JAWABAN TM ELEKTROFORESIS SDS-PAGE

A. Pre-lab ........................................................................................................................... (100)

1.Apa yang dimaksud elektroforesis ?
Elektroforesis merupakan teknik pemisahan molekul bermuatan berdasarkan perbedaan
tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Teknik pemisahan makromolekul (10)
(Protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan bentuk, ukuran dan muatan dengan
menggunakan matriks penyangga poliakrilamid dan agarosa yang dialiri arus listrik
sehingga makromolekul akan bergerak dari kutub negatif ke positif.
2.Ada berapa jenis elektroforesis ? Jelaskan masing-masing!
1) Elektroforesis Kertas yaitu terdiri dari kertas sebagai fase diam dan partikel
bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak. Teknik pemisahan ini terjadi akibat
adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem pemisahannya.
2) Elektroforesis gel agarosa merupakan teknik memurnikan DNA dari komponenkomponen lainnya dengan menggunakan matriks penyangga gel agarosa.
3) Mouving Boundari Elektroforesis
4) Zone Electroforesis
(15)
5) SDS Disk Elektroforesi
6) SDS- PAGE merupakan teknik pemisahan makromolekul yaitu Protein dengan
menggunakan matriks penyangga poliakrilamid.
3.Apa fungsi SDS pada metode SDS-PAGE ?
SDS (Sodium Dodesil Sulfat) merupakan detergen ionik yang berfungsi memberikan
(10)
muatan negative pada protein yang akan dianalisa.
4.Apa fungsi akrilamid pada metode SDS-PAGE?
Akrilamid berfungsi mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik (10)
yang digunakan pada elektroforesis SDS-PAGE. Fungsi lainnya gel poliakrilamid
merupakan matriks penyangga yang berperan sebagai penyaring yang memisahkan
molekul berdasarkan ukuran, bentuk molekul, kekuatan medan listrik .
5.Apa tujuan analisis protein dengan metode elektroforesis?
Tujuannya yaitu untuk memisahkan atau memurnikan protein berdasarkan ukuran,
(10)
muatan dan bentuk molekulnya, dimana protein yang memiliki muatan positif dan
muatan negatif dari asam amino penyusunnya akan bergerak ke elektroda melewati gel
poliakrilamid.
6.Mengapa protein-protein tersebut dapat terpisah?
(10)
Karena protein-protein tersebut memiliki muatan positif dan muatan negatif dari asam
amino penyusunnya yang jika dialiri arus listrik akan bergerak ke elektroda melewati
gel poliakrilamid sehingga protein akan terpisah berdasarkan ukuran, bentuk dan
muatan.
7.Bagaimana cara mengatur ukuran pori gel ?
Caranya dengan mengatur konsentrasi atau volume akrilamid yang ditambahkan. (10)
Semakin rendah konsentrasi akrilamid yang ditambahkan maka ukuran pori-pori gel
akan semakin besar sehingga menyebabkan gel semakin lunak dan mudah patah.
8. Apa yang dimaksud dengan stacking gel? Mengapa stacking gel diperlukan?
(15)
stacking gel adalah gel yang mengandung ion klorida yang bermigrasi bermigrasi lebih
cepat melalui gel dari sampel protein yang berguna dalam elektroforessis SDS-PAGE

Stacking gel diperlukan untuk mencetak sumuran dan sebagai gel pemisah dalam
penempatan sampel
9.Apa fungsi pewarnaan gel pada metode elektroforesis ?
Fungsi pewarnaan pada metode ini yaitu untuk mempermudah dalam mengamati
pergerakan molekul protein ketika berlangsungnya proses pemisahan molekul protein
berdasarkan berat molekulnya.

(10)

C. Hasil dan Pembahasan ................................................................................................ (50)

Gambar Gel SDS-PAGE
Tempelkan Photo
(2)

1. Ada berapa pita yang terbentuk ? Jelaskan !

(4)

2. Apakah kepekatan warna pita berkaitan dengan konsentrasi protein ?

(5)
Iya Berpengaruh, Karena kepekatan warna pita sebanding dengan konsentrasi protein.
Semakin tinggi konsentrasi protein maka kemampuan dalam menyerap warna brillian blue
menjadi semakin besar sehingga warna pita menjadi semakin tajam.
3. Bagaimana cara mengidentifikasi jenis protein yang membentuk pita pada gel elektroforesis ?
Jenis protein yang membentuk pita pada gel elektroforesis dapat diidentifikasi berdasarkan
(8)
berat molekulnya dimana setiap marker memiliki berat molekul tertentu lalu dibandingkan
kisaran berat molekul dengan yang melewati berat molekul ptotein marker kemudian
diukur pita yang terbentuk dan dihitung nilai RF dan BM dengan menggunakan persamaan
protein marker.
4. Apakah fungsi penambahan merkaptoetanol pada persiapan sampel ?
Markaptoetanol berfungsi mendenaturasi protein dengan memecah ikatan disulfida sehingga (5)
struktur protein yang awalnya sekunder, tersier dan quartener menjadi struktur primer
akibatnya sub unit protein lebih mudah dianalisa.
5. Apakah fungsi pemanasan sampel protein ?
Berfungsi untuk mendenaturasi protein sehingga protein yang struktrunya sekunder, tersier
dan kuartener dapat menjadi struktur primer (tunggal) sehingga lebih mudah diberi muatan
negatif dan pergerakannya lebih cepat saat elektroforesis berlangsung.

(5)

6. Mengapa pH sangat berpengaruh pada metode elektroforesis protein ?

Karena pH dapat mempengaruhi titik isoelektrik protein sehingga protein dapat mengendap,
akibatnya dapat mempengaruhi tingkat dan arah pergerakan protein dalam separating gel.

(5)

7. Reagen apa yang berfungsi untuk mempolimerisasi gel ?

TEMED dan APS 10%. TEMED berfungsi sebagai katalisator untuk mempercepat polimerisasi
(8)
akrilamid menjadi gel poliakrilamid sedangkan APS 10% berfungsi sebagai inisiator yang
mengaktifkan akrilamid agar bereaksi dengan molekul akrilamid lainnya sehingga
membentuk rantai polimer yang panjang.

8. Faktor-faktor apa yang mempengaruhi pergerakan protein dalam gel elektroforesis ?

1) Ukuran dan bentuk molekul
Semakin besar ukuran molekul, semakin lambat pergerakannya dibandingkan jika ukuran
molekul yang kecil. Bentuk molekul tersier/sekunder akan lebih lambat dari primer
2) Konsentrasi gel
Pergerakan protein pada gel dengan konsentrasi yang lebih kecil, akan lebih cepat dari gel
dengan konsentrasi tinggih.
3) pH
mempengaruhi titik isoelektrik protein, sehingga mempengaruhi tingkat dan arah
pergerakan protein.
4) Voltase
Semakin tinggi voltase, maka pergerakan protein semakin cepat, namun hasilnya akan
buruk. Sedangkan voltase sedang, maka pergerakan protein akan lambat, namun hasilnya
bagus.
5) Suhu
Suhu mempengaruhi denaturasi protein, dimana protein dg struktur primer akan lebih
cepat pergerakannya.

Penilaian
Komponen
Pre-test
Aktivitas
Hasil dan Pembahasan

Nilai

(8)

C. Pembahasan Elektroforesis SDS PAGE

(32)
1 Analisis Prosedur Pembuatan gel adalah sebagai berikut : ...................................... (5,5)
1) Diagram alir dibuat kalimat
2) Disebutkan Alat dan Bahan
Alat
Bahan
Mikropipet
30% akrilamid
Tip
LGB 1300l
Seperangkat alat elektroforesis
APS 10%
Gelas beaker 100 ml
TEMED
Aquades
3) Disebutkan Fungsi Perlakuan
30% akrilamid = untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus
listrik yang digunakan
LGB 1300l = didalamnya terdapat SDS (Sodium Dodecyl Sulfat) yang memberikan
muatan negative pada protein yang akan dianalisis
Pengadukan bahan = Agar homogen
APS 10% = Sebagai inisiator yang mengaktifkan akrilamid agar bereaksi dengan
molekul akrilamid lainnya sehingga membentuk rantai polimer yang panjang.
TEMED = sebagai katalisator reaksi polimerisasi akrilamid menjadi gel poliakrilamid
sehingga dapat digunakan dalam pemisahan protein.
Penambahan APS dan TEMED harus Bersamaan = agar gel tidak mudah terbentuk
dengan cepat
Ditambahkan aquades pada gel yang sudah dituang dicetakan = untuk meratakan atau
meluruskan permukaan gel
Dibiarkan selama 15-30 menit = agar gel mengeras
2 Analisis Prosedur Persiapan Sampel ...........................................................................(5,5)
1) Diagram alir dibuat kalimat
2) Disebutkan Alat dan Bahan
Alat
Bahan
Timbangan Analitik
Sampel Enzim pepsin masing 0,005 ;
0,0075 ; 0,01 ; 0,0125 dan 0,015 gram
mikrotube
sample buffer
Kompor listrik (pemanas)
Gelas beaker
Termometer
3) Fungsi perlakuan
Sampel Buffer = Mengandung beta markaptoetanol yang berfungsi untuk mereduksi
ikatan disulfide pada protein.
Pemanasan = untuk mendenaturasi protein sehingga protein yang muatannya
sekunder,tersier maupun quartener dapat menjadi muatan tunggal (primer) sehingga
mudah dianalisis

3 Analisis Prosedur Pembuatan stacking gel adalah sebagai berikut : ........................... (5,5)
1) Diagram alir dibuat kalimat
2) Disebutkan Alat dan Bahan
Alat
Bahan
Mikropipet
30% akrilamid
Tip
LGB 1300l
Seperangkat alat elektroforesis
APS 10%
Gelas beaker 100 ml
TEMED
Aquades
3) Fungsi Perlakuan
30% Akrilamid = untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus
listrik yang digunakan
UGB = didalamnya terdapat SDS (Sodium Dodecyl Sulfat) yang memberikan muatan
negative pada protein yang akan dianalisis
Pengadukan bahan = Agar homogeny
APS 10% = Sebagai inisiator yang mengaktifkan akrilamid agar bereaksi dengan
molekul akrilamid lainnya sehingga membentuk rantai polimer yang panjang.
TEMED = sebagai katalisator reaksi polimerisasi akrilamid menjadi gel poliakrilamid
sehingga dapat digunakan dalam pemisahan protein.
Penambahan APS dan TEMED harus Bersamaan = agar gel tidak mudah terbentuk
dengan cepat
Meletakkan sisir pada stacking gel = untuk membuat sumuran
Dibiarkan selama 15-30 menit = agar gel mengeras
4 Analisis Prosedur Pemisahan Protein dengan elektroforesis ....................................... (5,5)
1) Diagram Alir dibuat kalimat
2) Disebutkan Alat dan Bahan
Alat
Bahan
Seperangkat alat elektroforesis
Marker
Mikropipet
Sampel Enzim pepsin masing 0,005 ;
0,0075 ; 0,01 ; 0,0125 dan 0,015 gram
Tube
3) Fungsi Perlakuan
Running Buffer = didalamnya terdapat SDS (Sodium Dodecyl Sulfat) yang
memberikan muatan negative pada protein yang akan dianalisis
- Dijalanakan pada Voltase 200V = Untuk pemisahan protein, semakin tinggi voltase,
maka pergerakan protein semakin cepat, namun hasilnya akan buruk. Sedangkan
voltase sedang, maka pergerakan protein akan lambat, namun hasilnya bagus.
5. Analisis Prosedur Pewarnaan ........................................................................................(5,5)
1) Diagram Alir dibuat kalimat
2) Disebutkan Alat dan Bahan

Alat
- Shieve Shaker
- Wadah plastic

Bahan
- Bromophenol Blue
- penghilang warna
- aquades
- Potongan kertas saring

3) Fungsi Perlakuan
Bromophenol blue = untuk memberikan pewarnaan pada gel
Pengunaan shieve shaker = untuk mengoptimalkan pewarnaan
Penghilang warna = untuk melunturkan pewarna bromophenol blue
Pengunaan shieve shaker = untuk mengoptimalkan pelunturan warna
Dibilas dengan aquades = untuk melarutkan sisa pewarna
Potongan kertas saring = menyerap sisa-sisa zat pewarna
6 . DHP elektroforesis ..(1,5)
7 Kurva Standart Elektroforesis ............................................................................................(1)
8 Bandingkan dengan Literatur .............................................................................................(2)
Nb : Literatur tetang Berat molekul enzim pepsin = 35 KD
E. KESIMPULAN ........................................................................................................... (3)
Prinsip : Memisahkan protein berdasarkan berat molekul dengan menggunakan matriks
penyangga akrilamid. Protein terseparasi dalam medan listrik dan melanjutkan dengan
pewarnaan, penghilangan warna, dan pembilasan gel. Pembacaan berat molekul dilakukan
dengan melihat pita yang terbentuk oleh marker.
Rumus Retension Factor (RF)
RF =
Kurva standar :
X=RF
y = Ax + B
BM y = log BM
BM = anti log y
Faktor-faktor pengaruh :
- Ukuran dan bentuk molekul
Semakin besar ukuran molekul, semakin lambat pergerakannya dibandingkan jika ukuran
molekul yang kecil. Bentuk molekul tersier/sekunder akan lebih lambat dari primer
- Konsentrasi gel
Pergerakan protein pada gel dengan konsentrasi yang lebih kecil, akan lebih cepat dari gel
dengan konsentrasi tinggi
- pH
mempengaruhi titik isoelektrik protein, sehingga mempengaruhi tingkat dan arah pergerakan
protein.
- Voltase
Semakin tinggi voltase, maka pergerakan protein semakin cepat, namun hasilnya akan buruk.
Sedangkan voltase sedang, maka pergerakan protein akan lambat, namun hasilnya bagus.
- Suhu
Suhu mempengaruhi denaturasi protein, dimana protein dg struktur primer akan lebih
mempercepat pergerakannya.

F. DAFTAR PUSTAKA ..............................................................................................................(1)

Nb : Minimal 4 Daftar Pustaka, Bahasa inggris 1, Bahasa Indonesia 3.
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.G. Mitchell. 2002. Biologi. Terj. dari Biology; oleh Lestari, R. dkk.
Erlangga, Jakarta:
Davidson.
2001.
SDS
PAGE.
Diakses
tanggal
9
April
2014.
http://www.bio.davidson.edu/COURSES/GENOMICS/method/SDSPAGE/SDSPAGE.h
tml.
Williams. 2001. SDS PAGE Gel Elektrophoresis. Diakses tanggal 9 April 2014. http://web.
Chemistry.gatech.edu/~williams/bCourse_Information/4581/techniques/gel_elect/
page_protein.html.