Pymol - Prctica guiada

Pymol es un potente visualizor de moleculas muy prctico para trabajar con protenas. Su interfaz
puede parecer compleja en un primer momento, pero vereis que con un poco de prctica es sencilla y
potente a la vez.

1. Buscamos la estructura 101M en PDB:

Dentro de la ficha de la protena le damos a 'Download files + PDB File (Text)'

2. Abrimos pymol y cargamos la protena desde el men 'File + Open'

Con lo que veremos algo similar a esto:

que nos muestra una representacin con el solvente (oxigenos, smbolo de suma rojo), y los amino
cidos en lines (veremos que significa ms adelante). Vamos a cambiarlo para tener una mejor visin
de la estructura.

3. Cambiar a cartoon y rainbow:

Hacemos click sobre la 'S' que est al lado de 101M y posteriomente seleccionamos 'as + cartoon'

A continuacin vamos a pintarla como rainbow. De esta forma se pinta gradualmente la estructura de
la protena de forma que es ms fcil comprender y visualizar su estructura. Hacemos click en la 'C' que
est al lado de 101M y posteriormente seleccionamos 'spectrum + rainbow'

El resultado es el siguiente

La representacin en cartoon es una represetacin esquemtica de la protena donde se muestra la

estructura secundaria de la protena (el caso que estamos viendo la mayor parte de la protena est
compuesta de hlices alfa). Normalmente se trabaja con la protena representado como cartoon y con
unos pocos amino cidos de inters en ms detalle (lines, sticks y spheres son las
repesentaciones ms comunes).
De hecho, al haber utilizado una representacin en cartoon no podemos ver ahora mismo los ligandos a
los cuales se une esta protena.
4. Mostrar secuencia y el ligando HEM (grupo hemo)
Para mostrar la secuencia, hacemos en el men superior 'Display + Sequence'

Con los que nos aparecer una lnea con la secuencia de la protena

Si vamos al final de la secuencia podemos seleccionar haciendo click el grupo hemo 'HEM', posicin
155:

Al hacer click sobre el grupo HEM aparece un nuevo objeto (sele) en la parte derecha que hace
referencia a los tomos o molculas que tengamos seleccionados en cada momento. Podemos visualizar
el grupo hemo haciendo click en la 'S' de (sele) y luego dndole a 'spheres':

Ahora vamos a pintar los tomos del ligando de distintos colores para poder diferenciarlos. En la 'C' de
(sele) seleccionamos 'by element + CHNOS...' (con la C en blanco, por ejemplo)

Veamos en ms detalle como es el binding entre el ligando y la protena. Para ello hacemos click en la
'A' de (sele) y despus 'modify + around + residues within 4 A'. Con lo que habremos seleccionado los
amino cidos que se encuentra a 4 angstroms o menos del ligando. Para verlos, hacemos click en la 'S'
de (sele) y en 'sticks'

debiendo quedar algo como

Los pintamos por tomos como hicimos antes: 'C' de (sele) y 'by element + CHNOS...'

Haciendo click en el fondo negro perdemos la seleccin. Fijaros que si volveis a clicar en (sele) podeis
recuperar la seleccin que teniais (hasta que hagais otra seleccin).
Si queremos ver en pantalla completa la estructura hemos de clicar en la 'F' que hay en la esquina
inferior derecha. Podeis mover la estructura a vuestro gusto para explorar la zona de binding. Algunos
movimientos bsicos:
- Manteniendo pulsado el botn izquierdo del ratn en el fondo negro podeis rotar la estructura.
- Manteniendo pulsado el botn derecho del ratn en el fondo negro podeis hacer zoom.
- Manetiendo pulsado el botn central del ratn podeis desplazar la estructura.
Para volver a centrar la vista en la estructura podeis hacer click en la 'A' de 101M y darle a 'Zoom'

5. Medir distancias entre tomos

Vamos a medir, por ejemplo, la distancia entre tomos del amino cido 45 ('R', arginina) y el ligando.
Primero lo seleccionamos para localizarlo:

Podemos medir la distancia entre tomos desde el men 'wizard + Measurement'

Clicamos primero en uno de los tomos y luego en el otro:

Otro medida ms:

Para acabar de hacer medidas le damos a 'Done' en el cuadro de la derecha.

Si queremos que las imagenes aparezcon en alta definicin hemos de hacer 'ray'. Lo podemos hacer
desde el men.

Tambin podemos, como todo en pymol, hacerlo desde la lnea de comandos de pymol:

El efecto es el siguiente:

Normalmente queda mejor usando un fondo blanco, que podeis seleccionar desde el men 'Display +
Background + White'. Si volvemos a hacer 'ray', obtemos:

Podemos salvar la imagen a un fichero desde el men 'File + save image as + PNG...'

Para trabajar es ms cmodo usar el fondo negro (aunque es cuestin de gustos...). Para volver al fondo
negro hacemos 'Display + Background + Black'
6. (Opcional) Configuracion visuales por defecto.
Dndole a 'A' + 'preset' encontramos un varias configuraciones disponibles. Probad algunas de ellas.
Para el ejemplo anterior del sitio de binding la siguiente es interesante:

7. (Opcional) Mostrar contactos polares:

Tambin podemos hallar los contactos polares en pymol fcilmente. Por ejemplo, vamos a ver los
puentes de hidrgeno en una hlice alfa.
Nota: Por claridad he vuelto a poner la estrutura a su estado inicial haciendo otra vez (como hicimos al
principio): 'S' + 'as + cartoon' y 'C' + 'spectrum + rainbow'
Seleccionamos los 21 primeros aminocidos (podeis seleccionar uno y, dejando pulsado el botn del
ratn, arrastrar para seleccionar los dems):

En (sele) le damos a 'find + polar contacts + within selection':

Con lo que obtenemos,

que tiene ms sentido si hacemos click en (sele) y le damos a 'S' + 'as + Sticks'. Coloreando los tomos
y haciendo zoom:

8. Superponiendo dominios
Primeros necesitamos descargar de PDB las protenas 1ZVN, 2A62 y cargarlas en pymol. Cabe notar
que estas protenas son homlogas y tiene un porcentaje de identidad del 65% entre s.
Es aconsejable ponerlas como cartoon. Podemos poner las dos al mismo como cartoon en
'all' 'S + as + cartoon':

Podemos intentar superponerlas con el comando 'super' desde la lnea de comandos:

El resultado no es satisfactorio:

Esto se debe a que ambas estn compuestas de varios dominios y la orientacin de estos no es igual en
ambas protenas.
Para conseguir un alineamiento estructural adecuado hemos de conseguir un dominio slo de alguna de
ellas. Para ello, vamos a seleccionar la cadena B de la protena 1ZVN (en verde).
En la parte inferior derecha pinchamos, al lado Selecting, sobre Residues hasta que aparezca
Chains. Esto nos permite seleccionar cadenas enteras en vez de slo un amino cido.

Mostramos la secuencia de las protena con 'Display + Sequence'. Buscamos la cadena B de 1ZVN y la
seleccionamos pinchando en la secuencia de B:

Hacemos click sobre 'A' en (sele) y 'copy to object', con lo que nos aparece el nuevo objeto obj01 que
slo contiene el dominio seleccionado. Clicamos sobre 1ZVN para que no nos la muestre. As slo
veamos el dominio que queremos alinear.

En la consola de pymol hacemos 'super obj01, 2A62', con lo obtenemos el dominio bien alineado:

Se observa que estructuralmente, salvo pequeas diferencias, son realmente parecidos. Es aconsejable
hacer zoom sobre obj01 para poder rotar adecuadamente.
9. (Opcional) Mostrar potencial de contacto
Podemos mostrar los potenciales de contacto de la protena, por ejemplo para obj01, desde 'A' +
'Generate + vacuum electrostatics + protein contact potential (local)'

Pero esto es slo un clculo rpido no fiable, slo para darnos una idea. Hay otros software mucho
mejores para realizar este clculo que luego puede ser cargado en pymol. Uno bueno es APBC que
adems tiene un plugin que permite ser ejectuado desde pymol.

10. (Opcional) Ver dinmica

Descargamos la estructura 3ZPM de PDB que es un NMR. La ponemos en cartoon y en rainbow:

En la parte inferior derecha, le damos a botn de play para ver la dinmica de la protena:

Tambin podemos las zonas ms variables de la siguiente forma:

ejecutamos el comando 'split_states'

Podemos ver un poco mejor las diferencias haciendo en 'all' 'C + by ss + Helix Sheet Loop (cualquiera)'

Se observa que las zonas de mayor movimiento son los loops.

Por ltimo vamos a ver los b-factor. Los b-factor son valores que introducen los cristalgrofos para
indicar la movilidad que tiene cada residuo.
Cargamos en pymol la protena 1ZVN que utilizamos anteriormente. La ponemos en cartoon y
hacemos 'C + spectrum + b-factor'. Resultado:

Cuanto ms azul est un residuo, menos movilidad tiene. Aqu tambin vemos una mayor movilidad de
los loops.

Podemos obtener otra imagen an ms descriptiva. Primero coloreamos en rainbow y luego hacemos
con 'A + preset + b factor putty':

Cuanto ms grosor, ms movilidad.