Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
Un poco de historia
1700s
1800s
1850s
La fermentacin de azcar a
alcohol por levaduras es catalizada
por fermentos que son
inseparables de las clulas vivas
de levadura
Un poco de historia
1897
Khne
1926
1930s
1930s
Los Protagonistas
Coenzimas que
transfieren electrones
Coenzimas
que
transfieren
electrones
Coenzimas que
transfieren
grupos de
tomos
Vitaminas
Liposolubles
Vitaminas
Hidrosolubles
Vitaminas
Hidrosolubles
Clasificacin de enzimas
E.C.w.x.y.z.
Un ejemplola hexoquinasa
ATP + D-glucosa ADP + D-glucosa-6-fosfato
E.C.2.7.1.1.
transferasa
fosfotransferasa
P-transferasa con HO como aceptor
D-glucosa como aceptor del P
Condiciones de funcionamiento
Especificidad
Magnitud de la aceleracin de la velocidad de reaccin
ST
P
Direccin de Reaccin
T = Estado de transicin
Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.166
E +P
EST
S
ES
EP
ST
Direccin de Reaccin
Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.166
Cmo lo logra ?
Sitio activo
El sitio activo
Proporciona una superficie cataltica
Estabiliza estado de transicin
Transforma el estado de transicin en producto
B
A
A
Superficie cataltica
Juang RH (2004) BCbasics
Ajuste inducido
(Koshland, 1958)
Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252
Hexoquinasa
D-glucosa
El sitio activo
Proporciona una superficie cataltica
Estabiliza estado de transicin
Transforma el estado de transicin en producto
B
A
A
Superficie cataltica
Juang RH (2004) BCbasics
Catlisis cido-base
H
[HOOC]
C
N
Ser195
N
H
O
C
C
C
N
[NH2]
H
[HOOC]
C
N
N
C H
Ser195
O
C
[NH2]
C
N
H
[HOOC]
C
N
H
N
C H
O
C
O
C
C N
Intermediario Acil-Enzima
C
C
[NH2 ]
H O
H
O
C
O
[HOOC]
C
N
C
C N
N-H
C H
Intermediario Acil-Enzima Agua
C
C
[NH2 ]
H
H
O
C
O
C
C N
[NH2 ]
O
C
C
Des-acilacin
C
N
[NH2]
CO
Asp 102
HN
HOCH2
C C
H
CH2
Ser
195
His 57
O
COH
Asp 102
Ser Activa
H
N
NH
C C
H
CH2
His 57
OCH2
Ser
195
Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.158
-
O
H
O
C
H
N
C
H O H
H
H
H
N
C
H O H
H
H
Lenta
Rpida
N
H
O
C
H
C
H
Catlisis
Acida
O
C
Catlisis
Bsica
C
Rpida
N
H
O
C
N
H
Catlisis
Acido-base
Ambas
H
N
C
O
H
H
H
H
O
C
Muy rpida
Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252
Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.167
Catlisis Acido-Base
N
Cadena
peptidica del
Sustrato
H O2
1
His
(196)
O
H
O-
2+
Zn
His (69)
Glu
(72)
COO -
Arg (145)
C-terminal
Chequear por
C-terminal
Bolsillo
del Sitio
Activo
(248)
Tyr
O
O
NCCNCC NCCNCC
R
H R
OC
Ser
Sitio de
Especificidad Sitio Cataltico
Sitio Activo
Juang RH (2004) BCbasics
O
O
CNCCN
C
C
C
C
NH3
+
COOC
Asp
Quimotripsina
corta en Trp, Phe, Tyr
O
O
CNCCN
C
Elastasa
corta en Ala, Gly
O
O
CNCCN
CH3
Bolsillo Poco Profundo
y
no-polar
Bolsillo No-polar
Sitio Activo
Tripsina
Especificidad Espacial
A
sp3
Superficie Enzima
La estructura tetrahdrica
de los orbitales del carbono
tiene una tensin estrica
que conforma la unidad
base de la conformacin
proteica
Cintica Enzimtica
V
Vo
Orden 0
ES
Orden 1
[S]
1913
E+S
k1
k2
rpida
ES
k3
k4
E+P
lenta*
Concentracin
ET
E
ES
Tiempo de reaccin
EE
Vo
Vo = Vm
Vm
Vo = Vm [S]
Km + [S]
Vm
Vo = Vm [S]
Km
Km
[S]
Km =
Alosa
Manosa
CHO
H-C-OH
HO-C-H
H-C-OH
H-C-OH
H2-C-OH
CHO
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H-C-OH
H2-C-OH
CHO
HO-C-H
HO-C-H
H-C-OH
H-C-OH
H2-C-OH
8.000
5 mM
Juang RH (2004) BCbasics
Cintica Michaeliana
Vo
Vo = Vm
Vm
Vo = Vm [S]
Km + [S]
Vm
Vo = Vm [S]
Km
Km
[S]
Cmo hacemos en la
prctica para obtener
Vm y Km?
Recopilando
1) Usar una cantidad definida de Enzima E
2) Agregar sustrato en varias concentraciones S
3) Determinar Producto a Tiempo Fijo (P/t) vo
4) Estimar Vmax y Km
1
vo
-1
Km
1/2
Grfico Directo
1
Vmax
Doble recproca
1/S
Km
Vmax
vo
UNIDAD ENZIMTICA
Actividad =
Protena (mg)
Especfica
E+S
k1
k2
ES
En condiciones saturantes
k3
E+P
Vm = k3 ET
k cataltica
Nmero de recambio
Algunos ejemplos
Constante de especificidad
kcat / km
Inhibicin de la
actividad enzimtica
Trypanosoma brucei
Difluorometilornitina
Inhibidor suicida de la Ornitn decarboxilasa
primera enzima en biosntesis poliaminas
Competitiva
No-competitiva
Ecuacin y Descripcin
Dibujo Gua
Sustrato
Compite por
Inhibidor Sitio activo
Incompetitiva
E
X
I
Sitio diferente
E + S
ES E + P
+
I
EI
E + S
ES E + P
+
+
I
I
EI + S EIS
E + S
ES E + P
+
I
EIS
Inhibicin Reversible
Grfico Directo
Competitiva
Vmax
vo
No-competitiva
vo
Km Km
Doble Recproca
[S], mM
Vmax no cambia
Km aumenta
1/vo I
Km = Km
1/ Vmax
1/Km
1/[S]
Incompetitiva
Vmax
Vmax
Vmax
Vmax
[S], mM
Vmax disminuye
Km no cambia
1/vo I
Km Km
1/ Vmax
1/Km
1/[S]
[S], mM
1/ Vmax
1/Km
1/[S]
Juang RH (2004) BCbasics
metanol
Alcohol
deshidrogenasa
Formaldehdo
H2N-
-COOH
Acido
flico
Precursor
H2N-
Bacterias necesitan
PABA para
biosntesis de cido
flico
-SONH2
Sulfanilamida
Vmax [S]
vo=
Km + [S]
Directo
Significa:
Orden cero
1er orden
Nmero de
recambio
k3 [Et]
UE
Velocidad
Mxima
&
Km
Afinidad con
substrato
Doble recproca
Inhibicin
1 mol
min
Vmax
Competitiva
No-competitiva
Incompetitiva
Enzimas
Regulatorias
Retroalimentacin negativa
Enzimas
Alostricas
Gk: allos = otros
steros = forma
Enzimas Alostricas
Protenas multimricas y complejas
Modulador y S se unen a distintas subunidades
Unin modulador produce cambio conformacional que altera
actividad enzimtica
Modulador puede ser positivo o negativo
Un sitio especfico para cada modulador
Modulador puede ser el mismo S
(homotrpico) o no (heterotrpico)
12 cadenas polipeptdicas
COOCH2
HN-C-COOHH
COOO CH2
H2N-C- N-C-COOHH
- - -
Carbamil aspartato
O
H2N-C-O-PO32-
Aspartato
- - -
Carbamil
fosfato
ATCasa
ATP
CTP
CTP
Feedback
inhibicin
CTP
CTP
CTP
CTP
CTP
Metabolismo
Ncleicos
Cintica alostrica
Cooperatividad
Ajuste inducido
(Koshland)
Volvamos a la ATC
vo
ATP
CTP
Efector Negativo
(CTP) mantiene
vo
Si exageramos
la curva
sigmoidea
Vemos el punto
On/Off
claramente
Off
[Sustrato]
On
Juang RH (2004) BCbasics
GP
(glucosa)n-1 + glucosa-1-P
(glucosa)n + Pi
GS
Glucgeno fosforilasa
Glucgeno sintasa
Glucosa
4
6
Tiempo (min)