SISTEMTICA MICROBIANA

La sistemtica es el estudio de la diversidad de los organismos y sus relaciones. Se relaciona con la

taxonoma, en la cual los organismos se caracterizan, nombran, y se colocan en grupos de acuerdo
a varios criterios definidos.
La taxonoma bacteriana ha cambiado sustancialmente en las ltimas dcadas, ya que abarca una
combinacin de mtodos para la identificacin de bacterias y descripcin de nuevas especies. El
anlisis fenotpico examina la morfolgica, metablicas, fisiolgicas, y las caractersticas qumicas
de la clula. El anlisis genotpico considera las caractersticas del genoma. Estos dos tipos de
organismos del grupo de anlisis basados en las similitudes. Ellos se complementan con el anlisis
filogentico, que busca colocar organismos dentro de un marco evolutivo.

16.10 Anlisis fenotpico: cidos grasos

steres metlicos (FAME)
Las caractersticas fenotpicas de una bacteria proporcionan muchos rasgos que pueden ser
utilizados para diferenciar especies. Por lo general, ya sea para describir una nueva especie o la
identificacin de una bacteria, varios de estos rasgos estn determinados por el organismo de
inters.
Los tipos y proporciones de cidos grasos presentes en los lpidos de membrana citoplasmtica y
los lpidos de la membrana externa de bacterias gram negativas son los principales rasgos
fenotpicos de inters. La tcnica para la identificacin de estos cidos grasos se ha apodado
FAME, por ster metlico de cidos grasos. La composicin de cidos grasos de bacterias vara de
especie a especie en longitud de cadena y en presencia o ausencia de insaturaciones. Por lo tanto,
un perfil de cidos grasos a menudo puede identificar una especie bacteriana particular.

16.11 Los anlisis genotpicos

El anlisis comparativo del genoma ofrece muchas caractersticas para discriminar entre especies
de bacterias. El anlisis genotpico tiene un atractivo especial en la taxonoma microbiana, debido
a las ideas que proporciona a nivel del ADN. El mtodo de anlisis genotpico utilizado depende de
la pregunta (s) que representan, con la hibridacin ADN-ADN y el anlisis de ADN entre los ms
comnmente utilizados en la taxonoma microbiana.

La hibridacin ADN-ADN
Cuando dos organismos comparten muchos genes idnticos o muy similares, se espera que sus
ADN puedan hibridar en proporcin aproximada a las similitudes en sus secuencias de ADN. Por lo

tanto, la hibridacin ADN-ADN es til para diferenciar entre organismos como complemento de la
subunidad pequea de la secuenciacin de genes rRNA.
Hibridacin ADN-ADN es un mtodo sensible para revelar diferencias sutiles en los genomas de
dos organismos, y por lo tanto a menudo es til para diferenciar organismos muy similares. Los
valores de hibridacin de 70% o mayor se recomiendan como pruebas de que dos aislamientos
son de la misma especie. Se requieren valores de al menos el 25% para argumentar que dos
organismos estn en el mismo gnero.

Rangos de GC
Otro mtodo que se ha utilizado para comparar y describir las bacterias es la proporcin de GC de
su ADN. La relacin de GC es el porcentaje de guanina (G) ms citosina (C) en el ADN genmico de
un organismo. Ratios de GC varan en un amplio intervalo, con valores tan bajos como 17% y tan
altas como casi el 80% entre las especies de bacterias y arqueas, un rango que es algo ms amplio
que para eucariotas.

Mtodos de caracterizacin de ADN

Hay varios mtodos que generan patrones de fragmentos de ADN para el anlisis de similitud
genotpica entre las cepas bacterianas. Uno de estos mtodos de perfiles de ADN.
El mtodo rep-PCR se basa en la presencia de elementos de ADN repetitivo altamente conservadas
intercalados aleatoriamente alrededor del cromosoma bacteriano. El nmero y las posiciones de
estos elementos difieren entre las cepas de una especie que han divergido en secuencia del
genoma.
El AFLP se basa en la digestin de ADN genmico con uno o dos enzimas de restriccin y la
amplificacin selectiva por PCR de los fragmentos resultantes, que despus se separan por
electroforesis en gel de agarosa. Patrones de bandas para una cepa especfica o similar a los de
rep-PCR u otros mtodos de huellas de ADN se generan, con el gran nmero de bandas que dan un
alto grado de discriminacin entre cepas dentro de una especie.

Tipos de secuencia de multilocus

Una de las limitaciones de los anlisis anteriores es que estos anlisis se centran en un nico gen,
que no puede proporcionar suficiente informacin para la discriminacin inequvoca de cepas
bacterianas. La secuencia de multilocus (MLST) evita este problema y es una tcnica poderosa para
caracterizar las cepas dentro de una especie.
MLST consiste en la secuenciacin de varios genes diferentes de "mantenimiento" de un
organismo y comparando sus secuencias con las secuencias de los mismos genes de diferentes
cepas del mismo organismo. Los genes codifican funciones esenciales en las clulas y se
encuentran en el cromosoma en lugar de en un plsmido. Para cada gen, una secuencia de
aproximadamente 450 pares de bases es amplificado mediante PCR y se secuenci a continuacin.

Cada nucletido a lo largo de la secuencia se compararon y las diferencias se notan. Cada

diferencia, o variante de la secuencia, se denomina alelo y se le asigna un nmero.
MLST tiene suficiente poder de resolucin para distinguir entre las cepas an muy estrechamente
relacionados. Ha encontrado su mayor uso en microbiologa clnica, donde se ha utilizado para
diferenciar las cepas de un patgeno particular.

Multigenes y anlisis de todo el genoma

La comparacin de secuencias de genes particulares pueden proporcionar informacin valiosa
para la taxonoma y filogenia, pero el uso de mltiples genes para la identificacin y descripcin de
las bacterias puede evitar problemas asociados con la dependencia de los genes individuales.
Anlisis de la secuencia de Multigenes es similar a MLST, excepto que se obtienen secuencias de
genes completos o casi completos. Mediante la secuenciacin de varios genes funcionalmente no
relacionados, se puede obtener una muestra ms representativa del genoma que es posible con
un solo gen, y los casos de transferencia horizontal de genes se pueden detectar y esos genes
excluidos de la consideracin adicional. Los anlisis de las secuencias del genoma enteros
proporcionan una mayor profundidad de anlisis genotpico.

16.12 El concepto de especie en Microbiologa

En la actualidad, no existe un concepto universalmente aceptado de especies de procariotas.
Sistemtica microbiana combina fenotpica, genotpica y datos filogenticos basados en la
secuencia dentro de un marco de normas y lineamientos para describir e identificar los
procariotas, pero el tema de lo que realmente constituye una especie procariotas sigue siendo
controvertido. Dado que las especies son las unidades fundamentales de la diversidad biolgica,
cmo se define el concepto de especie en microbiologa determina cmo distinguimos y clasificar
las unidades de la diversidad que conforman el mundo de los microbios.

Definicin actual de especies procariotas

Una especie procariota se define operacionalmente como un grupo de cepas que comparten un
alto grado de similitud en varios rasgos independientes. Los rasgos considerados actualmente ms
importantes para agrupar cepas como una especie incluyen 70% o mayor de hibridacin de ADNADN genmico y 97% o mayor identidad (diferencia de 3%) en 16S rRNA secuencia del gen. Los
datos experimentales sugieren que estos dos criterios son vlidos, confiables y consistentes en la
identificacin de nuevas especies de procariotas