TEMA 2

AMINOCIDOS Y PROTENAS.
ESTRUCTUCTURA, CLASIFICACIN Y FUNCIN.
I.

NIVEL PIMARIO DE LA ESTRUCTURA PROTICA: CARACTERSTICAS

ESTRUCTURALES DE LOS AMINOCIDOS
II. PPTIDOS Y ENLACE PEPTDICO
1. Caractersticas del enlace peptdico
2. Los pptidos como polianfolitos
III. ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE LAS PROTENAS
1. Estructura secundaria : formas regulares de plegar la cadena
2. Diagramas de topologa
a) Motivos y dominios
b) Organizacin protica: jerarqua estructural
c) Clasificacin de las protenas en base a conexin de motivos

IV. CONCEPTOS GENERALES SOBRE ESTRUCTURA DE PROTENAS

V. DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS
VI. CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS
1. Clasificacin segn su funcin
2. Clasificacin por su composicin
3. Clasificacin segn su estructura
a) Fibrosas
b) Globulares: Estructura y funcin de la hemoglobina

REPRESENTACIN TRIDIMENSIONAL DE LOS AMINOCIDOS

Representacin de un -aminocido

Estereoismeros de los -aminocidos

AMINOCIDOS CON RADICAL APOLAR

AMINOCIDOS CON RADICAL POLAR SIN CARGA

AMINOCIDOS CON RADICAL CIDO

AMINOCIDOS CON RADICAL BSICO

PROPIEDADES CIDO-BASE DE LOS AMINOCIDOS

pKa1

pKa2

Los aminocidos tienen dos grupos ionizables : el carboxilo y el amino. El primero que se
desprotoniza es el COOH y despus el NH3, de acuerdo con sus valores de pK. El aminocido,
por tanto, puede aparecer bajo tres especies segn el valor de pH en el que se encuentre: forma
catinica, neutra o forma aninica.

VALORES DE pK DE AMINOCIDOS ENCONTRADOS EN LAS PROTENAS

PROPIEDADES CIDO-BASE DE LOS AMINOCIDOS

pH

Curva general de titulacin de cualquier aminocido neutro. El punto isoelctrico (pI)

est en el punto de inflexin de la curva a media distancia entre pKa1 y pKa2

TITULACIN
DE un
UN aminocido
AMINOCIDO
Titulacin de

16

R CH COO-

14

NH2

12

pH

10

pKa2

R CH COO-

pI

NH3+

pKa1

R CH COOH

NH3+
0

Base aadida

meq

CURVAS DE TITULACIN DE LOS AMINOCIDOS CON CADENAS

LATERALES IONIZABLES
AMINOCIDO BSICO

AMINOCIDO CIDO

pKr

pI = (pKR + pKa2) / 2

pI = (pKR + pKa1) / 2

Calculo del puntos isoelctrico

FORMACIN DE UN PPTIDO

Cuando se unen dos aminocidos se forma un enlace peptdico . En la figura se

representa el dipptido Glicil-alanina ( Gly-Ala) que se forma cuando la glicina se une
a la alanina con la eliminacin de una molcula de agua

ESTRUCTURA DEL ENLACE PEPTDICO

PREGUNTA DE EXAMEN
(a) La deslocalizacin de los orbitales electrnicos sobre O-C-N explica el carcter parcial
de doble enlace del enlace C-N . (b) Valores de longitudes y ngulos de enlace en nm

ESTRUCTURA DE UN PENTAPPTIDO

LOS POLIPPTIDOS COMO POLIANFOLITOS

PROBLEMAS DE
CARGAS EN EL EXAMEN

Estructura de un tetrapptido (Glu-Gly-Ala-Lys)

Comportamiento polianfoltico de un
tetrapptido. Esta curva de titulacin
muestra las formas principales presentes
a distintos valores de pH

CONFORMACIN TRIDIMENSIONAL DE LAS PROTENAS

PROTEINAS GLOBULARES
Niveles de organizacin estructural

ASOCIACION DE
GLOBULOS

ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTENAS

EXTREMO
AMINO

EXTREMO
CARBOXILO

ESTRUCTURA SECUNDARIA: FORMAS REGULARES

DE PLEGAR LA CADENA POLIPEPTDICA

ROTACIN ALREDEDOR DE LOS ENLACES EN UNA CADENA POLIPEPTDICA

Solo est permitida la rotacin alrededor de los enlaces N - C y C - C=O. Los ngulos de
rotacin alrededor de esos enlaces se denominan respectivamente como y con
direcciones definidas como rotacin positiva, tal como sealan las flechas; la rotacin positiva es
en el sentido de las agujas del reloj como se ve en el carbono . La conformacin extendida
de la cadena que se muestra aqu corresponde a = +180 y = +180

DIAGRAMAS DE RAMACHANDRAN

Se representan los valores de y . No todos los valores son posibles sin colisiones entre los
tomos. Las regiones ms favorecidas se muestran en verde oscuro. Las regiones lmite en
verde claro. La mayora de los ngulos de torsin se encuentran dentro de las regiones permitidas.

HLICES

HLICES IDEALIZADAS. Estructuras hipotticas producidas al variar el nmero (n) de unidades

peptdicas por vuelta de hlice. Tambin se muestra el paso de rosca (p) o ascenso de la hlice por
vuelta y en el caso n=2 la elevacin (h)

PATRONES DE ENLACES DE HIDRGENO PARA CUATRO HLICES. Por ejemplo hay

13 tomos en el bucle correspondiente a la hlice (3,6 13)

PUENTES DE HIDRGENO EN LA ALFA HLICE

El O del grupo CO de un enlace peptdico forma puente de H con el H del grupo NH del
cuarto residuo ms adelante en la cadena polipptdica. Las cadenas laterales de los
aminocidos permanecen perpendiculares al eje

ESTRUCTURA DE LA

- HLICE

Visin apical

Visin de esferas compactas

Diagrama de cintas

Vista lateral con enlaces de H

ESTRUCTURAS POSIBLES EN HLICE

HLICE

HLICE 310

HLICE

LMINAS PLEGADAS

HLICE
LMINA

Estas son las dos estructuras regulares ms importantes de los polipptidos. En la hlice
los enlaces de hidrgeno se forman dentro de una nica cadena polipeptdica y son casi
paralelos al eje de la hlice. En la lmina los enlaces de hidrgeno se forman entre
cadenas adyacentes y son casi perpendiculares a las cadenas

ESTRUCTURAS EN LMINAS

antiparalela

paralela

ESTRUCTURA EN LMINA PLEGADA

Ejemplo de hoja plegada antiparalela. Las cadenas laterales de los

aminocidos alternan por encima y por debajo del plano de la lmina.

ESTRUCTURA TERCIARIA DE LAS PROTENAS

ESTRUCTURAS CARACTERSTICAS DE LAS PROTENAS GLOBULARES

Hay una gran variedad en la estructura de las protenas globulares, pero suelen seguir unos
patrones de plegado que incluyen: hlices (azul), lminas (rojo) y lazos (verde)

ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS O MOTIVOS

ALFA-ALFA

HORQUILLA BETA

BETA-ALFA-BETA

GRECA

CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS EN BASE A CONEXIN DE MOTIVOS

1.

PROTENAS CON DOMINIOS ALFA

TETRAHLICE

GLOBINA

2.

PROTENAS CON DOMINIOS ALFA-BETA

EJEMPLO: ESTRUCTURAS CERRADAS (Barriles cerrados)

3.

PROTENAS CON DOMINIOS BETA ANTIPARALELAS

EJEMPLO: BARRILES ARRIBA / ABAJO

ENLACES QUE ESTABILIZAN LA

CONFORMACIN DE LAS PROTENAS
a) Covalentes: puentes disulfuro *
b) No covalentes:
- Enlaces de hidrgeno
- Fuerzas electrostticas
- Fuerzas hidrofbicas
- Fuerzas de Van der Waals

* Puentes disulfuro:

SH + HS
Reduccin

Oxidacin

CONCEPTOS GENERALES SOBRE ESTRUCTURA DE PROTENAS

1.

La conformacin de una protena est estabilizada principalmente por

interacciones dbiles.

2.

La secuencia de aminocidos determina la estructura terciaria.

3.

Las protenas difieren en su estructura terciaria.

4.

La estructura de una protena determina su funcin.

5.

Las protenas pierden su estructura y su funcin al desnaturalizarse.

6.

Las estructuras terciarias no son rgidas.

7.

Los polipptidos se pliegan rpidamente segn un proceso en varias etapas.

8.

Existe un pequeo nmero de modelos estructurales terciarios comunes

llamados dominios

DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS

Renaturalizacin

Desnaturalizacin

DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS

1.

VARIACIONES DE pH : Alteran los estados de ionizacin de las cadenas

laterales de los aminocidos ionizables

2.

TEMPERATURAS ALTAS : Alteran las vibraciones de los tomos.

3.

DETERGENTES : Interfieren con las fuerzas hidrofbicas (SDS)

4.

CONCENTRACIONES ELEVADAS DE SUSTANCIAS ORGNICAS: Interfieren

con los enlaces de tipo polar (puentes de hidrgeno)

5.

AGENTES DESNATURALIZANTES : Actan en general sobre todos los tipos

de enlaces (urea 8M)

5.

AGENTES REDUCTORES: Rompen los puentes disulfuro (betamercaptoetanol)

DESNATURALIZACIN REVERSIBLE E IRREVERSIBLE DE LAS PROTENAS

8M

(d)

Desnaturalizacin y renaturalizacin de la ribonucleasa

Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham

Clasificacin de las Protenas por su Funcin

Enzimas
Protenas de transporte:
- Hemoglobiba (O2)
- Lipoprotenas (transporte de lpidos en el plasma)
- Protenas de transporte a travs de membranas
Protenas nutrientes y de reserva:
- En la semilla del trigo, maiz y arroz
- Ovoalbmina
- Casena
- Ferritina (almacena hierro)
Protenas contrctiles o mtiles:
- Actina y miosina (clulas musculares y otras)
- Tubulina y dinena (cilios y flagelos)
Protenas estructurales:
- Colgeno, Queratina, Fibrona
Protenas de defensa:
- Anticuerpos (sistema inmunolgico)
- Fibringeno y trombina
- Toxinas y Venenos

Protenas reguladoras:
- Homonas
- Protenas G
- Protenas reguladoras de la expresin del DNA
Copyright 1999 by Harcourt Brace & Company

Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham

Clasificacin de las Protenas por su

Composicin
Conjugadas (Heteroprotenas)
- Es necesaria la presencia de una parte no protica para
cumplir su funcin. Se llama grupo prosttico
- Segn la naturaleza de grupo se llaman: glicoprotenas,
lipoprotenas, nucleoprotenas, fosfoprotenas, metaloprotenas,
hemoprotenas, flavoprotenas

No conjugadas (Homoprotenas)
Clasificacin de las Protenas por su
Forma
Fibrosas
Globulares
Copyright 1999 by Harcourt Brace & Company

PROTENAS
FIBROSAS

ESTRUCTURA DE LA -QUERATINA

Superhlice en las -queratinas

Estructura de los filamentos intermedios de 8 cadenas de la -queratina

-QUERATINA

Estructura de la fibrona de la seda

COLGENO

ESTRUCTURA DE LA FIBRAS DE COLGENO.

La protena colgeno est formada por molculas de tropocolgeno empaquetadas
juntas para formar las fibras. La molcula de tropocolgeno es una hlice triple

COLGENO

Enlaces en la molcula de colgeno

Oxidacin de un residuo de lisina y

su condensacin con otro para dar
un enlace de entrecruzamiento

BIOSNTESIS Y ENSAMBLAJE
DEL COLGENO

El proceso puede dividirse en varios

pasos. Los pasos 1-4 se producen el
RE y el citosol de las clulas
sintetizadoras de colgeno. Los
pasos 6-7 se producen en la regin
extracelular.

ELASTINA

DESMOSINA

Gly y Pro muy abundantes.

Desmosina: entrecruzamiento de diferentes
monmeros con 3 molculas de Lys.

PROTENAS
GLOBULARES

MIOGLOBINA Y HEMOGLOBINA

Plegado tridimensional de la mioglobina

Papel de las globinas en el transporte

y almacenamiento de oxgeno

Comparacin entre la mioglobina y la hemoglobina

MIOGLOBINA

EL GRUPO HEMO

Plano del hemo

Enlaces de coordinacin del tomo

de hierro en el grupo hemo

La His F8 forma un enlace perpendicular por

debajo del plano con el tomo de hierro. (a) en
disolucin acuosa. (b) en la mioglobina la His E7
obliga al C=O a salirse de la perpendicular. (c) el
enlace O=O en la oximioglobina

CURVA DE SATURACIN DE LA MIOGLOBINA

La concentracin de oxgeno libre se expresa como PO2, la presin parcial de oxgeno.

La proporcin de lugares de unin de la mioglobina que estn ocupados se expresa
como % de saturacin (dcha). La curva es hiperblica.

ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA

La hemoglobina tiene 4 subunidades: 2 alfa y dos beta. En el hombre existen

dos genes y un gen . Mutaciones en estos genes producen enfermedades
genticas conocidas como talasemias

CURVAS DE DISOCIACIN DEL OXGENO

Curvas de disociacin del oxgeno para la mioglobina y hemoglobina mostrando los valores
de pO2 en los alveolos pulmonares (sangre arterial) y en el msculo activo y en reposo.

CONCEPTO DE P50

100

Saturacin de O2, %

80

60

40

20

0
0

20

P50 Mb

40

P50 Hb

60

PO2, mmHg

80

100

P O2 mm Hg

OXIGENACIN DE LA HEMOGLOBINA

En la oxigenacin el tomo de hierro

se desplaza hacia el grupo hemo

Cambios conformacionales inducidos

por el movimiento del tomo de hierro
Analoga con sellos de correos de la
oxigenacin de la hemoglobina

COOPERATIVIDAD EN LA HEMOGLOBINA

MODELO CONCERTADO

COOPERATIVIDAD EN LA HEMOGLOBINA

MODELO SECUENCIAL

EFECTO BOHR EN LA HEMOGLOBINA

Una disminucin del pH da lugar a la liberacin de oxgeno

EFECTO DEL pH
O2 Hb

H+

Msculo
CO2 Hb H+

CO2

Alvolos pulmonares
+

O2

TIPOS DE ENLACES SALINOS

BASES QUMICAS DEL EFECTO BOHR: ESTABILIZACIN DE LA FORMA dHb

En la desoxihemoglobina tres resduos de aminocidos forman dos puentes salinos que estabilizan
la estructura cuaternaria T. La formacin de uno de estos puentes depende de la presencia de un
protn aadido a la His 146 . En la desoxihemoglobina la proximidad de la carga negativa del Asp
94 favorece la protonacin de la His. De este modo la presencia de protones estabiliza la forma
desoxi que muestra una tendencia mayor a librerar el oxgeno en los tejidos.

TRANSPORTE DEL CO2 POR LA HEMOGLOBINA

El dixido de carbono tambin estabiliza la desoxihemoglobina al reaccionar con los grupos

amino terminales, para formar grupos cabamato, con una carga negativa, en contraste con
los grupos amino libres, que podran ser neutros o con carga positiva. Estos carbamatos
participan en la formacin de puentes salinos que estabilizan la forma T

FORMA DE UNIN DEL 2,3-BPG A LA DESOXIHEMOGLOBINA HUMANA

2,3-Bisfosfoglicerato

Modelo del enlace del 2,3-BPG en la desoxihemoglobina humana. Se sita dentro de la cavidad
central. All interacciona con tres grupos cargados positivamente de cada cadena beta.

HEMOGLOBINA FETAL

Hb F
Hb A

La hemoglobina fetal (Hb F) tiene una mayor afinidad por el oxgeno debido a que el BPG se
une con menor fuerza a las cadenas gamma (donde aparecen serinas en lugar de histidinas)

LA HEMOGLOBINA EN LA ANEMIA FALCIFORME

Los individuos con anemia falciforme poseen Hb S en la cual se ha sustitudo Glu por Val en las
cadenas beta. De esta manera se forman parches hidrofbicos en la superficie de la molcula
que permiten a las molculas polimerizar en filamentos. En la forma desoxi la zona adhesiva
queda enmascarada y no puede unirse a otra porque el lugar complemantario no es asequible.