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Sistemas computacional
El ciclo celular es uno de los procesos biolgicos ms frecuentemente investigados en estudios
de biologa de sistemas y esto implica el conocimiento de un nmero grande de genes y redes
de interacciones de protena. Un conocimiento profundo del aspecto molecular de este
proceso biolgico puede contribuir a la investigacin mas exacta e innovadora del cncer. En
este contexto el modelismo matemtico del ciclo celular tiene un papel relevante para
cuantificar el comportamiento de cada componente de los sistemas. El modelismo matemtico
de un proceso biolgico como el ciclo celular permite una descripcin sistmica que ayuda a
destacar algunos rasgos como propiedades inesperadas que podran ser ocultadas cuando el
anlisis es realizado slo desde un punto de vista reduccionista . Adems, en el modelismo de
sistemas complejos, un registro completo de todos los componentes es igualmente importante
para entender el mecanismo de interaccin dentro de la red: por esta razn la integracin de
datos de los componentes de modelos tiene una alta importancia en estudios de biologa de
sistemas.
Descripcin: Con este trabajo, presentamos un recurso, la Base de datos del Ciclo celular, tuvo
la intencin de apoyar el anlisis en biologa de sistemas del proceso del Ciclo celular, basado
en dos organismos, levadura y mamiferos. La base de datos integra la informacin sobre genes
y protenas implicados en el proceso del ciclo celuar, almacena los modelos completos de la
red de interacciones y permite la simulacin matemtica en el tiempo del comportamiento
cuantitativo de cada componente. Para lograr esta tarea, nosotros desarrollamos, un interfaz
web para hojear la informacin relacionada con el ciclo celular, protenas y modelos
matemticos. En este marco, hemos puesto en prctica una lnea que permite a usuarios tratar
con la parte matemtica de los modelos, para solucionar, usando diferentes variables, los
sistemas de ecuacin diferenciales ordinarios que describen el proceso biolgico.
Conclusin: Este sistema integrado est libremente disponible para apoyar la investigacin de
biologa de sistemas sobre el ciclo de clula y apunta hacerse un recurso til para recoger toda
la informacin relacionada con los modelos actuales y futuros de esta red. La flexibilidad de la
base de datos permite la adicin de los datos matemticos que son usados para simular el
comportamiento de los componentes de ciclo de clula en los diferentes modelos. El recurso
trata con dos problemas relevantes en la biologa de sistemas: la integracin de datos y
simulacin matemtica de un proceso crucial biolgico relacionado con el cncer, como el ciclo
de la clula , de este modo el recurso es til tanto para recuperar la informacin sobre
componentes del modelo del ciclo celular como para analizar sus propiedades dinmicas. La
Base de datos del Ciclo celular puede ser usada para encontrar propiedades de nivel de
sistema, como estados estables estables y oscilaciones, acoplando informacin dinmica y
estructura sobre modelos .
La biologa de sistemas estudia como funciones biolgicas surgen de las interacciones de
sistemas vivos. Sistemas biolgicos son hechos por los elementos diferentes, multifuncionales
que actan recprocamente con criterio selectivo y a menudo no linealmente para producir
comportamientos coherentes y complejos. Generalmente el comportamiento eficaz de un
sistema biolgico no es fiable a priori, porque esto depende de las actividades globales
mientras el anlisis del contexto funcional de un sistema permite a la identificacin de
propiedades inesperadas.
En la integracin de datos de biologa de sistemas es un acercamiento importante de mejor
entender los rasgos principales de un proceso biolgico, porque esto representa un modo de
combinar la informacin interesante relacionada con la reaccin complicada en una red
especfica .Un proceso biolgico del inters particular en biologa de sistemas es el ciclo
celular, un acontecimiento complejo y crucial para la vida de cada organismo. El ciclo celular
implica la interaccin de una gran cantidad de genes y protenas que crean redes complejas de
sealizacin celular de la transduccin. El conocimiento del aspecto molecular de este proceso
biolgico es crucial en el contexto de la investigacin orientada al cncer. El estudio del ciclo
celular es de grande importancia porque implica muchas protenas que formen una red
compleja de interacciones, pero tambin porque es relacionado con otros procesos biolgicos
relevantes, por ejemplo el apoptosis y los caminos de sealizacin mitognicos. Los elementos
claves de los estudios de la biologa de sistemas son los modelos, los cuales pueden ser
definidos como representaciones abstractas de componentes y procesos biolgicos para
describir matemticamente sus caractersticas estructurales y dinmicas. Los procesos
biolgicos se pueden representar como red de las reacciones que se pueden describir en
trminos deterministas usando sistemas de las ecuaciones diferenciales ordinarias (ODA), para
simular matemticamente su dinmica. Realmente , establecidas dos suposiciones bsicas, los
reactivos qumicos bien homogeneizados y las suficientes concentraciones, ODA son muy tiles
para expresar matemticamente el comportamiento dinmico de una red molecular de
interacciones en el tiempo. Los modelos de simulacin pueden ser tiles para identificar las
propiedades inesperadas del sistema y son tambin tiles para analizar algunas
particularidades de una red biolgica. Otros mtodos para el modelismo matemtico de un
sistema biolgico, que se diferencian del modelo de ecuacin diferencial en el modo de definir
el estado del sistema, estn disponibles, pero ellos son menos convenientes que los modelos
basados en la ODA .
Para registrar los diferentes componentes de los modelos, los estudios de biologa de sistemas
tienen que abordar el problema de encontrar la informacin relacionada con todos los
elementos implicados. En este contexto la necesidad de recoger la informacin sobre genes y
protenas en una fuente unica se hace un problema crucial, a pesar del hecho que varios
recursos sobre vas biolgicas, como KEGG (la Enciclopedia de Kyoto de Genes y Genomas) la
Base de datos de vias y Reactomas [2], estn tambin disponibles para organismos diferentes.
La Base de datos de vias KEGG cubre un campo ms grande porque esta es una amplia
coleccin de mapas de vas para procesos metablicos, genticos y ambientales de diferentes
organismos como vias de transducciones de seal y enfermedades humanas. En la Base de
datos de vas KEGG hay un mapa del ciclo de la clula que repasa las reacciones principales de
este proceso celular. Para cada componente del sendero KEGG dan a un informe corto: el
informe contiene slo la informacin esencial tanto para genes como protenas y proporcionan
enlases bsicos a algunas bases de datos genmicas y proteomicas.
Reactome es un recurso para datos de vas humano relacionados con los procesos biolgicos
que reclutan la informacin sobre nicas reacciones agrupadas en vias. Los datos Reactome
amplian el concepto de una reaccin bioqumica para incluir, por ejemplo, la asociacin de dos
protenas para formar un complejo, o el transporte de una protena ubiquitinada en el
proteasome. Reactome contiene las reacciones principales de mitosis y los puntos de control
del ciclo de clula humano y esto puede ser usado como una fuente de la informacin
relacionada al ciclo de la clula. Sin embargo, este recurso no integra los senderos
relacionados al ciclo de la clula, como el MAPA kinase via de sealizacin y la vida de
apoptosis. Ya que est principalmente basado en la reunin de reacciones solas, esta carece
de la complejidad de una via complera de ciclo celular.
Ya que consideramos el proceso de ciclo de la clula desde un punto de vista de biologa de
sistemas, el depsito principal de modelos biolgicos debe ser tenido en cuenta. La Base de
datos BioModels [3] es la base de datos de referencia que contiene modelos de peerreviewed
en la Lengua de Margen de Biologa de Sistemas (SBML) el formato [4], una lengua XML-
BASADA para el almacenaje y el cambio de modelos biolgicos.
JWS En lnea, un instrumento de biologa de sistemas para la simulacin de modelos cinticos
de un curated SBML la base de datos modela [5], es otro depsito interesante modelo. JWS En
lnea permite a la inspeccin de reacciones de leyes cinticas, pero esto carece de la
representacin de algunas estructuras importantes matemticas