Menos genes pero mas eficientes

( Creces, Marzo 2005 )

El antiguo axioma de "un gene una protena" no explica todo. Ahora hay que aceptar que a partir de
un gene se pueden derivar mltiples protenas.
Antes que se terminara de secuenciar el genoma humano los investigadores especializados en el tema trataban
de predecir cuantos genes podran constituirlo ("Cuntos genes hay en el genoma humano"). Partiendo del
dogma ya aceptado que cada gene codificaba una protena especfica, al presumir que en el organismo
humano deberan existir 100.000 protenas diferentes, deberan entonces tambin existir 100.000 genes. Pero
no todos aceptaban este dogma.
Ya se saba que el genoma de la lombriz de tierra (Caenorhabditis elegants) deba tener 19.000 genes.
Tambin se conoca el genoma de algunos vegetales, como el maz, que contena 40.000 genes. Con todos
estos antecedentes y viendo que el organismo humano era muchsimo mas complejo que la humilde lombriz o
el grano de maz, muchos pensaron que en l deberan existir por lo menos unos 150.000 genes.
Cuando despus de algunos meses se complet el borrador del genoma humano, la sorpresa para muchos fue
grande. Los especialistas secuenciadores afirmaron que nuestro genoma estaba constituido por no ms de
35.000 genes. Esto iba contra todo lo establecido hasta ese entonces. Pero mayor fue an la sorpresa, cuando
se public la secuencia definitiva del genoma, ya en limpio, el nmero total de genes no era mayor de
25.000! Desde entonces se ha tenido que comenzar a replantear totalmente los conceptos. Es cierto que
nuestro organismo es mucho ms complejo que la lombriz de tierra o el grano de maz, por lo que hay que
aceptar que la complejidad no esta dada por l nmero de genes. Lo que esta en pie es que las protenas del
organismo humano son aproximadamente 100.000 y que cada una debe sintetizarse de acuerdo a la
informacin que contiene el DNA. Aceptando estas dos premisas como ciertas, hay que concluir que de
alguna forma cada gene se les arregla para codificar la estructura de dos o ms protenas.
Un determinado gene se las ha debido arreglar para armar la secuencia de las bases en cada gene, en dos o
ms formas para ser capaz de llegar a sintetizar varias protenas partiendo de un mismo gene. As en distintas
circunstancias, un mismo gene podra codificar varias protenas diferentes.
Si se compara el genoma humano con los de otros organismos, se puede concluir que especies ms simples
pueden tener igual o ms genes que organismos ms complejos. Lo que se ha podido comprobar es que la
mayor complejidad de un organismo superior no esta dada por el mayor numero de genes, sino por la mayor
versatilidad de sus genes que han adquirido la capacidad de codificar diversas protenas, segn sea la
necesidad. Ms an, dentro de un mismo organismo, las clulas constituyentes de un determinado tejido
pueden tambin modificar el nmero de protenas necesarias en relacin a otros tejidos, segn sean las
funciones especficas de cada rgano. Esta misma versatilidad de los genes a nivel de los diferentes tejidos,
permitira que teniendo cada clula del organismo un nmero similar de genes, cada tejido logre una
determinada complejidad en sus funciones.
Es as como se ha ido comprobando que la prevalencia de diversas alternativas de edicin de los genes
humanos puede explicar la creciente complejidad del organismo. Se estima que tres cuartos de todos los genes
humanos, poseen la capacidad de alternativas de reedicin de dos o ms protenas. Probablemente ste, y no
el mayor nmero de genes, ha sido el mecanismo evolutivo que ha llevado a una mayor complejidad de las
especies. Con este nuevo enfoque, las febriles investigaciones recientes ya estn permitiendo comenzar a
comprender que la existencia de fallas en este proceso de reordenar las bases de un mismo gene puede llevar a
la aparicin de diversos tipos de cnceres, como tambin a diversas enfermedades metablicas. Es muy
probable que ms adelante estos mismos nuevos conocimientos puedan llagar a tener usos teraputicos.
Como funciona el sistema

Hace ya ms de 25 aos que se descubri por primera vez que un mismo gene poda llegar a inducir la
formacin de varias protenas diferentes. Pero como sucede muchas veces, este hallazgo no concordaba con el
dogma establecido en ese entonces, por lo que el hecho se interpret como una rareza y se olvid. Ha sido
ahora, cuando se ha podido comparar los genomas de distintas especies, que se ha tenido que replantear el
dogma y volver a analizar con otra mirada lo que antes ya se haba descubierto.
Pero no todo hay que cambiarlo. Del antiguo dogma, se mantienen en pie sus principios bsicos. Es decir, el
genoma, mediante un cdigo de cuatro letras (cuatro nucletidos), contiene toda la informacin necesaria para
llegar a constituir y mantener un organismo ("El cdigo gentico"). La larga molcula de DNA, estructurada
en una doble hebra, esta muy bien empaquetada en el interior de los cromosomas, que a su vez estn en el
interior del ncleo de las clulas. Cuando llega el momento que esta debe expresar su mensaje gentico
(genes), se abre la doble hebra para que se copie la secuencia de sus bases en otra molcula prima hermana; el
"RNA mensajero". Llamado as porque su funcin es la de transportar la informacin desde el ncleo al
citoplasma para que all sea leda y se traduzca finalmente en la sntesis de una protena. Pero antes que parta
el mensajero, debe someterse a un proceso preliminar de edicin (purificacin) del mensaje.
Es as como en el ao 1977, Phillip Sharp del Massachusetts Institute of Techhology, junto con Richard
Roberts del New England Biolab, descubrieron que la trascripcin del mensaje al RNA requiere de una previa
limpieza, consistente en separar partes del mensaje que no debe ser llevado por el RNA mensajero. El proceso
se ha llamado "splicing" (empalme), y consiste en que se retiran porciones importantes del mensaje que ya se
haba trascrito al RNA primario (Genes, genoma y enfermedad). Estas porciones de DNA que se retiran y
que no se transcriben, se han llamado "intrones", mientras que las que se transcriben al RNA mensajero,
formando un mensaje coherente, se han llamado "extrones". Queda as entonces constituido el RNA definitivo
que llevar el mensaje al citoplasma. Se puede entender este proceso como un texto de libro que tenga
distintos captulos y que algunos de ellos no sean necesarios. El editor retira esos captulos no necesarios y
deja slo los necesarios de modo que se mantenga una secuencia editora que tenga cohesin.
En 1980 Randolph Wall de la Universidad de California en Los Angeles, descubri que estos procedimientos
bsicos de empalme, en que todos los intrones se descartan y todos los exones siempre terminan copindose
en el RNA mensajero, no es cierto. En ocasiones la maquinaria celular puede decidir que se va a imprimir en
el RNA y bien puede que se retire un exn, o que se deje sin retirar un intrn, o bien que se retiren o agreguen
trozos de estos. Esta capacidad de variar la edicin definitiva que se inscribe en el RNA mensajero definitivo,
da una tremenda posibilidad para producir variaciones dentro de una protena que pueden tener distintas
funciones. Ello es lo que en definitiva permite que un mismo gene pueda codificar dos o ms protenas
diferentes (figura 1).
Posteriormente, en el ao 1984, Tom Maniatis, Michael Ghreen y otros colaboradores de la Universidad de
Harvard desarrollaron una tecnologa que les permiti llegar a describir la compleja maquinaria molecular que
realiza este procedimiento de cortes de intrones y agregados de extrones hasta llegar a la edicin definitiva del
RNA mensajero. El proceso de empalme, que va ensamblando exones e intrones o trozos de l, es muy
complejo y es coordinado por un grupo de enzimas o protenas cuyas estructuras y detalles de cmo y cundo
actan hasta llegar a constituir un RNA mensajero definitivo, est aun est en pleno estudio.
En los organismos unicelulares los procesos de empalme de intrones son pocos y adems los intrones
contienen pocos nucletidos (menos de 500 cada uno). Pero en la medida que se progresa en la escala
evolutiva de las especies, el genoma se va expandiendo, los intrones se multiplican y tambin se expanden.
Con ello paralelamente se va complicando la maquinaria molecular que regula el proceso de empalme. As
por ejemplo, en el genoma humano, un gene que codifica una protena tiene una longitud promedio de 28.000
nucletidos con 8.8 exones de promedio, que separan 7.8 exones. Estos exones son relativamente cortos, con
un promedio de 120 nucletidos, mientras que un intrn puede tener una longitud entre 100 a 100.000
nucletidos.
En la especie humana, el tamao y cantidad de intrones (es la especie que tiene el ms alto nmero de intrones
por gene) plantea un interesante aspecto. Es tanta la cantidad de intrones y son estos tan largos, que una alta
proporcin de las caloras que ingerimos cada da se gastan en realizar estos procesos de empalme (splicing)

de intrones, como tambin como los procesos que se requieren para la mantencin y reparacin constante de
ellos, para llegar en definitiva a un RNA mensajero definitivo, mucho ms corto. Se trata de un proceso caro y
muy riesgoso. Es as como el sistema puede causar costosos errores en el ordenamiento de estos intrones y
extrones. Cada corte y cada ligazn realizada en el pre-RNA tienen un riesgo de error en la trascripcin, lo
que puede llevar a la sntesis de una protena defectuosa, que en definitiva puede llegar a provocar un
trastorno metablico y una enfermedad o despertar un cncer. Parece raro que la naturaleza haya conservado
este sistema tan costoso y riesgoso.
Ventajas y alternativas
Generando ms de un tipo de DNA mensajero, se puede codificar ms de una protena por gene, y es ello lo
que le ha permitido al ser humano producir ms de 100.000 protenas diferentes, sin tener que mantener un
stock de 100.000 genes. Como promedio, cada uno de nuestros genes produce alrededor de tres RNA
mensajeros diferentes. Con todo, no se explica la presencia de tantos intrones, ni tampoco su amplitud entre
los genes, hasta el punto de que slo el 1 al 2% del genoma esta constituido por exones.
Ello ha constituido un dilema al que muchos investigadores han tratado de encontrar explicacin. Pero otro
dilema ha complicado ms las cosas. El hecho es que en ao 2002 se conoci el genoma de la rata, que tena
ms o menos igual cantidad de genes que los seres humanos. Segn los clculos evolutivos, las ratas y los
primates (y por lo tanto el homnido) derivan de un ancestro comn que habra vivido hace 100 millones de
aos. A partir de esa fecha se habra separado para seguir vas evolutivas diferentes. Sin embargo, el examen
comparativo de los genomas seala que los monos, los humanos y las ratas, conservamos mas o menos el
mismo nmero de exones e intrones. No slo eso, sino que tambin se conserva la mayor parte de las
secuencias de los nucletidos dentro de sus exones. La pregunta que cabe es: Qu es entonces lo que nos
hace tan diferentes a nosotros de las ratas?
Recientemente Christopher Lee y Barmak Modrek de U.C.L.A, comunicaron que al comparar los exones de
las ratas con los de los humanos, encuentran que un cuarto de ellos es diferente y especfico para cada especie,
ya sea para los humanos o para las ratas. Aqu estara la diferencia, ya que estos exones diferentes tienen la
potencialidad de crear protenas especficas y diferentes para cada especie, las que seran responsables de la
diversificacin que se ha ido produciendo entre ambas especies. Es decir, un grupo de alternativas de
empalmes de exones son especfico para humanos (humanos y monos) y all estara la progresiva
diferenciacin que se ha ido produciendo entre las ratas y los primates.
Como nacen los intrones
Con estos hallazgos, ha nacido el inters de saber cmo nace un exn. Al conocer su gnesis se ha comenzado
a entender las ventajas de preservar los intrones en general y se justifica que se hayan mantenido, a lo largo de
la evolucin, aun cuando esa carga de intrones signifique un enorme costo energtico.
Los exones especficos de primates derivan de elementos genticos mviles,llamados Alus, que pertenecen a
una gran clase de elementos conocidos como "retrotransposones" (La creciente complejidad del programa
gentico). Son secuencias cortas de DNA, cuya funcin parece ser la de generar copias de si mismo y luego
reinsertarlas dentro del genoma en posiciones aleatorias, apareciendo como pequeos genomas parsitos. Los
retrotransposones se encuentran casi en todos los genomas de las diferentes especies y han tenido una
profunda influencia al contribuir a la expansin genmica que acompaa a la evolucin de los organismos
multicelulares. Casi la mitad del genoma humano esta echo de elementos transferibles, entre los cuales los
Alus parecen ser los ms abundantes.
Los elementos Alus tienen una longitud de slo 300 nucletidos con una secuencia distintiva que termina en
una "cola poli-A". Nuestro genoma contienen alrededor de 1.4 millones de copias de Alus y muchos de estos
elementos Alus estn continuamente multiplicndose e insertndose en nuevas ubicaciones dentro del genoma
a un ritmo de una nueva insercin por cada 100 a 200 nacimientos humanos.

Por mucho tiempo los Alus fueron considerados como basura dentro del genoma, pero ahora ltimo estn
comenzando a ser respetados por los genetistas al comprobar que la insercin puede expandir la capacidad de
generar protenas gnicas. Alrededor de un 5% de los exones alternativos empalmados en el genoma humano,
contienen una secuencia de Alus. La mayor parte de estos exones se generan cuando el elemento Alus "salta"
dentro de un intron de un gene, y normalmente su insercin no tiene ninguna consecuencia negativa para el
primate, ya que la mayor parte de los intrones se descartan en el proceso de empalmar. Sin embargo, a travs
de las subsecuentes mutaciones los elementos Alus pueden transformar el intron en que han estado insertos,
en una secuencia de informacin gentica, "un nuevo exon". De esta forma un intron pasara a ser reconocido
como exn por el sistema molecular de ensamblajes (spliceosoma).
Los elementos Alus se encuentran slo en primates y por lo tanto tambin en los humanos. Es aqu donde
dieron nacimiento a travs de empalmes alternativos, a nuevas protenas, permitiendo as divergir muchos
cientos de aos atrs, a los primates de otras especies de mamferos (las ratas por ejemplo). Sabemos que los
humanos comparten el 99% de su genoma con el chimpanc, pero es a los elementos Alus a los que les
debemos ser diferentes a ellos. Estudios recientes han mostrado que los genes humanos son casi idnticos a
los del chimpanc y que ambos producen esencialmente las mismas protenas en los mismos tejidos, excepto
en partes del cerebro, donde son ms activos ciertos genes humanos y otros generan protenas
significativamente diferentes a travs de modificaciones del sistema de empalmes (splice), durante la
trascripcin.
Segn Gil Ast (que ha estado estudiando la forma en que actan estos Alus), en el genoma humano existiran
aproximadamente 500.000 de estos elementos Alus localizados dentro de los intrones, y 25.000 de ellos
podran llegar a ser nuevos exones, induciendo mutaciones en un solo punto. De esta forma las secuencias Alu
tienen el potencial de continuar enriqueciendo el stock de informacin gentica, vlida para producir nuevas
protenas humanas.
(Gil Ast: "The Alternative Genome", Scientific American, Abril 2005, pp.38-47)