: Garland Science ; c2002
EjemplodeSistemaregulado

transcripcionalmente


Francois

JacobyJacquesMonod

1961
(ambospremiosNobel

deFisiologajuntocon
Andr

M.Lwoff

elao1965)


OperonLac
Expresin de Genes
lacZ lacY lacA
-galactosidasa Lactosa permeasa
Tiogalactosido
transacetilasa
Operonlac

(lac

operon)
Opern:
Sistemaderegulacindelaexpresingnicaencontradoenprocariotas

queafecta
agenesdedicadosaunobjetivometablico

yqueseencuentransituados
deformacontigua

enelADN.
Elopernestformadoporvariosgenesestructuralesquesetranscribencomo
unaunidad

bajoelcontroldevarioscomponentesreguladores,
denominadosoperador,represorypromotor.
Losgenesestructuralessonlosquecodificanlasprotenasestructuralesyenzimticas.
Opern,EnciclopediaMicrosoftEncartaOnline

2008

http://es.encarta.msn.com 19972008MicrosoftCorporation.Reservadostodoslosderechos
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/48/Lac_operon1.png
Eddy

SR.
Noncoding

RNAgenesand

the

modern

RNAworld.
Nat

Rev

Genet.2001Dec;2(12):91929.Review
Genomes
Brown,T.A.
New

York

and

London:Garland

Science

;c2002
Genomes
Brown,T.A.
New

York

and

London:Garland

Science

;c2002
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2
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.
Negative

controlof

the

lac

operon
The

Cell

-

A Molecular Approach. 2nd ed. Cooper, Geoffrey

M.2000.
The

Cell

-

A Molecular Approach. 2nd ed. Cooper, Geoffrey

M.2000.
Howard

A.Shuman

&ThomasJ.Silhavy
The

art

and

design

of

genetic

screens:Escherichiacoli
Nature

Reviews

Genetics

4,419431(June

2003)
Yenellaboratorio?
MapadelvectordeexpresinpGEX,aqu

semuestransusprincipalescaractersticas.
REPRESOR REPRESOR
( (lac lacI I) )
PROMOTOR PROMOTOR
( (Ptac Ptac) )
GEN GEN
MARCADOR MARCADOR
( (Amp Amp

R) R)
Etiqueta Etiqueta
(GST) (GST)
Transcripcin en Eucariontes
The range of sizes of the
genomes of
representative groups of
organisms
are shown on a logarithmic scale.
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POR QU ES TAN COMPLICADA?
Mayor cantidad de genes a ser transcritos
Densidad de genes
Escherichia coli 900 genes/ 1 x10 6 pb
Drosophila melanogaster 110 genes/ 1 x10 6 pb
Homo sapiens 9 genes/ 1 x10 6 pb
Poseen tres tipos de RNAs polimerasas
Presencia de ncleo
DNA organizado en cromatina
Roger

D. Kornberg.
The

molecular basis

of

eukaryotic

transcription.
PNAS. 2007; 104: 1295512961
Bioqumica. 5 ed. Berg, J.,
Tymoczko, J. Stryer, L.
Ed. W.H. Revert. 2003
Transcripcineneucariontes


Procesomuchomscomplejoqueprocariontes.


Poseenmultiples

RNApol.


Losnucleosomas

actancomounabarreraalatranscripcin.


Genesmonocistrnicos.


Genesnocontinuos(exones

eintrones)


Transcripcindegenesdiferentesyencantidadesdiferentes.
CastroRJ,Handel

M,Rivolta

GB.
ActualizacionesenBiologa.Ed.UniversitariadeBuenosAires,1987.
Genomes. 2nd ed. Brown, T.A. London, 2002.
Factores de Factores de
Transcripcin Transcripcin
Generales Generales
GTFs GTFs
(slo requiere el factor sigma)
Iniciacin de la Transcripcin
RichardJReece.Analysis

of

Genesand

Genomes.Ed.John

Wiley

&Sons,Ltd.2004.

.
Transcripcin por RNA pol II
Ensamblaje
Iniciacin
Elongacin
Terminacin
COMPLEJ O DE INICIACIN
Esencial la presencia GTFs
Etapasnecesariaspararealizaractividadtranscripcional
Jerry

L.Workman.
Nucleosome

displacement

intranscription.
Genes&Dev.200620:20092017
Modelo de la dinaminca

del nucleosoma

durante la transcripcin en levadura
Coupling

and

coordination

ingeneexpression

processes:asystems

biology

view
Suzanne

Komili

&PamelaA.Silver
Nature

Reviews

Genetics

9,3848(January

2008)
SecuenciascomunesenpromotoresreconocidosporlaRNApol

IIeucaritica.
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3
ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
(Initiator)
Inicio de la Transcripcin en Eucariontes
Ms complejo que en procariontes
mRNA
Biologa Molecular Bsica. Sntesis de RNA. Transcripcin.p.197. Augusto Schrank, Sergio C. da Silva
Diversos factores son necesarios para una iniciacin eficiente y especfica
de promotor en eucariontes, denominados Factores de Transcripcin
Generales (General Transcription Factors, GTFs)
Secuencias Reguladoras:
Elementos promotores upstream
secuencias de 10-200 pb
consenso TATA (T/ A)A(A/ T) TATA box
Elementos enhancer
secuencias pequeas
activan la expresin
sin localizacin precisa
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Biologa Molecular Bsica. Sntesis de RNA. Transcripcin.p.197. Augusto Schrank, Sergio C. da Silva
Inicio de la
Transcripcin
en
eucariontes
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RNA pol II
Butler

J.E.F

et al. Genes and

Development. 2002. 16.; 2583-2592, fig. 1.
Molecular Biology

of

The

Gene. Fifth

Edition. James D. Watson. 2003.
RNA pol II necesita otras protenas para desarrollar
su actividad
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
Molecular Biology

of

The

Gene. Fifth

Edition. James D. Watson. 2003.
C
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LE
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IC
IA
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N
Molecular Biology

of

The

Gene. Fifth

Edition. James D. Watson. 2003.
Elongacin por

RNA pol II
Molecular Cell

Biology. 4th ed. Lodish, Harvey. 2000.
Genomes. 2nd ed. Brown, T.A. London, 2002.
Tir-Ser-Pro-Tre-Ser-Pro-Ser
Lehninger, Principios de Bioqumica, 3 ed.Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2001.
Mediadoresenlaregulacintranscripcional
Roger

D. Kornberg.
The

molecular basis

of

eukaryotic

transcription.
PNAS. 2007; 104: 1295512961
Terminacin Transcripcin en Eucariontes
Poco conocida
Todas las RNA pol terminan en regiones ricas en T
La mayora de los mRNA eucariotas experimentan la adicin de una cola de poli-A
en el extremo3 y otras modificaciones.
LosprecursoresdemRNAs

eucariticosdebenserprocesadosparaser

funcionales
Lodish, Berk

et al. Molecular Cell

Biology. Fifth

Edition.

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