INSTITUTO POLITECNICO NACIONAL

ESCUELA SUPERIOR DE MEDICINA

BIOQUMICA MDICA I

Dr. Ordorica Vargas Juan Guillermo

Ribozimas

GRUPO 2CM1

Mxico D.F a sbado 16 de mayo del 2015

RIBOZIMAS
Qu son? , Para qu sirven?
Muchas de las molculas de RNA tanto en bacterias como en clulas
eucariontes son procesadas despus de su sntesis. Los eventos moleculares
ms interesantes en el metabolismo del RNA ocurren durante este
procesamiento post-sinttico. Muchas de las enzimas que catalizan estas
reacciones consisten en RNA en lugar de una protena.
El descubrimiento de estos RNA catalticos o ribozimas ha contribuido a una
revolucin sobre el concepto y la funcin del RNA y su relacin con los orgenes
de la vida.
Una molcula recin sintetizada de RNA se denomina transcrito primario, en las
clulas eucariontes este transcrito primario contiene secuencias que codifican
para un gen, pero estas secuencias no siempre son continas.
Existen segmentos no codificantes en el RNA que se interponen entre la
secuencia para un gen los cuales son llamados intrones y los segmentos que
codifican para el gen son denominados exones.
Durante el proceso llamado splicing los intrones son removidos del transcrito
primario y los exones son unidos para formar una secuencia continua que
codifica para un polipptido funcional.
Quin las descubri?
En los aos ochenta, Thomas Cech y Sidney Altman describieron por primera
vez, de manera independiente, la existencia de molculas de ARN con
capacidad cataltica, lo que ech por tierra el dogma de que todas las enzimas
eran protenas.
Por un lado, en la Universidad de Colorado, Thomas Cech y sus colegas
observaron, mientras estudiaban el procesamiento del ARN en el protozoo
ciliado Tetrahymena thermophila, que el corte y empalme de un intrn del
precursor del cido ribonucleico ribosmico (pre-ARNr) era autocataltico, es
decir, el ARN se escinda por s mismo, sin intervencin de un catalizador
proteico.[]
En la misma poca, en la Universidad de Yale, Sidney Altman y sus
colaboradores estudiaban las propiedades de la ribonucleasa P, una enzima
que se encuentra en todos los organismos y es responsable de la maduracin
del ARN de transferencia (ARNt).[] Esta enzima, que escinde los precursores de
los ARNt y libera los ARNt maduros, est formada por una subunidad proteica y
una cadena de ARN. Altman y sus colegas observaron que al separar estos
componentes, la subunidad de ARN poda catalizar la hidrlisis del ARNt
precursor en ausencia de la subunidad proteica. []

En 1989, Altman y Cech fueron galardonados con el Premio Nobel de Qumica

por el descubrimiento de las propiedades catalticas del ARN.

Tipos de ribozimas
Las ribozimas aumentan sustancialmente la velocidad de reaccin. As las
constantes cinticas son comparables a las de enzimas proteicas. Pueden usar
cofactores como imidazol y presentar regulacin alostrica. Su estructura
molecular a semejanza de los catalizadores proteicos presenta pliegues dando
origen a estructuras tridimensionales que forman sitios activos como
hendiduras profundas, protegidas, e inaccesibles a solventes. Mediante esta
estructura terciaria se facilita la catlisis orientando los sustratos al sitio
cataltico.
Existen cuatro clases de intrones. En los primeros dos grupos difieren sus
mecanismos de splicing pero comparten una caracterstica sorprendente; stos
son intrones como self-splicing, es decir que son intrones auto-eliminables del
transcrito primario y que ninguna protena se encuentra implicada en el
proceso. Ninguna de estas clases requiere un cofactor de alta energa (ATP por
ejemplo) para realizar el proceso. El 2'-OH del RNA acta como nuclefilo
cataltico tanto para el auto-procesamiento de intrones como para el
procesamiento catalizado por espliceosomas.
La mayora de los intrones no son auto-catalticos y estos tipos no estn
designados con un nmero de grupo; stos incluyen aquellos intrones
encontrados en transcritos primarios de RNAm, los cuales son llamados
intrones espliceosomales, ya que su eliminacin es catalizada por un gran
complejo proteico llamado espliceosoma. Dentro el espliceosoma los intrones
experimentan su eliminacin mediante el mismo mecanismo que los intrones
del grupo II. Este espliceosoma est formado por complejos RNA-proteicos
especializados, pequeas ribonucleoprotenas nucleares (snRNPs por sus siglas
en ingls, comnmente pronunciados como snurps).
Cada snRNP contiene una clase de RNA eucarionte de 100 a 200 nucletidos de
largo conocidos como small RNAs.
Ribozimas naturales
Grupo I intrn: Remueven intrones mediante dos transesterificaciones
produciendo uniones 3'-5'y un 3'-OH. El mecanismo de accin involucra el sitio
de unin al nucletido, ataque nucleoflico (3'-OH de una guanosina exgena) y
catlisis mediada por metales. Se encontraron en los ncleos de protozoos,
mitocondrias de hongos, cloroplastos de algas, bacterias y sus fagos.
Grupo II intrn: Producen la auto-eliminacin de intrones va dos
transesterificaciones, produciendo una unin inicial 2'-5' y un 3'-OH. El
mecanismo involucra ataque nucleoflico por un 2' OH de una adenosina

especial dentro del intron que produce un cambio en la estructura del RNA
(formacin de un lazo). Se cree que los iones Mg++ estn dentro del intrn
partipando de la catlisis. Esta clase se encontr en bacterias y genes de
organelas de levaduras de clulas eucariotas.
Ribonucleasa (Rnasa) P: Cataliza la hidrlisis sitio-especfica de precursores de
RNA incluyendo tRNA, RNA5S y la partcula de reconocimiento de RNA (SRP).
Estos sustratos comparten probablemente caractersticas estructurales que
permiten el reconocimiento epecfico por RnasaP posicionando los fosfatos
reactivos en el sitio de unin para el ataque nucleoflico por una molcula de
agua. Acta como una endoribonucleasa hidroltica que cliva el extremo 5'de
RNA para producir 5'-fosfato y 3'-OH. RnasaP es un complejo RNA-protena cuya
actividad cataltica en bacterias reside en el componente RNA, en humanos no
es activa sin el componente proteico. Es un verdadero catalizador en el sentido
que cada ribozima cataliza el clivaje de mltiples sustratos. Tiene 300 a 400
nucletidos de largo, forma dos dominios uno de los cuales tiene el sitio de
reconocimiento del sustrato y el otro el sitio activo.
Cabeza de martillo (hammerhead): Es la ribozima ms pequea, consiste en un
RNA de 40 nucletidos que se auto escinde, contiene un motivo altamente
conservado que ha sido encontrado en varios viroides y virus satlites de RNA
que se autoreplican a travs de un mecanismo de crculo rodante. Su
estructura involucra tres ramas cortas I, II, y III , tiene una conformacin en `Y',
las ramas estn conectadas en una secuencia altamente conservada, donde se
encuentran los nucletidos esenciales para la catlisis. La rama I contiene el
residuo citosina 17 que contiene la unin que se cliva. Cataliza el clivaje sitio
especfico de sus propias uniones fosfodiester por un ataque nucleoflico del 2'OH al fosfato a ser escindido. Se cree que hay iones divalentes que participan
en el mantenimiento de la estructura.
Espleciosoma: El ncleo de eucariotas contiene numerosas copias de varios
RNA de 60 a 250 nucletidos de longitud denominados pequeos RNA
nucleares (snRNA), los cuales forman complejos con protenas o sea
ribonucleoprotenas (RNP). Los snRNP U1....U6 son miembros de una subfamilia
de snRNA rica en uracilo que intervienen en el procesamiento del pre-mRNA.
Los snRNP U1, U2, U5 y U4-U6 se ensamblan en los sitios de corte y empalme
formando un gran complejo o "spliceosome". Los U2 y U6 producen el corte de
sustratos de RNA via transesterificacin. Se ensamblan con pre-mRNA y
escinden los intrones (no es autoclivaje). El producto de la reaccin es un fosfotriester a diferencia de los obtenidos con otros "spliceosomes".
Ribozimas sintticas
Los cientficos han sintetizado ribozimas in vitro, parten de secuencias de RNA
seleccionadas al azar, luego separan a las molculas en base a su habilidad
para realizar funciones bioqumicas (unin a ligandos, catlisis), el material
seleccionado es amplificado y el ciclo de seleccin y amplificacin es repetido
hasta que las secuencias activas dominan el conjunto. Por ltimo se pueden
introducir mutaciones para ampliar la diversidad de secuencias, incorporando

de esta manera las caractersticas ms relevantes de la evolucin. Mediante

esta tcnica lograron sintetizar catalizadores de RNA ms eficientes que
pueden intervenir en otro tipo de reacciones, tal como formar nuclotidos a
partir de un azcar y una base, o sintetizar uniones amida. Se disean
ribozimas para cortar determinados RNA con fines teraputicos, remedando la
estructura y la actividad cataltica de las ribozimas naturales conocidas. Se ha
pensado que la funcin que cumplen estas ribozimas puede ser aplicada para
varios problemas mdicos, como el cncer y el sida, teniendo en cuenta que si
la molcula de RNA es escindida antes de llegar al ribosoma, la codificacin
que encierra esa cadena nunca se expresar completamente.

REFERENCIAS:
1. David L. Nelson, Michel M. Cox, Lehninger principios de bioqumica.
Editorial Freeman. Cuarta edicin. Captulo 26: Metabolismo del RNA.
Pginas: 1007-1018.
2. http://www.quimicaviva.qb.fcen.uba.ar/Nuevos
%20enfoques/ribozimas.htm