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CUESTIONARIO
1. Cmo se pueden modificar los costos de los gaps para realizar un alineamiento local
empleando un algoritmo de alineamiento global?
Se aumenta el GOP en alineamiento local y se reducen en el alineamiento global.
2. Qu precauciones se deben tomar durante un alineamiento frente a la existencia de
posibles secuencias repetitivas o regiones de baja complejidad (low-complexity regions)?
Regin de baja complejidad (LCR) es una regin de una secuencia que podra dar puntuaciones ms
altas que confunden al programa para encontrar las secuencias importantes, reales en la base de
datos que podran dar falsos positivos al resultado, por lo que deben ser filtrados. Las regiones sern
marcados con una X (las secuencias de protenas) o N (secuencias de cidos nucleicos) y luego ser
ignoradas por el programa BLAST. Para filtrar las regiones de baja complejidad, el programa SEG
se usa para las secuencias de protenas y el POLVO programa se utiliza para las secuencias de
ADN. Por otro lado, la XNU programa se utiliza para enmascarar las repeticiones en tndem en
secuencias de protenas.
3. Cul es la diferencia entre el Clustal clsico y el Clustal Omega?
Clustal Omega ofrece un aumento significativo en la escalabilidad con respecto a versiones
anteriores, permitiendo a cientos de miles de secuencias para ser alineados en slo unas pocas
horas. Adems, la calidad de alineaciones es superior a las versiones anteriores, tal como se mide
por una serie de puntos de referencia populares.
4. Un concepto de similitud y homologa puede extenderse al ADN. Es posible encontrar
secuencias de ADN con una alta similitud (~66%), pero que no sean homlogas (que no
correspondan a la misma protena)?
Homologa: comparten ancestro comn.
Similitud: hay cambio en un aminocido en la secuencia pero no hay cambios fisicoqumicos.
Las secuencias de DNA pueden tener secuencias repetitivas, asi que al hacer el anlisis se
encontrara una similitud de sencuencias pero no necesariamente quiere decir que se trata de
secuencias homologas. Hay que tener en cuenta que la misma similitud no quiera decir que se trate
de una misma secuencia, sino que ha habido cambios evolutivamente.