Microbiologa clnica

20/02/2015

Prof. Navarro

Tema 15: Infecciones del tracto respiratorio inferior

1 Etiologa
Crup. Cursa con fiebre, tos, disnea, estridor y taquipnea. Suele darse en nios menores de 3 aos y
suelen haber tenido un cuadro previo de vas altas. Etiologa: Parainfluenza 1,3; Influenza A, B y VRS.
Bronquiolitis. Cursa con fiebre, tos sibilante, disnea y taquipnea. Suele darse en lactantes (3-6 meses)
y suelen haber tenido un cuadro previo de vas areas. Etiologa: VRS, Parainfluenza 1,3; Adenovirus,
Influenza A y B.
Bronquitis aguda. Los virus son con diferencia los que ms bronquitis aguda producen,
habitualmente los parainfluenza. Otros agentes:

Exacerbaciones de bronquitis crnica. Los virus pueden producirlas, pero no es lo habitual. El tracto
respiratorio inferior de estos pacientes no es estril, y los mismos agentes que los colonizan son los
que causan la enfermedad. Ejemplo: Haemophilus, S. pneumoniae, M. catharralis, Virus
respiratorios.

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El resto de etiologas las vemos ms adelante

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2 Diagnstico
Crup.

No se hace nada, los pediatras no suelen buscar el diagnstico etiolgico.

Bronquiolitis.
Realizamos inmunocromatografa (que casi se puede hacer a pie de cama), tiene un VPP
muy alto, y sensibilidad moderada. La muestra por excelencia es el aspirado nasofarngeo
porque todas las infecciones vricas son descendentes, es decir, empiezan por arriba y el
virus se mantiene arriba durante todo el proceso. Disponible para influenza, VRS y alguno
ms.
o Si la inmunocromatografa es positiva, es VRS.
o Si es negativa, puede o puede no serlo. De ser negativa se hace PCR Uniplex (o
multiplex para varios agentes). A lo sumo podemos hacer inmunofluorescencia
directa o indirecta, ms barata y menos sensible, que cubre un espectro de 8-9 virus
distintos.
Realizar cultivo viral no tiene sentido, pero si se sospecha una enfermedad fuera de lo
comn, como la tosferina, hay que decirlo. Si se sospecha, se har un medio para cultivo de
Bordetella o una inmunofluorescencia directa Bordetella-like.
Bronquitis agudas.
No nos molestamos a menos que se compliquen.
Exacerbaciones de bronquitis crnicas. Hay que llegar al diagnstico porque estos pacientes estn
potencialmente colonizados con bacterias convencionales pero con cierto nivel de resistencia. Son de
naturaleza bacteriana la mayora de veces.
Realizamos Gram y cultivo convencional en Agar Chocolate, Agar McConkey (para Gram-), y
NA [No he averiguado lo que era, lo siento] de esputos con calidad G5 [Lo vemos ahora].
El mximo inters es ver la sensibilidad a antibiticos de los microorganismos aislados
La muestra ms habitual es el esputo emitido espontneamente. No todos esputan bien y no todos
esputan, lo que dificulta el diagnstico. El aspirado nasofarngeo no sirve para nada.
El esputo tiene inconvenientes: se contamina con flora oral u orofarngea, y los microorganismos
estn presentes tambin de forma fisiolgica en flora orofarngea. Si est en grandes cantidades en
el tracto inferior, es ms probable que infecte a que colonice. El umbral de esto no se sabe con
certeza. Primero hay que asegurarse de que el esputo viene de vas bajas. Para saberlo, podemos
mirar varias cosas. Factores de calidad del esputo:

Celularidad: muchas clulas epiteliales polidricas de la boca es de arriba. Menos clulas

epiteliales es ms calidad.
Leucocitos PMN: el esputo se ha contaminado poco o muy poco y la muestra viene de un
foco de infeccin porque hay leucocitos. Ms leucocitos es ms calidad.
Examen directo: flora polimorfa es contaminacin. Si uno ve un morfotipo claramente
dominante o incluso nico, es lo que est produciendo la neumona.
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Por tanto, se grada la calidad esputo segn celularidad y leucocitos con una escala de G1 a G5,
siendo G1 el de peor calidad y G5 el de mayor [De Gapo 1 a Gapo 5 estrellas]. G5 tiene ms de 25
leucocitos y menos de 10 clulas epiteliales [Supongo que por campo]. Los otros grados son
virtualmente intiles, aunque casi que tambin se acepta G4.
En las infecciones por agentes que no forman parte de la flora la calidad del esputo no importa. Si
los encuentras, est infectado: TBC, Legionella.

3 Neumona
Es una inflamacin y consolidacin pulmonar de causa infecciosa.

Incidencia 12/1000 habitantes ao.

Hospitalizacin necesaria en 30-50%
15% de mortalidad por infeccin nosocomial
Mortalidad general inferior al 30%

La etiologa es muy variada, y en la mayor parte de los casos (excepto por aspiracin), es
monomicrobiana. Pero puede darse un microorganismo que afecte al tracto respiratorio y luego otro
lo sobreinfecte.
Los mtodos moleculares actuales por arrays identifican unos 25 agentes. Y los de nueva generacin
permiten bacterias e incluso protozoos adems de virus. Aun as, muchas quedan sin diagnstico
etiolgico.
Interesa saber dos cosas: si es comunitaria o nosocomial, y si el paciente es inmunocompetente o
inmunodeficiente. En inmunodeprimidos los agentes ms frecuentes son los mismos que los
comunitarios, lo que pasa es que si las pruebas son negativas hay que buscar ya los atpicos (es decir,
los tpicos de los inmunodeprimidos).
3.1 Etiologa de la neumona comunitaria
Agentes ms frecuentes de neumonas comunitarias: Streptococcus pneumoniae, Chlamydia
pneumoniae o psitacci, Mycoplasma pneumoniae y luego los virus.

A tener en consideracin: Legionella, agentes importados si ha habido viajes, epidemiologa

de la zona donde ejercemos...
Nunca olvidar: TBC, muy frecuente en nuestro medio, en inmunocomprometidos y tambin
en poblacin general.

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Etiologa por edades

Neonato: agentes que colonizan el canal del parto (E coli, S. agalactiae, S. pyogenes, C.
trachomatis)
Nios peques: virus, mucho ms frecuentes que en adultos

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3.2 Etiologa de la neumona hospitalaria

Los ms importantes son:

Enterobacterias. Muy
crticos, ventilados.
S. aureus
Legionella

especialmente

en

Hongos: aspergillus (ambiental) y no ambientales

Hasta un 20% de nosocomiales pueden ser mixtas, lo
que no pasa en comunitarias (monobacterianas). Estn
asociadas comnmente a ventilacin mecnica.

3.3 Etiologa de la neumona en el inmunodeprimido

La ms frecuente es S pneumoniae, al igual que en
poblacin general. Luego ya entramos en cosas ms
atpicas:

CMV
P. carinii o jirovecii
Rhodococcus equi
Pseudomonas aeruginosa
Mycobacterium tuberculosis

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3.4 Etiologa de la neumona necrosante y el absceso de pulmn [No lo vimos en clase]

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3.5 Etiologa de las neumonas segn patrn radiolgico

Agente

Patrn

Streptococcus pneumoniae

Alveolar (lobar)

Klebsiella
Pseudomonas
Mycobacterium
Staphylococcus
Anaerobios

Imagen

pneumoniae, Lobulillar (bronconeumona)

aeruginosa,
tuberculosis,
aureus,

Virus
respiratorios, Intersticial
Mycoplasma
pneumoniae,
Pneumocystis carinii

Mycobacterium Cavitada
Pseudomonas
Staphylococcus

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Anaerobios,
tuberculosis,
aeruginosa,
aureus

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Streptococcus
pneumoniae, Empiema
Haemophilus
influenzae,
Legionella
pneumophila,
Mycobacterium tuberculosis,
Staphylococcus
aureus,
Adenovirus

3.6 Diagnstico microbiolgico de las neumonas comunitarias

Si no requiere ingreso, no se hace porque no es positivo en coste-beneficio. Por ello es prescindible,
pero recomendable. Las que se ingresan hay que identificarlas s o s. En ambos casos, se inicia
tratamiento emprico.
Muestras:

Si es un virus: aspirado nasofarngeo

Si es una bacteria: esputos (varios).
Hemocultivo siempre: bacteriemias entre un 30-35%. Si aparece en sangre, no hay dudas.
Cuando no hay ms remedio, se realizan pruebas ms cruentas.
o Aspirado traqueal tiene ms o menos el valor de un esputo.
o Muestras por broncoscopia: tiene una serie de indicaciones. Vlido si el tubo est
protegido.
o Puncin-aspiracin pleural: el lquido pleural es valioso desde el punto de vista
microbiolgico. Si hay empiema, no hay dudas y su contenido es el responsable.

Sistemtica de los microbilogos:

Conseguir esputo.
Se hace Gram, se valora calidad, y si es bueno se hace cultivo.
Hemocultivo siempre, lquido pleural si hay.
Deteccin de antgeno de Legionella en orina y S. pneumoniae en orina y lquido pleural.
a. Deteccin de antgeno de Legionella. Una prueba negativa no excluye la legionelosis
porque solo identifica el grupo 1. Una prueba positiva lo confirma.
b. Inmunocromatografa de S pneumoniae. Tiene un VPN muy alto, aunque el VPP no
sea tanto. Al contrario que con Legionella, una prueba negativa excluye al
neumococo y una prueba positiva no siempre lo confirma.
5. Dos muestras de suero para estudio serolgico. Se hace de forma inercial y es claramente
sobrante al menos para virus. Para clamidias, Coxiella burnetti... la serologa s que tiene
sentido pero el diagnstico es retrospectivo, lo que no permite tomar decisiones.

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Otras pruebas a solicitar bajo sospecha de neumona comunitaria.

TBC: cultivo, PCR de micobacterias...

Legionella: cultivo selectivo de Legionella (BCYE)
Virus respiratorios: IFD/PCR
Hongos: cultivo de hongos dimrficos
Otras posibilidades: PCR de Coxiella, Coronavirus de SARS, Mycoplasma, Chlamydiophila
pneumoniae.

Utilidad del esputo: El esputo, si es bueno, es una magnfica prueba y muy barata. Vlido para
bacterias convencionales, micobacterias, Legionella y Pneumocystis. Es til si est escasamente
contaminado. Correcta recogida: No comer de 1 a 2 horas antes, enjuagarse la boca con suero salino,
expectorar profundamente. S 50-60%, E 80-90%.

Derecha G1, Izquierda G5.

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Si el esputo es bueno, se siembra de forma semicuantitiativa en los medios antes mencionados. En

este cultivo, slo es significativo si hay aislados en la tercera estra. Tambin se realiza identificacin
y antibiograma.

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3.7 Diagnstico microbiolgico de las neumonas hospitalarias

Si no est intubado, el procedimiento es el mismo

Si est intubado, se aspira. El aspirado traqueal disminuye de validez a medida que pasan los
das.

Si reune los criterios de broncoscopia, se le har. Estos estudios son cuantitativos de verdad, y tienen
puntos de corte segn el mtodo:

103 UFC/mL en cepillado

104 UFC/mL en BAL protegido
105 UFC/mL en BAL sin proteccin

Serologa: se sigue haciendo en Mycoplasma, Chlamidophila, Coxiella... se hacen cosas que no estn
comercializadas y tiene utilidad retrospectiva.

Organizacin del tema

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1 Etiologa
2 Diagnstico
3 Neumona
3.1 Etiologa de la neumona comunitaria
3.2 Etiologa de la neumona hospitalaria
3.3 Etiologa de la neumona en el inmunodeprimido
3.4 Etiologa de la neumona necrosante y el absceso de pulmn [No lo vimos en clase]
3.5 Etiologa de las neumonas segn patrn radiolgico
3.6 Diagnstico microbiolgico de las neumonas comunitarias
3.7 Diagnstico microbiolgico de las neumonas hospitalarias