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El problema de la contaminacin
Hay una presencia creciente de sustancias
txicas, tales como como los compuestos
alifticos halogenados, hidrocarburos
aromticos, bifenilos policlorados y otros
compuestos orgnicos e inorgnicos que
contaminan agua, aire y suelo
Algunas sustancias llegan al ambiente en
bajas concentraciones, pero son sujetas a
bioacumulacin o biomagnificacin durante
su paso por la cadena alimentaria
2
Que hacer?
Identificar el problema
Establecer la naturaleza y el grado del riesgo
Decidir la mejor accin de remediacin
Ventajas de la biorremediacin
Menor costo que otras alternativa
Costo de incineracin para todos los sitios en EEUU: $1.7.1012
Procesos celulares
sustrato
transformacin
Compuesto qumico
(contaminante)
CELULA
aceptor de
electrones
Oxgeno
Nitrato
Sulfato
otros
Compuesto modificado
pero no completamente
eliminado
Sistemas
enzimticos
mineralizacin
nutrientes
Nitrgeno
fsforo
metales (trazas)
Contaminante destrudo
formacin de CO2 + H2O
RCOOH + ROH
RH + CO2
Deshidrohalogenacin
CCl3CH3
Vas catablicas
Diversidad en la
biodegradacin
de tolueno
Vas catablicas
http://umbbd.msi.umn.edu/index.html
Microbial biocatalytic reactions and
biodegradation pathways
188 pathways
1293 reacciones
1199 compuestos
833 enzimas
467 microorganismos
50 grupos funcionales orgnicos
Anlisis previos
Un requisito previo en cualquier estrategia de remediacin es
la caracterizacin del sitio, respecto a los factores que puedan
afectar el proceso
La biorremediacin es un procedimiento con rigor cientfico,
que debe ser ajustado especficamente para cada condicin
particular, para minimizar las limitaciones cinticas y
ambientales.
Por lo tanto, los costos iniciales para caracterizacin del sitio,
evaluacin de factibilidad pueden ser mayores a los costos
dasociados con tecnologas ms convencionales
8
Caracterizacin de aceptores de
electrones
En acuferos, suelos y
sedimentos predominan
condiciones anxicas
10
Maurer and Rittmann, 2004 Biodegradation 15: 419434
11
Ecologa de la degradacin
12
Diagrama de biorremediacin
Bioremediation
in situ
Engineered
Biostimulation
Adding Oxygen
-Bioventing
-Biosparging
Adding Oxygen
and Nutrients
ex situ
Intrinisic
Landfarming
Bioreactor
Bioaugmentation
Adding Oxygen,
Nutrients and Bacteria
13
Biorremediacin in situ:
1. Bioestimulacin
14
35
49 000
15
Jernelov, A. The Threats from Oil Spills: Now, Then, and in the Future, AMBIO (2010) 39:353366
Bioremediacin in situ
Bioestimulacin
18
Atlas & Bragg, Microbial Biotechnology (2009) 2, 213-221
Bioremediacin in situ
Exxon Valdez
19
Bioremediacin in situ
Exxon Valdez
No hay
posibilidad de
ms
bioremediacion
21
Atlas & Bragg, Microbial Biotechnology (2009) 2, 213221
22
Andreoni & Gianfreda, Appl Microbiol Biotechnol (2007) 76:28730
Limitaciones de la bioremediacin
Prestige oil spill
recalcitrancia
viscosidad (difusin)
accesibilidad
co-metabolismo
23
Gallego et al, Org Geochem 37: 1869- 1884
24
Biorremediacin in situ:
2. Atenuacin natural
Tecnologa relativamente simple
Puede ser llevada a cabo con mnima disrupcin del sitio
Suele requerir tiempos ms prolongados que otros mtodos
Requiere un programa de monitoreo de larga duracin
La duracin afecta el costo
Si
Actividades de remediacin en el
golfo de Mxico
27
Uso de dispersantes
636 millones litros de petrleo
5.000.000 litros dispersante!
OD ?
Corexit
Solvente: 2-butoxiethanol (2-BE) o eter de petrleo
Detergente: sulfonato orgnico
Estabilizante: propylene glicol
Otros componentes (anticongelantess, etc)
Objetivo
Bajar la tensin superficial
de la interfase agua-aceite
Formar microgotas que
queden suspendidas para la
biodegradacin de las
fracciones solubles liberadas
28
Compromiso en el uso de
dispersantes
OD ?
Monitoreo de la densidad y
actividad microbiana
Aumento en
densidad celular
en la pluma
Descenso en OD
sugiere catabolizacin
de HC
30
Hazen et al., 2010 Science 330. 204-208
Phylogenetic Oligonucleotide
Arrays
PhyloChip > 106 sondas de ARNr 16S
Phylogenetic Oligonucleotide
Arrays
Concepto de sondas mltiples
Lo microorganismos pueden ser
detectados con mltiples sondas con
niveles de especificidad idnticos y
jerrquicos
Phospholipids fatty
acids (PLFA)
33
Hazen et al., 2010 Science 330. 204-208
Composicin de comunidades en la
pluma de contaminacin
Functional Gene
Arrays (FGA)
35
24253 - 50mer
> 57000 genes
>150 grupos funcionales
36
28000 - 50mer
57000 genes
292 grupos funcionales
gyrB para anlisis filogentico
37
Lu et al., 2011 Microbial gene functions enriched in the Deepwater Horizon deep-sea oil plume The ISME Journal 5, 1 10
42
Hazen et al., www.sciencexpress.org / 24 August 2010 / Page 1 / 10.1126/science.1195979
43
Nature, Vol 466, 12 Aug 2010, p. 802
Whole-Community RNA
Amplification (WCRA)
random hexam
Bioventing
Proceso de airear suelos para
estimular actividad biolgica in
situ y promover biorremediacin.
45
Nutrientes/
Oxgeno
Agua a
tratar
Pozo de recuperacin
pluma contaminada
46
Biorremediacin in situ:
3. Bioaumentacin
Frecuentemente fertilizantes
(caros) para microorganismos
ya existentes.
Pocas veces se analiza el
resultado de la adicin
separada de nutrientes (cf
bioestimulacin)
47
48
Limitaciones a la funcionalidad de
un inoculante
Baja concentracin del contaminante
Incluye problemas de baja solubilidad o baja biodisponibilidad
Limitaciones fisiolgicas y
regulatorias a la biorremediacin
Falta de induccin del opern catablico
Falta de reconocimiento del efector regulatorio
Stress celular
Por el mismo contaminante o el ambiente
Desafos en la construccin de
GMB para uso en bioremediacin
Problema
Solucin
Ortogonalizacin de la funcin
51
Pseudomonas aeruginosa
ReduccinReduccin
de quitinade
porquitina
AH-1N
52
Jagmann et al. Environmental Microbiology (2010) 12, 17871802
Cultivos mixtos
Produccin de piocianina
53
Jagmann et al. Environmental Microbiology (2010) 12, 17871802
El cuello
Diseodedebotella
cepasen
degradadoras
la biodegradacin
de
no est necesariamente
clorotolueno
en la enzimologa
Cl
CH3
Cl
CH2OH
todC1C2BA
Cl
CH2OH
xylB
Cl
CHO
Cl
COOH
xylC
va orto cromosomal
en el husped
Cl
COOH
Cl
OH
OH
JB2
PA142
OH
TCA
OH
Velocidad
Integracinde
estable
flujos metablicos
Produccin
Funcional endelavas
conversin
secundarias
de 2-Cl
improductivas
tolueno en 2 Cl benzoato
No
Control
crecen
fisiolgico
utilizando
de 2-Cl
vas tolueno
degradativas
54
55
56
Domnguez-Cuevas P et al. J. Biol. Chem. 2006; 281:11981-11991
La maquinaria
transcripcional es
reasignada a tolerar
stress
Slo una pequea
fraccin se redirige a la
degradacin del
compuesto orgnico
57
Domnguez-Cuevas P et al. J. Biol. Chem. 2006; 281:11981-11991
tetracloroeteno tricloroeteno
cis-dicloroeteno
VC reductase
cloruro de vinilo
eteno
Dehalobacter
Desulfuromonas
ausente
ausente
ausente
60
Hendrickson et al., 2002 Appl Environ Microbiol 68, 485495
61
Hendrickson et al., 2002 Appl Environ Microbiol 68, 485495
Degradacin de TCE en
microcosmos
metanol
lactato
TCE
cDCE
TCE
KB-1
TCE
cDCE
VC
KB-1
eteno
VC
eteno
62
Major et al., Environ Sci Technol 2002, 36:5106-5116
Degradacin de TCE en
microcosmos
TCE
cDCE
eteno
d=-1
d=+1
VC
d=+73
Las secuencias de
Dehalococcoides aumentan
progresivamente en
abundancia y se desplazan
dentro del rea de tratamiento
63
Major et al., Environ Sci Technol 2002, 36:5106-5116
64
Biorremediacin in situ:
4. Fitoremediacin
El uso de plantas para extraer, secuestrar o detoxificar
contaminantes
Elementales
Orgnicos
i)
Extraccin y traslocacin a
tejidos vegetales
ii)
Secuestro en races
iii)
65
Limitaciones de la fitoremediacin
i)
Rizoremediacin: Contribucin de
microorganismos en la rizosfera a la
degradacin de contaminantes
Criterios de seleccin
1.Capacidad de crecer rpidamente en un medio simple
2.Capacidad estable de degradar naftaleno
3.Capacidad de colonizar eficientemente la raz
67
Kuiper et al.2001 MPMI 14, 1197-1205
68
69
Kamath et al., 2004 Environ Sci Technol 38, 1740-1745
Degradacin de naftaleno
Crecimiento de biomasa
La proliferacin de genotipos
competentes compensa la
interferencia en la expresin de
nahG
Bioluminiscencia especfica
70
Kamath et al., 2004 Environ Sci Technol 38, 1740-1745
% desap (12d)
68
68
71
Cebron et al., 2011 Environmental Microbiology 13, 722736
Bioremediacin ex situ:
1. Landfarming
1. Impermeabilizacin
2. Excavado
3. Remocin de piedras
4. Aplicacin (<1.5m)
5. Fertilizacin
6. Arado (oxigenacin)
73
Bioremediacin ex situ:
1. Landfarming
Ventajas
Simple para disear y operar
Tiempos de tratamiento relativamente cortos (6-24 meses)
Desventajas
Requerimiento de grandes reas
Liberacin de compuestos voltiles
Necesidad de impermeabilizacin
Vulnerabilidad a metales pesados
Degradacin incompleta
74
Bioremediacin ex situ:
1. Landfarming
http://www.opds.gba.gov.ar/index.php/leyes/ver/148
Bioremediacin ex situ:
1. Landfarming
Bioremediacin ex situ:
2. Soil piling
Bioremediacin ex situ:
2. Soil piling
78
Bioremediacin ex situ:
2. Biopilas
Ventajas
Relativamente simple para disear y operar
Tiempos de tratamiento relativamente cortos (6-24 m)
La biodegradacin es efectiva para un amplio rango de
contaminantes
Desventajas
Requerimiento de grandes reas (menos que landfarming)
Liberacin de compuestos voltiles
Vulnerabilidad a metales pesados
Los suelos con baja permeabilidad son dificiles de airear
79
Bioremediacin ex situ:
3. Compostaje
Agregado de mat. voluminoso 30%
Agregado de nutrientes
Agregado de materia orgnica
Temp: 55 oC
Ancho: 3-4 m
Altura : 1-1.5 m (minimo)
Bioremediacin ex situ:
3. Compostaje
Fase latente (Temp ambiente)
colonizacin y aclimatacin)
termoflica (40C-60C)
se alcanza el pico de temperatura
Fase
Bioremediacin ex situ:
3. Compostaje
Tratamiento de lixiviado
Sujeto a regulacin ambiental
Presencia de metales pesados
Produccin de olores
Relativamente grandes necesidades de espacio
Operacin y monitoreo continuo
82
COMPOCHIP
83
Danon et al. 2008 FEMS Microbiology Ecology 65, 133144
84
85
86
87
Bioremediacin ex situ:
4. Bioreactor (slurry phase)
Suelo
contaminado
Lquido
contaminado
Vapor
Agitador
Control de
temperatura
Nutrientes
Salida de
lquido
Suelo a secar
Entrada de aire
88
Bioremediacin ex situ:
4. Bioslurry
Ventajas
Relativamente rpido (semanas a 6 meses)
Tcnicamente simple y efectivo
Mayor control de variables operativas (pH, temperatura,
oxgeno, nutrientes, etc)
Desventajas
Vulnerabilidad a metales pesados
La deshidratacin del slido tratado puede ser dificil
Se debe disponer el agua no reciclada
Mayor costo
89
Tiempos de biorremediacin
La remediacin in situ depende de la
extensin, profundidad y concentracin de la
contaminacin. Vara entre 1-6 aos
La remediacin ex situ utilizada para
contaminantes fcilmente biodegradables o
cuando se usan bioreactores puede llevar
slo 1-7 meses
90
Ventajas y desventajas de la
biorremediacin
+
Menor costo que
opciones alternativas
En muchos casos no
produce residuos
secundarios
Pozos de inyeccin se
tapan
Problemas de biodisponibilidad
Difcil de implementar
en matrices de baja
permeabilidad
Requiere monitoreo y
mantenimiento continuo
91
Temas importantes en
biorremediacin
Aspectos regulatorios y reportes independientes
de estudios controlados
Bioremediacin de compuestos recalcitrantes en
ambientes complejos
Predicciones basadas en modelos cinticos
tradicionales no funcionan
Cmo saber que est funcionando?
Cun limpio es limpio?
92
Cmo mejorar
la bioremediacin?
93
Ramos et al., Trends in Biotechnology (2011)
doi:10.1016/j.tibtech.2011.06.007
Integracin de microarrays en
biorremediacin
Temas crticos
Especificidad
Sensibilidad
Cuantificacin
94
Wagner et al., Microbial Ecology 53, 498506 (2007)