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Amada Lpez lvarez

Agosto 12, 2014

PROYECTO DEL GENOMA HUMANO


HGP
INTRODUCCIN
El trmino genoma ha sido acuado desde hace tres cuartos de siglo por un
botnico alemn llamado Hans Winkler para designar el conjunto haploide de
cromosomas de los organismos eucariticos, aunque en la actualidad el trmino
tambin se aplica para organismos procariticos.
Si bien el Proyecto Genoma Humano se inici en 1990, ya desde los aos setenta y
ochenta se venan descifrando genomas de muy diferentes organismos. Entre
1976 y 2004: seis virus, once bacterias, un hongo, dos plantas, dos invertebrados,
dos vertebrados, as como el ADN de las mitocondrias humanas. (4)
Inicialmente el PGH se presupuest en 3.000 millones de $ USD, estimndose su
duracin en quince aos. Ahora bien, las innovaciones tecnolgicas han
posibilitado un considerable recorte en gastos y tiempo. La primera fase concluy
en trece aos, invirtindose 2.600 millones de $ USD.
El proyecto del genoma humano, trata de encontrar y descifrar el significado de
cada una de los 3150 millones de bases segn el HGP o de las 3120 millones de
bases segn Celera Genomics, que conforman nuestro genoma.
CRONOLOGIA
La magnitud del Proyecto Genoma Humano no tiene precedentes en biologa. La
visin internacional y la colaboracin de los cientficos involucrados tuvieron un
papel fundamental en el xito del proyecto.
Cuando el Proyecto Genoma Humano fue lanzado en 1990 muchos en la
comunidad cientfica eran muy escpticos en cuanto a si las audaces metas del
proyecto podran ser alcanzadas, especialmente teniendo en cuenta su rgido plazo
y los niveles de gastos relativamente estrechos.
Al comienzo, el Congreso de los EE.UU. fue informado que el proyecto costara
alrededor de $3 mil millones en dlares de 1991 y estara terminado para finales
del 2005. En realidad, el Proyecto Genoma Humano fue terminado dos aos y

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medio antes de tiempo y a un costo de $2,7 mil millones en dlares de 1991, muy
por debajo de las proyecciones originales de gastos. (1)
El Consorcio Internacional para la Secuenciacin del Genoma Humano incluy
cientos de cientficos en 20 centros de secuenciacin en Alemania, China, Francia,
Gran Bretaa, Japn y los Estados Unidos. (1)
Las cinco instituciones que generaron la mayor secuencia fueron:
1. Colegio de Medicina Baylor, Houston.
2. Escuela de Medicina de la Universidad Washington, St. Louis.
3. Centro Whitehead/MIT para la Investigacin del Genoma, Cambridge,
Inglaterra.
4. Instituto Conjunto del Genoma de DOE, Walnut Creek, California.
5. Instituto Wellcome Trust Sanger cerca de Cambridge, Inglaterra.
Este proyecto es efectuado por dos grandes grupos: uno pblico (del gobierno de
los E.E.U.U) dirigido por Francis Collins el cual es un consorcio de varios entes
internacionales, este grupo incluye el Instituto para el Estudio del Genoma
Humano (HGRI) de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH) y
los 5 centros de secuenciamiento mencionados en la lista anterior.
El segundo grupo, representando el sector privado, est constituido por unas
pocas compaas con el liderazgo de Celera Genomics de Rockville, en el estado
de Maryland fundada por Craig Venter (2).
Celera contaba con ms de 300 secuenciadores automticos PRIMS 3700, hechos
por PE Biosystems adquiridos por US 300000 cada uno y un supercomputador
Compaq conformado por 800 procesadores Alfa EV6 y EV7 con una arquitectura de
64 bits y ms de 80 terabytes de memoria, ese computador puede ejecutar
1.3x109 operaciones de punto flotante por segundo.

OBJETIVOS
Debido a la internacionalizacin del proyecto, se dio la creacin del Human
Genome Organization (HUGO): un rgano rector y coordinador presidido,
inicialmente, por el genetista Victor McKusic. El planteamiento original marcaba
ocho objetivos, encaminados a habilitar soluciones mediante tcnicas de terapia
gnica u otras aplicaciones biotecnolgicas: (4)
1. Descifrar todo el genoma humano. Es lo que se conoce como genmica
estructural:
qu informacin contiene el genoma?

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2. Desarrollar una tecnologa eficiente para la secuenciacin de todo el
genoma.
3. Identificar las variaciones allicas.
4. Interpretar las funciones. Es lo que se conoce como genmica funcional:
qu codifican los genes?, qu genes, en qu orden, dnde y cundo se expresan
en relacin con el desarrollo?
5. Descifrar y analizar las secuencias de organismos modelos.
Concretamente: una
levadura
(Saccharomyces
cerevisiae),
un
nemtodo (Caenorhabditis elegans), la mosca
de la fruta (Drosophila
melanogaster) y el ratn comn (Mus musculus).
6. Examinar las implicaciones ticas, legales y sociales de la investigacin
genmica. El
programa internacional ELSI (Ethics, Legal and Social
Implications).
7. Desarrollar herramientas de bioinformtica y estrategias de computacin
para el uso de
los datos de genes y secuencias.
8. Adiestrar cientficos para la investigacin y anlisis de los genomas.
Y los objetivos a largo plazo y posibles beneficios derivados del PGH seran:
1. Mejorar el diagnstico gentico.
2. Elaborar productos gnicos mediante tcnicas de ADN recombinante y
mejorar el tratamiento mediante frmacos ms especficos o terapia
gnica.
3. Utilizar los datos obtenidos para identificar genes, comprender su
regulacin y expresin.
4. caracterizar las mltiples relaciones complejas entre los genes y el
ambiente.
Debe destacarse que la secuenciacin del genoma humano slo es el comienzo,
ms que el final, de la tarea de investigacin iniciada en 1990. Luego de terminada
la secuenciacin, hay que determinar la correspondencia entre gen y secuencia,
gen y funcin, gen y enfermedad. Se espera, por lo tanto, una explosin en el rea
de diagnstico y, luego, en el rea teraputica una vez finalizado el PGH. (3)
ESTRATEGIAS DE SECUENCIAMIENTO Y VECTORES DE CLONACIN
Ambos grupos (el pblico y el privado), utilizaron tcnicas diferentes para
secuenciar los genomas y especialmente el genoma humano:

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El sector pblico, dirigido por Francis Collins, utiliz el mtodo conocido como
jerrquico,
propuesto por l mismo y James Watson, entre otros, ellos
empezaron con clulas de la sangre y espermatozoides, posteriormente,
dividieron las preparaciones en los 23 cromosomas humanos, y fueron tomaron
fragmentos largos y los cortaron en fragmentos ms cortos que secuenciaron y
ordenaron por los extremos superpuestos, y as sucesivamente pasando por genes,
luego cromosomas y despus todo el genoma.
Cada parte del genoma fue secuenciado varias veces, y observaron que entre ms
veces aparece una base en la misma posicin, mayor es la certidumbre de que la
identificacin que hace el computador es la correcta.

Figura 1. Mtodo de jerrquico al azar

Todo el genoma fue secuenciado varias veces, 4 veces sirven para tener una tasa
de error menor de 1 en 100 y alrededor de 11 veces para llegar a una tasa de error
de 1 en 100000 bases.
La construccin del mapa fsico comienza con el aislamientodel DNA genmico,
este DNA se rompe en fragmentos de unos 150 kb mediante mtodos fsicos o
empleando enzimas que lo cortan. Para poder aislar, amplificar y almacenar estos
fragmentos de DNA es necesario introducirlos en vectores adecuados. Para ello se
han empleado dos sistemas fundamentales, los vectores desarrolladosa partir de
levaduras, YAC (siglas en ingles para cromosomas artificiales de levadura) y los

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vectores desarrollados a partir de bacterias, BAC (siglas del ingles para
cromosomas artificiales de bacterias) o PAC (siglas del ingles para cromosomas
artificiales derivados de Pl) muy parecidos a los BAC.
Los YAC son capaces de aceptar fragmentos de hasta 1 Mb (un milln de bases) y
se emplearon para realizar los mapas fsicos de primera generacin de los
genomas de ratn y humano.
Por otra parte, James Weber, director de la Marshfield Research Foundation de
Winsconsin, alrededor del ao de 1993 empez a trabajar en un mtodo de
secuenciamiento que no necesitara del tedioso proceso de localizar y secuenciar
fragmentos previamente ordenados de cada cromosoma, es decir que se pudiera
secuenciar cualquier genoma sin la necesidad de realizar mapas cromosmicos
previos.
El mtodo de Weber llamado "El mtodo del escopetazo" rompe todo el DNA de un
genoma, luego secuencia estos fragmentos y por ltimo con poderoso medios
informticos se ensambla la secuencia, los algoritmos para emsamblar la
secuencia fueron diseador por Gen Myers investigador de la universidad de
Arizona en Tucson.
El proyecto privado que estaba a cargo de Craig Venter y estaba financiado por la
compaa Celera Genomics utiliz este mtodo, el cual le haba dado muy buenos
resultados en el secuenciamiento de genomas pequeos como los de las bacterias.
Celera en lugar de tomar un fragmento largo, rompe en millones de pedacitos todo
el genoma. Los pedacitos los superponen y luego los ensamblan por los extremos
que se superponen, con la ayuda del supercomputador que posean. Ya aunque
este
mtodo fue ampliamente criticado por los investigadores, dio buenos
resultados.
La estrategia de Celera era evitar la fase de mapeo por adelantado subclonando
fragmentos al azar del genoma humano directamente.

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Figura 2. Mtodo de escopetazo

El 25 de junio de 2000, en la Casa Blanca, el presidente Clinton junto a


Francis Collins y Craig Venter, anunciaron pblicamente la versin borrador
del genoma humano realizada tanto por el esfuerzo pblico como privado.
En febrero de 2001, se publicaron los borradores del consorcio pblico y del
privado en Nature y Science, respectivamente. Finalmente en el ao 2004 se
public la versin final del genoma humano.
Referencias:
(1) http://www.genome.gov/11510908(10-08-2014; 3:45 pm)

(2) http://www.virtual.unal.edu.co/cursos/ingenieria/2001832/lecciones/secuenciamiento.html (10-08-2014;

6:50 pm)
(3) http://www.salvador.edu.ar/vrid/publicaciones/revista/bolzan.htm(9-08-2014; 2:21 pm)
(4) http://www.arbil.org/106geno.htm(9-08-2014; 3:40 pm)
(5) http://www.manualmoderno.com/apoyos_electronicos/9786074482911/galeria_entrada.p
hp?cap=33(10-08-2014; 7:50 pm)
International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis
of the human genome. Nature 409, 860-921 (2001).
VENTER, J. C. et al. The sequence of the human genome. Science 291, 1304-1351
(2001).

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