La taxonoma de los microorganismos se refiere a las formas de clasificacin con

sus respectivos mtodos. La taxonoma se encarga de la clasificacin,

identificacin y nomenclatura de los organismos.
La clasificacin se relaciona con la agrupacin de los organismos en grupos o
taxones en funcin de semejanzas mutuas o del parentesco evolutivo filogenia.
La nomenclatura se ocupa de la asignacin de nombres a grupos taxonmicos de
acuerdo con normas establecidas. La identificacin determina a que taxn
pertenece un determinado organismo.
La base en que se fundamenta la taxonoma microbiana se origina en la
investigacin de las relaciones filogenticas resultantes de la evolucin, la cual
desemboc en las tres grandes categoras o dominios denominados por Carl
Woese: Arqueobacterias o archaea, Eubacterias y Eucariotas.
* Arqueobacteria o Archaea Son las bacterias ms antiguas que se conocen y
estn adaptadas a vivir en ambientes extremos, son de estructura clulas
procariota.
* Eubacteria o Bacteria comprende las cianobacterias, los micoplasmas y las
llamadas "bacterias verdaderas", son de estructura clulas procariota.
* Eucariota o Eukarya a este domino pertenecen los microorganismos de los
reinos Protisto: protozoos y algas y del reino Fungi: los hongos filamentosos y los
unicelulares como las levaduras y los organismos del reino Plantas y del reino
Animal, son de estructura celular eucariota.
Estos 3 dominios agrupan a los microorganismos conocidos a excepcin de los
microorganismos acelulares como los virus, viroides y priones. La distancia entre
cada uno de los grupos incluidos en cada dominio indica el grado de parentesco
entre ellos.
Relaciones evolutivas entre organismos vivos
En la actualidad se pueden determinar relaciones filogenticas (evolutivas) entre
los microorganismos. Para establecer estas relaciones se utilizan una serie de
mtodos basados en comparaciones de la secuencia de cidos nucleicos,
particularmente en la secuencia del ARN ribosmico (ARNr), esto es, el ARN
estructural del ribosoma que constituye la estructura clave de la clula implicada
en la traduccin del ARN.
De hecho, uno de los descubrimientos recientes ms importantes en biologa es
que los cambios en la secuencia nucleotdica del ARN ribosmico (determinados
en definitiva por mutaciones en el ADN que codifica el ARN ribosmico) pueden
ser usados como una medida para establecer relaciones evolutivas entre clulas.
A partir de estudios sobre secuencias de ARN ribosmico se pueden definir tres
linajes celulares evolutivamente diferentes, dos de los cuales presentan estructura
procaritica y uno que es eucaritico. Los grupos o dominios se llaman Eubacteria,
Archaea o Arqueobacteria y Eukarya o Eucariota.
Pese al hecho de que a nivel molecular tanto Eubacteria como Arqueobacteria son
procariotas, los dos grupos difieren evolutivamente entre s tanto como del grupo
Eucariota. Se piensa que los tres grupos se originaron muy pronto en la historia de
la vida sobre la Tierra por divergencias a partir de un organismo ancestral comn,

el "antepasado universal". Eubacteria y Arqueobacteria representan ramas

evolutivas que nunca evolucionaron ms all del nivel microbiano
Identificacin y clasificacin de los microorganismos
Adems de comprender y valorar los orgenes filogenticos de los organismos
celulares resulta importante, ser capaz de identificar y clasificar los
microorganismos. Una identificacin rpida de un microorganismo causante de
enfermedades en humanos o animales es esencial para establecer el tratamiento
adecuado del paciente. Se han usado varios criterios para caracterizar
microorganismos y, en la actualidad, se tienen en cuenta tanto caractersticas
celulares como filogenticas para la clasificacin.
Tras un estudio profundo de la estructura y funcin de un microorganismo,
incluyendo su gentica, metabolismo, comportamiento y otras propiedades
distintivas, es posible reconocer un cierto nmero de caractersticas nicas en un
microorganismo dado. Una vez que el organismo ha sido definido en funcin de
esa serie de caractersticas propias, recibe un nombre.
Los microbilogos usan el sistema binomial de nomenclatura establecido
inicialmente porLinneo para designar animales y plantas. El sistema binomial
consta de dos nombres: el gnero y la especie. El gnero es un nombre que se
aplica a ciertos organismos relacionados; dentro del gnero, cada tipo de
organismo recibe un nombre de especie. Los nombres de gnero y especie se
usan siempre juntos para describir un tipo especfico de organismo, ya sea una
clula aislada o un grupo de clulas. La primera palabra corresponde al nombre
cientfico del gnero y se escribe la primera letra con mayscula y en cursiva,
mientras que la segunda palabra corresponde a la especie, la cual se escribe en
minsculas y en cursiva. Por ejemplo, la bacteria Escherichia coli, o
abreviadamente E. coli, tiene una designacin de gnero, Escherichia, y un
nombre de especie, coli.