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Metabolismo

Bacteriano
Martha Lily Ocampo G.
Facultad de Ciencias
Biotecnologa Microbiana

NUTRICIN CELULAR Y
METABOLISMO.
La nutricin es el conjunto de procesos de intercambio
de materia y energa que realizan los seres vivos con su
entorno con el fin de crear ms materia viva, mantener
sus estructuras y reproducirse.
Comprende:
a. La captura e ingestin de nutrientes

b. El transporte y distribucin de los nutrientes


c. La digestin o intracelular

d. El metabolismo
e. La excrecin

Compuestos inorgnicos necesarios crecimiento


bacteriano
Ion

Funcin

K+

Maintenance of ionic strength; cofactor for certain enzymes

NH4+

Principal form of inorganic N for assimilation

Ca++

Cofactor for certain enzymes

Fe++

Present in cytochromes and other metalloenzymes

Mg++

Cofactor for many enzymes; stabilization of outer membrane of


Gram- bacteria

Mn++

Present in certain metalloenzymes

Co++

Trace element constituent of vitamin B12 and its coenzyme


derivatives and found in certain metalloenzymes

Cu++ Mo++
Ni++,Zn++

Trace element present in certain metalloenzymes

SO4--

Principal form of inorganic S for assimilation

PO4---

Principal form of P for assimilation and a participant in many


metabolic reactions

CAPTURA E INGESTIN DE NUTRIENTES POR


PARTE DE LAS CLULAS. En las bacterias hetertrofas no existe
digestin
intracelular,
fabrican
enzimas
digestivas que vierten al exterior cuando se
alimentan de macromolculas y partculas
orgnicas, ya que carecen de sistemas
membranosos
interiores.
Las
pequeas
molculas obtenidas as son transportadas por
protenas de la membrana plasmtica al interior
bacteriano.
En hongos tambin existen digestiones
extracelulares.

Requisitos para el crecimiento


bacteriano

La generacin de ATP y
de poder reductor I
.- Modos de metabolismo generador de ATP.

- A) Oxidacin de compuestos orgnicos.


- Rutas de degradacin de carbohidratos y
formacin de piruvato.
- Rutas de utilizacin del piruvato I:
Fermentaciones microbianas:
alcohlica, lctica, propinica, cidomixta, acetobutanlica y otras
- Rutas de utilizacin del piruvato II:
- Respiracin aerobia: ciclo de Krebs.
- Respiracin anxica

La generacin de ATP y de poder


reductor II
- B) Oxidacin de compuestos
inorgnicos.
- C) La luz como fuente de energa.
- Organizacin y localizacin del aparato
fotoqumico.
- El papel de la clorofila y bacterioclorofila en
la fotosntesis.
- Generacin fotoqumica del poder
reductor.
- Fotosntesis oxignica.
- Fotosntesis anoxignica.

Biosntesis y polimerizacin
- Consumo de energa y poder reductor.Asimilacin de Carbono: fijacin y reduccin de
CO2.
- Asimilacin de Nitrgeno: amoniaco, nitratos.
- Fijacin y reduccin de Nitrgeno atmosfrico.
- Asimilacin del Azufre.
- Biosntesis de monmeros.
- Polimerizacin de monmeros.
- Biosntesis de macromolculas.

Sntesis de la molcula lineal de peptidoglican de


Staphylococcus aureus

EJEMPLOS DE PRODUCTOS BIOSINTTICOS


MICROBIANOS - BIOTECNOLOGA ALIMENTARIA

Integracin y control de los


procesos metablicos
- Base bioqumica de la regulacin.
- Mecanismos de regulacin.
- Regulacin de la produccin de enzimas.

- Induccin y represin enzimticas.


- Control positivo y control negativo.
- Represin por catabolito y por producto final.
- El opern arabinosa.
- Mecanismo de control por atenuacin:
biosntesis de triptfano.
- Regulacin de la actividad enzimtica en rutas
ramificadas.

PRINCIPALES PROCESOS
METABLICOS EN
MICROORGANISMOS

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VIAS PRINCIPALES
Embden-Meyerof-Paras (EMP)
Pentosas fosfato (PPP)
Entner-Doudoroff (ED)
Similaridades:
Las tres vas convierten la glucosa a
fosfogliceraldehdo, aunque por rutas
diferentes.
El fosfogliceraldehdo es convertido a
piruvato por las mismas reacciones en las
3 vas.

IMPORTANCIA
Las vas metablicas son la principal
fuente de energa en forma de ATP,
NADH
(principalmente)
y
FADH2;
indispensables para el desarrollo de los
microorganismos.
Adems, estas vas metablicas centrales,
proporcionan metabolitos precursores de
otras vas fundamentales.

El ATP es el trasportador activado


mas
importante en la clula

Las fuentes y los mecanismos de


generacin de energa de los procariotas
son mas diversos que los de los eucariotas

EMBDEN-MEYERHOF-PARAS (EMP)
O GLICOLISIS.
Etapa 1:
1 Glucosa
2ATP

2 Fosfogliceraldehdo
2ADP

Algunas bacterias fosforilan glucosa durante el transporte


celular por el sistema fosfotrasferasa , en el que el fosforil es
donado por el PEP.

Etapa 2:
2 Fosfogliceraldehdo
Piruvato
2Pi + 4ADP + 2NAD+
4ATP + 2NADH+ 2H+
Total:
Glu+2ADP+2Pi+2NAD+
2Piruvato+2ATP+2NADH+2H+

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http://www.sp.uconn.edu/~terry/images/ani
m/protgradbact.gif

GLICOLISIS COMO UNA VA


ANABLICA.
La va glicoltica no solo sirve para oxidar
carbohidratos a piruvato y fosforilar ADP,
sino tambin, para proporcionar metabolitos
precursores a otras vas.
Adems, cuando los MO no crecen en
carbohidratos,
pueden
sintetizar
los
intermediarios glicolticos de otras fuentes
de carbono como aminocidos, cidos
carboxlicos y lpidos.

VIA PENTOSAS FOSFATO


Produce la pentosa fosfato precursora de la
ribosa y desoxirribosa en los cidos nucleicos.
Produce la eritrosa fosfato precursora de los
aminocidos aromticos, fenilalanina, tirosina y
triptfano.
Produce NADPH, como la mayor fuente de
electrones.
G6P + 6NADP+
6H+

3CO2 + PAGLD + 6NADPH +

BACTERIAS DEPENDIENTES DE PPP


Thiobacillus novellus y Brucella abortus,
carecen de la primera etapa de la EMP y las
enzimas de ED, por lo que usan una PPP
oxidativa para crecer en glucosa:
1 Oxidan la glucosa a Fosfogliceraldehdo por
PPP.
2 El Fosfogliceraldehdo es oxidado a piruvato,
por la etapa 2 de EMP.
3 El piruvato es oxidado a CO, por la va del
cido ctrico.

VIA FOSFOCETOLASA (HETEROLACTICA)

Enzima fosfocetolasa, que divide la


pentosa fosfato en glyceraldehido-3-fosfato
y acetyl fosfato.
Es empleada principalmente por bacterias
cido
heterolacticas,
que
incluye
Lactobacillus y Leuconostoc.
La sobre reaccin es :Glucosa ---------->1
cido lactico + 1 etanol +1 CO2 + 1 ATP.

VIA ENTNER-DOUDOROFF (ED)


Es caracterstica de los procariotas.
Es de amplia extensin entre las bacterias
aerbicas GRAM-.
Algunas bacterias no pueden realizar la EMP, por lo
que dependen de ED.
Glu + NADP+ + NAD+ + ADP + Pi
2Ac. Pirvico + NADPH + 2H+ + NADH + ATP

La va Entner-Doudoroff, puede degradar


cidos aldonicos (aldosas oxidadas) como
el gluconato. La E. coli, por ejemplo puede
tomar el gluconato como fuente de carbn
para su crecimiento.
El crecimiento en gluconato induce la
produccin de 3 enzimas: gluconoquinasa,
6-fosfogluconato deshidratasa y KDPG
aldolasa.
Algunas bacterias (Pseudomonas), no
tienen fosfofructoquinasa, por lo que no
pueden llevar a cabo la oxidacin de la
glucosa y usan la va ED.

VIA NO FOSFORILADA ED
Se encuentra en Halobacterium
saccharovorum, Clostridium, Alcaligenes,
Achromobacter y Rhodopseudomonas
sphaeroides.
Presenta intermediarios no fosforilados
previos a 2-ceto-3-deoxygluconato.
Estas bacterias pueden usar el
catabolismo de gluconato o glucosa si la
glucosa deshidrogenasa est presente.

PRODUCTOS DEL PIRUVATO


El piruvato es el
producto comn del
catabolismo de los
azcares en todas
las vas principales.
Lo que sucede con
el piruvato, depende
de si el organismo
respira
aerobicamente
(Acetil CoA) o si
realiza fermentacin
(Lactato, etanol).

La va es operada por Saccharomyces


para producir etanol y CO2.
Tambin, es usada por las bacterias
cido (homo)lacticas, para la
produccin de cido lactico y por otras
bacterias para la produccin de c.
grasos, alcoholes y gases.
Las fermentaciones son componentes
esenciales de alimentos y bebidas y
son utilizados en la industria como
solventes y combustibles.

Productos finales de las


fermentaciones microbianas
Pathway
Key enzyme
Ethanol Lactic Acid CO2 ATP
Embden-Meyerhof
fructose 1,6-diP aldolase 2
0
2 2
Saccharomyces
Embden-Meyerhof
Lactobacillus

fructose 1,6-diP aldolase 0

phosphoketolase

KDPG aldolase

Heterolactic
Streptococcus
Entner-Doudoroff
Zymomonas

CICLO DEL CIDO CITRICO

El ciclo de Krebs, no solo es utilizado para la


oxidacin de Acetil CoA; el succinil CoA es
necesario para la sntesis de aminocidos, ya
que provee precursores de 10 aa que se
encuentran en las protenas.
Tambin es precursor de tetrapirroles, que son
grupos prostticos en varias protenas,
citocromos y clorofilas
Es la principal fuente de energa.
Est presente en la mayora de bacterias
aerobias, y en algunas anaerobias que reducen
el sulfato y lo utilizan como aceptor de e-.

CICLO DEL GLIOXILATO


Va para el metabolismo de Acetil CoA.
El ciclo del glioxilato es fundamental en
las bacterias aerobias, para su
crecimiento en cidos grasos y acetato.
El glioxilato se combina con acetil CoA
para formar malato. El malato se puede
convertir en oxaloacetato a pesar de la
extraccin del succinato, que puede ser
usado en la produccin de porfirinas o
aa.

CICLO DE CALVIN
La fijacin de CO2 en la mayor parte de los
fottrofos y en los organismos auttrofos
ocurre por el ciclo de Calvin, donde el
enzima ribulosa bifosfato carboxilasa
(RubisCO) juega un papel importante.
El ciclo de Calvin consume energa y utiliza
NADPH y ATP para reducir el CO2 al
estado de oxidacin del material celular.

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METABOLISMO FOTOTROFICO
Algunos procariotas pueden convertir la
energia de la luz en energa qumica:
cianobacterias, bacterias prpuras y verdes
y la "halobacteria".
Las cianobacterias realizan la fotosntesis
vegetal:
fotosntesis
oxignica;
las
prpuras y verdes realizan la fotosintess
bacteriana o anoxignica; las haloflicas
usan un tipo no fotosinttico.

TRANSPORTE DE e Y FUERZA

PROTOMOTRIZ
Durante el transporte de e- se produce ATP por
fosforilacin oxidativa.
Los transportadores de e- estn orientados en la
membrana, dando lugar a la separacin de
protones, que son bombeados fuera de la clula,
provenientes de la disociacin del agua al igual
que los OH que permanecen al interior de esta.
El resultado neto es la generacin de un gradiente
de pH y un potencial electroqumico por las
diferencias de cargas y de pH, que originan un
estado energizado de la membrana (FPM) y que
puede ser utilizado para la formacin de ATP, la
movilidad (rotacin del flagelo) y el transporte
activo (lactosa y prolina).

+400mV

Metabolismo aerobio

Fotosntesis oxignica

O2
+200mV

Fe2+

Metabolismo
anaerobio

Fe3+

Fermentaci
n

+100mV

Reduccin NO3-100mV

Bact.Fot. rojas

Reduccin SO4=
-250mV
-300mV

Bact. Fot. verdes


-400mV

Reduccin CO3=

RESPIRACION

FORMAS TXICAS DEL OXGENO


OXGENO SINGLETE O2
Los 2 e externos con spines antiparalelos bien el mismo orbital o
en distintos orbitales
Se forma - Qumicamente: Contaminante atmosfrico
- Bioqumicamente:
Fotooxidacin: En presencia de luz visible con una
molcula fotosensible que acta de mediador absorbiendo
luz

Mediante
sistemas
enzimticos
tipo
peroxidasa
(lactoperoxidasa, mieloperoxidasa) en la leche, saliva,
fagocitos. Convierte iones Cl en hipoclorito OCl que
reacciona con H2O2 dando O2
Cl-

OCl- + H2O2

O2 + OH- + HCl

- Fotoqumicamente en la atmsfera superior reaccionando


con O2 para dar ozono O3

FORMAS TXICAS DEL OXGENO


ANION SUPERXIDO O 2

Primer producto en la reduccin del O2 a H2O 2


O2 + eO2Tambin se produce por mediacin de la luz ms
molculas fotosensibles (flavinas, quinonas, tioles) y
transferencia de un e- al O2
Vida media muy larga, difunde de unas clulas a otras
(sensibilidad de anaerobios estrictos)

Se elimina por accin de la superxido-dismutasa, dando


H2O2
O2- + O2- + 2H+
H2 O 2 + O 2

FORMAS TXICAS DEL OXGENO


PERXIDO DE OXGENO O22- (H2O2)

Siguiente paso de la reduccin del oxgeno en el proceso respiratorio

O2- + e- + 2H+

H2O2

Se elimina
Por catalasas

H2O2 + H2O2

2H2O + O2

Por peroxidasas asociadas a donadores de electrones


H2O2 + NADH + H+

2H20 + NAD+

RADICAL HIDROXILO OH.


Siguiente paso del proceso respiratorio

H2O2 + e- + H+

H2O + OH.

Tambin se forma por accin de radiaciones ionizantes (rayos X, radiacin )


Es el agente oxidante ms potente. Destruye cualquier sustancia orgnica de
las clulas

Bacteria

SPODsa

Catalasa

Aerobios o anaerobios facultativos

Escherichia coli
Pseudomona spp
Deinococcus radiodurans

+
+
+

+
+
+

+
+
+

Bacterias aerotolerantes
Butyribacterium rettgery
Streptococcus faecalis
Streptococcus lactis
Anaerobios estrictos
Clostridium pasteurianos
Clostridium acetobutylicum

Aceptores finales de e- en la
respiracin de bacterias
electron
acceptor

reduced end
product

name of process

O2

H2O

aerobic respiration

NO3

NO2, NH3 or N2

SO4

S or H2S

fumarate

succinate

CO2

CH4

anaerobic respiration:
denitrification
anaerobic respiration: sulfate
reduction
anaerobic respiration:
using an organic e- acceptor
methanogenesis

organism
Escherichia,
Streptomyces
Bacillus,
Pseudomonas
Desulfovibrio
Escherichia
Methanococcus

REOXIDACIN DEL NADH


Respiracin (aerbica o anxica):
NADH + H+ + B + y ADP + y Pi
y ATP

NAD+ + BH2 +

y= N sitios acoplamiento; B= Aceptor final de e-

Fermentacin (anxica):
NADH + H+ + B (orgnico)

Hidrogenasa (anxica):
NADH + H+

H2 + NAD+

NAD+ + BH2

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PRODUCTOS, REACCIONES Y GRUPOS MICROBIANOS RESPONSABLES


DE LOS PROCESOS FERMENTATIVOS MAS IMPORTANTES
Lctico+ etanol+ CO2

Lactobacilos.
Streptococcus

O2

Biomasa + CO2

Leuconostoc

Hongos
comerciales

Levaduras
Zimomonas

Clostridium

Clostridium
propionicum y

butiricum
enterobacterias

Propioniobacterium

Los grupos de bacterias que mas interesan desde el punto de vista alimentario son:
enterobacterias y clostridium (Sanitario) y bacterias lcticas , propionibacterias y
levaduras (Productivo)

CICLOS BIOGEOQUMICOS
lignina

ORGANISMOS EN EL CICLO
BIOGEOQUIMICO DEL C

Ciclolignina
de Carbono

Celulosa

Lignina
Polmero
aromtico
complejo,
componente mayoritario de la madera,
estable a la degradacin anaerbica y se
descompone
mediante
la
accin
microbiana en condiciones aerbicas.

Reaccin:
Lignina

fenoles + alcohol

fenoloxidasa, lacasa, lignina-peroxidasa

Coniferinico
+alcohol
sinapilico+
polifenoles + hexosas + pentosas.

Ciclo
de Azufre
lignina

MECANISMOS DE INTERACCIN DE
MICROORGANISMOS CON METALES

-Precipitacin extracelular
-Acomplejamiento extracelular (Fe, Mb, Va,..)
-Unin o precipitacin a la superficie del
- Acumulacin

intracelular (metalotioneinas)

(K+, Fe2+,Mg2+, Zn, Cd, Cu,Ni,Ag,)


- Volatilizacin

MO

(Hg, As, Se, Te,)

Ciclo del Nitrgeno

Relaciones entre el metabolismo del N inorgnico y


orgnico: Ni (marrn), Norg (morado)

Representacin esquemtica de la fijacin de N: Nitrogenasa


(verde): protena con Mo-Fe. La Rdx-CII, es la ferrodoxina (en
Rizobium) y flavodoxina (Klebsiella), otros MO : Azotobacter (3
nitrogenasas Vanadio en vez de Mo)

Destino de los esqueletos carbonados de los aminocidos:


a glucognicos: naranja
a cetognicos: azul
a que pueden ser: gluco-cetognicos : morado
*: a con mas de una va de entrada en las rutas centrales.

Fijacin de Nitrgeno:
Proceso anxico, altamente reductivo:
NITROGENASA REQUIERE ATP
Y PODER
REDUCTOR
Bloqueada por oxigeno, NH3, NO3 y A
Bacterias fijadoras:
LIBRES: * aerobios
* anxico
SIMBITICOS: leguminosas, no leguminosas

Procesos importantes en suelo y


ecosistemas acuosos:
Fijacin: 85% es biolgica, (60% en suelo y
40% en ocanos)
Nitrificacin: en suelos: nitrato
preferencialmente absorbido por plantas
pero se pierde por lixiviacin
Desnitrificacin: prdida de N del ecosistema
es importante en suelos 20-30% del N
agregado como fertilizantes
- aplicacin en el tratamiento biolgico de
efluentes

SISTEMAS DE TRATAMIENTO
BIOLOGICO DE DESECHOS

El ciclo del fsforo


No hay ciclo gaseoso, dos reservorios:
- geolgico
- biolgicamente activo (mucho menor y
mas
activo) no hay cambio de
estado de oxidacin:
PO4= es
nutriente limitante en suelos y lagos
Eutroficacin:
entrada de nutrientes a
ecosistemas acuosos, especialmente
fsforo (detergentes y fertilizantes)
metabolismo
aerobio
metabolismo
anaerobio

CICLO DEL AZUFRE

Ciclo Global S

Formas de Inorgnico S

Estructura C-S

Ester Sulfatos

Procariotas Litotrficas Oxididoras


Azufre

Thiobacillus spp. Caracteristicas

Procariotes Desasimilatorios SulfuroReduccin

Molecular adaptations to psychrophily:


the impact of omic technologies
Ana Casanueva1, Marla Tuffin1, Craig Cary2 and Don A. Cowan1
1

Institute for Microbial Biotechnology and Metagenomics, University of the Western


Cape, Bellville 7535, Cape Town, South Africa
2 Department of Biological Sciences, University of Waikato, Hamilton, New Zealand

Cambios en protenas psicrfilos

Explicacin o consecuencia

Fuente organismo y la enzima

Frecuencia reducida de la
superficie, el dominio y las
interrelaciones entre las
subunidades inicos y redes de
iones

Aumento de la flexibilidad conformacional y


reduccin de la contribucin a la estabilidad entlpica

Aliivibrio salmonicida catalasa


Colwellia psychrerythraea aminopeptidasa.
Pseudomonas fluorescens b-lact.

Aumento de la superficie no
apareados residuos cargados

Mayor flexibilidad conformacional y retencin de agua mayor, lo Vibrio sp. PA44 serina proteasa.
que lleva a una mayor contribucin entrpica a la
Bacillus sp. TA41 subtilisina S41.
responsabilidad
Aliivibrio salmonicida superxido dismutasa.

Disminucin de la interaccin
hidrfoba interna

Reduccin del efecto hidrofbico

Vibrio sp. PA44 serina proteasa.


Colwellia psychrerythraea aminopeptidasa.

Aumento de disolventes residuos


hidrfobos expuestos

Entropica desestabilizacin

Vibrio sp. PA44 serina proteasa.


Aliivibrio salmonicida protenas.
Colwellia psychrerythraea aminopeptidasa.

Bucles externos de longitud


mayor

Renders estructura menos compacta y menos estables

Pseudoalteromonas haloplanktis cellulase.


Colwellia psychrerythraea aminopeptidase.

Contenido reducido de prolina y


arginina

El aumento de la entropa molecular

Aliivibrio salmonicida proteins.


Colwellia psychrerythraea aminopeptidase.
Pseudomonas fluorescens b-lactamase.

Disminucin del nmero de


enlaces de H y puentes de sal

Mayor flexibilidad Colwellia fenilalanina hidroxilasa


psychrerythraea

Aliivibrio salmonicida endonuclease I.


Pseudomonas fluorescens b-lactamase.
Cold-active zinc metalloprotease.

Aumento de la movilidad o la
accesibilidad del sitio activo de
residuos o

Mayor flexibilidad para el sustrato y cofactor vinculante

Pseudomonas sp. PAP metalloprotease.


Colwellia psychrerythraea phenylalanine
hydroxylase.
Aliivibrio salmonicida catalase.

Los avances de la
genmica,
metagenmica y
proteomica en la
psicrfilia

Uno de los objetivos primarios


del genoma psicrofilo y su
secuenciacin metagenomica ha
sido la identificacin de los
determinantes de la secuencia
de los psicrofilos

Tomado de: Microbial Biotechnology-Fundamentals of Applied Microbialy 2end ed. Glazer. p 269

MapaGentico de Xanthomonas campestris pv. Campestris operon gum codifica proteinas requeridas
para biosintesis y exportacin de xantano
GumD, GumM, GumH, GumK, and GumI catalyze reactions 1 through 5.
GumL catalyzes the pyruvyl addition to the external mannose.
GumF catalyzes the acetylation of the internal -mannose
GumG the acetylation of the external -mannose.

Cleaning up with genomics:


Applying molecular biology to
bioremediation
Lovely, 2003
Nature reviews, Microbiology

The genome of Geobacter bemidjiensis, exemplar for the


subsurface clade of Geobacter species that predominate
in Fe(III)-reducing subsurface environments